気道微生物:肺の健康の重要なプレーヤー
研究が明らかにしたのは、気道の微生物がどのように変化し、子供たちの呼吸器の健康に影響を与えるかってことだよ。
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気道に住んでる微生物は、私たちの肺を健康に保つのにめっちゃ大事なんだ。これらの小さな生き物は成長とともに変わることがあって、時にはバランスが崩れちゃうこともあって、健康問題につながることもある。例えば、役立つ微生物は肺の感染症のときに炎症を減らせるけど、逆に有害な微生物は子供がウイルス感染の後に喘息のリスクを高めることがあるんだよ。
気道の微生物に影響を与える要因
気道の微生物の構成は、ホストや環境に関連するいろんな要因によって影響されるんだ。私たちの体の中では、pHレベルや気道の表面の大きさ、ガスの量などが、さまざまな微生物が繁殖するための条件を作り出すことがあるんだ。外的要因も大きく影響していて、赤ちゃんがどうやって生まれ、幼少期にどうやって食べ物を与えられ、成長過程でどんな環境にさらされるか、そして後になって感染症や薬に出会うかどうかなどがあるよ。気温や湿度のような季節の変化も、気道にどの微生物がいるかに影響を与えることがあるんだ。これらの要因を理解することで、研究者は健康問題につながるかもしれない変化について学べるんだ。
呼吸器系の構造
呼吸器系は主に上気道(URT)と下気道(LRT)という二つの部分から成り立ってる。上気道は鼻と喉を含み、下気道は気管と肺を含んでるんだ。これらの部分はつながってるけど、異なる種類の細胞や免疫反応、微生物を支える環境がある。例えば、上気道の微生物は特定のパターンを持っていて、異なる細胞が作る独特の環境に応じて繁殖できるんだ。でも、下気道では、同じ種類の微生物が全体に分布してるけど、上気道の気管はもっと多様性があることが多いよ。
以前の研究では、喉の微生物が肺の微生物に影響を与えることがわかってるけど、上気道の異なる部分が下気道の微生物にどう影響するかはまだ調べる必要がある、特に子供においてね。
研究の概要
今回の研究では、183人の子供からルーチン手術中に鼻と気管からサンプルを集めたんだ。それから16S rDNAシーケンシングっていう方法を使って、呼吸器系の両方の部分でホストと微生物との関係を詳しく見たの。これらのサンプルは、子供のCOVID-19検査に焦点を当てたより大きな研究の一部で、サンプリングの時には誰も感染してなかったことが確認されてるよ。
研究グループ
この研究の参加者は、18歳未満でCOVID-19が陰性だった子供たちで、子供病院で選択的手術を受けたんだ。参加者は数ヶ月の間に登録され、その間は厳しいCOVID-19安全対策が行われて、一般的な呼吸器感染症の発生率が低かったみたい。
サンプルは気管吸引法と鼻咽頭スワブを使って集められ、さらに分析のために保存されたんだ。研究者たちはサンプルを処理するために具体的なプロトコルに従い、微生物群が正確に反映されるようにしたよ。
分析方法
サンプルの処理では、特別なキットを使ってDNAを抽出し、その後増幅とシーケンシングを行って微生物群を特定したの。研究者たちはデータを分析するために統計的手法を使い、サンプル間のパターンや関係を探ったりしてた。さらに、データの正確さを確保するために、サンプルの潜在的な汚染を取り除くさまざまな技術も使ったよ。
結果
分析の結果、上気道と下気道の両方にいくつかの主要な微生物群が存在することがわかったんだ。最も一般的な微生物群はBacillotaだったけど、二番目に多い群はサンプルタイプごとに異なってた。鼻咽頭スワブでは、二番目に一般的な群はActinomycetotaで、気管吸引法ではPseudomonadotaだったよ。
多様性の分析では、鼻と気管の微生物群が互いに異なることが示された。これは、これらの部分がつながってるにも関わらず、微生物の特性が異なることを示してるんだ。例えば、多くの鼻咽頭サンプルに特定の微生物が存在する一方で、気管サンプルで最も豊富な微生物には大腸菌やいろんなブドウ球菌が含まれてた。
研究者たちは、上気道の微生物群の多様性が下気道の微生物群と相関しないことに驚いたみたい。これは、上気道の上部に特定の微生物がいても、それが下気道には必ずしも現れないことを意味してて、これらの部分は関連しているにも関わらず独立して機能する可能性があるってことだね。
年齢と微生物の構成
年齢が鼻咽頭の微生物群の構成に大きく影響することがわかったよ。若い子供はCorynebacteriumやDolosigranulumのような特定の微生物に定着しやすいけど、歳を重ねるとより多様な群が見られる傾向があるんだ。子供の成長過程でシンプルな微生物群からより複雑なものへの移行は、免疫システムの発達との重要な関連を示唆してる。
人口統計的要因の影響
年齢に加えて、この研究では人種や手術の種類などの他の人口統計的要因が、サンプル内の微生物の多様性にどう影響するかも見たんだ。結果として、人種が下気道の微生物群に影響を与えることがわかったけど、年齢は上気道の微生物群に対して重要な要因だったよ。
興味深いことに、特定のタイプの手術を受けている子供は、異なる微生物の構成を持っていることが分かって、医療介入の種類が気道の微生物群に影響を与えることもあるってことを強調してるんだ。
共起分析
共起分析を通じて、研究者たちは同じ環境内での異なる微生物間の関係を特定できたんだ。鼻咽頭スワブ内の特定の微生物同士にポジティブな関連が見られて、これらの微生物がしばしば同じサンプル内に現れることがわかったよ。例えば、Dolosigranulum pigrumはCorynebacteriumの種とポジティブな関係を示したんだ。
でも、個々の被験者の上気道と下気道の微生物間に重要なオーバーラップは見られなかったことで、これらの部分が異なる微生物群を持っているという考えが強化されたよ。
健康への影響
呼吸器系の微生物群がどう発展し変わっていくかを理解することで、喘息や他の呼吸器の病気に関する問題を明らかにできるかもしれない。年齢や人口統計、環境要因に基づいて、これらのコミュニティがどのように異なるのかを特定することで、研究者は病気リスクの洞察を得られるんだ。
微生物のパターンがどのように進化するかについての継続的な研究は、健康結果の予測や治療法、プロバイオティクスやワクチンなどの予防策のガイドに役立ちそうだね。
結論
この研究の結果は、子供たちの呼吸器マイクロバイオームの複雑さを明らかにして、年齢や環境要因がこれらのコミュニティを形作る上でどれだけ重要かを強調してる。上気道と下気道の間に見られる異なる微生物パターンは、それぞれの健康や病気に対する役割についてさらに研究する必要があることも示唆してる。
マイクロバイオームと人間の健康への影響についてもっと学び続ければ、有益な微生物の構成を促進する戦略を開発したり、特に子供の全体的な呼吸器の健康を改善する手助けができるかもしれないね。
タイトル: Developmental progression of the nasopharyngeal microbiome during childhood and association with the lower airway microbiome
概要: BackgroundThe upper (URT) and lower (LRT) respiratory tract feature distinct environments and responses affecting microbial colonization but investigating the relationship between them is technically challenging. We aimed to identify relationships between taxa colonizing the URT and LRT and explore their relationship with development during childhood. MethodsWe employed V4 16S rDNA sequencing to profile nasopharyngeal swabs and tracheal aspirates collected from 183 subjects between 20 weeks and 18 years of age. These samples were collected prior to elective procedures at the Childrens Hospital of Philadelphia over the course of 20 weeks in 2020, from otherwise healthy subjects enrolled in a study investigating potential reservoirs of SARS-CoV-2. FindingsAfter extraction, sequencing, and quality control, we studied the remaining 124 nasopharyngeal swabs and 98 tracheal aspirates, including 85 subject-matched pairs of samples. V4 16S rDNA sequencing revealed that the nasopharynx is colonized by few, highly-abundant taxa, while the tracheal aspirates feature a diverse assembly of microbes. While no taxa co-occur in the URT and LRT of the same subject, clusters of microbiomes in the URT correlate with clusters of microbiomes in the LRT. The clusters identified in the URT correlate with subject age across childhood development. InterpretationsThe correlation between clusters of taxa across sites may suggest a mutual influence from either a third site, such as the oropharynx, or host-extrinsic, environmental features. The identification of a pattern of upper respiratory microbiota development across the first 18 years of life suggests that the patterns observed in early childhood may extend beyond the early life window. FundingResearch reported in this publication was supported by NIH T32 GM007200 (AJH), F30 DK127584 (AJH), NIH/NIAID R21AI154370 (AOJ, ALK), NIH/NICHD R01HD109963 (AOJ, ALK), and NIH/NICHD R33HD105594 (AOJ). Dr. John is an Investigator in the Pathogenesis of Infectious Diseases of the Burroughs Welcome Fund.
著者: Audrey Ragan Odom John, A. J. Hernandez-Leyva, A. L. Rosen, C. P. Tomera, E. E. Lin, E. Akaho, A. M. Blatz, W. R. Otto, J. Logan, L. R. Young, R. M. Harris, A. L. Kau
最終更新: 2023-09-19 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.09.18.23295747
ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.09.18.23295747.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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