mRNAワクチンの生産の進展
mRNAワクチンの改善と副産物の削減に注力して。
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目次
最近、mRNAに基づく新しいタイプの薬、特にmRNAワクチンが注目を集めてる。このワクチンは病気から守る新しいアプローチで、いろいろな病の治療にも可能性を示してるよ。従来のワクチンとは違って、mRNAワクチンには独自の利点があって魅力的なんだ。
一つの大きな利点は、mRNAワクチンが迅速に設計・製造できること。特定のウイルスの遺伝子配列に依存しないから、科学者たちはこれらのワクチンを古いタイプのワクチンよりも早く、安く開発・生産できるんだ。
さらに、mRNAワクチンは免疫系を活性化して、感染と戦うのに重要な分子、サイトカインを生成させることができる。つまり、従来のワクチンでよく使われるアジュバントみたいな余分な物質がなくても、体がより効果的に反応するよう訓練できるってわけ。
mRNA製造プロセス
mRNAワクチンを実用化するには、製造プロセスでいくつかのステップが必要なんだ。まず、科学者たちはmRNAを作る。これはDNAテンプレートから始めて、RNAポリメラーゼという酵素を使って転写と呼ばれるプロセスでmRNAを作る。結果的にできたmRNAは、目標タンパク質を作る部分や安定性を助ける特定のエリアを含むいくつかの重要なセクションから成る。
mRNAが生成されたら、プロセス中に生成された不要な材料を取り除くために精製が必要。一般的な精製方法には沈殿や高性能液体クロマトグラフィー(HPLC)がある。HPLCは、mRNAの効果に干渉する可能性のあるDNAの残留物や他の副産物を取り除くために特に重要だよ。
dsRNAの問題
mRNAの製造中に、dsRNAという副産物が生成されることがある。この副産物は体内の特定の受容体を活性化できるけど、免疫反応の一部ではあるけど、システムに不必要なストレスをかけることもある。dsRNAが蓄積すると、必要ないかもしれないタンパク質の生成につながることがあるんだ。だから、最終的なmRNA製品からdsRNAを取り除くのが重要で、HPLCは効果的な方法だけど、製造プロセスに時間とコストを追加することになる。
T7 RNAポリメラーゼとその役割
mRNA製造プロセスのキープレイヤーはT7 RNAポリメラーゼ(T7 RNAP)。この酵素はRNAを合成するのに一般的に使われていて、高い収率を生み出すし、ラボ環境で効率よく働くことができる。
でも、T7 RNAPは完璧じゃなくて、転写中に短い不要なRNAフラグメントなどの副産物を作ることがある。これらの副産物はdsRNAの形成に寄与して、さらに問題を複雑にするんだ。
T7 RNAPを使った転写プロセスは、開始、伸長、終了の3つの主要な段階で行われる。開始のとき、T7 RNAPはDNAの特定の領域を認識してRNA合成を始める。RNA鎖が伸びると、DNAテンプレートの終わりに達するまでヌクレオチドを追加し続ける。
T7 RNAPが早期に終了すると、短いRNA鎖やRNAの末尾で予期しない延長が生じることがあって、これもまたdsRNAのレベルを増加させる可能性があるんだ。
スクリーニングのための新技術
T7 RNAPの特性を効果的に向上させて不要な副産物を減らすために、蛍光活性化ドロップレットソーティング(FADS)みたいな新しい技術が登場してる。FADSは高スループットスクリーニングの方法で、研究者が蛍光に基づいてRNA製品を含むドロップレットをソートできるんだ。この技術は迅速で感度が高く、コスト効率もいい。
FADSでは、ドロップレットに試薬とT7 RNAPの変異体を発現する微生物細胞が含まれてる。ドロップレットが検出ビームを通過すると、その蛍光が測定される。特定の蛍光強度を持つものだけがさらなる分析のためにソートされて、特性が改善された変異体を特定するのに役立つ。
dsRNA削減に焦点を当てる
ここでの研究の目的は、mRNA合成中に生成される不要なdsRNAの量を減らす方法を見つけることだ。研究者たちは、dsRNAレベルを減少させるために設計された変異を持つT7 RNAPの変異体を調査してる。指向性進化と設計戦略を組み合わせて、より効率的な酵素を作ることを目指してるんだ。
これらのT7 RNAP変異体を効果的にスクリーニングするために、研究者たちは分子ビコンズ-特定のRNA配列に結合して蛍光を放出できる特殊なプローブ-を使った方法を最適化した。これによりRNAの収量と質のリアルタイムモニタリングが可能になる。
スクリーニングプロセス
スクリーニングシステムを開発するにあたり、科学者たちは異なるDNAテンプレートとT7 RNAPを使った実験を設定した。分子ビコンズからの蛍光を測定することで、各T7 RNAP変異体がどれだけ効果的に働いたか、どれだけのdsRNAが生成されたかを判断できたんだ。
初期のスクリーニングのラウンドを通じて、より高い蛍光を示す陽性ドロップレットが集められた。研究者たちはこれらをさらに分析し、野生型と比較してdsRNAレベルが低いことを示したいくつかの変異T7 RNAP変異体を特定した。その中には、RNAの完全性が改善されたものもあって、より信頼性のあるmRNA出力が期待できそうだ。
結果検証の重要性
初期のスクリーニングの後、研究者たちは発見を検証することを目指した。これは、陽性ドロップレットのDNAを配列解析して、どの変異が存在するかを特定することを含んでいる。成功した変異体に特定の変異が頻繁に現れることがわかり、dsRNAレベルを減少させる上での重要性を示しているんだ。
さらに分析すると、低dsRNAに関して有望な変異体のいくつかは、全体的に活性が低下していることがわかった。これは、これらの変異体が不要な副産物を最小限に抑えつつ高品質のmRNAを生成できるように、さらなる改良が必要であることを示している。
T7 RNAPの最適化
より効果的なT7 RNAPを探す中で、研究者たちは酵素の構造内のいくつかの異なる部位にますます焦点を当ててる。これらの部位での変異が酵素の性能にどう影響するかを研究することで、より効果的に機能するT7 RNAPのバージョンを作成することができた。
最終的に、研究者たちは RNAの収率と質を同時に測定する二重プローブアプローチを使った方法を開発した。このアプローチは、最適なT7 RNAP変異体の特定を助けて、選ばれた変異体が生産性と純度の基準を満たすことを確認させる。
さらなる改良と発見
千を超える変異体をスクリーニングした結果、良好な全体的な生産性を維持しつつ、dsRNAを少なく生成するいくつかの変異体が特定された。しかし、dsRNAが低下した一部の変異体は期待された性能を満たさなかったため、複雑な相互作用があることを示唆している。
DNAシャッフルで生成されたライブラリの追加スクリーニングを含むアプローチの組み合わせを通じて、研究者たちは一貫して低いdsRNAレベルを生産するT7 RNAP変異体を見つけることができた。
免疫原性への影響評価
mRNA製造の重要な側面は、dsRNAレベルが免疫反応にどう影響するかを理解すること。研究者たちは、RNA製品が引き起こす免疫反応を評価するために、さまざまなT7 RNAP変異体を細胞でテストした。
彼らは、野生型T7 RNAPが強力な免疫反応を生成した一方で、多くの変異体は反応が減少したことを発見した。この発見は、治療またはワクチン目的で生成されたmRNAが不必要な免疫活性化を引き起こさないようにするために重要だよ。
結論
mRNAベースの薬やワクチンに関する研究は急速に進化していて、科学者たちはその製造プロセスを最適化しようと努力してる。T7 RNAPの性能向上とdsRNAのような不要な副産物を減少させることに焦点を当てることで、研究者たちはmRNA療法の効果を高めることを目指しているんだ。
高度なスクリーニング手法と基礎生物学の強い理解を通じて、安全で効果的なmRNAワクチンの可能性はますます広がっていて、さまざまな病気に対する新しい治療法や予防策の希望を提供しているよ。
タイトル: FADS and semi-rational design modified T7 RNA polymerase reduced dsRNA production, with lower terminal transferase and RDRP activities
概要: T7 RNA polymerase (T7 RNAP) is the preferred tool for in vitro transcription (IVT), it synthesizes mRNA while accompanied by the generation of dsRNA by-products. This undesirable dsRNA triggers immune stress responses, compromises therapeutic efficacy, and raises safety concerns. To evolve T7 RNAP for reduced dsRNA, we pursued two complementary strategies. Firstly, the FADS (fluorescence-activated droplet sorting) based on molecular beacons was used to screen random libraries with diversity exceeding 105. Secondly, we constructed several single-site saturated libraries to facilitate the transition of T7 RNAP from the initiation to the elongation conformation. These libraries were screened using the traditional microplate-based dual-probe screening technique. Both approaches identified two dominant variants: Mut1 (V214A) and Mut7 (F162S/A247T) from FADS, Mut11 (K180E) and Mut14 (A70Q) from saturated libraries. Furthermore, the combinatorial mutant Mut17 (A70Q/F162S/K180E), generated via DNA shuffling, exhibited significantly reduced dsRNA production compared to the wild-type under various conditions, ranging from 0.18% to 1.80%, with a minimum value of 0.5 pg/g. Cell experiments confirmed that variants generated capped-mRNA with similar quality and quantity to the wild-type, while significantly reducing immune stress response in cells. These results indicate the compatibility and broad potential applications of these mutations. We then observed a close correlation between the production of dsRNA and the activities of T7 RNAP in terminal transferase and RDRP. Particularly, the terminal transferase activity appears to play a critical role in dsRNA generation. These findings align with the mechanism of dsRNA formation during IVT and provide new screening criteria for further evolution of T7 RNAP.
著者: Xiang Liu, Q. Tang, S. Zhu, N. Hu, S. Yin, Y. Yang, Y. Teng, D. Song
最終更新: 2024-05-31 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.23.595468
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.23.595468.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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