酵母のwtf遺伝子の変わった世界
ふざけた遺伝子が分裂酵母の遺伝のルールにどう挑戦するかを発見しよう。
― 1 分で読む
分裂酵母、特にSchizosaccharomyces pombeは、科学者たちが遺伝学を理解するために研究する小さな生き物なんだ。この酵母の中にはwtf(with Tf LTRs)遺伝子と呼ばれる特別な遺伝子があるんだ。これらの遺伝子は繁殖中に変わった行動をすることがあって面白いんだ。普通の遺伝のルールに従わず、他の遺伝子や生物自体を傷つけながら、自分自身の広がりを促進することができるんだ。
wtf遺伝子って何?
wtf遺伝子は独特な継承の方法があるグループの遺伝子で、二つの異なるタンパク質を作ることができるんだ。一つは自分を守る抗毒素で、もう一つは有害な毒素なんだ。もし子孫が毒素遺伝子だけを受け継いで抗毒素を持っていなかったら、生存率が低くなることがあるんだ。
自然選択の役割
自然界では、遺伝子が互いに競争しているんだ。ある遺伝子が他の遺伝子よりも有利な場合、それがより良く生き残り、将来の世代に受け継がれる。でも、wtf遺伝子に関しては必ずしもそうではないことがあるんだ。時には繁殖プロセスを操作して、自分の生存を他者の犠牲にして確保することがあるんだ。これが遺伝子と進化の間の複雑な関係を示しているんだ。
wtf遺伝子のファミリー
S. pombeには、25のwtf遺伝子が特定されてるんだ。これらは、ゲノム内の位置に基づいてwtf1からwtf25まで番号が付けられているんだ。科学者たちは、これらの遺伝子を機能に基づいていくつかのグループに分類しているんだ:
- 典型的wtf遺伝子:これは主なグループで、抗毒素と毒素の両方を生成できる遺伝子が含まれているんだ。
- 抗毒素のみ遺伝子:これらの遺伝子は抗毒素だけを生成し、毒素の要素が欠けているんだ。
- 擬似遺伝子:これらはもはや正しく機能しない遺伝子の非機能的な残骸なんだ。
面白いことに、"非典型的"なwtf遺伝子と呼ばれる一部のwtf遺伝子は、繁殖中に期待される機能を果たさないんだ。
wtf遺伝子の進化
科学者たちは、wtf遺伝子が時間とともに大きな変化を遂げることを観察しているんだ。これらの変化は、遺伝子の転換、拡張、遺伝子数の変動によるものであることがあるんだ。多くの自然分離株のS. pombeが存在するため、研究者たちはこれらのwtf遺伝子がどのように進化し、さまざまな環境条件で長期間生存する方法を理解しようとしているんだ。
遺伝子転換イベント
面白い発見の一つは、いくつかのwtf遺伝子が非活性になった後に機能を取り戻すことができることなんだ。これは遺伝子転換というプロセスを通じて起こって、遺伝的部分が情報を交換するんだ。これが、非活性な遺伝子が再び活性になるのを助けて、集団内にwtf遺伝子の存在を維持するんだ。
5S rDNA遺伝子の重要性
wtf遺伝子の位置の変化は、LTR(ロングターミナルリピート)と呼ばれる配列の影響を受けていると考えられているんだ。これらのLTRは、ゲノム内で移動できる遺伝的要素の一種であるレトロトランスポゾンから来ているんだ。もしwtf遺伝子がこれらの活性要素に飛び乗ることができれば、新しい場所に広がり、その長寿を確保する可能性があるんだ。
さまざまな分離株におけるwtf遺伝子の解析
もっと学ぶために、科学者たちは複数のS. pombe分離株からwtf遺伝子を配列解析し、異なる系統間の多様性を比較できるようにしたんだ。このプロセスを通じて、さまざまな遺伝的系統がどのように相互作用し、異なるwtf遺伝子が異なる条件にどのように適応しているかについて貴重な情報を集めたんだ。
系統によるwtf遺伝子の組成
研究者たちは、遺伝的構成が系統によって大きく異なることを発見したんだ。例えば、ある系統では機能的なwtf遺伝子が少なく、非活性なものが多かったんだ。これは、人口ボトルネックのような歴史的な出来事が、各系統に存在するwtf遺伝子の数と種類に影響を与えたことを示唆しているんだ。
wtf遺伝子の最近の変化を特定
先進的な方法を使って、科学者たちはwtf遺伝子に影響を与える最近の進化的イベントをたくさん記録したんだ。遺伝子の数や機能の変化を探すことで、遺伝子が新しい形や数に進化した11の異なるイベントを特定したんだ。
擬似遺伝子の復活
この研究の魅力的な側面は、一部の擬似遺伝子が遺伝子転換を通じて機能的な遺伝子に復活することなんだ。これは、一度失われたと考えられていた遺伝子が時には復活することがあることを示唆していて、動的で柔軟な遺伝的景観を表しているんだ。
wtf遺伝子の構造
慎重な分析を通じて、研究者たちはwtf遺伝子の構造を詳しく説明したんだ。彼らは遺伝子機能に重要な特定の保存された領域を特定したんだ。特に、これらの遺伝子の広がりと進化に影響を与えたかもしれない直接リピートの重要性を強調したんだ。
wtf遺伝子の前後の配列に関する発見
wtf遺伝子の周りの配列を分析することによって、科学者たちはこれらの遺伝子がどのように振る舞うかについてのパターンを発見したんだ。彼らは、wtf遺伝子の上流にある特定の配列が遺伝的内容を標準化するのを助け、遺伝子が進化しながらも機能を維持しやすくなると提案しているんだ。
終わりの考え
分裂酵母のwtf遺伝子の研究は、遺伝的競争と進化の豊かで複雑な様子を明らかにしているんだ。これらのプロセスを理解することで、遺伝学の魅力的な世界を照らし出すだけでなく、生物が変化する環境にどのように適応し生存するのかについても、科学者たちがもっと学ぶのを助けているんだ。この遺伝子に関する継続的な研究は、自然や遺伝学における彼らの役割についてさらに多くを明らかにすることを約束しているんだ。
タイトル: Evolutionary modes of wtf meiotic driver genes in Schizosaccharomyces pombe
概要: Killer meiotic drivers (KMDs) are a class of selfish genetic elements that defy Mendels law and bias transmission in their favor by destroying meiotic progeny that do not carry them. How KMDs evolve is not well understood. In the fission yeast Schizosaccharomyces pombe, the largest gene family, known as the wtf genes, is a KMD family that causes intraspecific hybrid sterility. Here, we investigate how wtf genes evolve using long-read-based genome assemblies of 31 distinct S. pombe natural isolates, which encompass the known genetic diversity of S. pombe. Our analysis, involving nearly 1,000 wtf genes in these isolates, yields a comprehensive portrayal of the intraspecific diversity of wtf genes. Leveraging single-nucleotide polymorphisms in adjacent unique sequences, we pinpoint wtf-gene-containing loci that have recently undergone gene conversion events and infer their pre-gene-conversion state. These events include the revival of wtf pseudogenes, lending support to the notion that gene conversion plays a role in preserving this gene family from extinction. Moreover, our investigation reveals that solo long terminal repeats (LTRs) of retrotransposons, frequently found near wtf genes, can act as recombination arms, influencing the upstream regulatory sequences of wtf genes. Additionally, our exploration of the outer boundaries of wtf genes uncovers a previously unrecognized type of directly oriented repeats flanking wtf genes. These repeats may have facilitated the early expansion of the wtf gene family in S. pombe. Our findings enhance the understanding of the mechanisms influencing the evolution of this KMD gene family.
著者: Li-Lin Du, Y.-H. Xu, F. Suo, X.-R. Zhang, Y. Hua, G.-S. Jia, J.-X. Zheng
最終更新: 2024-06-02 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.30.596636
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.30.596636.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。