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人間の多能性幹細胞の遺伝子変化

研究によると、培養中の幹細胞で重要な遺伝的変化が見られるんだって。

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目次

ヒト多能性幹細胞(HPSCS)は、医療にとってめっちゃ重要で、特に損傷した細胞の置き換えが必要な治療に使われるんだ。今、hPSCsを使って安全性や効果をテストする臨床試験がたくさん行われてるよ。でも、hPSCsをラボで長時間育てると、心配な遺伝子変化が出てくることがあるんだ。

hPSCsの遺伝子変化

普通の状態では、hPSCsは特定の数の染色体を持ってて、これを二倍体核型って呼ぶんだ。でも、これらの細胞がラボで増殖すると、染色体の一部が増えたり減ったりすることがある。こういった変化はがん細胞に見られるものと似てて、治療に使った後にhPSCsが患者の中でがんみたいに振る舞う可能性があるのか疑問が出てくる。

最近の研究では、hPSCsががんに関連する遺伝子に変異を持っていることが示されてる。hPSCsで最も頻繁に変異が見つかる遺伝子はTP53なんだ。この研究は、hPSCsに遺伝子変異が存在することを明らかにしたけど、いつこれらの変異が出現したのか、他の細胞の変化とどんな関係があるのかは明らかになってないんだ。

研究の目的

この研究の目的は、さまざまなhESCラインの複数のパッセージを調べて、この知識のギャップを埋めることなんだ。この研究では、長い時間の間にこれらの幹細胞で起こる遺伝子変化を見てるよ。高度なシーケンシング手法を使って、単一ヌクレオチド変異(SNVs)や染色体数の変化を分析してるんだ。

結果の概要

この研究では、さまざまなパッセージにわたって10種類のhESCラインを調べたよ。いくつかの重要な発見は次の通り。

  1. 染色体の変化:

    • ほとんどのラインで、拡張中に遺伝子変化が見られた。たとえば、全部のパッセージで正常な遺伝子構成を保ってたのは1つのラインだけだった。
    • 大部分の遺伝子変化は特定の染色体、特に20qと1qのセグメントの増加を伴ってた。これらの染色体は細胞の成長をサポートすると知られていて、ラボで細胞に有利になるかもしれないんだ。
  2. 変化の頻度:

    • 細胞が長く培養されるにつれて、遺伝子変化の数が増えた。このことは、培養時間が長くなるほど変異が増えることを示唆してるけど、細胞が時間と共に変異するわけじゃない。
  3. 変異のタイプ:

    • 研究者たちは、害のあるものと無害なものを含むさまざまなタイプの変異を特定した。多くの変異ががん関連遺伝子に関連してることが観察された。
    • 分析によると、hESCsが長期間培養されると、新たに変異が現れることがわかったんだ。これらは大きな染色体変化と一緒に起こることが多い。

詳細な発見

染色体の異常

10の細胞ライン全体で、いくつかの染色体異常が見つかったよ:

  • 一般的な増加: 多くのラインで、20qと1qの領域が増加してた。これらの領域は幹細胞に成長の利点を与えることで知られてるんだ。
  • ユニークな変化: 一部のラインにはhPSCsでは一般的でないユニークな染色体変化があった。これが、これらのラインが時間と共に異なる進化をしてるかもしれないことを示唆してる。

ポイント変異

培養期間中にがん関連遺伝子で122のポイント変異が特定されたよ:

  • 研究では、これらの変異をその影響によって分類した。ほとんどの変異はミスセンス変異で、これがタンパク質の機能を変える可能性があるんだ。
  • 特定された変異の約半分は害がありそうだ。興味深いことに、これらの多くの変異は以前の研究においてがんに関連づけられてる。

CNVとSNVの関係

染色体変化(CNV)と単一ヌクレオチド変異(SNV)の統合によって、いくつかの興味深い関連が明らかになったよ:

  • 多くの新たな変異は、重要な染色体変化が起こった後に現れた。これは、変異が細胞の成長に寄与してるのか、それとも単に染色体変化と一緒に移動してるだけなのか疑問を呼ぶね。

再生医療への影響

この研究の発見は、再生医療におけるhPSCsの使用に関していくつかの重要な考慮点を明らかにしてる:

  1. 安全性の懸念: がん関連遺伝子に変異があることは、これらの細胞を人間で使う際の安全性に懸念をもたらす。治療に使う前に、幹細胞が遺伝子的に安定してることを確認するのが重要だね。

  2. 遺伝的健康のモニタリング: hPSCsの培養中にその遺伝的健康を定期的にチェックすることで、遺伝的異常に伴うリスクを最小限に抑えられるかもしれない。

  3. 機能的研究の必要性: 特定された変異が細胞に与える機能的影響を理解するために、さらに研究が必要だ。どの変異が害をもたらす可能性があるのかを特定するのが重要なんだ。

結論

この研究は、hESCsの遺伝子変化のダイナミックな性質を時間と共に強調してる。これらの幹細胞は再生治療に対して大きな可能性を秘めてるけど、ラボで成長する過程で変異が頻繁に現れることは、臨床使用の安全性を確保するために注意深いモニタリングとさらなる研究が必要だってことを示してるんだ。染色体変化とポイント変異の関係を理解することが、将来的にhPSCsの遺伝的完全性を維持するための戦略を開発するのに役立つよ。

オリジナルソース

タイトル: De novo cancer mutations frequently associate with recurrent chromosomal abnormalities during long-term human pluripotent stem cell culture

概要: Human pluripotent stem cells (hPSC) are pivotal in regenerative medicine, yet their in vitro expansion often leads to genetic abnormalities, raising concerns about their safety in clinical applications. This study analyzed ten human embryonic stem cell lines across multiple passages to elucidate the dynamics of chromosomal abnormalities and single nucleotide variants (SNVs) in 380 cancer-related genes. Prolonged in vitro culture resulted in 80% of the lines acquiring gains of chromosomes 20q or 1q, both known for conferring in vitro growth advantage. 70% of lines also acquired other copy number variants (CNVs) outside the recurrent set. Additionally, we detected 122 SNVs in 88 genes, with all lines acquiring at least one de novo SNV during culture. Our findings show higher loads of both CNVs and SNVs at later passages which are due to the cumulative acquisition of mutations over a longer time in culture and not to an increased rate of mutagenesis over time. Importantly, we observed that SNVs and rare CNVs follow the acquisition of chromosomal gains in 1q and 20q, while most of the low-passage and genetically balanced samples were devoid cancer-associated mutations. This suggests that the recurrent chromosomal abnormalities are the potential drivers for the acquisition of other mutations.

著者: Claudia Spits, D. Al Delbany, M. S. Ghosh, N. Krivec, A. E. Huyghebaert, M. Regin, C. M. Duong, Y. Lei, K. D. Sermon, C. Olsen

最終更新: 2024-07-03 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.01.601640

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.01.601640.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。

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