削除されたCOVID-19遺伝子データについての議論
COVID-19の起源に関する重要な遺伝子データの削除に関する主張を厳しく調べる。
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2021年6月、ある科学者がCOVID-19を引き起こすウイルスに関する重要な遺伝子データの削除についての発見を共有した。このデータはもともと中国の武漢で研究者たちによって収集され、後に公のデータベースから削除されるように求められた。科学者は、この回収されたデータがCOVID-19パンデミックの初期の段階や起源を理解する手がかりになる可能性があると主張した。その結果はすぐにメディアで注目を集め、中国の公式にも議論された。
武漢からのオリジナルの研究は、ウイルスの遺伝コードの一部を分析する技術を利用した診断テストに焦点を当てていた。研究のプレプリント版が最初に共有された後、遺伝子データは公のデータベースに提出されたが、数ヶ月後に削除された。プレプリントや最終的に発表された論文には、生のデータが公に利用可能であるとは示されていなかった。
意図的削除の主張
科学者は、このデータの削除が秘密裏に行われ、ウイルスがどうやって広がり始めたのかの調査を妨げることを目的としていたと主張した。彼は強い言葉を使い、削除が重要な情報を隠すためのものであると示唆した。彼の見解では、中国の研究者たちは2019年12月中旬以前のCOVID-19症例に関連するデータを撤回するよう政府の命令から圧力を受けていた。
生の配列データは確かに削除されたが、武漢の研究者たちによって発表された正式な論文には、発見に関する包括的な情報が含まれていた。生のデータが削除されたにもかかわらず、サンプルで特定された変異は公開された資料に残っていた。これは、科学者によって回収された情報が科学的記録から完全に欠如しているわけではないことを意味する。
サンプル収集日付の発見
科学者は、削除される前にデータを参照している別の研究論文を通じて武漢の配列を最初に発見した。2021年にはデータを見つけられなかったが、クラウドストレージにバックアップされていて、後でアクセスできた。
削除されたデータに関する主張に対し、オリジナルの著者たちは、彼らのサンプルは早くても2020年1月末に採取されたと述べた。彼らは、このタイミングがウイルスの真の起源に関して重要ではないと主張した。一人の共同著者は、データの削除は単に研究がジャーナルでどのように提示されたかに関連する見落としによるものであると説明した。彼らの論文が受理された後、データの可用性に関する必要な情報が編集中に失われ、彼らは公のデータベースからの削除を求めることになった。
科学者の手法の分析
科学者はウイルスの進化史を分析し、最も最近の共通祖先がコウモリに見られる最も近い関連ウイルスに似ていると示唆した。彼はウイルスのいくつかの潜在的な起源を考慮したが、提案した起源が収集された最初のサンプルと一致しないため、困難に直面した。
これを説明するために、彼は早期の収集日付が不正確である可能性を示唆し、彼が回収した配列は報告されたよりも早く収集された可能性があると主張した。一方、武漢の科学者たちは、彼らの収集日が2020年1月30日であり、パブリックデータベースのメタデータによって正確であると確認されたと主張した。
収集日付を支持する証拠
1月30日の日付は公のデータベースにあるメタデータの一部であり、オリジナルの著者が主張した日付と一致していることが示された。この情報は、科学者たちが収集日付を捏造した疑いを持つ理由がないことを確認した。さらに、データの可用性が出来事のタイムラインと一致していることを強調した。
1月30日の収集日付は重要で、当時収集された部分的な配列がウイルスの進化に関する考えを大きく変えることはないだろう。早期サンプルからの完全ゲノム配列が多数利用可能であり、研究者たちが1月末より前にウイルスの遺伝構造を分析できたことを示している。
出来事のタイムライン
タイムラインは、研究者たちが初期の発見を発表し、データを共有する前に、中国政府からの圧力があったとの主張に反する形で展開された。出来事は、科学者が示唆していた検閲の物語を支持していない。
さらに、科学者が「回収された」と分類した配列は、1月末の収集日付と一致していた。同じ時期に収集された他の配列と比較すると、それらがよく一致し、ウイルスの既知の遺伝的変異の中に収まることが明らかになった。
誤解の解消
科学者は当初、特定の遺伝子配列が武漢で公式のアウトブレイク前に広範囲に不報告なウイルスが循環していることを示していると主張した。しかし、詳細に調査すると、彼が言及したサンプルは家族クラスターに属しており、より広範囲に未検出のウイルスが広がっているという考えを支持する証拠はなかった。
これらの詳細は重要で、初期の配列が武漢での大規模なアウトブレイクに結びつけられるという仮定は、最初に考えられていたほど堅固ではないことを示していた。すべての患者は家族関係で結ばれており、彼らが別々のウイルス感染を代表しているという考えを弱めている。
誤解を招く結論
科学者は、彼が回収したデータが武漢でのパンデミックの始まりをより正確に示していると主張した。しかし、彼の主張は誇張されていることが示された。彼が注目した遺伝的変異の大部分は、知られている進化パターンに基づいてSARS-CoV-2ウイルスの中で既に一般的で期待されるものであった。
回収された配列がCOVID-19の起源に関する重要な手がかりを提供できるという考えもさらに挑戦された。これらの配列は部分的であり、また、武漢で収集された早期のサンプルで既に特定されている変異を含んでいた。したがって、ウイルスの起源に関する新しいまたは重要な証拠を提供するものではなかった。
ウイルスの起源を求める継続的な探求
SARS-CoV-2が最初に出現した方法に関する論争の多い質問は未解決のままだ。科学者たちはさまざまな起源を探求し続けており、ウイルスが単一の出来事ではなく、複数の感染を通じて動物から来た可能性がある。既存の証拠は、COVID-19の拡散につながる複雑な感染イベントの網を示唆している。
最終的に、SARS-CoV-2の配列が当局によって意図的に改ざんされたという考えは、科学的解釈におけるバイアスについての懸念を引き起こす。研究者たちは、先入観のないデータの解読や結論形成において注意を怠らず、批判的である必要がある。
この事件は、正確なデータ処理、透明性、そして科学者たちの間のオープンなコミュニケーションの重要性を思い出させる。パンデミックに関する知識の追求において、政治的な文脈や衝撃的な主張に基づく先入観ではなく、慎重な分析と協力に焦点を当てることが重要である。
このケースは、データの慎重な検討が必要であり、感染症の起源や拡散に関する誤解を招く結論に飛びつかないことの重要性を強調している。未来の研究と科学者たちの間のオープンな対話が、COVID-19の起源を解明しつつ科学的業務の整合性を維持するために重要となるだろう。
タイトル: A critical reexamination of recovered SARS-CoV-2 sequencing data
概要: SARS-CoV-2 genomes collected at the onset of the Covid-19 pandemic are valuable because they could help understand how the virus entered the human population. In 2021, Jesse Bloom reported on the recovery of a dataset of raw sequencing reads that had been removed from the NCBI SRA database at the request of the data generators, a scientific team at Wuhan University (Wang et al., 2020b). Bloom concluded that the data deletion had obfuscated the origin of SARS-CoV-2 and suggested that deletion may have been requested to comply with a government order; further, he questioned reported sample collection dates on and after January 30, 2020. Here, we show that sample collection dates were published in 2020 by Wang et al. together with the sequencing reads, and match the dates given by the authors in 2021. Collection dates of January 30, 2020 were manually removed by Bloom during his analysis of the data. We examine mutations in these sequences and confirm that they are entirely consistent with the previously known genetic diversity of SARS-CoV-2 of late January 2020. Finally, we explain how an apparent phylogenetic rooting paradox described by Bloom was resolved by subsequent analysis. Our reanalysis demonstrates that there was no basis to question the sample collection dates published by Wang et al.. Note for bioRxiv readersThe automatically generated Full Text version of our manuscript is missing footnotes; they are available in the PDF version.
著者: Florence Debarre, Z. Hensel
最終更新: 2024-08-22 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.15.580500
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.15.580500.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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