微生物は過酷な環境で生き生きとしてるよ
研究で、微生物がイエローストーンのような過酷な環境でどう適応するかが明らかになった。
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目次
極端な環境では、原核生物と呼ばれる小さな生き物が見つかることがあるんだ。こういう場所は、高いまたは低い酸性、猛烈な熱、強烈な日光、高い塩分濃度といった、すごく unusual な条件を持ってる。これらの条件は、地球がずっと昔、どんなだったかに似ていて、他の惑星にも存在するかもしれないよ。
厳しい環境で生き残ることができる微生物真核生物の少数の種類の中でも、赤藻類、特に Cyanidiophyceae として知られるグループがいる。中でも Galdieria や Cyanidioschyzon といったよく知られている種類がいて、これらは熱湯や極端な光、熱、酸性の鉱山にしばしば見られる。これらの藻類は、大多数の生き物が生きられない場所で繁栄できる特別な適応を進化させてきたんだ。
こうした藻類がその環境に適応する方法の一つは、水平遺伝子移動と呼ばれるプロセスを通じて。これは、他の生物から遺伝子を取り入れて、金属や毒素、厳しい条件に耐えられるようにするってこと。
研究エリア
これらの藻類や他の微生物が自分の環境でどう相互作用しているのかをもっと知るために、研究者たちは イエローストーン国立公園 (YNP) の Lemonade Creek の周辺を調査したんだ。彼らは、クリークの豊かな緑のバイオフィルム、岩の中に隠れている小さな生き物、クリークの近くの酸性の土壌の三つの異なる生息地に焦点を当てた。目的は Cyanidiophyceae と原核生物がこれらのコミュニティでどんな役割を果たし、日光の変化にどう反応するかを見ることだった。
サンプリングと方法
Lemonade Creekからは、三つの生息地から異なる時間帯にサンプルを集めた。各環境は、何がいるのか正確に把握するために、何度もサンプリングされた。研究者たちは、サンプルに含まれる遺伝物質を分析するために先進的な技術を使って、異なる生物間の相互作用がどんなふうに起こっているかを調べた。
データ収集
遺伝物質を分析するために、研究者たちはサンプルを処理して、どの生物がいたのか、各タイプがどれくらい存在しているのかを調べた。彼らは、各環境の生命の多様性を理解するために遺伝データのアセンブリを作った。また、遺伝子の発現を調べることで、異なる時間帯にどの生物が活動的だったかを知る手助けをした。
Lemonade Creekの発見
全体の構成
調査した生息地では、Cyanidiophyceae が最も優勢な生物だった。一つの種類である Cyanidioschyzon merolae は、クリークのバイオフィルムに見つかった遺伝物質の半分以上を占めていた。もう一つの Galdieria yellowstonensis も存在していたけど、数は少なかった。この二種類の藻類が、これらの環境で日光からエネルギーを生産する主要な生物だったんだ。
原核生物との相互作用
藻類の他にも、バクテリアや他の微生物がいた。藻類が主な生産者だったけど、バクテリアもコミュニティに貢献してた。サンプルは、様々な生物が相互作用の複雑な網の中で共存していて、昼間に活発な生物と夜に活発な生物がいることを示していた。
季節による活動の変化
この研究は、藻類が変化する光の影響を受けた日々のリズムに従っていることも明らかにした。Cyanidioschyzon merolae の活動は日中、日光が一番強いときにピークを迎え、Galdieria yellowstonensis は夜により活動的だった。これは、異なる種が環境の条件に基づいて振る舞いや役割を適応できることを示唆している。
有害物質の解毒
藻類とバクテリアは、有害な物質、例えばヒ素や水銀を解毒する上で重要な役割を果たしている。例えば、ヒ素の解毒に関連する特定の遺伝子は主にバクテリアで活発だったが、両方の藻類が水銀の解毒にも寄与していた。この共有の責任から、異なる生命体が厳しい環境で生き残るためにどのように協力しているかが強調されているんだ。
代謝の変化
研究者たちはまた、これらの生息地にいる生物が生成する化学物質も調べた。彼らは、様々な代謝物の濃度が一日を通して変化することを発見し、住人の代謝活動を反映していることを示した。例えば、特定の物質は、光合成が最も活発な正午にピークを迎えたんだ。
遺伝子発現パターン
遺伝子発現の分析から、Cyanidioschyzon merolae は日中に活動的な遺伝子の数が多いことが分かった。これは、日光があるときに光合成を活発に行っていたことを示している。一方で、Galdieria yellowstonensis は夜により高い遺伝子活動を示していて、日光がない時には有機物に頼っている可能性がある。
コミュニティのダイナミクス
これらのコミュニティのダイナミクスは複雑だった。多くの種がいることで、環境の変化に対して異なる反応を示し、全体的なコミュニティの健康に影響を与える可能性がある。観察された相互作用は、生物が孤立して存在するだけでなく、お互いに影響し合い、依存し合うより大きな生態系の一部であることを示している。
結論
Lemonade Creekでの研究は、極端な環境に住む微生物間の複雑な関係を強調している。Cyanidiophyceae、特に Cyanidioschyzon merolae は、主な生産者として重要な役割を果たし、バクテリアも解毒プロセスやコミュニティの安定性に寄与している。これらの発見は、極限条件でどのように生命が繁栄できるのか、異なる生物が協力し合い、専門的な役割を持つことで生き残る様子を理解する手助けとなる。
全体的に、この研究は地球で最も過酷な生息地の一つで生命を支える基本的な相互作用への洞察を提供していて、これらの微生物の弾力性と適応力を示しているんだ。
タイトル: Community-wide interactions sustain life in geothermal spring habitats
概要: We investigated an alga-dominated geothermal spring community in Yellowstone National Park, USA. Our goal was to determine how cells cope with abiotic stressors during diurnal sampling that spanned over two orders of magnitude in solar irradiance. We report a community level response to toxic metal resistance and energy cycling that spans the three domains of life. Arsenic detoxification is accomplished via complementary gene expression by different lineages. Photosynthesis is dominated by Cyanidioschyzon, with the mixotroph, Galdieria, relegated to nighttime heterotrophy. Many key functions, including the cell cycle, are strongly regulated by diurnal light fluctuations. These results demonstrate that biotic interactions are highly structured in extreme habitats. We suggest this was also the case on the early Earth when geothermal springs were cradles of microbial life, prior to the origin of eukaryotes.
著者: Timothy G Stephens, J. Van Etten, T. McDermott, W. Christian, M. Chaverra, J. Gurney, Y. Lee, H. Kim, C. H. Cho, E. Chovancek, P. Westhoff, A. Otte, T. R. Northen, B. P. Bowen, K. B. Louie, K. Barry, I. V. Grigoriev, T. Mock, S.-L. Liu, S.-y. Miyagishima, M. Yoshinaga, A. Weber, H. S. Yoon, D. Bhattacharya
最終更新: 2024-09-07 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.03.611078
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.03.611078.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。
参照リンク
- https://github.com/swsoyee/r3dmol
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1135266
- https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.12710562
- https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.12709950
- https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/status.jsp?task=8449ead7d6b94e208ceccee688909d83
- https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/status.jsp?task=013e5b18bc804c9ab5a0f494e297ca73
- https://massive.ucsd.edu/ProteoSAFe/dataset.jsp?task=7b95c3e1865444ebbc60d1316517d7f0