パーキンソン病の遺伝的洞察と多様な人々の関係
研究は、さまざまなバックグラウンドでのパーキンソン病の遺伝的リスクを調査してるよ。
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目次
パーキンソン病(PD)は、動きに影響を与える状態で、震えや硬直、バランスの取りづらさが生じることがある。研究者たちは、遺伝がPDの発症に関与していると考えている。研究によると、ヨーロッパの人々では、この病気を発症するリスクの約22%が遺伝で説明できるらしい。この発見は、特定の遺伝子がPDのリスクを高めることを特定する助けとなる全ゲノム関連研究(GWAS)から得られた。
最近数年、科学者たちは異なるバックグラウンドを持つ人々をPD研究に含める努力をしてきた。これにより、病気が異なるグループでどのように異なるかをよりよく理解できる。大規模な研究では、ヨーロッパ、東アジア、ラテン、アフリカの人々を含むさまざまな系統の遺伝データが調査された。研究者たちは、PDリスクに関連する78の遺伝子領域を特定し、その中には以前の研究では特定されなかったものもあった。
ポリジェニックリスクスコアとは?
ポリジェニックリスクスコア(PRS)は、特定の状態を発症するリスクを推定するための数字だ。今回は、複数の遺伝的要因を考慮してPDを発症する可能性を評価している。ただ、ヨーロッパの人々だけを対象にPRSを使うと、PDの予測精度はあまり高くなく、感度が約57%、特異度が63%となっている。つまり、病気を発症する人を特定するのにはあまり成功していないということだ。
科学者たちは、年齢や家族歴、嗅覚機能(匂いを嗅ぐ能力)など他の要因を含めることでPRSの精度が向上することを発見した。これにより、遺伝と個人の歴史を組み合わせることで、より良い予測ができるかもしれない。
こうした進展にもかかわらず、PDに関するPRSの研究は主にヨーロッパのグループに集中している。このため、異なるバックグラウンドを持つ人々に対してこれらのスコアを使用することの公平性や効果について疑問が raised されている。ヨーロッパ由来のPRSが、非ヨーロッパのグループにおけるアルツハイマー病、乳がん、静脈血栓塞栓症などの病気と関連する可能性があるという証拠もある。これにより、すべての人にとってより信頼性のあるPRSを改善する道が開かれる。
研究の概要
私たちの研究は、異なる集団間でPDの遺伝的リスクがどのように異なるかを調査することでギャップを埋めることを目指している。具体的には、異なる集団を対象にPRSを調べるための2つの方法を使用している。まず、東アジア、ラテン、アフリカなど7つの系統グループ間で標準的なPRSモデルを比較する。次に、各グループの遺伝的背景を考慮したより良いPRSモデルを作成する。
これを通じて、異なる系統におけるPDに対する遺伝的要因の寄与をより明確に理解し、より正確なリスク予測モデルを提供し、医療研究や治療において公平性を促進できることを期待している。
研究参加者
私たちの研究では、41000人以上の参加者から情報を収集したグローバル・パーキンソン・ジェネティクス・プログラムの遺伝データを使用した。これにはPDと診断された個人、病気のない人、および他の神経疾患を持つ一部の人が含まれている。データのクリーンアップを行い、近親者や非PDのケースを除外した後、約29000人に焦点を当てた。
参加者はアフリカ、ラテン、東アジアなどのさまざまなバックグラウンドを持っていた。この多様なデータセットにより、これらのグループ間で遺伝的リスクがどのように異なるかを調べることができる。
ジェノタイピングと品質管理
遺伝学を研究するために、まずジェノタイプデータを生成した。これにより、私たちの研究対象者の遺伝的構成が明らかになる。特定の遺伝的変異を多数捕らえる特殊なアレイを使用した。慎重な品質管理プロセスにより、信頼できるデータのみが含まれるようにした。精度が低いサンプルや他の問題のあるものは除外し、各参加者の高品質な遺伝情報を保障した。
系統予測とデータ処理
私たちは、世界中のさまざまな集団からの遺伝データを含む参照パネルを使用して、参加者の系統を予測した。このパネルは系統を評価するための強固な基盤を提供し、予測の精度を高めた。系統を推定した後、解析にバイアスを加えないように関連する個人を除外した。
ポリジェニックリスクスコアの計算
私たちは、PDに関連する遺伝的変異を特定した以前の研究に基づいて、各系統グループのPRSを計算した。従来のPRSモデルと新しい多系統ベストフィットモデルの2つのアプローチを比較した。
従来のモデルはPDに関連する90の特定の遺伝的変異を見て、異なる集団における影響に基づいて重みをつける。このモデルは精度を高めるために年齢、性別、その他の要因に調整されている。
一方で、多系統ベストフィットモデルは、より柔軟なアプローチを用いている。異なるグループでの統計的有意性のレベルに基づいて、最も有用な遺伝的変異を選択する。これにより、各系統集団のリスクをより適切に評価できる。
結果:PRSモデルのパフォーマンス
私たちの分析では、異なる系統グループ間でPRSモデルのパフォーマンスに顕著な違いがあることがわかった。たとえば、従来のPRSはヨーロッパ系の人々に対してかなり良く機能し、PDリスクと強い関連性を示した。一方で、他の系統のためのPRSの効果は様々だった。
アシュケナジ系ユダヤ人グループは、特定の高リスク遺伝子変異のために特に顕著なリスクを示した。一方で、東アジアの集団には効果的な遺伝子予測因子が少なかった。これは、系統によって遺伝的リスク因子が異なることを示している。
多系統ベストフィットモデルは、一般的に精度を改善し、特にヨーロッパとアシュケナジ系ユダヤ人の参加者において効果的だった。しかし、アフリカ混合やラテン/混合グループなど、遺伝的に混合した集団に対してはあまり良く機能しなかった。
今後の研究への影響
私たちの研究の結果は、遺伝研究において系統を考慮する重要性を強調している。ヨーロッパ系に関連するPDのリスクは他のグループにも当てはまる場合があるが、遺伝的構成の違いは、個別のアプローチの必要性を示している。
現在のPRSモデルは、主に遺伝的構造や利用可能なデータポイントの数の違いから、多様な集団において同じように機能していない。リスク予測を改善するために、今後の研究は多様な集団からのより広範なデータ収集と、地域の系統の側面を考慮した方法論の開発に重点を置くべきだ。
結論
要するに、私たちの研究はパーキンソン病における遺伝的要因の複雑さと、研究に多様な集団を含めることの重要性を強調している。遺伝的リスクの理解において進展があったものの、すべての人にとって予測モデルが正確で役立つものであることを保証するためにはまだやるべきことがたくさんある。これらのモデルを洗練し、さまざまな系統からの洞察を取り入れることで、PDリスクの予測と管理におけるより公正なアプローチに向けて進むことができ、すべてのバックグラウンドの人々に利益をもたらすことができる。
タイトル: Insights into Ancestral Diversity in Parkinsons Disease Risk: A Comparative Assessment of Polygenic Risk Scores
概要: ObjectivesTo evaluate and compare different polygenic risk score (PRS) models in predicting Parkinsons disease (PD) across diverse ancestries, focusing on identifying the most suitable approach for each population and potentially contributing to equitable advancements in precision medicine. MethodsWe constructed a total of 105 PRS across individual level data from seven diverse ancestries. First, a cross-ancestry conventional PRS comparison was implemented by utilizing the 90 known European risk loci with weighted effects from four independent summary statistics including European, East Asian, Latino/Admixed American, and African/Admixed. These models were adjusted by sex, age, and principal components (28 PRS) and by sex, age, and percentage of admixture (28 PRS) for comparison. Secondly, a novel and refined multi-ancestry best-fit PRS approach was then applied across the seven ancestries by leveraging multi-ancestry meta-analyzed summary statistics and using a p-value thresholding approach (49 PRS) to enhance prediction applicability in a global setting. ResultsEuropean-based PRS models predicted disease status across all ancestries to differing degrees of accuracy. Ashkenazi Jewish had the highest Odds Ratio (OR): 1.96 (95% CI: 1.69-2.25, p < 0.0001) with an AUC (Area Under the Curve) of 68%. Conversely, the East Asian population, despite having fewer predictive variants (84 out of 90), had an OR of 1.37 (95% CI: 1.32-1.42) and an AUC of 62%, illustrating the cross-ancestry transferability of this model. Lower OR alongside broader confidence intervals were observed in other populations, including Africans (OR =1.38, 95% CI: 1.12-1.63, p=0.001). Adjustment by percentage of admixture did not outperform principal components. Multi-ancestry best-fit PRS models improved risk prediction in European, Ashkenazi Jewish, and African ancestries, yet didnt surpass conventional PRS in admixed populations such as Latino/American admixed and African admixed populations. InterpretationThe present study represents a novel and comprehensive assessment of PRS performance across seven ancestries in PD, highlighting the inadequacy of a one size fits all approach in genetic risk prediction. We demonstrated that European based PD PRS models are partially transferable to other ancestries and could be improved by a novel best-fit multi-ancestry PRS, especially in non-admixed populations.
著者: Sara Bandres Ciga, P. Saffie Awad, M. B. Makarious, I. Elsayed, A. Sanyaolu, P. Wild Crea, A. F. Schumacher Schuh, K. S. Levine, D. Vitale, M. J. Korestky, J. Kim, T. Peixoto Leal, M. T. Perinan, S. Dey, A. J. Noyce, A. Reyes-Palomares, N. Rodriguez-Losada, J. N. Foo, W. Mohamed, K. Heilbron, L. Norcliffe-Kaufmann, the 23andMe Research Team, M. Rizig, N. Okubadejo, M. Nalls, C. Blauwendraat, A. Singleton, H. Leonard, I. F. Mata, Global Parkinsons Genetics Program (GP2)
最終更新: 2024-05-09 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.11.28.23299090
ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.11.28.23299090.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた medrxiv に感謝します。
参照リンク
- https://gp2.org/22
- https://doi.org/10.5281/zenodo.10472143
- https://gp2.org/
- https://pypi.org/project/the-real-genotools/
- https://www.internationalgenome.org/data-portal/data-collection/phase-1
- https://doi.org/10.5281/zenodo.10719034
- https://dalexander.github.io/admixture/binaries/admixture_linux-1.3.0.tar.gz
- https://topmed.nhlbi.nih.gov/
- https://imputation.biodatacatalyst.nhlbi.nih.gov
- https://pdgenetics.org/resources
- https://www.versiticlinicaltrials.org/salusirb
- https://research.23andme.com/collaborate/#dataset-access/
- https://genome.sph.umich.edu/wiki/METAL_Documentation
- https://github.com/DudbridgeLab/avengeme/
- https://github.com/GP2code/multiancestry-PRS_PRSice