生物多様性研究におけるグローバルな不平等への対処
生物多様性のゲノミクスの格差を調べて、平等な研究の必要性を考える。
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目次
科学的知識は、研究が行われる社会的・経済的条件などの多くの要因によって形成されるんだ。例えば、16世紀から18世紀にかけて西ヨーロッパで起こった科学革命の時期、大学や研究に多くの富と資源が流れ込んできたんだ。この経済的な後押しが、自然科学の勉強の基盤をしっかりと築く手助けをした。19世紀には、産業化と資本主義が進み、研究への資金が増えた結果、大学が成長し、自然を学ぶ時間とお金をかけられる新しい教育を受けた人々のクラスができたんだ。
この傾向は今も続いていて、いくつかの主要な英語圏の国々が研究資金を支配していて、学術的な業績の大部分を生み出しているよ。彼らはしばしば引用ネットワークのリーダーでもあって、他の研究者に頻繁に引用されているんだ。
生態学と進化生物学の課題
生態学や進化生物学の分野は、グローバルな科学的不平等の課題に直面している。研究資金や取り組みは主に裕福な地域、特に高緯度の地域に集中している一方で、生物多様性は熱帯地域に集中している。このミスマッチは深刻な影響を及ぼし、研究のバイアスや種やその分布に関する理解の大きなギャップを生んでいるんだ。研究者たちは何十年も前から熱帯生態系にもっと注目するよう呼びかけてきたけど、裕福な地域の研究者が研究のアジェンダを決めることが多いから、いまだに問題は解決していないんだ。この状況は「パラシュートサイエンス」と呼ばれる不満を生んでいる。つまり、裕福な国の研究者が貧しい地域で研究を行うけど、地元の科学者を十分に巻き込まないってこと。
データ収集方法の不一致
高価な機器や資源を必要とする研究分野は、特にこの不平等に影響を受けるんだ。過去数十年で、遺伝子研究が進展する中で、研究の焦点が生物の物理的特性から遺伝情報の分析にシフトしたんだ。この新しい方向性は科学的には有益だけど、裕福な国の研究者だけが必要なツールやトレーニングにアクセスできることが多い。
現在、新しい遺伝子研究の波が来ていて、全ゲノム再配列法と呼ばれる方法が登場している。この方法はより深い洞察を提供する可能性があるけど、高品質な基準ゲノムが必要で、特に裕福でない国の多くの研究室には手が届かないんだ。この状況は保全生物学では特に問題で、絶滅危惧種の管理は理想的には遺伝子データに基づくべきなんだけど、多くの保全の決定はこの重要な情報を取り入れずに行われているんだ。
種の多様性とゲノム資源の調査
重要な問いは、特定の地域における種の多様性、特に緯度に関連して、利用可能な基準ゲノムがどれだけ反映されているかってこと。研究者たちは、経済的不平等や科学資源へのアクセスが、組み立てられたゲノムを持つ種が生物多様性が豊かな熱帯地域ではなく、中緯度地域で見つかりやすい理由だと考えている。
これを調べるために、科学者たちは特定の動物群、例えば鳥類や哺乳類、爬虫類、両生類を見て、組み立てられたゲノムがどこにあるかを評価したんだ。すると、ゲノムが解析された種は相対的に少なく、知られている種のほんの一部を代表していることがわかった。データは、組み立てられたゲノムを持つ種のほとんどが、特に高緯度の特定の地域に集中していることを示していた。
研究の方法論
情報を集めるために、科学者たちはさまざまなデータベースから組み立てられたゲノムを持つ種についてのデータを収集した。彼らは十分な観察記録がある種に焦点を当てるためにデータをフィルタリングした。このデータを世界規模で分析することで、種の多様性の地理的分布と、それが利用可能な基準ゲノムの数とどのように関連しているかを評価できたんだ。彼らは、種の多様性が緯度が上がるにつれて減少する傾向があることに気づいた。つまり、熱帯地域には北や南の地域よりも多くの種がいるってことだ。
保全遺伝学に関する文献レビュー
研究者たちは、主要な科学雑誌に掲載された最近の保全遺伝学の研究に焦点を当てた文献レビューも行った。すると、多くの論文が裕福な地域の著者によって執筆されていて、貧しい国の科学者からの貢献ははるかに少ないことがわかった。このレビューは、異なる地域の研究者による配列方法の焦点に明確な分断があることを浮き彫りにしたんだ。
グローバルサウスの研究者たちは従来のマイクロサテライトなどの技術を使う傾向がある一方、グローバルノースの研究者たちは、より新しい方法の低減表現ゲノム配列法をより一般的に使用している。これは各地域での資源の違いを反映しているんだ。高スループット配列法は、グローバルサウスの科学者にはコストがかかりすぎることが多いからね。
種の表現とグローバルパターン
利用可能な基準ゲノムは、世界的に見られる種の多様性のパターンを正確には反映していないんだ。四肢動物の種の多様性は熱帯地域に集中している一方で、基準ゲノムは中緯度地域、特に北半球の種に偏っている。
この不一致は問題で、歴史的な標本コレクションはグローバルな生物多様性の文書化やカタログの作成に焦点を当ててきたからね。対照的に、現代のゲノムデータベースは異なる目的に使われることが多く、生物多様性研究における包括性よりもデータの公開が優先されることが多いんだ。さらに、これらのコレクションの歴史的背景は、熱帯地域へのアクセスが制限されていた植民地時代にさかのぼることが多い。
協力と平等に向けて
科学者たちが生物多様性ゲノミクスを改善しようとする中で、裕福な国と貧しい国の研究のギャップを埋めることが重要なんだ。最近いくつかの取り組みが進行中で、基準ゲノムにおける種のグローバルな表現を増やす手助けをしている。これらの取り組みは、過小評価されている地域の研究者を含む協力関係を育むことに焦点を当て、彼らの視点やニーズを反映させることを目指しているよ。
地元のコミュニティを巻き込んだり、裕福でない国の研究者を支援する取り組みは続いているけど、まだ課題が残っている。ゲノム資源へのアクセスを増やし、地元コミュニティと強力なパートナーシップを築くことが、より公平な科学的慣行には必要なんだ。つまり、研究者は先住民や地元の科学者と積極的に協力し、プロジェクトが関わるすべての人に利益をもたらすようにしなければならないんだよ。
今後の研究への提言
生物多様性ゲノミクスで特定された課題を踏まえて、国際的な協力を強化し、グローバルサウスからの表現を改善するためのいくつかの提言があるよ:
資源の配分: 裕福な機関の科学者は、資金や努力を、資源が制限された地域の地元の研究者や管理者に役立つ基準ゲノムの生成に向けることを考えるべきだ。
多国籍プロジェクトを支援: 既存の国際的な協力は重要だけど、機関や資金提供者は、生物多様性が豊かだけど研究資源が限られている地域での能力を構築するプロジェクトを優先する必要がある。
ジャーナルの取り組み: 学術雑誌は、ガイドラインを設定する際にアクセスやコストの障壁を考慮するべきだ。配列方法の高い基準は、従来の手法で実施可能な貴重な研究を覆い隠すべきではないんだ。
これらの提言に焦点を当てることで、科学コミュニティは世界中の生物多様性のより公正な表現を目指していくことができるんだ。これは、地球上の生命の理解を深めるために重要であり、地球の豊かな生物多様性を保護するための効果的な保全努力を実施できるようにするためにも必要なんだよ。
タイトル: A latitudinal gradient of reference genomes
概要: Global inequality rooted in legacies of colonialism and uneven development can lead to systematic biases in scientific knowledge. In ecology and evolutionary biology, findings, funding and research effort are disproportionately concentrated at high latitudes while biological diversity is concentrated at low latitudes. This discrepancy may have a particular influence in fields like phylogeography, molecular ecology and conservation genetics, where the rise of genomics has increased the cost and technical expertise required to apply state-of-the-art methods. Here we ask whether a fundamental biogeographic pattern--the latitudinal gradient of species richness in tetrapods--is reflected in available reference genomes, an important data resource for various applications of molecular tools for biodiversity research and conservation. We also ask whether sequencing approaches differ between the Global South and Global North, reviewing the last five years of conservation genetics research in four leading journals. We find that extant reference genomes are scarce relative to species richness at low latitudes, and that reduced-representation and whole-genome sequencing are disproportionately applied to taxa in the Global North. We conclude with recommendations to close this gap and improve international collaborations in biodiversity genomics.
著者: Ethan B Linck, D. Cadena
最終更新: 2024-09-21 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.09.602657
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.09.602657.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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