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カンナビスの遺伝的多様性:現代の研究

研究によって、地域ごとのカンナビスの複雑な遺伝的な様子が明らかになったよ。

Manica Balant, D. Vitales, Z. Wang, Z. Barina, L. Fu, T. Gao, T. Garnatje, A. Gras, M. Q. Hayat, M. Oganesian, J. Pellicer, A. S. Salami, A. P. Seregin, N. Stepanyan-Gandilyan, N. Sultana, S. Tsooj, M. Urgamal, J. Valles, R. van Velzen, L. Pokorny

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カンナビスの遺伝子を解明すカンナビスの遺伝子を解明すた。研究が遺伝的多様性と栽培への影響を特定し
目次

カンナビスは人間が使ってきた最古の植物の一つだよ。何千年も前から存在していて、ロープや布、紙を作ったり、薬や食べ物としても使われてきたんだ。人々は様々な儀式でもカンナビスを使ってたんだよ。長い歴史があるにも関わらず、1900年代初頭に多くの地域で違法になっちゃって、主にその精神への影響が原因だった。でも最近は合法化の動きがあって、カンナビスの研究や栽培が再び増えてきてるんだ。

カンナビスに関する遺伝子マップやデータはたくさんあるんだけど、そのほとんどが現代のヘンプやドラッグ用の植物のもので、多様性や明確な起源が欠けてるんだ。野生の植物や土地の品種を含む研究はまだまだ珍しいから、もっと広い地域からサンプルを集めてカンナビスの遺伝的多様性を理解する必要があるんだ。

カンナビスとそのファミリー

カンナビスはカンナビaceaeという植物のファミリーに属してて、10の属と100以上の種があるんだ。これにはカンナビスとビール産業に欠かせないホップも含まれてる。一般的にカンナビス植物にはオスとメスの形態があるけど、いくつかのタイプは両方持ってるよ。カンナビスの平均染色体数は20で、特定のゲノムサイズがあるんだ。

カンナビスは約2700万年前にチベット高原の北東部で最初に現れたとされている。そこから西にヨーロッパへ、東に中国へ広がったんだ。インドでは人気が出たけど、実際にインド亜大陸に入ったのは約3万年前のことだよ。

カンナビスの家畜化

カンナビスの家畜化については専門家の間で議論があるんだ。中央アジアで一度だけ家畜化されたと考える人もいれば、異なる地域で何度も家畜化されたとも思ってる人もいる。証拠によると、約1万2000年前に東アジアで最初に栽培された可能性が高いんだ。最初は様々な用途のためにカンナビスが育てられたけど、時間が経つにつれて、繊維用のヘンプや薬用植物など、特定の目的のために特定のタイプが開発されていったんだ。人々が旅行したり貿易をする中で、カンナビスはアジアやヨーロッパ、最終的には植民地時代にアメリカ大陸にも広がったよ。

カンナビスの分類

カンナビスの分類は文化的・法的な問題で複雑になっていて、かなり混乱してるんだ。ヨーロッパとアジアのカンナビスのタイプの最初の区別は1240年ごろに行われた。18世紀になるまで、科学的に二つの種、カンナビス・サティバとカンナビス・インディカが識別されなかったんだ。この200年間に、様々なカンナビスの分類方法が出てきて、ある研究者はそれを一つの種で多様な変種があると見なしてるよ。

カンナビスの初の包括的な研究には、世界中から集めた様々な野生種や土地の品種のサンプルが含まれてて、二つの主要な種、カンナビス・サティバとカンナビス・インディカが認識されたんだ。それぞれの種の中にいくつかのタイプが識別されたんだけど、カンナビス・ルデラリスっていう第三の種も提案されたけど、その証拠はまだ弱いままだよ。

ある研究者はカンナビスは一つの単一の種、C.サティバと考えるべきだと言っていて、特定の特徴に基づいて細分化を提案しているよ。でも他の研究者たちは地理的な地域に基づいたカンナビスの中に明確な遺伝的グループを見つけていて、複数の種やタイプがあることを支持する見解が出ているんだ。

最近の研究とアプローチ

最近の研究では、全ゲノムシーケンシングなどの高度な遺伝子技術が使われてカンナビスを調べているけど、カンナビスがどのように進化してきたかをターゲットシーケンシング法を使って焦点を当てた人はいないんだ。それに、歴史的な植物サンプルである標本を使う可能性もまだ探求されていないよ。

Hyb-Seqっていう技術は、ターゲットと低カバレッジのシーケンシングを組み合わせていて、最近の植物サンプルと古いサンプルの両方を研究するのに適してるんだ。この方法は、従来の方法では劣化しすぎて取得できない古い標本からの遺伝データを取得するのに効果的だったよ。

カンナビスの分類学的地位を明確にして、遺伝的構造をよりよく理解するために、研究者たちはカンナビスの母性範囲から徹底的にサンプリングを行ったんだ。これには現代のサンプルと歴史的なサンプルの両方が含まれてたよ。

サンプリングと方法

この研究では、ユーラシアの様々な地域から94のカンナビスのサンプルが集められたんだ。これには生きた植物のサンプルや乾燥標本が含まれてて、関連種の配列も比較のために用意されたんだ。地理的な分布がマッピングされて、サンプリングされたカンナビスの異なるタイプが強調されたよ。

DNAが抽出されて遺伝情報が分析された。研究者たちは現代のゲノムツールを使ってDNAをシーケンシングの準備をしたんだ。新鮮なサンプルと標本の両方から高ボリュームの遺伝データをうまく取得できたよ。

遺伝データの分析

研究者たちは、興味のある遺伝子を特定するために生の遺伝データをフィルタリングして処理した。次に、これらの配列を整列させて、異なるカンナビスのサンプル間の関係を理解するために種の系統樹を構築したんだ。

分析の結果、遺伝データに基づいてカンナビスの三つの主要なグループが明らかになったんだ:東アジア、パレオトロピス、ボレアル。各グループには分析されたサンプルの地理的起源に合った小さなサブグループが含まれてたよ。

カンナビスの地理的構造

この研究はカンナビスにおける異なる地理的グループを強調したんだ。東アジアグループには主に北中国や東モンゴルからのサンプルが含まれてた。ボレアルグループはヨーロッパやアジアの高緯度地域からの植物を含んでた。パレオトロピスグループは南アジアやアフリカの一部を含む低緯度地域の植物を表してたよ。

これらのグループ分けは、カンナビスの品種が異なる地域でどのように発展し広がったかをより明確に示してたんだ。興味深いことに、分析結果はカンナビス植物の遺伝的構成が、薬用や繊維生産などの用途よりも、地理的位置により密接に関連していることを示してたよ。

集団構造と混合

遺伝データのさらなる分析によって、集団間での重要な混合が明らかになったんだ。つまり、異なるカンナビスの品種や地域間での混合があったんだ。ある個体は高い遺伝的混合を示したけど、他の個体は明確な遺伝的特徴を維持してた。

研究では、いくつかのグループには比較的低い遺伝的分化があったけど、他のグループは明確な違いを示してたよ。この結果は、カンナビス内の遺伝的多様性が地理的分布と歴史的な人間の活動に影響されていることを示唆しているんだ。

今後の研究への影響

この研究の結果はカンナビスの遺伝的な景観に貴重な洞察を提供するんだ。多様性を理解し、どのように時間とともに形作られてきたかを知ることは、将来の研究や栽培方法に役立つかもしれないよ。

広範なサンプリングアプローチが効果的だったけど、研究者たちは、歴史的なサンプルと現代の遺伝データを組み合わせたターゲットアプローチがより良い結果をもたらす可能性があると指摘してるんだ。これによってカンナビスの進化や家畜化の理解が深まるかもしれないよ。

結論

全体的に、この研究はカンナビスを単一の種として理解するのがベストで、自然の分布や人間の影響によって多様な遺伝構造が形成されていることを示してるんだ。この発見は、特に歴史的に研究が不足している地域でのカンナビスの遺伝的多様性に関する研究の重要性を強調しているよ。

高度な遺伝技術を使うことで、研究者たちはカンナビスの遺伝の複雑さを明らかにして、その使用や規制に関する政策決定を支援する洞察を提供できるかもしれない。この古代の植物の過去と現在をよりよく理解するために、歴史的なサンプルを現代の研究に統合することは有望な方向性なんだ。

オリジナルソース

タイトル: Integrating target capture with whole genome sequencing of recent and natural history collections to explain the phylogeography of wild-growing and cultivated Cannabis

概要: O_LICannabis has provided important and versatile services to humans for millennia. Domestication and subsequent dispersal have resulted in various landraces and cultivars. Unravelling the phylogeography of this genus poses considerable challenges due to its complex history. C_LIO_LIWe relied on a Hyb-Seq approach (combining target capture with shotgun sequencing), with the universal Angiosperms353 enrichment panel, to explore the genetic structure of wild-growing accessions and cultivars by implementing phylogenomic and population genomic workflows on the same Hyb-Seq data. C_LIO_LIOur findings support the treatment of Cannabis as a monotypic genus (C. sativa L.), structured into three main genetic groups--E Asia, Paleotropis, and Boreal--with clear phylogeographic signal despite significant levels of admixture. The E Asia group was sister to the Paleotropis and the Boreal groups. Individuals within the Paleotropis group could be further structured into three subgroups: Iranian Plateau, C & S China and Himalayas, and Indoafrica. Individuals from the Boreal group split into two subgroups: Eurosiberia and W Mongolia and Caucasus and Mediterranean. Hemp and drug-type landraces and cultivars consistently matched their putative geographic origin. C_LIO_LIThese findings enhance our understanding of the genetic patterns in Cannabis and provide a framework for future research into its current and past genetic diversity. C_LI

著者: Manica Balant, D. Vitales, Z. Wang, Z. Barina, L. Fu, T. Gao, T. Garnatje, A. Gras, M. Q. Hayat, M. Oganesian, J. Pellicer, A. S. Salami, A. P. Seregin, N. Stepanyan-Gandilyan, N. Sultana, S. Tsooj, M. Urgamal, J. Valles, R. van Velzen, L. Pokorny

最終更新: 2024-10-20 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.17.618884

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.17.618884.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。

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