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Avanzamenti nel gene editing con la tecnologia PRECISE

L'editing PRECISE apre nuove possibilità nelle modifiche dell'RNA e nei trattamenti delle malattie.

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Editing RNA in modoEditing RNA in modoinnovativo con PRECISEle malattie genetiche.punta a rivoluzionare i trattamenti perNuovo strumento di editing dell'RNA
Indice

La modifica genetica è un metodo usato per cambiare i geni negli esseri viventi. Questo può aiutare gli scienziati a capire come funzionano i geni e potrebbe anche portare a nuovi trattamenti per le malattie. Una delle ultime novità in questo campo è una tecnica chiamata PRECISE, che permette ai ricercatori di fare vari tipi di modifiche all'RNA, la molecola che svolge un ruolo chiave nella produzione di proteine dai geni.

L'importanza della modifica dell'RNA

L'RNA è una parte fondamentale del processo che trasforma l'informazione genetica in proteine. Diversi tipi di modifica dell'RNA possono cambiare il modo in cui vengono prodotte le proteine. Questa tecnologia può aiutare a correggere errori nei geni che causano malattie. I metodi attuali, come la modifica del DNA, hanno delle limitazioni, incluso il rischio di cambiamenti indesiderati in altre parti del genoma. La modifica dell'RNA, specialmente usando PRECISE, riduce questi rischi.

Limitazioni degli strumenti di modifica genetica esistenti

Gli strumenti tradizionali per la modifica genetica possono essere ingombranti e potrebbero non funzionare bene per ogni cambiamento desiderato. Spesso faticano a correggere molti dei cambiamenti dannosi noti nei geni. Questi strumenti possono anche cambiare accidentalmente parti del genoma che non dovrebbero, il che potrebbe portare a problemi se usati nei trattamenti medici.

Sebbene gli strumenti di modifica dell'RNA siano generalmente più semplici e facili da introdurre nelle cellule, attualmente hanno delle limitazioni, come la capacità di cambiare solo alcune coppie di basi specifiche nell'RNA. La modifica PRECISE supera questi svantaggi e consente una modifica dell'RNA più completa.

Panoramica della tecnologia di modifica PRECISE

PRECISE sta per Programmazione della Modifica e Cleavage dell'RNA per Inserimento, Sostituzione ed Eliminazione. Questo metodo può apportare molti tipi di modifiche all'RNA, incluse le modifiche di una singola base e inserimenti e cancellazioni più ampie. Il processo utilizza proteine speciali e molecole di RNA che lavorano insieme per fare modifiche precise.

Come funziona PRECISE

Il metodo PRECISE consente modifiche flessibili in due modi principali:

  1. 3′ Trans-Splicing: Questo metodo aggiunge nuove sequenze di RNA alla fine dell'RNA esistente.
  2. 5′ Trans-Splicing: Questo metodo sostituisce parti dell'RNA all'inizio.

Entrambi i metodi migliorano la capacità di introdurre cambiamenti senza causare errori indesiderati.

Migliorare l'efficienza della modifica

I ricercatori hanno lavorato per migliorare l'efficienza del metodo PRECISE. Utilizzando una proteina specifica chiamata Cas7-11, possono fare tagli nell'RNA in posizioni precise, aumentando così l'efficienza della modifica dell'RNA. Questo permette agli scienziati di ottenere risultati più riusciti quando fanno modifiche all'RNA.

Inoltre, hanno testato diverse sequenze ed elementi nell'RNA per vedere quali funzionavano meglio per la modifica. Ottimizzando questi elementi, hanno trovato modi per aumentare significativamente il tasso di successo delle modifiche all'RNA.

Applicazioni della modifica PRECISE

Utilizzando la tecnica PRECISE, gli scienziati possono mirare e correggere varie malattie genetiche. Ad esempio, hanno applicato questo metodo a geni associati a condizioni come la malattia di Huntington e l'autismo. Modificando direttamente l'RNA, mirano a correggere gli errori che causano queste malattie.

Flessibilità delle modifiche

Il metodo PRECISE consente modifiche versatili, da piccole modifiche a sezioni più ampie di RNA. Questo significa che i ricercatori possono affrontare una vasta gamma di variazioni genetiche, incluse quelle note per causare malattie.

Ad esempio, possono inserire nuove sequenze di fino a diverse migliaia di nucleotidi nell'RNA, permettendo loro di sostituire parti malfunzionanti di un gene. Questa flessibilità rende PRECISE uno strumento potente per le terapie geniche.

Metodi di consegna per la modifica PRECISE

Per usare la modifica PRECISE negli organismi viventi, i ricercatori hanno bisogno di un modo per consegnare questi strumenti di modifica nelle cellule. Hanno esplorato diversi metodi di consegna che funzionano efficacemente, inclusi:

  1. Virus Adeno-Associati (AAV): Questi sono virus piccoli che possono consegnare in modo sicuro gli strumenti di modifica dell'RNA nelle cellule.
  2. Lentivirus: Un altro tipo di virus che può introdurre componenti di modifica in vari tipi di cellule, comprese quelle che non si dividono.

Entrambi i metodi di consegna hanno mostrato risultati promettenti in laboratorio.

Valutazione dei risultati della modifica

Dopo aver applicato la modifica PRECISE, gli scienziati valutano quanto bene sono state fatte le modifiche. Controllano se i cambiamenti previsti all'RNA sono stati efficaci e se questi cambiamenti si sono tradotti in modifiche a livello proteico. Misurando l'efficienza della modifica, possono valutare l'efficacia dei loro metodi.

Valutazione delle modifiche proteiche

Per vedere se la modifica dell'RNA porta a cambiamenti efficaci nelle proteine, i ricercatori utilizzano tecniche come il Western blotting, che può aiutare a visualizzare le proteine modificate. Se le proteine modificate sono presenti e funzionano come previsto, questo suggerisce che le modifiche all'RNA sono state efficaci.

Sicurezza e specificità

Una delle principali preoccupazioni con la modifica genetica è il potenziale per effetti indesiderati. I ricercatori stanno lavorando per assicurarsi che la modifica PRECISE minimizzi gli effetti fuori target, il che significa che non modifica accidentalmente parti del genoma che non doveva cambiare.

Attraverso un'attenta progettazione e test, mirano a raggiungere un'alta precisione e sicurezza nelle loro modifiche, che è vitale per eventuali terapie potenziali sviluppate da questa tecnica.

Direzioni future

Man mano che i ricercatori continuano a perfezionare la modifica PRECISE, ci sono diverse aree in cui sono necessari ulteriori miglioramenti. Gli scienziati si concentreranno sull'ottimizzazione dei metodi di consegna per tipi specifici di cellule e sulla minimizzazione dei cambiamenti indesiderati.

C'è anche interesse a capire come le modifiche temporanee tramite RNA possano essere utili nei trattamenti e se gli effetti dell'editing basato su AAV possano fornire correzioni durature nelle malattie genetiche.

Conclusione

Lo sviluppo della modifica PRECISE rappresenta un avanzamento significativo nel campo della modifica genetica. Questa tecnica offre la possibilità di correggere una vasta varietà di mutazioni genetiche con alta precisione ed efficienza.

Con miglioramenti e test continui, la modifica PRECISE potrebbe aprire la strada a terapie efficaci per numerose malattie genetiche, cambiando potenzialmente il panorama della medicina genetica. La capacità di mirare a regioni specifiche dell'RNA, insieme alla possibilità di fare modifiche estese, rende la modifica PRECISE un cambiamento di regole nel campo della ricerca genómica e nello sviluppo di terapie.

Fonte originale

Titolo: Programmable RNA writing with trans-splicing

Estratto: RNA editing offers the opportunity to introduce either stable or transient modifications to nucleic acid sequence without permanent off-target effects, but installation of arbitrary edits into the transcriptome is currently infeasible. Here, we describe Programmable RNA Editing & Cleavage for Insertion, Substitution, and Erasure (PRECISE), a versatile RNA editing method for writing RNA of arbitrary length and sequence into existing pre-mRNAs via 5' or 3' trans-splicing. In trans-splicing, an exogenous template is introduced to compete with the endogenous pre-mRNA, allowing for replacement of upstream or downstream exon sequence. Using Cas7-11 cleavage of pre-mRNAs to bias towards editing outcomes, we boost the efficiency of RNA trans-splicing by 10-100 fold, achieving editing rates between 5-50% and 85% on endogenous and reporter transcripts, respectively, while maintaining high-fidelity. We demonstrate PRECISE editing across 11 distinct endogenous transcripts of widely varying expression levels, showcasing more than 50 types of edits, including all 12 possible transversions and transitions, insertions ranging from 1 to 1,863 nucleotides, and deletions. We show high efficiency replacement of exon 4 of MECP2, addressing most mutations that drive the Rett Syndrome; editing of SHANK3 transcripts, a gene involved in Autism; and replacement of exon 1 of HTT, removing the hallmark repeat expansions of Huntington's disease. Whole transcriptome sequencing reveals the high precision of PRECISE editing and lack of off-target trans-splicing activity. Furthermore, we combine payload engineering and ribozymes for protein-free, high-efficiency trans-splicing, with demonstrated efficiency in editing HTT exon 1 via AAV delivery. We show that the high activity of PRECISE editing enables editing in non-dividing neurons and patient-derived Huntingtons disease fibroblasts. PRECISE editing markedly broadens the scope of genetic editing, is straightforward to deliver over existing gene editing tools like prime editing, lacks permanent off-targets, and can enable any type of genetic edit large or small, including edits not otherwise possible with existing RNA base editors, widening the spectrum of addressable diseases.

Autori: Omar O. Abudayyeh, C. Schmitt-Ulms, A. Kayabolen, M. Manero-Carranza, N. Zhou, K. Donnelly, S. P. Nuccio, K. Kato, H. Nishimasu, J. S. Gootenberg

Ultimo aggiornamento: 2024-02-01 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.31.578223

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.31.578223.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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