Preservare la Diversità Genetica delle Varietà Locali di Mais
Questo studio sottolinea l'importanza di conservare le varietà locali di mais per la resilienza agricola.
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Indice
- L'importanza della diversità genetica
- Variabili di biodiversità
- Minacce dai cambiamenti climatici
- Landrace di mais nel nord dell'Argentina
- Metodologia
- Analizzando la diversità genetica
- Struttura della popolazione e disequilibrio di legame
- Dimensione effettiva della popolazione e coefficienti di consanguineità
- Differenziazione Genetica e selezione
- Idoneità dell'habitat e scenari climatici futuri
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
Il mais, noto anche come grano, è una coltura importante coltivata in molte parti del mondo. Nelle Americhe, ci sono varietà tradizionali conosciute come landrace che sono state coltivate dalle comunità locali per migliaia di anni. A differenza delle varietà commerciali moderne, le landrace di mais sono auto-impollinate e vengono coltivate usando metodi agricoli tradizionali. Questo significa che si adattano nel tempo all'ambiente locale e possono mostrare una grande Diversità genetica. Questa diversità le rende preziose per i programmi di allevamento che mirano a sviluppare nuove varietà di colture.
L'importanza della diversità genetica
Le landrace di mais tipicamente hanno alta variabilità genetica grazie a pratiche come l'impollinazione incrociata e la condivisione dei semi tra i contadini. Questa diversità genetica è cruciale per la resilienza agricola, poiché fornisce una fonte di caratteri che possono aiutare le piante a sopravvivere in diverse condizioni, come la siccità o le malattie. Tuttavia, gli ibridi commerciali moderni tendono a utilizzare solo un numero ridotto di varietà di landrace nei loro programmi di allevamento, il che limita la variazione genetica e può portare a significative perdite genetiche. Perciò, conservare queste landrace è essenziale per mantenere la biodiversità del mais.
Variabili di biodiversità
Per monitorare e comprendere la biodiversità, gli scienziati usano un sistema di misurazioni chiamato Variabili Essenziali di Biodiversità (EBVs). Queste variabili aiutano a tracciare come la biodiversità è distribuita geograficamente e come cambia nel tempo. A livello genetico, gli EBVs possono fornire informazioni sulla diversità genetica, su come le diverse popolazioni sono correlate e su come cambiano le dimensioni delle popolazioni nel tempo. Sebbene gli EBVs siano spesso utilizzati per specie selvatiche o invasive, possono anche applicarsi a colture domestiche come il mais.
Minacce dai cambiamenti climatici
Il Cambiamento climatico rappresenta una seria minaccia per la diversità delle specie agricole, incluso il mais. Studi indicano che la produzione di mais potrebbe diminuire drasticamente con l'aumento delle temperature. Anche se le varietà di landrace sono ben adattate ai loro ambienti locali, la velocità del cambiamento climatico potrebbe superare la loro capacità di adattarsi. Questa situazione evidenzia l'urgenza di comprendere come queste Varietà locali si siano adattate in passato, il che può aiutare a proteggerle contro future riduzioni della biodiversità.
Landrace di mais nel nord dell'Argentina
Nel nord dell'Argentina, ci sono molte landrace di mais che riflettono un mix di influenze da diverse pratiche agricole. Questa regione è significativa per comprendere la genetica del mais, poiché presenta due principali aree agricole: il Nord-ovest e il Nord-est. Ogni area ha condizioni di crescita distinte, come altitudine, tipi di suolo e clima. Nel Nord-ovest dell'Argentina, il mais cresce ad alte altitudini, subisce ampie variazioni di temperatura e ha basse precipitazioni. Al contrario, il Nord-est ha un clima subtropicale con abbondanti piogge e suoli fertili.
Ricerche recenti hanno identificato tre principali gruppi genetici di landrace di mais in quest'area: mais delle Highland del Nord-ovest (HNWA), mais farinoso del Nord-est (FNEA) e vari tipi di popcorn. Le landrace HNWA sono associate ad alte altitudini, mentre le landrace FNEA prosperano nelle condizioni subtropicali del Nord-est. Gli sforzi per studiare questi gruppi possono aiutare a chiarire la diversità genetica di base e il potenziale per strategie di conservazione.
Metodologia
In questo studio, i ricercatori hanno raccolto campioni di mais rappresentanti diversi gruppi genetici da banche del seme in Argentina. Hanno utilizzato tecniche genetiche sofisticate per mappare il DNA di questi campioni, il che ha aiutato a identificare differenze e somiglianze genetiche. Lo studio ha anche esaminato come la diversità genetica si relaziona a fattori come i cambiamenti ambientali.
Analizzando la diversità genetica
Dopo aver raccolto i campioni, i ricercatori hanno controllato la qualità del DNA e lo hanno preparato per il sequenziamento. Hanno generato una grande quantità di dati genetici, che ha permesso loro di identificare migliaia di varianti genetiche chiamate polimorfismi a singolo nucleotide (SNP). Questi SNP forniscono informazioni preziose sulla diversità genetica delle landrace di mais e su come sono correlate tra loro.
L'analisi ha mostrato che ci sono schemi genetici distinti tra le landrace nel nord dell'Argentina. Ad esempio, le landrace HNWA avevano una diversità genetica più bassa rispetto alle FNEA, il che indica che le HNWA potrebbero essere più vulnerabili ai cambiamenti ambientali. Lo studio ha anche valutato i livelli di consanguineità in queste popolazioni, rivelando che le FNEA avevano livelli più alti di consanguineità, il che potrebbe portare a problemi di salute nelle piante.
Struttura della popolazione e disequilibrio di legame
Un aspetto chiave dello studio ha coinvolto l'analisi della struttura della popolazione delle landrace di mais. Guardando a come diversi gruppi di mais sono correlati, i ricercatori hanno potuto determinare quanta diversità genetica esiste all'interno e tra questi gruppi. Hanno scoperto che le HNWA e le FNEA sono gruppi distinti con caratteristiche specifiche, mentre altri gruppi come il popcorn e il mais delle zone basse mostravano più mescolanza.
I ricercatori hanno anche misurato il disequilibrio di legame, che è la tendenza per certi caratteri genetici di essere ereditati insieme. Un alto livello di disequilibrio di legame può indicare una dimensione effettiva della popolazione più piccola, il che significa che c'è meno mescolanza genetica. In questo caso, le HNWA avevano un più rapido decadimento del disequilibrio di legame rispetto alle FNEA, suggerendo che le HNWA potrebbero avere una capacità più limitata di adattarsi nel tempo.
Dimensione effettiva della popolazione e coefficienti di consanguineità
La dimensione effettiva della popolazione (Ne) è una misura importante nella genetica della conservazione. Riflette quanti individui in una popolazione contribuiscono al patrimonio genetico della generazione successiva. Un Ne più alto significa maggiore diversità genetica e migliori possibilità di adattamento. Lo studio ha stimato che il Ne per le HNWA fosse significativamente più alto rispetto alle FNEA, evidenziando potenziali rischi per le FNEA a causa di una minore diversità genetica e di coefficienti di consanguineità più elevati.
L'alta consanguineità può portare a una diminuzione della salute e della produttività delle piante, rendendole più suscettibili agli stress ambientali. Al contrario, una minore consanguineità nelle HNWA suggerisce un pool genetico più diversificato, ma la limitata variabilità genetica presenta le proprie sfide.
Differenziazione Genetica e selezione
La ricerca ha anche esaminato la differenziazione genetica tra i due gruppi principali, HNWA e FNEA. La differenziazione genetica misura quanto siano distinti questi gruppi in termini di composizione genetica. Il valore Fst tra HNWA e FNEA ha indicato una significativa differenziazione, rivelando che si sono adattati ai rispettivi ambienti nel tempo.
Per valutare la variazione adattativa, i ricercatori hanno cercato loci outlier-specifici luoghi nel genoma che mostrano segni di essere stati sotto forte pressione selettiva. L'identificazione di questi loci può aiutare a capire quali tratti si sono evoluti per aiutare le piante a prosperare nelle loro condizioni. Sono stati identificati diversi geni candidati associati al tempo di fioritura e alle risposte allo stress, indicando che questi tratti possono giocare un ruolo critico nella sopravvivenza di queste landrace di mais.
Idoneità dell'habitat e scenari climatici futuri
Capire dove queste landrace di mais possono crescere con successo è essenziale per la conservazione. Lo studio ha modellato la potenziale distribuzione delle HNWA e delle FNEA sotto condizioni climatiche storiche e scenari climatici futuri. Questi modelli hanno mostrato che le aree adatte per la coltivazione delle HNWA potrebbero diminuire significativamente, mentre le aree adatte per le FNEA potrebbero spostarsi verso regioni più tropicali.
I risultati sottolineano l'urgenza di misure proattive per conservare queste landrace di mais nei loro habitat naturali, così come potenziali sforzi di rilocalizzazione per garantire la loro sopravvivenza in nuove condizioni.
Conclusione
Lo studio evidenzia l'urgenza di concentrarsi sulla conservazione delle landrace di mais, soprattutto alla luce delle sfide poste dai cambiamenti climatici e dall'erosione genetica. Sia le HNWA che le FNEA rappresentano pool genetici unici che sono cruciali per il futuro della coltivazione del mais. Facendo passi per proteggere queste landrace, possiamo garantire una maggiore sicurezza alimentare e resilienza nei sistemi agricoli.
In sintesi, comprendere come le varietà tradizionali di mais si adattano, sopravvivono e prosperano in condizioni climatiche mutate è essenziale. Gli sforzi di conservazione dovrebbero non solo mirare a proteggere la diversità genetica esistente ma anche a ricercare ulteriormente i modi in cui queste piante possono adattarsi a ambienti in cambiamento. L'importanza di queste varietà tradizionali non può essere sottovalutata, poiché offrono potenziali soluzioni per future sfide agricole.
Titolo: Genome-wide diversity in lowland and highland maize landraces from southern South America: population genetics insights to assist conservation
Estratto: Maize (Zea mays ssp. mays L.) landraces are traditional American crops with high genetic variability that conform a source of original alleles for conventional maize breeding. Northern Argentina, one the southernmost regions of traditional maize cultivation in the Americas, harbours around 57 races traditionally grown in two regions with contrasting environmental conditions, namely the Andean mountains in the Northwest and the tropical grasslands and Atlantic Forest in the Northeast. These races encounter diverse threats to their genetic diversity and persistence in their regions of origin, with climate change standing out as one of the major challenges. In this work, we use genome-wide SNPs derived from ddRADseq to study the genetic diversity of individuals representing the five groups previously described for this area. This allowed us to distinguish two clearly differentiated gene pools, the Highland Northwestern maize (HNWA) and the Floury Northeastern maize (FNEA). Subsequently, we employed Essential Biodiversity Variables at the genetic level, as proposed by the Group on Earth Observations Biodiversity Observation Network (GEO BON), to evaluate the conservation status of these two groups. This assessment encompassed genetic diversity (Pi), inbreeding coefficient (F), and effective population size (Ne). FNEA showed low Ne values and high F values, while HNWA showed low Ne values and low Pi values, indicating that further genetic erosion is imminent for these landraces. Outlier detection methods allowed identification of putative adaptive genomic regions, consistent with previously reported flowering-time loci and chromosomal regions displaying introgression from the teosinte Zea mays ssp. mexicana. Finally, species distribution models were obtained for two future climate scenarios, showing a notable reduction in the potential planting area of HNWA and a shift in the cultivation areas of FNEA. Taken together, these results suggest that maize landraces from Northern Argentina may not be able to cope with climate change. Therefore, active conservation policies are advisable.
Autori: Pia Guadalupe Dominguez, A. V. Gutierrez, M. I. Fass, C. V. Filippi, P. Vera, A. Puebla, R. A. Defacio, N. B. Paniego, V. V. Lia
Ultimo aggiornamento: 2024-02-07 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.02.578655
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.02.578655.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.
Link di riferimento
- https://geobon.org/
- https://qgis.org/en/site/
- https://www.naturalearthdata.com/
- https://data.europa.eu/data/datasets/data_world-digital-elevation-model-etopo5?locale=es
- https://www.maizegdb.org/genome/assembly/Zm-B73-REFERENCE-GRAMENE-4.0
- https://www.r-project.org/
- https://itol.embl.de/
- https://www.worldclim.org/data/cmip6/cmip6climate.html