Ruolo Crescente del Machine Learning nella Ricerca sulle Malattie Neurodegenerative
Il machine learning sta rapidamente plasmando il panorama della ricerca sulle malattie neurodegenerative.
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Indice
- La necessità di opzioni di Trattamento migliorate
- Crescente utilizzo del machine learning
- Metodologia della revisione
- Processo di estrazione dei dati
- Risultati sul machine learning nelle malattie neurodegenerative
- Approfondimenti sui tipi di dati e obiettivi clinici
- Tecniche di machine learning identificate
- Discussione sulle lacune nella ricerca
- Conclusione
- Fonte originale
Con l’invecchiamento della popolazione mondiale, ci troviamo di fronte a sfide importanti nella sanità. Uno dei problemi più urgenti è l’aumento delle malattie croniche, in particolare quelle neurodegenerative. Queste malattie danneggiano le cellule nervose nel cervello e nel midollo spinale, causando sintomi che peggiorano nel tempo. Le Malattie neurodegenerative più comuni includono il morbo di Alzheimer, il morbo di Parkinson, la sclerosi multipla, la sclerosi laterale amiotrofica e la malattia di Huntington. Queste condizioni spesso portano a una perdita totale di indipendenza per le persone, causando immenso dolore emotivo e fisico.
Senza nuove strategie per cambiare il corso di queste malattie, si prevede che la domanda di assistenza continuerà a crescere. Governi e sistemi sanitari dovranno prepararsi per questo futuro, in particolare per condizioni come Alzheimer e Parkinson, che stanno diventando sempre più comuni man mano che la popolazione invecchia.
La necessità di opzioni di Trattamento migliorate
Alla luce di queste sfide, molti ricercatori stanno lavorando duramente per trovare nuovi modi per prevedere e trattare queste malattie. Si propone di spostare l’attenzione su quello che viene chiamato medicina predittiva. Questo approccio cerca di guardare alle caratteristiche individuali dei pazienti per capire meglio i loro specifici processi patologici e come potrebbero rispondere a trattamenti diversi.
Gli obiettivi di questa ricerca includono:
- Comprendere le cause sottostanti delle malattie neurodegenerative.
- Creare strumenti migliori per diagnosticare queste malattie e prevedere come progrediranno.
- Raccogliere informazioni dettagliate su come queste malattie si sviluppano nel tempo.
- Trovare e testare metodi di trattamento efficaci.
Una parte importante di questo lavoro consiste nel raccogliere e analizzare dati. Campi come la matematica e l'informatica si stanno unendo in una nuova area conosciuta come data science. All'interno di questo campo, l'intelligenza artificiale e il machine learning stanno aiutando i ricercatori ad analizzare grandi quantità di dati in modo rapido ed efficiente.
Crescente utilizzo del machine learning
La ricerca mostra che l'uso del machine learning nello studio delle malattie neurodegenerative è in aumento. I ricercatori hanno realizzato che c'era bisogno di una panoramica su come questi metodi vengono applicati. È stata condotta una revisione per esaminare articoli che utilizzavano tecniche di machine learning nel contesto delle cinque malattie neurodegenerative più comuni.
La revisione mirava a raccogliere il maggior numero possibile di informazioni sugli approcci di machine learning in questo campo. I ricercatori hanno impostato criteri specifici per gli articoli esaminati. Hanno incluso studi relativi a Alzheimer, sclerosi multipla, SLA, Parkinson o Huntington che involvevano dati dei pazienti e utilizzavano il machine learning per l’analisi. Hanno focalizzato l'attenzione su studi che miravano a migliorare Diagnosi, Prognosi o previsioni di trattamento.
Metodologia della revisione
Per svolgere la revisione, i ricercatori hanno utilizzato un approccio sistematico. Hanno creato una strategia di ricerca con l'aiuto di bibliotecari medici. Hanno cercato in più banche dati elettroniche riguardanti studi pubblicati dal 2016 al 2020. Questo arco temporale è stato scelto per assicurarsi di esaminare metodi di machine learning attuali.
I ricercatori hanno dovuto restringere la loro ricerca e hanno deciso di includere solo studi pubblicati in inglese. Dopo aver esaminato oltre 4.000 articoli, alla fine hanno incluso un totale di 1.485 articoli a testo pieno nella loro revisione.
Processo di estrazione dei dati
Per analizzare questi articoli, il team di ricerca ha sviluppato un modulo di estrazione dei dati. Hanno tenuto discussioni per decidere quali informazioni cercare in ciascun studio. I dati includevano dettagli su:
- Nomi degli autori
- Tipo di malattia neurodegenerativa
- Anno di pubblicazione
- Dimensione del campione di pazienti
- Tipi di dati utilizzati nell'analisi di machine learning
- Obiettivo clinico principale dello studio
- Metodi di machine learning utilizzati
Hanno poi controllato il processo di estrazione dei dati per garantire accuratezza, con diversi round di test pilota per perfezionare i loro metodi e raggiungere un alto livello di accordo tra i revisori.
Risultati sul machine learning nelle malattie neurodegenerative
La revisione ha mostrato che il numero di articoli che utilizzano metodi di machine learning è aumentato notevolmente. I dati hanno rivelato tendenze negli anni dal 2016 al 2020, con un aumento significativo negli studi pubblicati. Ad esempio, ci sono stati 172 articoli nel 2016, saliti a 490 nel 2020, segnando una crescita del 185%.
Le malattie neurodegenerative più studiate utilizzando il machine learning sono state Alzheimer e Parkinson, con centinaia di articoli. Al contrario, la malattia di Huntington aveva significativamente meno studi. La revisione ha anche esaminato i tipi di dati utilizzati nell’analisi di machine learning.
Il tipo di dati predominante in questi studi era quello delle immagini, che costituiva quasi la metà degli articoli. Altri tipi includevano dati funzionali, dati clinici, materiali da biospecimen e informazioni genetiche, sebbene questi fossero usati meno frequentemente.
Quando si trattava degli obiettivi degli studi, la maggior parte mirava a migliorare la diagnosi delle malattie, seguita dalla prognosi e previsione del trattamento. I dati di imaging erano spesso il tipo più comune usato per la diagnosi tra le diverse malattie.
Approfondimenti sui tipi di dati e obiettivi clinici
I risultati hanno indicato che diversi tipi di dati venivano utilizzati a seconda degli obiettivi clinici degli studi. Ad esempio:
- Per la diagnosi, i dati di imaging erano il tipo principale di informazione.
- Per la prognosi, dati di imaging e clinici venivano frequentemente impiegati.
- I dati funzionali erano per lo più visti quando si prevedevano effetti dei trattamenti.
È stato notato che, mentre i dati di imaging erano prevalenti in molti studi, altri tipi di dati come quelli da biospecimen e molecolari ricevevano molta meno attenzione, in particolare in malattie come la sclerosi multipla, SLA e malattia di Huntington.
Tecniche di machine learning identificate
La revisione ha anche identificato una vasta gamma di tecniche di machine learning che i ricercatori hanno utilizzato nei loro studi. In totale, sono stati trovati 2.734 metodi unici di machine learning tra gli articoli a testo pieno. Alcuni dei metodi più comuni includevano le macchine a vettori di supporto, le foreste casuali e le reti neurali convoluzionali.
I ricercatori hanno categorico questi metodi in temi più ampi per dare senso ai loro risultati. Le categorie più utilizzate erano quelle dei metodi supervisionati e non supervisionati, seguite da tecniche di deep learning.
Discussione sulle lacune nella ricerca
La revisione ha evidenziato una mancanza di terminologia standard e classificazione nel campo del machine learning in relazione alle malattie neurodegenerative. Anche se ci sono molte classificazioni disponibili, nessuna ha guadagnato accettazione universale, rendendo difficile comunicare i risultati in modo efficace.
Inoltre, gli autori hanno sottolineato la necessità di ulteriori ricerche sull'integrazione di diversi tipi di dati e sulla risoluzione di problemi di accuratezza rispetto all'interpretabilità nel machine learning.
Conclusione
In sintesi, la revisione ha dimostrato un crescente interesse nell'applicare tecniche di machine learning alle malattie neurodegenerative. Con l’invecchiamento della popolazione e l'aumento del peso di queste malattie, c’è bisogno di migliori strumenti diagnostici, metodi prognostici e previsioni di trattamento. I risultati suggeriscono che sono necessari più studi focalizzati sulla prognosi delle malattie e sulla previsione del trattamento, in particolare in aree meno esplorate.
In futuro, è essenziale per i ricercatori continuare a costruire banche dati che includano vari tipi di dati e massimizzare l'uso di metodi di machine learning nella ricerca sulle malattie neurodegenerative. Questo aiuterà ad affrontare le sfide critiche della sanità poste da queste condizioni e a migliorare la qualità della vita delle persone colpite.
Titolo: The use of machine learning methods in neurodegenerative disease research: A scoping review
Estratto: Machine learning (ML) methods are increasingly used in clinical research, but their extent is complex and largely unknown in the field of neurodegenerative diseases (ND). This scoping review describes state-of-the-art ML in ND research using MEDLINE (PubMed), Embase (Ovid), Central (Cochrane), and Institute of Electrical and Electronics Engineers Xplore. Included articles, published between January 1, 2016, and December 31, 2020, used patient data on Alzheimers disease, multiple sclerosis, amyotrophic lateral sclerosis, Parkinsons disease, or Huntingtons disease that employed ML methods during primary analysis. One reviewer screened citations for inclusion; 5 conducted data extraction. For each article, we abstracted the type of ND; publication year; sample size; ML algorithm data type; primary clinical goal (disease diagnosis/prognosis/prediction of treatment effect); and ML method type. Quantitative and qualitative syntheses of the results were conducted. After screening 4,471 citations and searching 1,677 full-text articles, 1,485 articles were included. The number of articles using ML methods in ND research increased from 172 in 2016 to 490 in 2020, with most of those in Alzheimers disease. The most common data type was imaging data (46.9% of articles), followed by functional (20.6%), clinical (14.2%), biospecimen (6.2%), genetic (5.9%), electrophysiological (5.1%), and molecular (1.1%). Overall, 68.5% of imaging data studies were in Alzheimers disease and 75.9% of functional data studies were in Parkinsons disease. Disease diagnosis was the most common clinical aim in studies using ML methods (73.5%), followed by disease prognosis (21.4%) and prediction of treatment effect (13.5%). We extracted 2,734 ML methods, with support vector machine (n=651, 23.8%), random forest (n=310, 11.3%), and convolutional neural network (n=166, 6.1%) representing the majority. Finally, we identified 322 unique ML methods. There are opportunities for additional research using ML methods for disease prognosis and prediction of treatment effect. Addressing these utilization gaps will be important in future studies. Author SummaryFew state-of-the-art scientific updates have been targeted for broader readerships without indulging in technical jargon. We have learned a lot from Judea Pearl on how to put things into context and make them clear. In this review paper, we identify machine learning methods used in the realm of neurodegenerative diseases and describe how the use of these methods can be enhanced in neurodegenerative disease research.
Autori: Fabio Pellegrini, A. Ciampi, J. Rouette, G. Simoneau, B. Caba, A. Gafson, C. de Moor, S. Belachew
Ultimo aggiornamento: 2023-07-31 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.31.23293414
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.31.23293414.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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