Neuropixels Ultra: Potenziare la Ricerca sul Cervello
Una nuova tecnologia di sonde migliora la comprensione dell'attività neuronale nel cervello.
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Indice
Negli ultimi anni, gli scienziati hanno fatto grandi progressi nel capire come funziona il cervello. Un sviluppo chiave è stata la creazione di strumenti avanzati che permettono ai ricercatori di monitorare l'attività delle cellule cerebrali, o neuroni, in modo più efficace. Uno di questi strumenti è la sonda Neuropixels, che può registrare l'attività di molti neuroni contemporaneamente. Questa tecnologia ha fornito informazioni preziose su come i neuroni comunicano, come prendono decisioni e come elaborano le informazioni.
Tuttavia, ci sono ancora delle sfide. Questi problemi includono la dimensione dei siti di registrazione su queste sonde e la loro capacità di mappare con precisione l'attività cerebrale. Le versioni precedenti di Neuropixels avevano limitazioni su cosa potevano campionare, specialmente per quanto riguarda le strutture cerebrali più fini. Per affrontare queste limitazioni, i ricercatori hanno sviluppato una nuova versione chiamata Neuropixels Ultra. Questa nuova sonda ha siti di registrazione più piccoli e densi, in grado di catturare informazioni più dettagliate sull'attività neuronale.
Cosa Sono le Sonde Neuropixels?
Le sonde Neuropixels sono dispositivi specializzati usati per registrare segnali elettrici dalle cellule cerebrali. Ogni sonda può raccogliere dati da centinaia e anche migliaia di neuroni contemporaneamente. Il dispositivo viene inserito in specifiche aree del cervello, dove raccoglie segnali prodotti dai neuroni che si attivano. Questi segnali sono fondamentali per capire come il cervello elabora le informazioni.
La prima generazione di sonde Neuropixels aveva siti di registrazione troppo distanti per catturare i dettagli fini dell'attività neuronale. L'ultima versione, Neuropixels Ultra, ha migliorato questo design. Le sonde hanno siti più piccoli e più ravvicinati, che permettono di raccogliere dati da strutture cerebrali più fini. Questo miglioramento consente agli scienziati di studiare piccole aree del cervello che prima erano difficili da analizzare.
Importanza della Registrazione ad Alta Densità
Registrare l'attività dei neuroni ad alta densità è fondamentale per diversi motivi. Prima di tutto, permette una mappatura migliore di come le diverse aree del cervello comunicano tra loro. Questo è particolarmente importante per capire comportamenti complessi, come il processo decisionale e l'elaborazione sensoriale.
In secondo luogo, registrazioni dense possono aiutare a identificare le azioni di diversi tipi di neuroni all'interno di una specifica area del cervello. Tipi diversi di neuroni svolgono ruoli distinti nella funzione cerebrale, e riconoscerli può fornire intuizioni su come il cervello opera nel suo complesso.
Infine, un'alta densità di siti di registrazione migliora l'accuratezza dei dati raccolti da singoli neuroni. Questo migliora la Qualità del segnale, rendendo più facile distinguere tra l'attività di neuroni vicini che potrebbero attivarsi in tempi simili.
Sfide con le Sonde Precedenti
Nonostante il successo delle precedenti sonde Neuropixels, ci sono state sfide significative. Un problema principale era la loro risoluzione spaziale. La distanza tra i siti di registrazione delle versioni precedenti era relativamente grande, il che significava che le strutture a piccola scala non venivano campionate in modo ottimale. Questo poteva portare a una comprensione incompleta di come operano piccoli gruppi di neuroni.
Un'altra sfida è che la generazione precedente di sonde aveva difficoltà a rilevare segnali elettrici deboli. Se il segnale elettrico di un neurone era troppo debole per essere captato dagli elettrodi, passava inosservato. Questo problema è spesso chiamato "problema della materia oscura" in neuroscienza, dove una significativa attività cellulare rimane non rilevabile.
Inoltre, quando il cervello si muove rispetto alla sonda, c'è la possibilità che i segnali di un neurone possano spostarsi nei vuoti tra i siti di registrazione. Questo può portare a imprecisioni nell'identificare quale neurone si sta attivando, rendendo difficile analizzare il comportamento di singoli neuroni nel tempo.
Avanzamenti con Neuropixels Ultra
Le nuove sonde Neuropixels Ultra affrontano molte delle sfide affrontate dalle versioni precedenti.
Miglioramenti nel Design
Le sonde Neuropixels Ultra presentano un disposizione molto più densa dei siti di registrazione. I siti di registrazione sono più piccoli e più ravvicinati, migliorando la capacità di campionare strutture cerebrali delicate. Questo significa che i ricercatori possono ora ottenere dati da regioni che prima erano difficili da investigare in profondità.
Maggiore Qualità del Segnale
Il design delle Neuropixels Ultra garantisce che possano essere registrate ampiezze di picco del segnale più elevate. Questo è il risultato di due fattori principali: il campionamento più efficiente dell'attività elettrica e l'area ridotta su cui i segnali possono diffondersi. Di conseguenza, la possibilità di perdere segnali piccoli è ridotta.
Inoltre, anche se i siti di registrazione più piccoli possono introdurre più rumore, il rapporto segnale-rumore complessivo migliora grazie alla maggiore densità dei siti di registrazione. Questo consente una classificazione più accurata degli spike, fondamentale per identificare l'attività dei neuroni singoli.
Migliorata Tracciatura dei Neuroni
La maggiore densità dei siti di registrazione sulle Neuropixels Ultra consente una migliore tracciatura dei neuroni nel tempo, specialmente durante i movimenti. Questo significa che i ricercatori possono confrontare come gli stessi neuroni si comportano in diverse condizioni o nel tempo senza perdere dati preziosi.
Risultati e Osservazioni della Ricerca
I ricercatori hanno utilizzato le Neuropixels Ultra per condurre vari studi in diverse regioni del cervello e specie. I risultati sono stati profondi, offrendo intuizioni sulle complessità del comportamento neuronale.
Scoperte sui Piccoli Unità di Impronta
Una scoperta notevole è stata l'identificazione di piccole unità di impronta. Queste unità sono caratterizzate dai loro segnali elettrici, che vengono rilevati in una zona limitata. Questa caratteristica le rende più difficili da catturare con le sonde precedenti. L'esistenza di queste piccole unità di impronta suggerisce che potrebbero esserci molti più neuroni attivi nel cervello che sono rimasti inosservati.
I ricercatori hanno trovato una popolazione significativa di queste piccole unità di impronta in varie regioni cerebrali. Questo ha implicazioni per comprendere la diversità dei tipi di neuroni e le loro funzioni. Indica che neuroni precedentemente trascurati potrebbero svolgere ruoli essenziali nell'attività cerebrale.
Pattern tra le Specie
L'uso delle Neuropixels Ultra non si è limitato a un tipo di animale. È stato efficace nello studio dell'attività cerebrale in diverse specie, tra cui topi, scimmie e rettili. La capacità di registrare unità di impronta simili in queste specie diverse suggerisce che alcune proprietà neuronali potrebbero essere conservate attraverso l'evoluzione.
Questi risultati possono migliorare la nostra comprensione di come diverse specie elaborano le informazioni e reagiscono ai loro ambienti in base alla loro struttura cerebrale.
Discriminazione dei Tipi Cellulari
Grazie alle capacità potenziate delle Neuropixels Ultra, i ricercatori sono stati in grado di classificare diversi tipi di neuroni in modo più efficiente. Questo è fondamentale per comprendere il ruolo dei vari tipi di neuroni nella funzione cerebrale.
Caratteristiche Uniche delle Onde
Gli studi hanno indicato che diverse classi di neuroni mostrano caratteristiche di onda distinte. Ad esempio, gli interneuroni a rapida attivazione, che si pensava fossero principalmente cellule esprimenti parvalbumina, sono risultati avere una notevole diversità tra le piccole unità di impronta, indicando che le classificazioni tradizionali potrebbero necessitare di rivalutazione.
Direzioni Future
Le capacità delle Neuropixels Ultra aprono nuove strade per la ricerca in neuroscienza. Con la qualità e la densità dei dati migliorate, i ricercatori possono ora esplorare domande che prima erano difficili o impossibili da risolvere.
Investigare la Dinamica Cerebrale
La maggiore fedeltà delle registrazioni offre opportunità per studiare la dinamica dell'attività neuronale in tempo reale. Questo faciliterà una migliore comprensione di come il cervello si adatta e risponde a diversi stimoli nel tempo.
Comprendere Comportamenti Complessi
Man mano che i ricercatori raccolgono dati più intricate sui neuroni singoli, questo fornirà comprensioni più profonde sui comportamenti complessi, sui processi decisionali e sulle percezioni sensoriali.
Migliorare i Modelli Computazionali
Queste registrazioni avanzate possono anche migliorare i modelli computazionali della funzione cerebrale. Fornendo dati più accurati, i modelli possono simulare meglio come il cervello elabora le informazioni, contribuendo infine a campi come l'intelligenza artificiale e la robotica.
Conclusione
Le Neuropixels Ultra rappresentano un significativo passo avanti nel campo della neuroscienza. Con il suo design avanzato, supera molte delle limitazioni affrontate dalle sonde precedenti, consentendo di catturare in dettaglio l'attività neuronale.
Le intuizioni ottenute usando le Neuropixels Ultra non solo miglioreranno la nostra comprensione delle funzioni cerebrali di base, ma potrebbero anche influenzare lo sviluppo di trattamenti per i disturbi neurologici e contribuire a varie applicazioni in tecnologia e intelligenza artificiale. Il futuro della neuroscienza sembra promettente con questi nuovi strumenti a disposizione.
Titolo: Ultra-high density electrodes improve detection, yield, and cell type identification in neuronal recordings
Estratto: To understand the neural basis of behavior, it is essential to sensitively and accurately measure neural activity at single neuron and single spike resolution. Extracellular electrophysiology delivers this, but it has biases in the neurons it detects and it imperfectly resolves their action potentials. To minimize these limitations, we developed a silicon probe with much smaller and denser recording sites than previous designs, called Neuropixels Ultra (NP Ultra). This device samples neuronal activity at ultra-high spatial density ([~]10 times higher than previous probes) with low noise levels, while trading off recording span. NP Ultra is effectively an implantable voltage-sensing camera that captures a planar image of a neurons electrical field. We use a spike sorting algorithm optimized for these probes to demonstrate that the yield of visually-responsive neurons in recordings from mouse visual cortex improves up to [~]3-fold. We show that NP Ultra can record from small neuronal structures including axons and dendrites. Recordings across multiple brain regions and four species revealed a subset of extracellular action potentials with unexpectedly small spatial spread and axon-like features. We share a large-scale dataset of these brain-wide recordings in mice as a resource for studies of neuronal biophysics. Finally, using ground-truth identification of three major inhibitory cortical cell types, we found that these cell types were discriminable with approximately 75% success, a significant improvement over lower-resolution recordings. NP Ultra improves spike sorting performance, detection of subcellular compartments, and cell type classification to enable more powerful dissection of neural circuit activity during behavior.
Autori: Nicholas A Steinmetz, Z. Ye, A. M. Shelton, J. R. Shaker, J. M. Boussard, J. Colonell, D. Birman, S. Manavi, S. Chen, C. Windolf, C. Hurwitz, T. Namima, F. Pedraja, S. Weiss, B. Raducanu, T. Ness, X. Jia, G. Mastroberardino, L. F. Rossi, M. Carandini, M. Hausser, G. T. Einevoll, G. Laurent, N. B. Sawtell, W. Bair, A. Pasupathy, C. Mora-Lopez, B. Dutta, L. Paninski, J. H. Siegle, C. Koch, S. R. Olsen, T. D. Harris
Ultimo aggiornamento: 2024-04-10 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.08.23.554527
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.08.23.554527.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.
Link di riferimento
- https://npultra.steinmetzlab.net/
- https://github.com/SainsburyWellcomeCentre/ara_tools
- https://github.com/SainsburyWellcomeCentre/lasagna
- https://billkarsh.github.io/SpikeGLX/
- https://billkarsh.github.io/SpikeGLX/#catgt
- https://github.com/MouseLand/Kilosort2
- https://github.com/cortex-lab/phy
- https://github.com/jenniferColonell/NP_Ultra_downsample
- https://modeldb.science/144526