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Cambiamenti Genetici nei Cetacei: Evoluzione Svelata

Uno studio rivela come i cetacei si adattano alla vita acquatica attraverso l'evoluzione genetica.

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Lo studio di come gli esseri viventi cambiano nel tempo, soprattutto per quanto riguarda le loro caratteristiche, è un grande obiettivo per chi studia l'evoluzione. Gli scienziati sono riusciti a esaminare il patrimonio genetico completo di molte specie diverse. Questo gli dà l'opportunità di saperne di più su come si sviluppano le varie caratteristiche. La storia della vita può essere vista come una serie di esperimenti naturali che ci aiutano a capire come si evolvono e si adattano le specie. Per esempio, alcune creature hanno sviluppato tratti che le aiutano a resistere a malattie come il cancro. Capire come funzionano questi processi può darci indizi su salute e medicina.

Come si Adattano le Specie

Nel corso della storia degli animali con la spina dorsale (cordati), alcuni si sono spostati in nuovi posti, come l'oceano. Questo ha causato cambiamenti significativi nel loro aspetto e comportamento. Studiare questi cambiamenti permette agli scienziati di capire meglio la base genetica delle differenze che vediamo tra le specie.

Un esempio interessante è come alcuni animali terrestri, noti come tetrapodi, siano passati a vivere in acqua diverse volte. Tra questi, le balene e i delfini, conosciuti come Cetacei, hanno iniziato ad adattarsi alla vita nell'oceano circa 50 milioni di anni fa. Col tempo, questi animali sono diventati completamente acquatici, vivendo in ambienti diversi come oceani e fiumi.

Passare dalla vita sulla terra a quella sott'acqua ha richiesto adattamenti significativi. Gli animali hanno dovuto adattarsi a sfide come la gravità, le differenze di temperatura, nuovi tipi di germi, cambiamenti nei loro sensi e come gestire i livelli di acqua nei loro corpi. La tecnologia moderna ha permesso agli scienziati di studiare questi adattamenti da un punto di vista genetico, facendo luce su come i cetacei abbiano fatto la transizione alla vita in acqua.

Alcuni studi di ricerca hanno indicato che perdere alcuni geni può essere un modo per le specie di cambiare e evolversi nel tempo. Questa perdita di geni potrebbe aiutare gli animali ad adattarsi meglio ai loro nuovi ambienti.

Il Ruolo dei Canali ionici

I canali ionici sono proteine vitali nelle membrane delle cellule che permettono a specifici ioni di entrare ed uscire. Sono fondamentali per molte funzioni corporee. Negli esseri umani e nei topi, è stato identificato un numero significativo di queste proteine. Sono essenziali per vari processi e sono collegate a diverse condizioni mediche note come canalopatie. Questo rende il loro studio particolarmente interessante.

Data la loro importanza in diverse funzioni corporee, soprattutto nei cetacei dove molti processi sono cambiati a causa della loro adattamento all'acqua, è utile esplorare come i canali ionici siano evoluti in questi animali.

Obiettivi dello Studio

Questo studio mira a osservare da vicino come i canali ionici siano cambiati durante l'evoluzione dei cetacei. Prima, è stato impostato un processo speciale per raccogliere e analizzare dati sui canali ionici presenti nei genomi di varie specie. Dopo aver raccolto queste informazioni, i ricercatori hanno cercato relazioni tra i geni per vedere se alcuni avevano subito cambiamenti positivi e con quale frequenza i geni guadagnavano o perdevano copie.

I risultati mostrano che i cetacei hanno generalmente meno geni codificanti proteine rispetto ad altri mammiferi, ma una percentuale più alta di quei geni è associata ai canali ionici. Notablemente, alcuni canali ionici relativi a funzioni vitali come la salute del cuore, il movimento, la visione e il sistema nervoso hanno mostrato segni di cambiamenti positivi.

Metodi di Ricerca

Design Filogenetico

Per cominciare, il team di ricerca ha incluso una varietà di specie di mammiferi nella loro analisi. Questo includeva sette specie di balene dentate (come il delfino comune e l'orca) e due balene con fanoni, insieme a rappresentanti di altri gruppi come ippopotami, mucche, cani e umani. Questa diversità ha permesso una comprensione completa dei cambiamenti evolutivi nei canali ionici.

I ricercatori hanno raccolto le istruzioni per la produzione di proteine (sequenze genetiche) per ciascuna specie da database genetici pubblici. Si sono concentrati su proteine con un numero specifico di sezioni che attraversano la membrana cellulare, poiché questi sono tipicamente dove si trovano i canali ionici.

Dopo aver identificato i potenziali canali ionici, gli scienziati hanno utilizzato software specializzati per analizzarne la struttura e la classificazione basata su categorie conosciute. Questo ha permesso loro di compilare un elenco di canali ionici per ciascuna specie nello studio.

Inferenzia di Omologia

Una volta identificati i canali ionici, il team ha cercato geni simili tra le specie. Hanno stabilito gruppi di geni che condividono un antenato comune, il che ha aiutato a identificare come questi canali si siano evoluti nel tempo. Questo ha incluso la ricerca di segni che alcuni geni stessero subendo una Selezione Positiva, il che potrebbe indicare un adattamento al loro stile di vita acquatico.

Risultati Chiave

Annotazione dei Canali Ionici e Omologia

L'analisi ha rivelato che i cetacei hanno un numero complessivo inferiore di geni codificanti proteine rispetto ad altri mammiferi. Tuttavia, contengono un numero relativamente alto di canali ionici, che rappresentano una percentuale significativa dei loro geni totali.

Curiosamente, mentre alcuni geni sono stati persi, i cetacei mostrano anche un'espansione in alcune famiglie di geni, indicando un mix di perdita e guadagno di geni che ha modellato la loro evoluzione.

Selezione Positiva dei Canali Ionici

Tra i canali ionici studiati, diversi hanno mostrato segni di selezione positiva, in particolare quelli legati a funzioni del cuore, movimento, visione e sistema nervoso. Questo riflette le sfide uniche che i cetacei affrontano nel loro ambiente.

Per esempio, i cambiamenti nella funzione cardiaca sono essenziali per gli animali da immersione per gestire lo stress di un'attività prolungata sott'acqua. I canali ionici legati alla salute del cuore, come il gene SCN5A, hanno mostrato cambiamenti notevoli che potrebbero aiutare i cetacei ad adattarsi alla loro vita acquatica.

In aggiunta ai geni legati al cuore, lo studio ha trovato che anche i canali ionici coinvolti nella locomozione stavano subendo cambiamenti positivi. Poiché i cetacei si sono evoluti per nuotare in modo efficiente, questi canali probabilmente giocano un ruolo critico nella loro funzione muscolare.

I cambiamenti nella vista sono anche degni di nota; i loro occhi si sono adattati per una migliore performance in acqua, spostando la posizione per aiutare a vedere un'ampia area intorno a loro. Specifici canali ionici coinvolti nella visione sono stati identificati come evoluti in modo significativo.

Turnover Genico Accelerato

La ricerca ha anche messo in evidenza un tasso più veloce di turnover genico nei cetacei rispetto ad altri mammiferi. Questo suggerisce che l'evoluzione dei canali ionici è stata particolarmente dinamica nella linea evolutiva dei cetacei, con molti geni che guadagnano o perdono copie nel tempo.

I risultati indicano che certi geni associati ai canali ionici nei cetacei si sono espansi, come il gene TMEM37. Tuttavia, alcuni geni sono stati trovati completamente assenti nei cetacei, il che indica una storia di perdita di geni nella loro evoluzione.

In sintesi, lo studio sottolinea come le adattazioni necessarie per la vita in acqua abbiano portato a cambiamenti significativi nella composizione genetica dei cetacei. La loro capacità di prosperare in un ambiente così diverso può essere collegata alle funzioni in evoluzione dei canali ionici.

Conclusione

Questo studio fa luce sulla complessa relazione tra genetica ed evoluzione nei cetacei. I risultati suggeriscono che la transizione dalla terra all'acqua ha profondamente modellato il loro panorama genetico.

L'analisi ha mostrato che i cetacei possiedono meno geni codificanti proteine ma hanno una maggiore proporzione di canali ionici rispetto ad altri mammiferi. Molti di questi canali ionici sono legati a adattamenti critici relativi alla funzione cardiaca, al movimento, alla visione e ai processi neurologici.

Il lavoro evidenzia la natura dinamica del turnover genico all'interno dei cetacei, rivelando schemi di perdita e espansione genica che parlano della loro storia evolutiva. Il futuro promette ulteriori studi che possono aiutarci a svelare la affascinante storia di come i cetacei si siano adattati alla vita nell'oceano attraverso cambiamenti a livello genetico.

Questa ricerca fornisce una base solida per capire come le caratteristiche uniche dei cetacei si siano sviluppate nel corso di milioni di anni e sottolinea l'importanza degli studi genetici nell'unravelare i misteri dell'evoluzione in specie diverse.

Fonte originale

Titolo: Evolution of ion channels in cetaceans: A natural experiment in the tree of life

Estratto: Cetaceans could be seen as a natural experiment within the tree of life in which a mammalian lineage changed from terrestrial to aquatic habitats. This shift involved extensive phenotypic modifications, which represent an opportunity to explore the genetic bases of phenotypic diversity. Furthermore, the availability of whole genome sequences in representative species of all main cetacean groups means that we are in a golden age for such studies. Among the different molecular systems that maintain cellular homeostasis, ion channels are crucial for the proper physiological functioning of all living species. This study aims to explore the evolution of ion channels during the evolutionary history of cetaceans. To do so, we created a bioinformatic pipeline to annotate the repertoire of ion channels in the genome of the species included in our sampling. Our main results show that cetaceans have on average, fewer protein-coding genes and a higher percentage of annotated ion channels than non-cetacean mammals. Signals of positive selection were detected in ion channels related to the heart, locomotion, visual and neurological phenotypes. Interestingly, we predict that the NaV1.5 ion channel of most toothed whales (odontocetes) is sensitive to tetrodotoxin (TTX), similar to NaV1.7, given the presence of tyrosine instead of cysteine, in a specific position of the ion channel. Finally, the gene turnover rate of the cetacean crown group is more than three times faster than non-cetacean mammals.

Autori: Juan Opazo, C. Uribe, M. Nery, K. Zavala, G. Mardones, G. Riadi

Ultimo aggiornamento: 2024-04-22 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.15.545160

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.15.545160.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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