Cleo: Nuovo Software per Neuroscienza dei Sistemi
Cleo simula esperimenti di neuroscienza, unendo teoria e pratica.
― 5 leggere min
Indice
- Progressi nella Tecnologia
- L'Importanza di Collegare Teoria e Esperimento
- Vantaggi della Modellazione Integrata
- Presentazione di Cleo
- Come Funziona Cleo
- Caratteristiche di Cleo
- Validazione dei Modelli
- Progettazione e Prototipazione dell'Esperimento
- Test e Sviluppo del Controllo di Feedback
- Sfide nella Neuroscienza Sperimentale
- Direzioni Future per Cleo
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
La neuroscienza dei sistemi è un ramo della neuroscienza che studia come le diverse parti del cervello collaborano tra di loro. Questo campo sta cambiando rapidamente grazie ai progressi nella tecnologia che aiutano gli scienziati a capire l'attività cerebrale e a controllarla in modi nuovi. Mentre i ricercatori raccolgono sempre più informazioni e sviluppano nuovi metodi per studiare il cervello, si trovano ad affrontare sia opportunità entusiasmanti che nuove sfide.
Progressi nella Tecnologia
I recenti progressi nella tecnologia hanno trasformato la neuroscienza dei sistemi. Gli strumenti disponibili ora permettono ai ricercatori di osservare l'attività cerebrale in tempo reale e persino di manipolarla. Ad esempio, gli scienziati possono usare l'Optogenetica, una tecnica che usa la luce per controllare i neuroni, e vari metodi di registrazione per raccogliere dati su come funzionano i circuiti cerebrali. Questi progressi rendono più facile studiare reti complesse di neuroni e capire i loro ruoli nel comportamento e nella cognizione.
L'Importanza di Collegare Teoria e Esperimento
Nonostante questi progressi, i ricercatori spesso faticano a collegare i loro risultati sperimentali ai modelli teorici. I modelli aiutano gli scienziati a prevedere come si comportano i sistemi neurali in base a principi specifici, ma a volte questi modelli non tengono pienamente conto delle limitazioni degli strumenti disponibili per la misurazione e la manipolazione. C'è una crescente necessità di un framework che colleghi esperimenti all'avanguardia con modelli computazionali potenti per migliorare la ricerca.
Vantaggi della Modellazione Integrata
Creare un approccio coeso alla modellazione e all'aggregazione di esperimenti può far progredire il campo in vari modi. Innanzitutto, può servire come campo di prova per progettare nuovi esperimenti. Simulando le interazioni nel cervello, i ricercatori possono testare idee senza i costi e i rischi degli esperimenti reali. Questo è particolarmente utile per esperimenti a ciclo chiuso, dove il feedback in tempo reale è essenziale per garantire risultati precisi. Inoltre, avere un robusto framework di modellazione consente una migliore allineamento tra i Dati Sperimentali e i modelli computazionali, aiutando i ricercatori a raffinare le loro ipotesi e rafforzare i loro risultati.
Presentazione di Cleo
Uno strumento sviluppato per affrontare queste sfide è Cleo, un pacchetto software open-source progettato per simulare esperimenti di neuroscienza dei sistemi. Cleo integra vari metodi di registrazione e stimolazione con modelli di reti neurali esistenti. Questo software consente ai ricercatori di creare simulazioni dettagliate di esperimenti, anche quelli che richiedono feedback in tempo reale.
Come Funziona Cleo
Cleo permette agli utenti di impostare un esperimento simulato specificando dispositivi di registrazione e stimolazione, oltre a controllare come vengono elaborati i dati. Il software avvolge i modelli di reti neurali esistenti per facilitare interazioni in tempo reale con i neuroni, consentendo ai ricercatori di simulare sia stimolazione che registrazione in modo coeso. Gli utenti possono facilmente esportare i loro dati di Simulazione per l'analisi, rendendo Cleo uno strumento versatile nella ricerca neuroscientifica.
Caratteristiche di Cleo
Cleo offre diverse caratteristiche essenziali che lo rendono uno strumento potente per i neuroscienziati. Permette un'integrazione flessibile di vari setup sperimentali, facilitando i confronti tra diversi metodi in un ambiente controllato. Il software può simulare stimolazione optogenetica e registrare l'Attività neurale, fornendo preziose intuizioni su come diversi parametri sperimentali influenzano i risultati. I ricercatori possono anche sperimentare con più opsine e indicatori di calcio per vedere come influenzano il comportamento neuronale.
Validazione dei Modelli
Per garantire che Cleo produca risultati accurati, i ricercatori convalidano i diversi componenti all'interno del software. Confrontando i risultati simulati con dati sperimentali esistenti, confermano che i modelli stanno funzionando come previsto. Questi passaggi di validazione aiutano a stabilire l'affidabilità di Cleo come strumento di simulazione che può essere utilizzato nella ricerca futura.
Progettazione e Prototipazione dell'Esperimento
I ricercatori possono usare Cleo per progettare esperimenti in modo più efficace. Ad esempio, quando pianificano un nuovo studio, gli scienziati possono usare il software per testare varie condizioni e vedere come i cambiamenti influenzano i risultati. Questa capacità consente loro di affinare le loro ipotesi e prendere decisioni informate sui quali esperimenti perseguire.
Test e Sviluppo del Controllo di Feedback
Cleo facilita anche lo sviluppo di sistemi di controllo di feedback. Questi sistemi consentono agli scienziati di regolare la stimolazione cerebrale in tempo reale in base all'attività neurale registrata. Utilizzando Cleo per simulare come i circuiti neurali rispondono a diversi stimoli, i ricercatori possono sviluppare algoritmi di controllo più efficaci per vari paradigmi sperimentali.
Sfide nella Neuroscienza Sperimentale
Nonostante i molti vantaggi dell'utilizzo di Cleo, i ricercatori affrontano ancora sfide nel campo della neuroscienza dei sistemi. Ad esempio, mentre alcuni strumenti consentono ai ricercatori di registrare varie attività neurali, altri potrebbero non avere la sofisticazione necessaria per controllare efficacemente la stimolazione. Inoltre, la necessità di modelli neurali di alta qualità che possano adattarsi a nuovi progetti sperimentali continua a essere una barriera significativa.
Direzioni Future per Cleo
Guardando avanti, il design modulare di Cleo consente aggiornamenti facili e funzioni aggiuntive. I ricercatori sono incoraggiati a contribuire al software suggerendo miglioramenti o aggiungendo nuove funzionalità. Questo approccio collaborativo può aiutare a garantire che Cleo cresca per soddisfare le esigenze della comunità scientifica.
Conclusione
I progressi nella tecnologia hanno aperto nuove porte nella neuroscienza dei sistemi. Strumenti come Cleo possono colmare il divario tra modelli teorici e progettazioni sperimentali, consentendo ai ricercatori di simulare esperimenti in un ambiente controllato. Questa capacità migliora la comprensione complessiva dei circuiti neurali e delle loro funzioni. Man mano che strumenti e tecniche continuano ad evolversi, gli scienziati saranno meglio equipaggiati per esplorare i complessi meccanismi del cervello. Integrando la modellazione con i dati sperimentali, possono fare significativi progressi nella comprensione di come il cervello orchestra comportamento, cognizione e altre funzioni.
Titolo: Bridging model and experiment in systems neuroscience with Cleo: the Closed-Loop, Electrophysiology, and Optophysiology simulation testbed
Estratto: Systems neuroscience has experienced an explosion of new tools for reading and writing neural activity, enabling exciting new experiments such as all-optical or closed-loop control that effect powerful causal interventions. At the same time, improved computational models are capable of reproducing behavior and neural activity with increasing fidelity. Unfortunately, these advances have drastically increased the complexity of integrating different lines of research, resulting in the missed opportunities and untapped potential of suboptimal experiments. Experiment simulation can help bridge this gap, allowing model and experiment to better inform each other by providing a low-cost testbed for experiment design, model validation, and methods engineering. Specifically, this can be achieved by incorporating the simulation of the experimental interface into our models, but no existing tool integrates optogenetics, two-photon calcium imaging, electrode recording, and flexible closed-loop processing with neural population simulations. To address this need, we have developed Cleo: the Closed-Loop, Electrophysiology, and Optophysiology experiment simulation testbed. Cleo is a Python package enabling injection of recording and stimulation devices as well as closed-loop control with realistic latency into a Brian spiking neural network model. It is the only publicly available tool currently supporting two-photon and multi-opsin/wavelength optogenetics. To facilitate adoption and extension by the community, Cleo is open-source, modular, tested, and documented, and can export results to various data formats. Here we describe the design and features of Cleo, validate output of individual components and integrated experiments, and demonstrate its utility for advancing optogenetic techniques in prospective experiments using previously published systems neuroscience models.
Autori: Christopher J. Rozell, K. A. Johnsen, N. A. Cruzado, Z. C. Menard, A. A. Willats, A. S. Charles, J. E. Markowitz
Ultimo aggiornamento: 2024-07-09 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.01.27.525963
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.01.27.525963.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.