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Studiare lo sviluppo cellulare nei C. elegans

Approfondimenti sui modi cellulari durante lo sviluppo embrionale usando C. elegans.

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Indice

Lo sviluppo embrionale è il processo tramite il quale un singolo ovulo fecondato, o zigote, cresce fino a diventare un organismo completo. Questo processo è complesso e coinvolge molte Cellule che lavorano insieme per dare forma all'organismo e aiutare ogni cellula a trovare il proprio scopo. Ci sono due idee principali su come avviene lo sviluppo: la modalità Mosaico e la modalità regolativa. La modalità mosaico suggerisce che se prendi una cellula da un embrione, si svilupperà come se fosse ancora parte dell'intero. Nella modalità regolativa, il destino di una cellula dipende dalle cellule circostanti. Entrambe le modalità possono verificarsi insieme nello sviluppo di un animale.

Capire le Due Modalità di Sviluppo

Nella modalità mosaico, l'identità specifica di ogni cellula è predeterminata. Per esempio, se una cellula particolare viene estratta da un embrione in fase iniziale, si svilupperà comunque secondo il suo piano originale. Questo è stato dimostrato in esperimenti con embrioni di rana, dove rimuovere una cellula ha portato a un embrione più piccolo ma comunque funzionante.

D'altra parte, la modalità regolativa mostra che le cellule possono adattare il loro destino in base ai loro vicini. In un altro esperimento con embrioni di riccio di mare, gli scienziati hanno scoperto che quando le cellule venivano isolate, alcune potevano comunque formare un organismo completo. Questo indica che le cellule vicine possono compensare ciò che manca.

Sebbene entrambe le modalità di sviluppo possano essere osservate in azione, capire i loro ruoli esatti durante l'intero processo di sviluppo è impegnativo.

La Necessità di Misurazioni Accurate

Per comprendere veramente come entrambe le modalità contribuiscono al processo di sviluppo, i ricercatori hanno bisogno di metodi affidabili per misurare e analizzare i dati embrionali. Ci sono stati progressi nelle tecniche che consentono di tracciare in dettaglio le caratteristiche delle cellule, comprese le loro posizioni e i geni che esprimono.

Raccogliere informazioni su ogni cellula in un embrione-la sua discendenza, posizione e profilo di espressione-non è facile, poiché misurare questi aspetti simultaneamente può essere complicato. In molti casi, i ricercatori devono fare affidamento su metodi indiretti, che potrebbero non fornire un quadro completo.

C. Elegans come Organismo Modello

Il verme tondo C. elegans è frequentemente usato negli studi di biologia dello sviluppo perché la sua discendenza cellulare-il modo in cui le cellule si dividono e si specializzano-è consistente. Questo permette agli scienziati di tracciare cellule individuali durante il loro sviluppo e analizzare più facilmente i ruoli delle diverse modalità.

Ogni cellula in C. elegans ha un’identità definita, e i ricercatori possono seguire questo attraverso la sua discendenza. Studi recenti hanno creato dataset integrati che combinano informazioni sulle posizioni delle cellule, le relazioni tra le cellule e l’espressione delle proteine in quelle cellule.

I Contributi delle Modalità Mosaico e Regolativa

Utilizzando lo sviluppo ben documentato di C. elegans, i ricercatori possono esplorare come entrambe le modalità mosaico e regolativa giocano un ruolo nella creazione di diversi tessuti. Per esempio, la ricerca ha mostrato che il contributo della modalità mosaico era significativo in tutti i tipi di Tessuto. Al contrario, il contributo della modalità regolativa variava in base al tempo e al tipo di tessuto.

Nelle fasi iniziali dello sviluppo di alcuni tessuti-come i neuroni e la pelle-è stata trovata un'importanza della modalità regolativa. Tuttavia, nello sviluppo di altri tessuti come l'intestino, questa modalità non sembrava avere un ruolo.

Analizzare le Relazioni tra le Cellule

Per analizzare come le due modalità lavorano insieme, gli scienziati hanno esaminato da vicino le relazioni tra le cellule. Hanno misurato le distanze tra le cellule in base alla loro discendenza, posizioni spaziali e profili di espressione.

I ricercatori hanno scoperto che le cellule che erano correlate tramite discendenza tendevano anche ad essere vicine fisicamente. Questa relazione potrebbe complicare la comprensione di come le cellule influenzino l'una l'altra. Per esempio, è possibile che la prossimità nella discendenza porti a somiglianze nell'espressione, ma potrebbe anche essere che le cellule vicine influenzino il destino di una cellula.

Analizzando i modelli di queste relazioni, i ricercatori potrebbero ottenere intuizioni sui contributi dati dalle modalità mosaico e regolativa di sviluppo.

Usare Quadranti per Identificare Configurazioni Cellulari

Per dare senso alle interazioni cellulari, i ricercatori hanno classificato coppie di cellule in diversi gruppi in base alla loro discendenza, distanza spaziale e contesto. Questo li ha aiutati a identificare modelli e configurazioni che rivelano come le cellule si relazionano tra loro.

Classificando tutte le coppie di cellule in quadranti in base alle loro relazioni, i ricercatori potevano osservare tendenze nel tempo. Per esempio, hanno notato che coppie di cellule che erano distanti nella discendenza ma avevano contesti simili erano particolarmente interessanti, poiché questo suggeriva che il contesto giocava un ruolo forte nel loro sviluppo.

Osservazioni da C. elegans

Nel corso dello sviluppo di C. elegans, i ricercatori hanno trovato che i contributi della modalità mosaico tendevano a rimanere forti in vari tessuti. Nel frattempo, la modalità regolativa sembrava avere più importanza in determinati momenti e per specifici tessuti.

Per esempio, nello sviluppo della pelle e dei neuroni, l'importanza del contesto aumentava man mano che lo sviluppo avanzava. Al contrario, i contributi dall'intestino non mostravano dipendenza significativa dal contesto.

Il Ruolo della Dinamica Cellulare

I ricercatori hanno anche esaminato come i cambiamenti nel numero di cellule e nell'organizzazione cellulare influenzassero i processi di sviluppo. In alcuni casi, il numero di cellule aumentava rapidamente dopo le divisioni, mentre in altri, i riordini cellulari giocavano un ruolo critico.

Un'analisi del tessuto cutaneo ha mostrato che anche dopo che un nuovo ciclo di divisioni cellulari era completato, il contributo dei fattori contestuali continuava ad aumentare. Questo suggeriva che l'organizzazione delle cellule all'interno del loro ambiente potesse influenzare significativamente il loro sviluppo, anche quando non venivano prodotte nuove cellule.

Cellule Distanziate con Destini Simili

Lo studio ha evidenziato esempi di cellule che erano genealogicamente lontane eppure finivano per svilupparsi in modo simile. Seguendo queste due cellule attraverso la loro discendenza, i ricercatori hanno illustrato come percorsi diversi potessero portare allo stesso destino.

Questa scoperta sottolinea la complessità dello sviluppo, mostrando che sia la discendenza che il contesto esterno influenzano come le cellule si comportano e si differenziano.

Conclusione e Direzioni Future

La ricerca su C. elegans offre preziose intuizioni su come le modalità mosaico e regolativa contribuiscano allo sviluppo embrionale. Valutando questi contributi in vari tessuti e in momenti diversi, gli scienziati possono comprendere meglio l'interazione tra discendenza e contesto spaziale.

In futuro, sarebbe utile esplorare queste relazioni in altri organismi modelli. I metodi di raccolta dati ad alta capacità stanno diventando più comuni, permettendo agli scienziati di raccogliere informazioni estensive sul comportamento cellulare durante lo sviluppo.

Capire le connessioni e le interazioni tra discendenza, fattori spaziali e espressione proteica fornisce un quadro più chiaro dell'intero processo di sviluppo, aprendo la strada a ricerche future che potrebbero scoprire di più sul complesso balletto delle cellule coinvolte nella formazione di un organismo.

Fonte originale

Titolo: Assessing the Relative Contributions of Mosaic and Regulatory Developmental Modes from Single-Cell Trajectories

Estratto: Development is a highly complex process consisting of coordinated cell proliferation, cell differentiation and spatial organization. Classically, two ways to specify cell types during development are hypothesized : mosaic and regulative modes. In the mosaic mode, a particular cell isolated from the rest of the embryo will nevertheless give rise to cells with a fate identical to the ones expected in normal development, thus relying on lineage-inherited factors. In the regulative mode, the fate of a cell depends on its interactions with its environment, and thus relies on space-dependant factors. Both modes often coexist in the development of a given animal. We propose to quantify their respective contributions from single-cell trajectories. C. elegans development provides a unique opportunity to elaborate such an approach. Indeed, its invariant lineage enables the integration of spatial positions, lineage relationships and protein expression data. Using the single cell protein expression profile as a readout of the cell state, we relate the contributions of the mosaic and the regulative modes to the following measurable quantities. The contribution of the mosaic mode, or lineage-inherited contribution is quantified by the strength of the relationship between the cell-cell lineage distance and the cell-cell expression distance. Similarly, the contribution of the regulative mode, or context-dependent contribution is quantified by the strength of the relationship between the cell-cell context distance and the cell-cell expression distance. The cell-cell context distance measures the similarity between the spatial neighborhoods of two cells based on the gene expression profiles of their neighbours. We assess the significance of these contributions by comparing the empirical results obtained on C. elegans data to artificial models generated using simple rules. With these measures, we show the co-existence of mosaic and regulative modes in the development of C. elegans. The relative contribution of these two modes varies across the different tissues and in time. In particular, we see in the skin tissue that during early development, the mosaic mode dominates while at later stages, regulative mode dominates, suggesting a convergence of single cell trajectories. These measures are general and can be applied to other datasets that will be made available with the progress of spatial transcriptomics and lineage-tracing, paving the way for a quantitative, unbiased and perturbation-free study of fundamental concepts in developmental biology.

Autori: Paul Villoutreix, S. Song

Ultimo aggiornamento: 2024-07-25 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.25.605053

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.25.605053.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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