Monitorare i rischi delle mutazioni dell'influenza H5
La ricerca studia i cambiamenti genetici nell'influenza H5 e il loro potenziale impatto sugli esseri umani.
― 7 leggere min
Indice
- Geni Chiave e la Loro Importanza
- La Sfida delle Mutazioni
- Creare un Database Completo
- Comprendere Come le Mutazioni Influiscano sull'Ingresso nelle Cellule
- Aumentare la Preferenza per i Recettori Umani
- Indagare sulla Stabilità dell'HA
- Neutralizzazione da Parte degli Anticorpi
- Utilizzare Misurazioni Fenotipiche per la Sorveglianza
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
L'influenza H5 è un tipo di virus che colpisce principalmente gli uccelli, ma può rappresentare rischi per gli esseri umani in certe condizioni. Questa ricerca si concentra su come i cambiamenti nel materiale genetico del virus possano influenzare la sua capacità di diffondersi e la sua potenziale minaccia per gli esseri umani. Per fare questo, gli scienziati hanno studiato parti specifiche del virus chiamate geni e come le Mutazioni, o i cambiamenti in questi geni, potrebbero aumentare i rischi associati all'influenza H5.
Geni Chiave e la Loro Importanza
Ci sono diversi geni nel virus dell'influenza H5 particolarmente importanti. Ad esempio, il gene HA (emagglutinina) è fondamentale perché aiuta il virus ad entrare nelle cellule umane. Cambiamenti nel gene HA possono influenzare la capacità del virus di utilizzare diversi tipi di Acidi sialici, che sono molecole di zucchero presenti sulla superficie delle cellule. Negli esseri umani, un certo tipo di acido sialico (α2-6-linked) è più comune nel tratto respiratorio superiore. Se una mutazione nel gene HA consente al virus di utilizzare questo tipo di acido sialico in modo più efficace, potrebbe rappresentare un rischio maggiore di infezione per gli umani.
Inoltre, la Stabilità è essenziale per la proteina HA. Se l'HA è stabile, può rimanere efficace più a lungo e aumentare la capacità del virus di essere trasmesso per via aerea. Un altro aspetto importante è come la proteina HA possa cambiare per evitare la risposta immunitaria umana. Gli anticorpi prodotti dai nostri sistemi immunitari potrebbero non riconoscere nuove versioni della proteina HA, rendendo difficile per i vaccini offrire protezione. Studiando queste mutazioni e i loro effetti, i ricercatori mirano a valutare quanto possa diventare pericoloso il virus dell'influenza H5.
La Sfida delle Mutazioni
Sebbene studi precedenti abbiano identificato l'importanza delle mutazioni di HA, la maggior parte di questa ricerca si è concentrata solo su un numero limitato di possibili mutazioni. Questo vuoto significa che, quando vengono trovate nuove mutazioni, gli scienziati spesso devono condurre nuovi esperimenti per vedere come influenzano il comportamento del virus. Questo approccio lento può rimanere indietro rispetto alla rapida evoluzione dei virus, rendendo più difficile prevedere i loro rischi futuri. L'obiettivo di questa ricerca era misurare come tutte le possibili mutazioni nel gene HA influenzerebbero vari tratti importanti.
Creare un Database Completo
È stato utilizzato un metodo chiamato deep mutational scanning per raggiungere questo obiettivo. Questa tecnica consente agli scienziati di introdurre quasi ogni possibile mutazione nel gene HA per determinare come questi cambiamenti influenzino la capacità del virus di entrare nelle cellule, riconoscere diversi acidi sialici, mantenere stabilità e sfuggire alla risposta immunitaria.
I ricercatori hanno iniziato con un ceppo specifico di influenza H5 raccomandato per lo sviluppo di vaccini dall'Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS). È stato creato un pseudovirus, una versione innocua del virus, per trasportare le forme mutate del gene HA. Ogni variante virale è stata collegata a un codice a barre unico, che ha reso più facile tenere traccia degli effetti di varie mutazioni.
Hanno generato due librerie di pseudovirus mutati che coprivano circa il 95% delle possibili variazioni nel gene HA. Ogni virus in queste librerie aveva una o più mutazioni. Questo sforzo ampio mirava a creare uno strumento per l'analisi in tempo reale delle mutazioni trovate durante il monitoraggio del virus.
Comprendere Come le Mutazioni Influiscano sull'Ingresso nelle Cellule
Un obiettivo principale della ricerca era capire come queste mutazioni influenzassero la capacità della proteina HA di aiutare il virus ad entrare nelle cellule umane. La capacità di entrare nelle cellule è cruciale per il virus per causare un'infezione. Per valutare questo, gli scienziati hanno testato quanto bene diversi virus mutati potessero infettare cellule umane che esprimevano entrambi i tipi di acidi sialici (α2-3 e α2-6).
I risultati hanno mostrato una gamma ampia di effetti dalle mutazioni. Alcune mutazioni hanno permesso ai virus di entrare nelle cellule in modo più efficiente, mentre altre hanno compromesso l'ingresso. Un'alta tolleranza alle mutazioni è stata trovata principalmente nella regione della testa della proteina HA, ma meno nella parte del gambo che è critica per la sua funzione. Queste informazioni aiutano a identificare le regioni della proteina HA che potrebbero essere mirate per interventi terapeutici.
Aumentare la Preferenza per i Recettori Umani
Oltre a esaminare l'ingresso nelle cellule, la ricerca ha specificamente guardato a come le mutazioni influissero sulla capacità del virus di utilizzare acidi sialici α2-6-linked. Le mutazioni che miglioravano questa preferenza si trovavano principalmente nella tasca di legame degli acidi sialici della proteina HA. Alcune mutazioni, come Q226L, erano già state documentate in altri ceppi di influenza e si sapeva che miglioravano la capacità del virus di legarsi alle cellule umane.
Questo aspetto della ricerca sottolinea l'importanza di sapere quali mutazioni potrebbero rendere il virus più abile a infettare gli umani. Identificando questi cambiamenti, gli scienziati possono meglio prevedere il potenziale del virus di causare focolai negli esseri umani.
Indagare sulla Stabilità dell'HA
La stabilità nella proteina HA è un fattore chiave che si ricollega alla capacità del virus di trasmettersi nell'aria. Se la proteina HA è stabile, può mantenere la sua funzionalità anche in condizioni meno ideali, come cambiamenti di pH o temperatura. I ricercatori hanno incubato pseudovirus mutati in ambienti acidi per valutare quanto bene ciascuna variante mantenesse la propria infettività. Hanno misurato come le mutazioni influenzassero la stabilità dell'HA e identificato diverse mutazioni che aumentavano significativamente la stabilità.
I risultati hanno rivelato che le mutazioni di stabilità erano distribuite lungo la proteina HA, con certe aree che mostrano una concentrazione più alta di mutazioni stabilizzanti. Comprendere queste mutazioni fornisce spunti su cosa renda resiliente la proteina HA, il che potrebbe informare le strategie di sviluppo dei vaccini.
Neutralizzazione da Parte degli Anticorpi
Un altro aspetto importante dello studio è stata l'analisi di come le mutazioni in HA potrebbero aiutare il virus a sfuggire alla neutralizzazione da parte degli anticorpi. La proteina HA è il principale obiettivo per la risposta immunitaria del corpo, e le mutazioni possono aiutare il virus a evadere questo meccanismo di difesa. Attraverso il deep mutational scanning, gli scienziati hanno potuto valutare l'impatto delle varie mutazioni sulla neutralizzazione dal siero di topi e furetti vaccinati.
La ricerca ha confermato che alcune mutazioni potrebbero portare a una significativa evasione dalla neutralizzazione, in particolare in regioni antigeniche conosciute della proteina HA. Osservare come queste mutazioni di evasione cambiano nel tempo può essere critico per informare gli aggiornamenti del vaccino per garantire un’efficacia continua contro i ceppi circolanti.
Utilizzare Misurazioni Fenotipiche per la Sorveglianza
Con il crescente numero di sequenze del virus dell'influenza H5 raccolte, è fondamentale identificare i ceppi che potrebbero rappresentare rischi maggiori. Le misurazioni fenotipiche ottenute dal deep mutational scanning possono aiutare a stimare le caratteristiche di nuovi ceppi virali basati sulle loro sequenze genetiche. Questo approccio consente valutazioni rapide dei ceppi appena osservati e aiuta a dare priorità a quali ceppi dovrebbero essere studiati ulteriormente.
Aggiungendo le misurazioni fenotipiche negli sforzi di sorveglianza virale, il monitoraggio dell'evoluzione dell'influenza H5 può essere semplificato. Tali strategie faciliteranno risposte tempestive a minacce emergenti e guideranno la selezione dei ceppi candidati per il vaccino.
Conclusione
In conclusione, questa ricerca getta le basi per comprendere le complessità delle mutazioni dell'influenza H5 e le loro implicazioni per la salute pubblica. I dati ampi raccolti dal deep mutational scanning forniscono spunti cruciali su come i cambiamenti genetici nella proteina HA influenzino la capacità del virus di diffondersi e di sfuggire al sistema immunitario umano. Collegando le informazioni genetiche agli effetti fenotipici, gli scienziati possono migliorare la loro capacità di monitorare e rispondere efficacemente ai rischi dell'influenza H5, contribuendo infine alla preparazione pandemica e allo sviluppo dei vaccini.
Aggiornando continuamente la nostra conoscenza su come le mutazioni del virus dell'influenza H5 possano influenzare il suo comportamento, ci mettiamo in una posizione migliore per anticipare e rispondere a future epidemie.
Titolo: Deep mutational scanning of H5 hemagglutinin to inform influenza virus surveillance
Estratto: H5 influenza is a potential pandemic threat. Previous studies have identified molecular phenotypes of the viral hemagglutinin (HA) protein that contribute to pandemic risk, including cell entry, receptor preference, HA stability, and reduced neutralization by polyclonal sera. Here we use pseudovirus deep mutational scanning to measure how all mutations to a clade 2.3.4.4b H5 HA affect each phenotype. We identify mutations that allow HA to better bind 2-6-linked sialic acids, and show that some viruses already carry mutations that stabilize HA. We also identify recent viral strains with reduced neutralization to sera elicited by candidate vaccine virus. Overall, the systematic nature of deep mutational scanning combined with the safety of pseudoviruses enables comprehensive characterization of mutations to inform surveillance of H5 influenza.
Autori: Jesse D Bloom, B. Dadonaite, J. J. Ahn, J. T. Ort, J. Yu, C. Furey, A. Dosey, W. W. Hannon, A. V. Baker, R. J. Webby, N. P. King, Y. Liu, S. E. Hensley, T. P. Peacock, L. H. Moncla
Ultimo aggiornamento: 2024-07-31 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.23.595634
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.23.595634.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.
Link di riferimento
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/cell_entry.html
- https://dmsvep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/numbering.html
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/a26_usage.htm
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/stability.html
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/escape.html
- https://nextstrain.org/groups/moncla-lab/h5nx/h5-dms/clade-2344b
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/summary.html
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/results/summaries/phenotypes.csv
- https://dms-viz.github.io/v0/?data=
- https://%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2Fdms-vep%2FFlu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS%2Fmain%2Fresults%2Fdms-viz%2Fdms-viz.json
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS
- https://github.com/dms-vep/dms-vep-pipeline-3
- https://nextstrain.org/groups/moncla-lab/h5nx/h5-dms/usa-clade-2344b
- https://github.com/moncla-lab/annotate-dms
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/numbering.html
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/library_design/pH2
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/library_design/Q-248900_Final_QC_Report_for_twist_library.xlsx
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/library_design/mut
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/library_design/313
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/library_design/340
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/htmls/293_SA23_entry_func_effects.html
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/a26_usage.html
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/library_design/3068_ForInd_mC_BCs_pool1.gb
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/data/
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/notebooks/fit_escape_stability_Lib2-231002-pH.html
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/notebooks/avg_escape_antibody_escape_mouse-1-03.html
- https://dms-vep.org/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/notebooks/avg_escape_antibody_escape_ferret-7.html
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/library_design/272
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/library_design/HDM_H5_American_Wigeon.gb
- https://jbloomlab.github.io/neutcurve/
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/library_design/conditionally_replicative_virus_plasmids/pHW_HA_American-Wigeon_USDA-000345-001_H5N1_delPBCS.gb
- https://github.com/dms-vep/Flu_H5_American-Wigeon_South-Carolina_2021-H5N1_DMS/blob/main/library_design/conditionally_replicative_virus_plasmids/3972_pHW_N1_TurkeyH5.gb