Avanzare nella ricerca sulla modifica dei geni mitocondriali
Nuovi metodi per modificare il DNA mitocondriale sembrano promettenti per curare malattie.
Nina Entelis, N. Nikitchina, A.-M. Heckel, N. Shebanov, I. Mazunin, I. Tarassov
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I mitocondri sono piccole parti che si trovano in quasi tutte le cellule viventi. Spesso vengono chiamati "centrali energetiche" della cellula perché aiutano a produrre energia, essenziale per il funzionamento della cellula. Tuttavia, i scientifici hanno scoperto che i mitocondri fanno molto di più che fornire energia. Aiutano anche a controllare processi importanti come i livelli di calcio, la morte cellulare, la produzione di alcune molecole e le risposte immunitarie del corpo.
I mitocondri hanno il loro DNA, conosciuto come DNA mitocondriale (MtDNA). Questo DNA è circolare e contiene informazioni necessarie per produrre alcune delle proteine richieste dai mitocondri. Il mtDNA umano è lungo circa 16.500 lettere e codifica per proteine importanti, oltre a piccole molecole note come RNA di trasferimento e RNA ribosomali, che giocano ruoli nell'assemblaggio delle proteine.
Danno al DNA mitocondriale e le sue conseguenze
Proprio come il DNA trovato nel nucleo cellulare, anche il mtDNA può essere danneggiato. Tuttavia, i modi in cui i mitocondri riparano il loro DNA non sono così efficaci come i metodi di riparazione usati per il DNA nucleare. Questo significa che le Mutazioni nel mtDNA possono accumularsi nel tempo. Anche se le cellule hanno molte copie di mtDNA, rendendole abbastanza resilienti all'impatto delle mutazioni, i danni possono comunque portare a problemi di salute gravi.
Le mutazioni nel mtDNA sono collegate a varie malattie, specialmente quelle che colpiscono il cervello e i muscoli. Possono anche influenzare la salute generale, causando problemi come infertilità, malattie cardiache, diabete e Alzheimer precocemente. Si stima che circa una persona ogni 5.000 abbia una condizione causata da mutazioni nel mtDNA, e ci sono oltre 300 mutazioni dannose conosciute che possono contribuire a queste malattie. Purtroppo, attualmente non ci sono trattamenti efficaci per questi problemi.
Ricerca sulle mutazioni mitocondriali
Data la mancanza di trattamenti, i ricercatori si stanno concentrando sempre di più su come cambiare o riparare il mtDNA. I metodi attuali che sono stati efficaci nel ridurre il numero di mtDNA mutato coinvolgono la creazione di rotture intenzionali (note come rotture a doppia catena o DSB) nel DNA, che possono portare alla degradazione del DNA danneggiato. Alcune nuove tecniche stanno venendo studiate, come particolari tipi di enzimi che possono mirare e riparare il mtDNA.
Tuttavia, utilizzare questi metodi presenta delle sfide. Progettare strumenti che possano mirare con precisione alle varie sequenze del mtDNA può essere complicato. Inoltre, questi strumenti potrebbero non funzionare nel caso in cui tutte le copie del mtDNA siano mutate, note come mutazioni omoplasmatiche.
I processi di riparazione per mtDNA danneggiato non sono ancora del tutto compresi. Anche se i scientifici hanno metodi ben documentati per riparare il DNA nucleare, non hanno ancora chiarito come i mitocondri gestiscano le DSB. Studi recenti indicano che alcuni metodi di riparazione osservati nel DNA nucleare potrebbero verificarsi anche nei mitocondri, ma la loro efficacia è ancora poco chiara.
Progressi nelle tecnologie di editing genetico
Lo sviluppo di strumenti di editing genetico come CRISPR ha aperto nuove possibilità. Queste tecnologie hanno mostrato un potenziale impressionante per alterare il DNA nel nucleo cellulare, ma adattarle per l'uso nel mtDNA si è rivelato difficile. Una grande sfida è che non è stato trovato un metodo chiaro per inserire le parti necessarie di CRISPR nei mitocondri. Il CRISPR tradizionale richiede sequenze RNA specifiche, e non c'è stato un modo semplice per trasportare questo RNA nei mitocondri.
Studi recenti hanno iniziato a mostrare che alcuni sistemi CRISPR potrebbero generare rotture nel mtDNA, risultando in una diminuzione della quantità di mtDNA, il che potrebbe essere utile per mirare a forme mutate. Tuttavia, non ci sono ancora prove sufficienti per confermare che questi sistemi possano effettivamente alterare il mtDNA.
Per indagare ulteriormente il potenziale delle tecnologie di editing genetico nei mitocondri, è stato condotto uno studio utilizzando un tipo specifico di CRISPR noto come AsCas12a. Questo sistema è stato progettato per creare rotture nel mtDNA in determinate posizioni, permettendo potenzialmente la rimozione o l'alterazione di parti danneggiate.
Mirare ai mitocondri con CRISPR
Nello studio, AsCas12a è stato collegato a segnali speciali che lo avrebbero guidato verso i mitocondri. I ricercatori hanno testato vari segnali per determinare quale funzionasse meglio per garantire che AsCas12a potesse entrare efficacemente nei mitocondri. Tra questi, un segnale proveniente da una proteina specifica nota come Su9 ha mostrato i migliori risultati per far entrare AsCas12a nei mitocondri.
Per capire meglio il comportamento e l'efficacia di Su9-AsCas12a in laboratorio, sono stati condotti esperimenti. Gli scienziati hanno osservato che Su9-AsCas12a si localizzava con successo all'interno dei mitocondri dopo essere stato attivato. Hanno anche verificato che questo sistema funzionava ancora come uno strumento di taglio, mantenendo la sua capacità di scindere il DNA.
Un altro punto di interesse era se l'introduzione di Su9-AsCas12a avrebbe influito sulla salute e la funzione dei mitocondri. I ricercatori hanno guardato se ci fossero stati cambiamenti nel funzionamento dei mitocondri quando AsCas12a era attivo. Hanno scoperto che l'espressione di Su9-AsCas12a non ha impattato negativamente su come i mitocondri erano strutturati o su come producevano energia.
Test del sistema di editing genetico mitocondriale
Una volta che i ricercatori hanno confermato che Su9-AsCas12a mirava effettivamente ai mitocondri, volevano vedere se questo sistema potesse creare specifiche delezioni nel mtDNA. Hanno usato RNA progettati appositamente noti come crRNA per guidare AsCas12a verso determinate sezioni di mtDNA, con l'obiettivo di indurre tagli che portassero alla rimozione di sequenze indesiderate.
Introducendo i crRNA necessari insieme a siRNA per inibire la degradazione del mtDNA, gli scienziati hanno condotto esperimenti per monitorare se venissero fatte specifiche delezioni nel DNA mitocondriale. Hanno identificato con successo frammenti di mtDNA che indicavano che erano stati fatti tagli, dimostrando il potenziale del sistema mitoAsCas12a per indurre delezioni.
Risultati e implicazioni
Lo studio ha fornito forti prove che delezioni mirate nel mtDNA possono essere ottenute utilizzando il sistema mitoAsCas12a. Tuttavia, l'efficienza di questo sistema sembra essere piuttosto limitata, e c'è bisogno di ulteriore lavoro per migliorare quanto possa produrre cambiamenti desiderati nel mtDNA.
La possibilità di creare specifiche delezioni nel mtDNA potrebbe avere implicazioni significative per i futuri trattamenti delle malattie mitocondriali. Sviluppando metodi di editing genetico più efficaci, gli scienziati sperano di aprire la strada a nuove terapie che potrebbero aiutare le persone affette da condizioni legate a disfunzioni mitocondriali.
Conclusione
La ricerca sul mtDNA e i suoi processi di riparazione è un campo in evoluzione con il potenziale di trasformare il nostro modo di comprendere e trattare le malattie mitocondriali. Il targeting riuscito dei mitocondri utilizzando CRISPR, in particolare il sistema AsCas12a, indica che potrebbero esserci nuove strade per intervenire in condizioni precedentemente considerate incurabili. Tuttavia, sono necessari ulteriori studi per perfezionare queste tecniche, massimizzare la loro efficacia e garantire la loro sicurezza per potenziali applicazioni cliniche. Man mano che gli scienziati continuano a esplorare questa area complessa della biologia, c'è speranza per future scoperte nelle opzioni di trattamento per coloro che sono colpiti da disturbi mitocondriali.
Titolo: Targeted deletions in human mitochondrial DNA engineered by Type V CRISPR-Cas12a system
Estratto: Mutations in mitochondrial DNA (mtDNA) contribute to various neuromuscular diseases, with severity depending on heteroplasmy level when mutant and wild-type mtDNA coexist within the same cell. Developing methods to model mtDNA dysfunction is crucial for experimental therapies. Here, we adapted the Type V CRISPR-AsCas12a system, which recognizes AT-rich PAM sequences, for targeted editing of human mtDNA. We show that AsCas12a effector, fused with a mitochondrial targeting sequence (MTS) from Neurospora crassa ATPase subunit 9, is efficiently addressed into human mitochondria and induces specific mtDNA cleavage in human cells. As a proof-of-concept, we demonstrate that AsCas12a, complexed with two crRNAs targeting distant regions of human mtDNA, introduces specific deletions in mtDNA. For the first time, we provide experimental data proving that a CRISPR system can be used not only for mtDNA degradation but also for precise mtDNA manipulation, offering a potential therapeutic avenue to address mitochondrial disorders.
Autori: Nina Entelis, N. Nikitchina, A.-M. Heckel, N. Shebanov, I. Mazunin, I. Tarassov
Ultimo aggiornamento: 2024-10-21 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.20.619292
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.20.619292.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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