L'enigma della lateralità della vita
Esplorando il dominio dei mancini nei blocchi fondamentali della vita.
Shannon Kim, Marco Todisco, Aleksandar Radakovic, Jack W. Szostak
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Indice
- Che C'è con Sinistri e Destre?
- Il Pollo e l'Uovo della Vita: Cosa È Venuto Prima?
- La Ruota Che Gira della Omociralità
- Il Ruolo dell'RNA come Trendsetter
- La Danza della Ligazione e Idrolisi
- Ci Sono Altri Fattori in Gioco?
- Il Gioco delle Sedie Musicali
- La Ricerca del Parente Mancante
- Conclusione: Mettere Insieme I Pezzi
- Fonte originale
Nel mondo delle creature viventi, c'è una regola insolita che governa i mattoni della vita. Vedi, tutto il nostro DNA è composto da D-nucleotidi e tutte le proteine sono fatte di L-aminoacidi. È come se tutti avessero deciso di usare solo scarpe sinistre per una festa di danza, lasciando quelle destre a casa! Questa strana coerenza solleva domande su come sia iniziata la vita e perché abbia scelto un sapore rispetto all'altro.
Che C'è con Sinistri e Destre?
In chimica, le cose possono venire in due forme: destri e sinistri chiamati enantiomeri. Immagina un paio di guanti, uno per la mano sinistra e l'altro per la destra. Sembrano simili ma non possono adattarsi a nessuna delle due mani. Negli organismi viventi, D-nucleotidi e L-aminoacidi sono gli enantiomeri degli acidi nucleici e delle proteine, che sono fondamentali per la vita.
I primi giorni della vita dovevano azzeccare tutto fin dall'inizio-mescolare questi due tipi sarebbe come cercare di mettere un guanto sinistro su una mano destra. Studi dimostrano che se mescoli le versioni D e L, le reazioni essenziali per la vita vanno in tilt. La copiatura degli acidi nucleici va a pezzi e nessuno ama una festa con passi di danza rotti.
Il Pollo e l'Uovo della Vita: Cosa È Venuto Prima?
La domanda rimane: abbiamo avuto i D-nucleotidi prima degli L-aminoacidi, o viceversa? Alcuni scienziati pensano che una volta che l'RNA (l'intermediario tra DNA e proteine) ha sistemato i suoi D-nucleotidi, abbia influenzato la scelta degli L-aminoacidi per le proteine. È come se l'RNA fosse il trendsetter della vita, decidendo che gli L-aminoacidi erano la strada da percorrere.
Ma ecco il colpo di scena: se l'RNA ha avuto un ruolo nella scelta degli L-aminoacidi, che dire delle altre molecole biologiche come i lipidi? Potrebbero aver stabilito la loro utilità indipendentemente? È un po' come cercare di capire se il pollo o l'uovo ha creato quella deliziosa omelette!
La Ruota Che Gira della Omociralità
I ricercatori hanno passato molto tempo cercando di risolvere il mistero del perché la vita sia sinistrorsa. Alcune reazioni interessanti che possono creare questa sinistralità includono la reazione di Soai e la maturazione di Viedma, che suonano come i nomi di cocktail fancy. Anche se queste reazioni mostrano risultati promettenti nella creazione di sostanze omocirali, non hanno ancora prodotto composti essenziali che potrebbero dare il via alla vita.
Una recente idea coinvolge l'uso di un magnete fortunato per aiutare a separare gli enantiomeri. Gli scienziati hanno dimostrato che puoi usare superfici polarizzate magneticamente per far separare gli L- e D-aminoacidi, il che suona come magia ma è molto scientifico. Questo metodo ha avuto più successo con i nucleotidi che con gli aminoacidi. Se riusciamo a fare in modo che i D-nucleotidi si organizzino bene, potrebbero portare direttamente alla formazione di RNA e DNA, aiutando la vita a seguire la sua strada.
Il Ruolo dell'RNA come Trendsetter
Rimanendo nella tradizione, i ricercatori hanno osservato che il D-RNA sembra accoppiarsi meglio con gli L-aminoacidi. Alcuni esperimenti furbi hanno mostrato che quando il D-RNA interagisce con gli aminoacidi, le versioni L ricevono un trattamento preferenziale. Se consideri l'aminoacilazione (una parola fancy per attaccare aminoacidi all'RNA), si scopre che il processo favorisce gli L-aminoacidi. È come dare i migliori partner di danza solo alle scarpe sinistre!
Per esempio, gli scienziati hanno ideato alcune soluzioni ingegnose per far sì che l'RNA si aggrappi agli aminoacidi. Hanno usato diversi tipi di strutture di RNA per vedere quanto bene si accoppiano con vari aminoacidi. I risultati? Gli L-aminoacidi sono entrati sulla pista da ballo molto più velocemente dei D-aminoacidi.
Idrolisi
La Danza della Ligazione eOra, di cosa si tratta tutto questo sulla ligazione e l'idrolisi? Pensa alla ligazione come all'unione di due partner di danza, mentre l'idrolisi è la rottura disordinata che può accadere durante la danza. In questo caso, RNA e aminoacidi sono i partner. Quando i ricercatori hanno messo insieme RNA aminoacilato (cioè RNA con un partner aminoacido) e filamenti attivati, hanno osservato che i partner sinistri sembravano sempre prendere il centro della scena.
Il team ha eseguito una serie di test dimostrando che per quattro diversi aminoacidi (alanina, leucina, lisina e prolina), gli L-aminoacidi erano molto più veloci a accoppiarsi con l'RNA rispetto ai loro fratelli destri. Guardando da vicino, il team ha notato che mentre la rottura (idrolisi) non mostrava molto bias, l'unione (ligazione) sicuramente sì.
Per un po' di divertimento, immagina una gara di danza dove tutti i ballerini mancini si presentano in smoking, mentre i destri arrivano in pigiama. Naturalmente, gli smoking battono i pigiama!
Ci Sono Altri Fattori in Gioco?
Mentre i risultati erano entusiasmanti, i ricercatori sono rimasti cauti. È importante non assumere che tutto dipenda solo dalla chiralità. Hanno scoperto che diverse strutture di RNA influenzavano i risultati, un po' come il tipo di pista da ballo può cambiare quanto bene si esibiscono i ballerini. Alcune strutture di RNA hanno reso più facile agli L-aminoacidi brillare.
Il team voleva anche escludere altre variabili che potrebbero interferire con i loro risultati. Si sono assicurati di monitorare separatamente i tassi di idrolisi per vedere se potessero spiegare le differenze. Si scopre che l'effetto dell'aminoacido sulla struttura dell'RNA gioca un ruolo, ma romperli non era la principale ragione dei risultati sbilanciati.
Il Gioco delle Sedie Musicali
Man mano che i ricercatori esploravano ulteriormente queste reazioni, notavano un tema ricorrente: quando l'RNA si trucca con gli L-aminoacidi, inizia davvero a fare sul serio. Lo stesso vale quando si usa L-RNA; sembra favorire i D-aminoacidi! Immagina un gioco di sedie musicali dove le regole cambiano a seconda di chi si presenta a ballare!
Questa festa di danza è la metafora perfetta di come il primo accoppiamento di D-RNA e L-aminoacidi potrebbe riportare a una base dove le proteine sono costituite solo da aminoacidi sinistrorsi. Immagina un mondo dove tutte le proteine sono solo scarpe sinistre che ballano insieme, lasciando quelle destre fuori al freddo!
La Ricerca del Parente Mancante
Anche con tutte queste scoperte, rimangono domande. Mentre gli scienziati cercano di districare la relazione tra D-RNA e L-aminoacidi, stanno cercando i pezzi mancanti di questo puzzle. Anche se è chiaro che alcune reazioni portano a una preferenza per gli L-aminoacidi, come è successo? Alcune reazioni antiche potrebbero aver preparato il terreno per la festa sinistrorsa che vediamo oggi?
Nonostante la ricerca in corso, il processo di selezione originale degli L-aminoacidi è ancora un po' un rompicapo. Una cosa sembra chiara: il fascino del D-RNA ha lasciato un segno importante.
Conclusione: Mettere Insieme I Pezzi
Man mano che i ricercatori continuano a studiare la danza di nucleotidi e aminoacidi, il puzzle della mancinismo della vita rimane affascinante. Con l'RNA in primo piano, la relazione tra D-RNA e L-aminoacidi potrebbe aver preparato il terreno per la ricca diversità della vita che vediamo oggi.
In un mondo dove regna la sinistralità, è affascinante considerare come questo bias si sia venuto a creare e cosa significhi per la nostra comprensione delle origini della vita. Ricorda solo che i ballerini sinistri potrebbero avere qualche segreto da condividere-se solo riuscissimo a decifrare il codice!
Alla fine, che tu preferisca le scarpe sinistre o destri, tutti possono apprezzare il ritmo della vita e il mistero di come è iniziato tutto. Continua a ballare al ritmo della scienza, e chissà quali nuove scoperte ci aspettano!
Titolo: Stereoselectivity of Aminoacyl-RNA Loop-closing Ligation
Estratto: The origin of amino acid homochirality remains an unresolved question in the origin of life. The requirement of enantiopure nucleotides for nonenzymatic RNA copying strongly suggests that homochirality of nucleotides and RNA arose early. However, this leaves open the question of whether and how homochiral RNA subsequently imposed biological homochirality on other metabolites including amino acids. Previous studies have reported moderate stereoselectivity for various aminoacyl-RNA transfer reactions. Here we examine aminoacyl-RNA loop-closing ligation, a reaction that captures aminoacylated RNA in a stable phosphoramidate product, such that the amino acid bridges two nucleotides in the RNA backbone. We find that the rate of this reaction is much higher for RNA aminoacylated with L-amino acids than D-amino acids. We present an RNA sequence that near-exclusively captures L-amino acids in loop-closing ligation. Finally, we demonstrate that ligation of aminoacyl-L-RNA results in inverse stereoselectivity for D-amino acids. The observed stereochemical link between D-RNA and L-amino acids in the synthesis of RNA stem-loops containing bridging amino acids constitutes a stereoselective structure building process. We suggest that this process led to a selection for the evolution of aminoacyl-RNA synthetase ribozymes that were selective for L-amino acids, thereby setting the stage for the subsequent evolution of homochiral peptide and ultimately protein synthesis.
Autori: Shannon Kim, Marco Todisco, Aleksandar Radakovic, Jack W. Szostak
Ultimo aggiornamento: 2024-11-28 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.26.625528
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.26.625528.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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