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# Biologie# Microbiologie

Le Rôle des Bactéries dans la Croissance des Plantes et la Gestion de l'IAA

Les bactéries jouent un rôle clé dans la décomposition de l'hormone végétale IAA, influençant la croissance.

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L'Acide indole-3-acétique, souvent appelé IAA, est une substance naturelle produite par les plantes qui les aide à grandir. C'est un type d'hormone végétale, spécifiquement un auxine, et ça joue un rôle important dans plein d'activités des plantes, comme la façon dont les cellules se divisent et grandissent. On trouve surtout l'IAA dans les parties des plantes qui sont en train de se développer, surtout au bout des racines. À ces endroits, y a plein de cellules capables de fabriquer de l'IAA, et il y a un gradient ou une différence dans la quantité d'IAA présente, ce qui aide à guider la croissance des racines.

Alors même que l'IAA se trouve principalement dans les racines, on peut aussi le détecter dans les liquides que les plantes libèrent dans le sol, appelés Exsudats racinaires. Ces exsudats peuvent contenir de l'IAA avec d'autres substances.

Le rôle des Microorganismes dans la croissance des plantes

Les plantes hébergent plein de microorganismes, et ensemble, ils forment une communauté qu'on appelle le microbiome associé aux plantes. Ce microbiome inclut divers Bactéries et champignons qui vivent sur ou à l'intérieur de la plante. La zone racinaire est particulièrement importante car elle influence la façon dont ces microorganismes fonctionnent.

Des recherches ont montré que les exsudats racinaires, qui incluent des hormones végétales comme l'IAA, peuvent façonner de manière significative la communauté de microorganismes vivant près des racines. Avec le temps, ces microorganismes ont développé des moyens de vivre avec les plantes, y compris la capacité de produire et de décomposer des substances spécifiques aux plantes comme l'IAA. On estime qu'un grand nombre de bactéries dans la zone racinaire peuvent produire de l'IAA.

Cependant, on ne sait pas grand-chose sur les bactéries capables de décomposer l'IAA dans le sol et sur leur rôle dans la nature.

Comment les bactéries décomposent l'IAA

Il y a deux façons principales dont les bactéries peuvent décomposer l'IAA. La première méthode implique un groupe de gènes appelé l'opéron iac-like, qui permet à certaines bactéries de transformer l'IAA en une autre substance appelée catéchol. Par exemple, certains types de bactéries comme Pseudomonas et Acinetobacter ont cette capacité.

La deuxième méthode implique un autre groupe de gènes appelé l'opéron iad-like, qui permet à certaines bactéries de décomposer l'IAA en un autre produit final appelé anthranilate. Des exemples de bactéries capables de faire ça incluent Variovorax et Achromobacter.

Des études récentes ont montré que les gènes responsables de la décomposition de l'IAA sont présents dans de nombreuses souches bactériennes. Cependant, on ne sait toujours pas combien de ces bactéries dans le sol peuvent décomposer l'IAA et ce que cela signifie pour la santé du sol.

Découverte des bactéries dégradant l'IAA

Pour en savoir plus sur comment les bactéries peuvent décomposer l'IAA, les scientifiques ont examiné un grand nombre de bactéries collectées des racines d'Arabidopsis (une petite plante à fleurs) et de riz. Ils ont vérifié les gènes responsables de la décomposition de l'IAA et ont réalisé des expériences pour confirmer quelles bactéries pouvaient réellement dégrader l'IAA.

Les scientifiques ont trouvé 21 bactéries spécifiques provenant de sept groupes différents qui ont montré qu'elles pouvaient efficacement décomposer l'IAA. Fait intéressant, deux de ces groupes n'avaient pas été signalés auparavant. Toutes les bactéries capables de décomposer l'IAA portaient soit l'opéron iac-like, soit l'opéron iad-like. Quand ces bactéries ont été exposées à l'IAA, leur activité génétique a augmenté, montrant qu'elles pouvaient répondre à l'hormone.

En plus, certaines de ces bactéries pouvaient utiliser l'IAA non seulement pour le décomposer, mais aussi comme source de nourriture pour l'énergie et la croissance. Quand ces bactéries ont été testées sur des plantes, elles ont montré une capacité remarquable à réduire l'impact négatif d'excès d'IAA sur la croissance des racines, soulignant leur rôle potentiel dans le soutien du développement des plantes.

La recherche de plus de bactéries dégradant l'IAA

L'étude cherchait à identifier plus de bactéries capables de décomposer l'IAA et comprendre à quel point elles sont répandues dans différents environnements. Les scientifiques ont examiné des milliers de génomes bactériens collectés dans divers habitats, y compris les eaux, les sols, et même les intestins des mammifères.

Les résultats ont montré que les capacités de dégradation de l'IAA se trouvaient principalement dans les sols associés aux plantes. Plus précisément, un grand nombre de bactéries provenant des racines et des tiges des plantes pouvaient décomposer l'IAA, tandis que peu étaient trouvées dans les environnements aquatiques ou mammifères.

Comment les bactéries utilisent l'IAA

Les scientifiques voulaient aussi savoir si ces bactéries pouvaient utiliser l'IAA comme seule source de nourriture. Beaucoup des souches identifiées étaient capables de consommer tout l'IAA qu'on leur donnait, montrant qu'elles pouvaient prospérer en l'utilisant comme source de nourriture. Certaines des souches ont particulièrement bien grandi, consommant tout l'IAA beaucoup plus rapidement que d'autres.

L'importance des bactéries dégradant l'IAA pour la croissance des plantes

La dégradation de l'IAA est cruciale pour la croissance des plantes car elle aide à équilibrer les niveaux d'IAA dans et autour des racines. Maintenir un bon équilibre est nécessaire pour un développement sain des racines. L'étude a identifié que certaines bactéries pouvaient réduire les effets de l'excès d'IAA, qui peut inhiber la croissance des racines.

Quand des bactéries dégradant spécifiquement l'IAA ont été ajoutées aux plantes, elles ont aidé à restaurer la croissance normale des racines, suggérant qu'elles ont un rôle vital dans la gestion des niveaux d'IAA par les plantes. Ces interactions montrent à quel point les bactéries sont importantes dans les relations complexes entre les plantes et leur environnement.

Conclusion

Cette recherche met en lumière les rôles essentiels que les bactéries jouent dans la gestion des niveaux d'IAA dans les plantes. Grâce à la découverte de diverses bactéries dégradant l'IAA provenant de différents types de plantes, les scientifiques peuvent mieux comprendre les connexions complexes dans le microbiome des plantes.

En identifiant les mécanismes par lesquels ces bactéries agissent, on peut obtenir des idées sur comment elles aident les plantes à grandir et à se développer. Cette connaissance pourrait mener à de meilleures pratiques agricoles à l'avenir, soutenant des plantes et des écosystèmes plus sains.

Les interactions entre les plantes produisant de l'IAA et les bactéries dégradant l'IAA sont cruciales pour maintenir un équilibre sain des hormones végétales. À mesure que la recherche se poursuit, explorer ces relations plus en profondeur sera important dans notre quête pour comprendre et améliorer la croissance des plantes grâce à la science.

Source originale

Titre: Degradation of indole-3-acetic acid by plant-associated microbes

Résumé: Plant-associated microbiota affect pant growth and development by regulating plant hormones homeostasis. Indole-3-acetic acid (IAA), a well-known plant hormone, can be produced by various plant-associated bacteria. However, the prevalence of microbes with the capacity to degrade IAA in the rhizosphere has not been systematically studied. In this study, we analyzed the IAA degradation capabilities of bacterial isolates from the roots of Arabidopsis and rice. Using genomics analysis and in vitro assays, we found that 21 out of 189 taxonomically diverse bacterial isolates possess the ability to degrade IAA. Through comparative genomics and transcriptomic assays, we identified iac-like or iad-like operon in the genomes of these IAA degraders. Additionally, the regulator of the operon was found to be highly conserved among these strains through protein structure similarity analysis. Some of the IAA degraders could utilize IAA as their sole carbon and energy source. In planta, most of the IAA degrading strains mitigated Arabidopsis seedling root growth inhibition (RGI) triggered by exogenous IAA. Importantly, we observed increased colonization preference of IAA degraders from soil to root according to the frequency of the biomarker genes in metagenome-assembled genomes (MAGs) collected from different habitats, suggesting that there is a close association between IAA degraders and IAA-producers. In summary, our findings further the understanding of the functional diversity and roles of plant-associated microbes.

Auteurs: Lei Dai, L. WANG, Y. Liu, H. Ni, W. Zuo, H. Shi, W. Liao, H. Liu, Y. Bai, H. Yue, A. Huang, J. Friedman, T. Si, M. Chen

Dernière mise à jour: 2024-02-08 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.08.579438

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.08.579438.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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