Simple Science

La science de pointe expliquée simplement

# Sciences de la santé# Maladies infectieuses (sauf VIH/SIDA)

Utiliser des modèles de distribution des espèces pour lutter contre les maladies

Apprends comment les modèles de distribution des espèces aident à suivre et gérer les maladies véhiculées par des vecteurs.

― 8 min lire


Combattre les maladiesCombattre les maladiesavec des modèles dedistributionles vecteurs.prévenir les maladies transmises parCartographier les espèces aide à
Table des matières

Les Modèles de distribution des espèces (MDE) sont des outils utilisés pour comprendre où certaines espèces peuvent vivre en fonction de divers Facteurs environnementaux. Ils sont importants pour étudier les maladies qui se propagent par les animaux ou les insectes, connues sous le nom de maladies à transmission vectorielle et zoonotiques. Ces maladies peuvent inclure le paludisme, la dengue et la maladie de Lyme, qui sont transmises par des moustiques, des mouches, des tiques et d'autres créatures.

En analysant où ces animaux sont susceptibles de se trouver et l'environnement qu'ils préfèrent, les chercheurs peuvent créer des cartes montrant les régions à risque pour ces maladies. Ces infos sont précieuses pour planifier des stratégies de santé publique et des interventions, car elles aident à identifier les zones qui pourraient nécessiter plus d'attention pour éviter les épidémies de maladies.

Le Rôle des MDE dans la Compréhension de la Transmission des Maladies

Les MDE fonctionnent en utilisant des données sur où certaines espèces ont été trouvées, avec des données environnementales qui décrivent des conditions comme la température, les précipitations et l'utilisation des terres. Ces modèles peuvent être utilisés pour prédire où des espèces pourraient vivre dans des zones n'ayant pas été directement étudiées. En identifiant des habitats adaptés pour ces animaux, on peut anticiper où la transmission des maladies pourrait se produire.

Comprendre comment différents facteurs affectent la distribution de ces espèces peut aussi aider au contrôle des maladies. Par exemple, l'utilisation des terres (comme l'agriculture ou le développement urbain) peut influencer où vivent ces animaux, affectant ainsi la propagation de maladies.

Importance de Sources de Données Fiables

Pour créer des MDE efficaces, les chercheurs ont besoin de données précises sur la présence des espèces et les conditions environnementales. Il y a diverses sources de données disponibles aujourd'hui, y compris des bases de données accessibles au public comme le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), qui fournit des infos sur où différentes espèces ont été observées. Cependant, la qualité des données peut varier, et s'appuyer uniquement sur des bases de données publiques ne donne pas toujours l'image la plus précise.

Les chercheurs utilisent souvent deux types de jeux de données : des données collectées par des experts, rassemblées à partir d'études de terrain menées par des scientifiques qualifiés, et des données publiquement disponibles, qui peuvent être compilées de diverses sources. Comparer les deux jeux de données peut fournir des insights sur la fiabilité des bases de données publiques quand il s'agit de prédire la distribution des espèces et le risque de maladies.

L'Étude de Cas : Schistosomiase au Brésil

Pour illustrer comment les MDE peuvent être appliqués dans des scénarios réels, regardons la schistosomiase, une maladie causée par un parasite qui a besoin de escargots d'eau douce pour compléter son cycle de vie. Au Brésil, des millions de personnes sont à risque pour cette maladie, particulièrement dans les communautés plus pauvres. Les escargots impliqués dans cette maladie s'appellent Biomphalaria, et comprendre leur habitat est crucial pour contrôler la schistosomiase.

En utilisant des MDE pour prédire où ces escargots sont susceptibles d'être trouvés, les chercheurs peuvent identifier des zones où le risque de schistosomiase est le plus élevé. Cela peut aider les responsables de la santé publique à cibler leurs ressources plus efficacement, en concentrant leurs efforts sur les zones où les gens risquent davantage de contracter l'infection.

Construire des Modèles Efficaces

Lors de la création de MDE, les chercheurs utilisent diverses techniques d'apprentissage machine. Ces méthodes aident à identifier quels facteurs environnementaux sont les plus importants pour prédire la présence des espèces. Il existe différents algorithmes utilisés en modélisation, comme Maximum Entropy (MaxEnt), Random Forest (RF) et Boosted Regression Tree (BRT). Chaque méthode a ses forces, et le choix entre elles peut influencer les résultats du modèle.

Un défi que rencontrent les chercheurs est le manque de données d'absence réelle, ou d'endroits où une espèce n'est définitivement pas trouvée. Pour aborder ce problème, les modélisateurs utilisent souvent des données "de fond" pour simuler des emplacements où l'espèce aurait pu être, mais n'ont pas été observés. En comparant des données de présence avec des données de fond, les modèles peuvent mieux comprendre les conditions environnementales qui favorisent la présence de l'espèce.

Facteurs Environnementaux et Leur Influence

Une variété de facteurs environnementaux peuvent affecter où vivent les escargots. Cela inclut des variables climatiques comme la température et les précipitations, ainsi que des influences humaines comme l'utilisation des terres. Par exemple, les zones avec plus d'arbres peuvent retenir l'humidité et offrir un meilleur habitat pour les escargots, tandis que les zones urbaines ou agricoles peuvent modifier l'écoulement de l'eau et rendre les conditions moins adaptées.

Comprendre comment ces facteurs interagissent est essentiel pour bâtir des modèles efficaces. Les chercheurs peuvent identifier quelles conditions sont les plus favorables à la survie et à la reproduction des escargots, aidant à prédire où les risques les plus élevés de schistosomiase pourraient se trouver.

Considérations Géographiques

Un autre facteur important dans la modélisation est l'échelle géographique à laquelle les données sont collectées et analysées. Les modèles peuvent être construits à différentes échelles : nationale, régionale, ou même locale. L'échelle choisie peut affecter l'exactitude des prédictions. Par exemple, un modèle construit à l'échelle nationale peut ne pas capturer efficacement les variations locales, tandis qu'un modèle focalisé sur une plus petite zone peut manquer des schémas plus larges.

En comparant des modèles à travers différentes échelles géographiques, les chercheurs peuvent obtenir des insights sur comment les modèles fonctionnent et où ils pourraient nécessiter des améliorations. Cela peut aider à développer des stratégies de santé publique plus ciblées et efficaces.

Comparer les Sources de Données

Lors de la création de MDE, il est essentiel de comparer les prédictions faites en utilisant à la fois des données collectées par des experts et des ensembles de données disponibles publiquement. Cela aide à évaluer à quel point les bases de données publiques sont fiables pour informer les modèles. Dans certains cas, des modèles utilisant des données d'experts peuvent produire des prédictions différentes de celles utilisant des données du GBIF, ce qui pourrait mener à des recommandations de santé publique différentes.

Par exemple, dans l'étude des escargots Biomphalaria au Brésil, les chercheurs ont constaté que l'utilisation de données collectées par des experts a conduit à des prédictions précises sur où les escargots étaient susceptibles d'être trouvés. Cependant, l'utilisation de données GBIF a aussi produit des modèles relativement précis dans certaines zones. Cela suggère que, bien que les données d'experts puissent être plus précises, les données disponibles publiquement peuvent encore être précieuses, surtout lorsque les données d'experts sont limitées.

Découvertes et Implications

Les conclusions de ces études ont des implications significatives pour la planification de la santé publique. En utilisant efficacement les MDE, les responsables de la santé peuvent mieux comprendre où les maladies sont susceptibles de se propager et peuvent développer des stratégies d'intervention. Cela pourrait inclure des campagnes d'éducation à la santé ciblées, la distribution de médicaments préventifs, ou d'autres mesures pour réduire le risque d'infection chez les populations vulnérables.

De plus, l'exactitude des MDE peut être continuellement améliorée en intégrant des connaissances écologiques locales, des avis d'experts, et un suivi continu des distributions des espèces. Cette approche peut aider à s'assurer que les modèles restent pertinents et efficaces face à des conditions environnementales et sociales changeantes.

Conclusion : L'Avenir des MDE en Écologie des Maladies

Avec l'avancement des technologies et des méthodes de collecte de données, l'utilisation des MDE dans la compréhension de l'écologie des maladies va probablement s'étendre. En améliorant notre connaissance de la façon dont les espèces interagissent avec leurs environnements, les responsables de la santé publique peuvent prendre de meilleures décisions sur la façon de combattre les maladies efficacement.

La collaboration continue entre scientifiques, responsables de la santé publique et communautés locales sera essentielle pour mettre en œuvre ces modèles avec succès. À mesure que plus de données deviennent disponibles et que les méthodologies s'améliorent, les MDE deviendront des outils encore plus puissants pour prédire et gérer les risques associés aux maladies à transmission vectorielle et zoonotiques.

Dans l'ensemble, le travail effectué dans ce domaine représente une avancée prometteuse dans la compréhension des dynamiques de transmission des maladies et dans le développement de stratégies pour protéger la santé publique.

Source originale

Titre: Species distribution modeling for disease ecology: a multi-scale case study for schistosomiasis host snails in Brazil

Résumé: Species distribution models (SDMs) are increasingly popular tools for profiling disease risk in ecology, particularly for infectious diseases of public health importance that include an obligate non-human host in their transmission cycle. SDMs can create high-resolution maps of host distribution across geographical scales, reflecting baseline risk of disease. However, as SDM computational methods have rapidly expanded, there are many outstanding methodological questions. Here we address key questions about SDM application, using schistosomiasis risk in Brazil as a case study. Schistosomiasis--a debilitating parasitic disease of poverty affecting over 200 million people across Africa, Asia, and South America--is transmitted to humans through contact with the free-living infectious stage of Schistosoma spp. parasites released from freshwater snails, the parasites obligate intermediate hosts. In this study, we compared snail SDM performance across machine learning (ML) approaches (MaxEnt, Random Forest, and Boosted Regression Trees), geographic extents (national, regional, and state), types of presence data (expert-collected and publicly-available), and snail species (Biomphalaria glabrata, B. tenagophila and B. straminea). We used high-resolution (1km) climate, hydrology, land-use/land-cover (LULC), and soil property data to describe the snails ecological niche and evaluated models on multiple criteria. Although all ML approaches produced comparable spatially cross-validated performance metrics, their suitability maps showed major qualitative differences that required validation based on local expert knowledge. Additionally, our findings revealed varying importance of LULC and bioclimatic variables for different snail species at different spatial scales. Finally, we found that models using publicly-available data predicted snail distribution with comparable AUC values to models using expert-collected data. This work serves as an instructional guide to SDM methods that can be applied to a range of vector-borne and zoonotic diseases. In addition, it advances our understanding of the relevant environment and bioclimatic determinants of schistosomiasis risk in Brazil.

Auteurs: Alyson L Singleton, C. K. Glidden, A. J. Chamberlin, R. Tuan, R. G. S. Palasio, A. Pinter, R. L. Caldeira, C. L. F. Mendonca, O. S. Carvalho, M. V. Monteiro, T. S. Athni, S. H. Sokolow, E. A. Mordecai, G. A. De Leo

Dernière mise à jour: 2023-07-12 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.10.23292488

Source PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.10.23292488.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

Merci à medrxiv pour l'utilisation de son interopérabilité en libre accès.

Plus d'auteurs

Articles similaires