Avancées dans les prédictions comportementales grâce aux données neuronales
Des méthodes innovantes améliorent les prédictions de l'activité cérébrale et du comportement en utilisant des données complexes.
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Table des matières
Les récentes avancées dans les outils de recherche permettent aux scientifiques de suivre le comportement des animaux en temps réel et d'enregistrer l'activité de plusieurs cellules cérébrales en même temps. Ça a mené à des ensembles de données énormes et complexes en neurosciences qui regroupent souvent plusieurs types d'infos, comme l'Activité cérébrale et le comportement. Comprendre comment l'activité du cerveau est liée à des Comportements complexes est un des objectifs clés des neurosciences systémiques.
Pour comprendre ces données neuronales et comportementales, les chercheurs ont créé différents modèles. Ces modèles aident à expliquer l'activité cérébrale en fonction des comportements observés ou vice-versa. Il est important que ces modèles prennent en compte la variabilité naturelle des données collectées. Avec la collecte de données de plus en plus complexes et non contraintes, cet aspect devient encore plus crucial.
Les tâches de comprendre l'activité cérébrale selon le comportement et de comprendre le comportement selon l'activité cérébrale reposent sur le calcul de certaines relations. Par exemple, une étude va regarder comment l'activité cérébrale peut être prédite par le comportement. L'étude opposée va examiner comment le comportement peut être prédit à partir de l'activité cérébrale. Un des principaux défis est de faire des prédictions utiles à partir de ces ensembles de données complexes.
Des modèles comme les modèles à variables latentes ont été développés pour gérer les nombreuses dimensions des données issues de l'étude du cerveau et du comportement. Ces modèles peuvent réduire la complexité des données en trouvant des motifs clés. Le défi est de créer des modèles qui ne nécessitent pas d'hypothèses trop simplifiées, qui pourraient fausser la réalité des données. Les récentes avancées dans les techniques d'apprentissage approfondi ont permis aux chercheurs de relâcher certaines de ces hypothèses et de capturer des relations complexes dans les données.
Autoencodeurs Variationnels
Une méthode qui se démarque, c'est l'Autoencodeur Variationnel (VAE). Les VAEs peuvent aider à découvrir des motifs cachés dans les données en traitant les infos observées pour faire des prédictions sur des infos non observées. En particulier, les VAEs séquentiels peuvent être appliqués à des données de séries temporelles, les rendant adaptés à l'examen des comportements et des activités cérébrales au fil du temps.
Bien que les VAEs soient puissants, ils rencontrent des défis lorsqu'il s'agit de traiter de grandes quantités de données. En général, ils ont besoin de données d'entrée entièrement observées pour fonctionner efficacement, ce qui peut être limitant dans les cadres expérimentaux. Beaucoup d'analyses nécessitent de traiter des données qui pourraient être incomplètes ou manquer certaines parties.
Pour résoudre ces défis, les chercheurs ont proposé une méthode qui améliore les VAEs en leur permettant de travailler avec des données partiellement observées. Cela implique une nouvelle approche d'entraînement qui masque certaines parties des données pendant l'entraînement.
Entraînement masqué
Approche d'L'approche d'entraînement masqué est conçue pour aider les VAEs à apprendre à prédire des données non observées à partir de données observées. Pendant cet entraînement, des parties spécifiques des données d'entrée sont masquées, ce qui signifie qu'elles ne sont pas incluses dans les calculs. Le modèle est alors formé pour se concentrer uniquement sur les données non masquées.
Cette méthode favorise un meilleur apprentissage des motifs et des relations dans les données, menant à des prédictions plus précises. Les résultats montrent que cette approche peut être appliquée à diverses situations, comme lorsqu'on étudie des comportements chez des animaux comme la drosophile ou lorsqu'on analyse des données cérébrales de singes.
Dans une étude, les chercheurs ont utilisé cet entraînement masqué pour examiner comment les drosophiles se déplacent. Ils ont collecté des données en suivant les mouvements de parties spécifiques du corps pendant que les mouches marchaient. En masquant les données sur certains membres pendant l'entraînement, le modèle a pu prédire les mouvements plus précisément. Il s'est avéré meilleur pour générer des motifs de mouvement réalistes que les modèles qui n'ont pas utilisé l'approche masquée.
Dans une autre expérience, les chercheurs ont observé les mouvements d'atteinte des singes. L'étude a enregistré l'activité neuronale pendant que les singes atteignaient des cibles. En appliquant la méthode d'entraînement masqué, le modèle a pu relier précisément les données neuronales enregistrées avec les mouvements des singes, menant à des prédictions améliorées tant pour le comportement que pour l'activité cérébrale.
Importance de l'Exactitude et de l'Incertitude
Quand on parle de prédictions, c’est super important de comprendre non seulement l'exactitude, mais aussi le niveau d'incertitude autour de ces prédictions. L'exactitude nous dit à quel point les résultats sont proches de la réalité, tandis que l'incertitude nous donne un aperçu de la fiabilité de ces prédictions en fonction des données disponibles.
Beaucoup de modèles traditionnels font souvent des prédictions très confiantes, mais ne sont pas toujours exacts. Mettre l'accent sur l'incertitude peut améliorer la fiabilité des prédictions dans des applis comme les interfaces cerveau-ordinateur, où de mauvaises prédictions peuvent avoir des conséquences sérieuses.
L'approche d'entraînement masqué aide à améliorer l'incertitude en permettant au modèle de savoir quand il n'est pas sûr de ses prédictions. Cet aspect est essentiel dans les applications scientifiques, où comprendre la confiance des prédictions peut influencer la prise de décisions.
Applications Au-Delà des Neurosciences
La méthode d'entraînement masqué n'est pas limitée aux neurosciences. Sa capacité à modéliser et à générer des prédictions à partir de données non observées peut s'étendre à divers domaines où les données peuvent être incomplètes ou manquantes. Par exemple, dans des situations où certaines mesures sont perdues à cause d'une panne d'équipement, cette approche pourrait combler les lacunes en prédisant les valeurs manquantes à partir des données disponibles.
De plus, le bruit inhérent à de nombreux ensembles de données peut être abordé grâce à cette méthode, améliorant la qualité des prédictions même dans des situations difficiles. Cela ouvre des possibilités d'utiliser l'approche d'entraînement masqué dans des domaines comme la recherche clinique, où la qualité des données peut être une préoccupation majeure.
En examinant et en prédisant les Incertitudes parallèlement aux données, les chercheurs peuvent également corriger les erreurs dans les valeurs mesurées, ce qui est particulièrement utile dans les domaines nécessitant une grande fiabilité dans leurs données.
Conclusion
En résumé, les avancées dans le suivi du comportement animal et l'enregistrement de l'activité cérébrale permettent aux scientifiques de rassembler des ensembles de données de plus en plus complexes. En utilisant des modèles innovants comme les VAEs et en les affinant avec l'entraînement masqué, les chercheurs peuvent efficacement analyser ces ensembles de données pour en tirer des insights significatifs.
La capacité à modéliser les incertitudes est tout aussi importante car elle renforce la fiabilité des résultats. Avec des applications qui s'étendent au-delà des neurosciences, cette méthodologie a un potentiel prometteur pour la recherche future dans divers domaines scientifiques.
En naviguant dans les défis posés par les données de haute dimension, l'approche d'entraînement masqué se démarque comme un outil précieux pour combler le fossé entre une collecte de données complexe et une analyse scientifique significative. Ses applications pour prédire le comportement et l'activité cérébrale démontrent sa polyvalence et sa pertinence dans le paysage scientifique en évolution d'aujourd'hui, ouvrant la voie à de futures études qui bâtiront sur ces insights fondamentaux.
Titre: Modeling conditional distributions of neural and behavioral data with masked variational autoencoders
Résumé: Extracting the relationship between high-dimensional recordings of neural activity and complex behav- ior is a ubiquitous problem in systems neuroscience. Toward this goal, encoding and decoding models attempt to infer the conditional distribution of neural activity given behavior and vice versa, while dimensionality reduc- tion techniques aim to extract interpretable low-dimensional representations. Variational autoencoders (VAEs) are flexible deep-learning models commonly used to infer low-dimensional embeddings of neural or behavioral data. However, it is challenging for VAEs to accurately model arbitrary conditional distributions, such as those encountered in neural encoding and decoding, and even more so simultaneously. Here, we present a VAE-based approach for accurately calculating such conditional distributions. We validate our approach on a task with known ground truth and demonstrate the applicability to high-dimensional behavioral time series by retrieving the condi- tional distributions over masked body parts of walking flies. Finally, we probabilistically decode motor trajectories from neural population activity in a monkey reach task and query the same VAE for the encoding distribution of neural activity given behavior. Our approach provides a unifying perspective on joint dimensionality reduction and learning conditional distributions of neural and behavioral data, which will allow for scaling common analyses in neuroscience to todays high-dimensional multi-modal datasets.
Auteurs: Auguste Schulz, J. Vetter, R. Gao, D. Morales, V. Lobato-Rios, P. Ramdya, P. J. Goncalves, J. H. Macke
Dernière mise à jour: 2024-04-25 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.19.590082
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.19.590082.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.
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