Suivi des variantes du SARS-CoV-2 dans le Rhin-Neckar/Heidelberg

Fin 2019, un nouveau coronavirus a été découvert à Wuhan, en Chine. Ce virus, plus tard nommé SARS-CoV-2, a causé de nombreux cas de pneumonie. En mars 2023, on comptait plus de 676 millions de cas confirmés de COVID-19 à travers le monde. Cependant, beaucoup d'infections n'ont pas été signalées, et les estimations suggèrent que le nombre réel de cas pourrait être dix fois plus élevé.

Le virus a une protéine appelée Protéine s, qui est importante pour sa capacité à entrer dans les cellules humaines. Cette protéine S a plusieurs parties, et des changements dans sa structure peuvent affecter la propagation du virus, la gravité de la maladie et l'efficacité des vaccins. Donc, suivre les différentes versions du virus, ou variants, est devenu crucial pour contrôler la pandémie.

Cet article parle de notre travail sur le séquençage d'échantillons de virus dans la région Rhine-Neckar/Heidelberg de janvier 2021 à juillet 2023. On a cherché un variant spécifique appelé A.27.RN, qui avait deux changements significatifs dans sa protéine S. On a observé que ce variant a finalement été remplacé par d'autres comme B.1.1.7 et B.1.617.2.

#Matériaux et Méthodes

#Purification de l'ARN

Pour étudier le virus, on a isolé l'ARN d'échantillons prélevés dans le nez et la gorge, en utilisant des méthodes automatiques pour extraire l'ARN. On a utilisé des kits de fabricants spécifiques pour garantir une extraction de haute qualité.

On a testé les échantillons pour la présence de l'ARN SARS-CoV-2 avec des tests spécifiques qui peuvent rapidement montrer si le virus est présent. Seuls les échantillons positifs répondant à nos critères ont été choisis pour une analyse plus poussée.

#Séquençage du génome SARS-CoV-2

Notre travail de séquençage a commencé avec deux méthodes, mais on a trouvé le protocole ARTIC plus efficace pour nos besoins. Cette méthode impliquait plusieurs étapes pour préparer les échantillons, y compris la synthèse de cDNA à partir de l'ARN, son amplification, et sa préparation pour le séquençage. On a utilisé des machines de séquençage avancées pour lire le matériel génétique du virus.

#Analyse des données

Après le séquençage, on devait analyser les données. On a utilisé des logiciels spécialisés pour couper les parties inutiles, enlever la contamination humaine, aligner les lectures du virus à un génome de référence, et identifier les variants. On a aussi classé le matériel génétique pour comprendre quels variants étaient présents dans nos échantillons.

#Contrôle de qualité

Les séquences du génome viral ont été téléchargées dans une base de données publique pour contribuer à la connaissance mondiale sur le virus. On a suivi des directives strictes de qualité pour s'assurer que nos données étaient fiables et utiles.

#Résultats

#Comparaison des méthodes

Au début, on a comparé deux approches différentes, Nextera et ARTIC, pour le séquençage du virus. La méthode ARTIC a montré des performances nettement meilleures, surtout quand on a établi un seuil spécifique pour filtrer les échantillons de moindre qualité. Une fois qu'on a trouvé de nouveaux critères pour les échantillons acceptables, les deux méthodes se sont améliorées, mais ARTIC a toujours montré de meilleurs résultats.

#Distribution des variants en 2021

Entre janvier et mai 2021, on a identifié le variant A.27.RN, qui avait deux mutations notables. Il a atteint son pic tôt en 2021 mais a ensuite été remplacé par le variant B.1.1.7. D'autres variants, comme B.1.351 et P.1, étaient présents mais n'ont pas pris d'ampleur significative. Dans la seconde moitié de 2021, B.1.617.2 est devenu le variant dominant, avec B.1.1.529 apparaissant plus tard dans l'année.

#Distribution des variants en 2022

Au début de 2022, B.1.1.529 (appelé plus tard BA.1) est devenu le variant principal. Mais ça a été de courte durée car BA.1 a rapidement perdu du terrain face à BA.2. En mars 2022, BA.1 était tombé en dessous de 10%. Tout au long de l'année, BA.5 a émergé et est rapidement devenu dominant, représentant souvent plus de 90 % des cas.

#Distribution des variants en 2023

En 2023, on a vu une augmentation des variants recombinants, tandis que les chiffres de BA.5 commençaient à diminuer. Le nombre de cas positifs au SARS-CoV-2 a chuté significativement au fil de l'année. Fin mai 2023, l'Organisation mondiale de la santé a déclaré la fin de la phase pandémique du COVID-19.

Dans notre région, on a séquencé des échantillons et constaté que bien que certains variants soient encore présents, le nombre total de cas était faible. On a continué à surveiller le développement de nouvelles souches.

#Discussion

Tout au long de notre travail, on a séquencé une grande variété de variants du SARS-CoV-2. Certains variants étaient limités à certaines zones tandis que d'autres, comme B.1.617.2 et B.1.1.529, se sont répandus largement. La situation actuelle suggère que l'évolution du virus n'est pas terminée, et de nouveaux variants pourraient émerger avec des impacts différents sur la santé et la transmissibilité.

C'est essentiel de garder un œil sur le virus et d'adapter nos approches si nécessaire. Bien que la gravité des nouveaux cas ait diminué, la surveillance reste cruciale pour éviter des problèmes de santé publique à l'avenir.

À la fin de juillet 2023, les médias se sont concentrés sur le variant EG.5. Notre groupe n'avait pas encore détecté ce variant, mais on a trouvé le premier cas peu après. Une surveillance et des tests continus seront vitaux pour comprendre comment le virus évolue.

#Conclusion

Notre examen des variants de SARS-CoV-2 dans la région Rhine-Neckar/Heidelberg a révélé des changements clairs au cours des dernières années. Les efforts de séquençage continu ont fourni des informations sur la manière dont le virus se propage et se modifie, nous aidant à mieux nous préparer pour de futures épidémies. En avançant, rester vigilant et prêt à réagir aux nouveaux variants sera la clé pour gérer la santé publique.