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Avancées dans la segmentation automatique des artères carotides

Une nouvelle méthode vise à améliorer la précision de segmentation des images IRM de l'artère carotide.

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Cet article parle d'une méthode pour améliorer la segmentation automatique des artères carotides dans les images IRM. Les artères carotides sont des vaisseaux sanguins importants qui alimentent le cerveau en sang. Analyser ces artères peut donner des infos précieuses sur les risques d'AVC. La méthode se concentre sur l'assurance que la segmentation est précise et fiable, surtout quand elle est utilisée dans des études à grande échelle.

Contexte

Les AVC peuvent entraîner de graves problèmes de santé et sont souvent causés par des blocages dans le flux sanguin vers le cerveau. Avec le vieillissement de la population, on s'attend à ce que la prévalence des AVC augmente, ce qui rend crucial de trouver des moyens de les détecter et de les prévenir. L'imagerie par IRM peut aider à comprendre la structure des artères carotides, ce qui peut indiquer des risques d'AVC potentiels. Par exemple, l'épaisseur et la forme de ces artères peuvent signaler des risques indépendamment d'autres facteurs comme l'hypertension.

Analyser manuellement les images pour y trouver des structures pertinentes dans la recherche peut prendre beaucoup de temps. Pour résoudre ce problème, les chercheurs travaillent sur l'utilisation d'algorithmes d'apprentissage profond pour la segmentation automatique des artères carotides dans les IRM. Ces algorithmes visent à fournir des résultats rapides et précis, mais des inexactitudes peuvent survenir lors de leur application à de plus grands ensembles de données. Pour remédier à ces inexactitudes, des systèmes d'Assurance qualité efficaces sont nécessaires.

La méthode proposée

Un nouvel algorithme a été développé pour segmenter automatiquement les parois des artères carotides à partir d'images IRM à sang noir. Cette méthode fonctionne en deux étapes principales. D'abord, elle trouve le chemin central des artères. Ensuite, elle détecte les parois intérieures et extérieures de ces artères.

Étape 1 : Trouver les lignes centrales

Dans la première étape, l'algorithme identifie les lignes centrales des artères carotides. La méthode utilise un réseau de neurones spécial pour prédire une carte qui aide à extraire ces lignes centrales à partir des données d'image. Pour chaque artère, elle détermine où l'artère passe dans l'image IRM.

Étape 2 : Détecter les parois

Pour la deuxième étape, l'algorithme examine les contours des artères. En transformant les images dans un autre format, l'algorithme peut mieux estimer les bords des parois des artères. Il utilise des modèles mathématiques pour déterminer la distance entre les parois intérieures et extérieures en fonction des lignes centrales trouvées à la première étape. Enfin, les résultats sont transformés de nouveau dans le format d'image original, fournissant une segmentation complète des parois des artères carotides.

Importance de l'assurance qualité

Quand on applique cette méthode de segmentation à de plus grands ensembles de données, il est probable que des erreurs se produisent. Les erreurs peuvent provenir de divers problèmes, comme une mauvaise qualité d'image ou des inexactitudes dans l'identification de la Ligne centrale des artères. Pour améliorer la fiabilité de la segmentation, l'étude se concentre sur le développement d'un outil d'assurance qualité.

Cet outil évalue à quel point l'algorithme est incertain quant à ses prédictions. De hauts niveaux d'incertitude peuvent indiquer une qualité de segmentation plus faible. En mesurant cette incertitude, les chercheurs peuvent détecter quand l'algorithme peut ne pas produire des résultats précis. Ils se concentrent sur deux types d'incertitude : le bruit aléatoire dans les données et les limites du modèle lui-même.

Ensemble de données et expérimentation

L'équipe a utilisé un ensemble spécifique d'images IRM pour leur analyse. Cet ensemble de données faisait partie d'une plus grande collection collectée dans plusieurs hôpitaux. Il comprenait des images obtenues dans différentes conditions, ce qui peut affecter la qualité des images. Les chercheurs ont effectué une série de tests pour voir comment l'algorithme réagissait face à une qualité d'image plus faible et à une détection de ligne centrale moins précise.

Pour simuler diverses conditions, ils ont ajouté du bruit aux images et déplacé les positions des lignes centrales. Cela a aidé à identifier comment ces changements ont impacté la performance de l'algorithme. Ils ont entraîné les modèles de segmentation en utilisant ces images tout en mettant en œuvre des techniques pour mesurer l'incertitude.

Mesurer l'incertitude et la qualité

Pour comprendre la relation entre la qualité de segmentation et l'incertitude, les chercheurs ont utilisé différentes méthodes. Ils ont évalué la précision des Segmentations en utilisant un système de notation basé sur la façon dont les contours détectés automatiquement correspondaient aux contours annotés manuellement.

Pour estimer l'incertitude, ils ont utilisé deux techniques : une où ils gardaient certaines parties du modèle actives pendant l'inférence, et une autre qui modifiait légèrement les images d'entrée pour voir comment les changements affectaient les résultats. En regardant la variabilité des résultats, ils pouvaient évaluer l'incertitude de chaque segmentation.

Résultats et conclusions

La recherche a révélé que l'intégration des mesures d'incertitude n'a pas abaissé la qualité des résultats de segmentation. En fait, lorsque le centre de l'artère était correctement placé dans son lumen, les métriques d'incertitude fournissaient une indication utile de la qualité de la segmentation. Cela signifie que les chercheurs pouvaient utiliser ces estimations d'incertitude pour trouver des segmentations de moindre qualité à un niveau individuel.

À mesure que la qualité de l'image diminuait, la qualité de la segmentation chutait également, soulignant une corrélation claire entre les deux. Lorsque les Incertitudes étaient élevées, cela menait généralement à une qualité inférieure des résultats. Cependant, cette corrélation n'était pas aussi forte lorsqu'on regardait les contours individuels, indiquant que les incertitudes peuvent se manifester différemment selon les niveaux d'analyse.

L'étude a montré que lorsque la ligne centrale était placée avec précision à l'intérieur de l'artère, la relation entre l'incertitude et la qualité de la segmentation était forte. En revanche, lorsque le centre se déplaçait en dehors de l'artère, la qualité de la segmentation souffrait considérablement, démontrant l'importance d'une détection précise des lignes centrales.

Discussion

Cette recherche indique que l'incertitude dans les prédictions du modèle est étroitement liée à la qualité des segmentations automatiques. Elle souligne que comprendre ces incertitudes peut améliorer de manière significative l'assurance qualité des outils de segmentation.

Bien qu'il y ait eu une forte corrélation au niveau des participants, la corrélation au niveau des contours était plus faible. Cela suggère que des travaux supplémentaires sont nécessaires pour affiner les méthodes d'évaluation de la qualité utilisées, surtout pour des zones difficiles comme les bifurcations où deux artères se séparent. Les études futures se concentreront sur l'amélioration des annotations dans ces régions difficiles pour améliorer les méthodes d'entraînement et d'évaluation.

Conclusion

En résumé, l'étude montre que l'incertitude dans les modèles d'apprentissage profond peut être un outil précieux pour évaluer la qualité des segmentations automatiques. À mesure que le besoin de grands ensembles de données augmente, avoir des mécanismes d'assurance qualité fiables devient vital. En mettant en œuvre des techniques qui mesurent l'incertitude, les chercheurs peuvent développer des modèles qui fournissent des segmentations plus précises, améliorant finalement la compréhension des risques d'AVC liés à la santé des artères carotides.

Source originale

Titre: Uncertainty-based quality assurance of carotid artery wall segmentation in black-blood MRI

Résumé: The application of deep learning models to large-scale data sets requires means for automatic quality assurance. We have previously developed a fully automatic algorithm for carotid artery wall segmentation in black-blood MRI that we aim to apply to large-scale data sets. This method identifies nested artery walls in 3D patches centered on the carotid artery. In this study, we investigate to what extent the uncertainty in the model predictions for the contour location can serve as a surrogate for error detection and, consequently, automatic quality assurance. We express the quality of automatic segmentations using the Dice similarity coefficient. The uncertainty in the model's prediction is estimated using either Monte Carlo dropout or test-time data augmentation. We found that (1) including uncertainty measurements did not degrade the quality of the segmentations, (2) uncertainty metrics provide a good proxy of the quality of our contours if the center found during the first step is enclosed in the lumen of the carotid artery and (3) they could be used to detect low-quality segmentations at the participant level. This automatic quality assurance tool might enable the application of our model in large-scale data sets.

Auteurs: Elina Thibeau-Sutre, Dieuwertje Alblas, Sophie Buurman, Christoph Brune, Jelmer M. Wolterink

Dernière mise à jour: 2023-08-18 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://arxiv.org/abs/2308.09538

Source PDF: https://arxiv.org/pdf/2308.09538

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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