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Rôles Clés de Ubp2 et Hsp31 dans la Santé Mitochondriale

Des recherches montrent comment les protéines Ubp2 et Hsp31 maintiennent la fonction mitochondriale dans la levure.

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La superfamille DJ-1 se compose de protéines qu'on trouve chez plein d'organismes vivants, des bactéries aux humains. Ces protéines sont super importantes pour garder les fonctions cellulaires en bon état. En gros, elles aident les cellules à réagir au stress quand elles sont exposées à des substances nocives.

Fonction des paralogues Hsp31

Chez la levure, un type de champignon, y a quatre protéines spécifiques appelées paralogues Hsp31. Ces protéines - Hsp31, Hsp32, Hsp33 et Hsp34 - jouent un rôle clé pour aider les levures à survivre quand elles ne poussent pas ou quand elles subissent des stress chimiques. Elles aident à gérer la santé des Mitochondries, qui sont les parties de la cellule qui produisent de l'énergie. Ces paralogues sont cruciaux pour réguler l'équilibre des électrons dans les cellules et les protéger contre les dégâts oxydatifs causés par des composés nocifs.

Quand les cellules de levure subissent du stress, les paralogues Hsp31 vont vers les mitochondries pour les protéger. Elles peuvent faire plusieurs trucs, comme aider d'autres protéines à bien fonctionner et décomposer les substances nocives qui peuvent se former dans les cellules.

Importance du DJ-1 chez les humains

Chez l'humain, y a un gène appelé PARK7 qui produit une protéine similaire aux paralogues Hsp31 dans la levure. Des mutations dans ce gène peuvent provoquer une forme de maladie de Parkinson, une condition qui affecte le mouvement et peut causer des tremblements et de la rigidité. La protéine humaine DJ-1 aide aussi à gérer le stress dans les cellules et à garder les mitochondries en bonne santé. Beaucoup d'études ont montré que DJ-1 est important pour protéger les cellules du cerveau en les aidant à réagir au stress.

Quand DJ-1 ne fonctionne pas correctement à cause de mutations, ça peut causer des problèmes dans les mitochondries, rendant les cellules plus sensibles au stress oxydatif. Ça veut dire que les cellules peuvent avoir du mal à faire face à des facteurs qui peuvent causer des dégâts, menant à des maladies comme Parkinson et Alzheimer.

Rôle des mitochondries

Les mitochondries sont des structures dynamiques dans les cellules, qui changent constamment de forme et de taille. Elles passent par des processus appelés fusion et fission, qui aident à maintenir leur santé et leur fonctionnement. Quand ces processus ne sont pas équilibrés, ça peut poser des problèmes pour la cellule. Des mutations dans les protéines DJ-1 peuvent perturber cet équilibre, rendant les mitochondries malsaines qui ne peuvent pas bien fonctionner.

Chez la levure, l'absence des paralogues Hsp31 peut également affecter la dynamique des mitochondries. Par exemple, leur absence cause des changements dans une protéine appelée Fzo1, qui est importante pour la fusion mitochondriale. Ça résulte en des mitochondries soit trop fusionnées, soit cassées, affectant la santé de la cellule.

Le rôle de Ubp2

Ubp2 est une déubiquitinase, un type d'enzyme qui aide à réguler comment les protéines sont modifiées avec une petite protéine appelée ubiquitine. Ce processus est important pour contrôler si les protéines sont détruites ou autorisées à fonctionner. Chez la levure, Ubp2 est crucial pour maintenir la fonction et la santé des mitochondries.

Quand Ubp2 manque, ça conduit à des niveaux plus bas de la protéine Fzo1, ce qui résulte en des mitochondries fragmentées qui ne fonctionnent pas bien. Cependant, des études montrent que supprimer Ubp2 dans des cellules manquant des paralogues Hsp31 peut restaurer la structure et la fonction mitochondriales.

Étude de l'interaction entre Ubp2 et les paralogues Hsp31

Les chercheurs étudient comment Ubp2 interagit avec les paralogues Hsp31 chez la levure pour mieux comprendre comment maintenir la santé mitochondriale. En utilisant des techniques génétiques, les scientifiques ont pu montrer que supprimer Ubp2 en l'absence des protéines Hsp31 améliore l'intégrité mitochondriale. Ça suggère un lien fonctionnel entre Ubp2 et les paralogues Hsp31.

Pour analyser cela plus en profondeur, les scientifiques ont utilisé des souches de levure manquant soit Ubp2, soit les protéines Hsp31. Quand ils ont supprimé Ubp2 des cellules manquant Hsp31, la croissance des cellules sur des types de nourriture spécifiques a montré une amélioration par rapport aux cellules manquant juste Hsp31. Ça indique qu'Ubp2 joue un rôle important pour restaurer la fonction mitochondriale normale, même quand les protéines Hsp31 manquent.

Observation des structures mitochondriales

Les chercheurs ont regardé les formes et les structures réelles des mitochondries dans différentes souches de levure. Ils ont utilisé des colorants spécifiques pour teindre les mitochondries, puis les ont observées au microscope. Ça les a aidés à voir comment la suppression d'Ubp2 affectait les structures mitochondriales.

Ils ont trouvé que les levures sans Ubp2 avaient des mitochondries fragmentées, tandis que celles sans paralogues Hsp31 avaient des structures mitochondriales très longues et connectées, appelées formes hyperfusionnées. Cependant, quand Ubp2 était supprimé des cellules manquant Hsp31, les mitochondries semblaient plus saines et plus similaires à celles des cellules normales.

Impact sur la fonction mitochondriale

Pour déterminer comment les suppressions affectaient la fonction générale des mitochondries, les chercheurs ont mesuré combien les mitochondries fonctionnaient bien. Ils ont utilisé des colorants spéciaux pour analyser la capacité fonctionnelle des mitochondries dans chaque souche. Cette analyse a montré que :

  • Les cellules avec seulement Ubp2 supprimé avaient une fonction mitochondriale globale plus basse.
  • Celles avec seulement Hsp31 supprimé montraient des niveaux plus élevés de capacité fonctionnelle.
  • Les cellules manquant les deux montraient une restauration de la fonction, indiquant une interaction positive entre Ubp2 et Hsp31 pour maintenir la santé mitochondriale.

De plus, ils ont mesuré combien d'énergie (ATP) les mitochondries produisaient et ont découvert que les cellules manquant à la fois Hsp31 et Ubp2 avaient des niveaux d'énergie comparables à des cellules normales.

Le rôle de la mitophagie

La mitophagie est un processus où les mitochondries endommagées sont éliminées de la cellule pour éviter qu'elles causent des dommages. Les chercheurs ont étudié si Ubp2 jouait un rôle dans ce processus en examinant à quelle vitesse et efficacement les mitochondries endommagées étaient débarrassées dans différentes souches de levure. Ils ont trouvé que bien que les cellules manquant Ubp2 commençaient le processus de mitophagie plus tôt que les normales, elles n'étaient pas aussi efficaces pour éliminer les mitochondries endommagées.

De plus, quand Ubp2 était supprimé des cellules manquant les paralogues Hsp31, il y avait une amélioration significative dans l'élimination des mitochondries endommagées. Ça suggère qu'Ubp2 peut influencer la rapidité avec laquelle les cellules réagissent aux mitochondries endommagées.

La relation entre Fzo1 et la dynamique mitochondriale

Les niveaux de la protéine Fzo1, qui est cruciale pour la fusion des membranes mitochondriales, ont aussi été étudiés. Les chercheurs ont trouvé que supprimer Ubp2 restaurait les niveaux de Fzo1 dans des cellules manquant Hsp31. Quand les niveaux de Fzo1 étaient équilibrés, les mitochondries pouvaient mieux maintenir leur structure et leur fonction.

En plus, la recherche a montré qu'en l'absence d'Ubp2, plus de la protéine Fzo1 subissait un processus appelé ubiquitination, qui mène normalement à la dégradation de la protéine. Cette interaction entre Ubp2 et Fzo1 est vitale pour réguler la dynamique mitochondriale et assurer que les mitochondries puissent réagir correctement au stress.

Effets sur la progression du cycle cellulaire

La recherche a aussi examiné comment la santé mitochondriale impacte le cycle cellulaire, qui est le processus par lequel les cellules grandissent et se divisent. On a observé que les cellules de levure manquant les paralogues Hsp31 avaient des difficultés à progresser dans le cycle cellulaire, particulièrement à la phase G2/M, qui est un moment où la cellule se prépare à se diviser.

Cependant, dans les cellules de levure où Ubp2 a été supprimé avec les paralogues Hsp31, la progression normale à travers le cycle cellulaire a été restaurée. Ça suggère que des structures mitochondriales saines sont essentielles pour que les cellules puissent se diviser correctement.

Changements dans les niveaux de ROS

Les Espèces réactives de l'oxygène (ROS) sont des molécules nocives qui peuvent endommager les cellules. Les chercheurs ont mesuré les niveaux de ROS pour voir comment ils étaient affectés par les suppressions dans différentes souches. Ils ont trouvé que les cellules manquant Ubp2 avaient des niveaux de ROS normaux, similaires à ceux des cellules de type sauvage, tandis que celles manquant les paralogues Hsp31 avaient des niveaux de ROS augmentés.

Quand Ubp2 a été supprimé des cellules déficientes en Hsp31, les niveaux de ROS sont revenus à la normale. Ça indique que les deux protéines jouent un rôle dans la gestion du stress oxydatif dans les cellules.

Résistance au stress oxydatif

Pour comprendre comment les souches de levure réagissaient au stress oxydatif externe, les chercheurs ont traité les cellules avec du peroxyde d'hydrogène. Ils ont trouvé que les cellules manquant Ubp2 n'étaient pas sensibles à ce stress, tandis que les cellules manquant Hsp31 étaient très sensibles. Étonnamment, les cellules manquant à la fois Hsp31 et Ubp2 montraient une restauration partielle de la sensibilité au stress, ce qui suggère qu'Ubp2 contribue à la façon dont les cellules font face au stress oxydatif.

Niveaux de glutathione et réponse au stress oxydatif

Les chercheurs ont également regardé le glutathione, une molécule importante impliquée dans la protection des cellules contre les dommages oxydatifs. Ils ont mesuré les niveaux de glutathione réduit (GSH) dans les différentes souches. Quand les paralogues Hsp31 étaient supprimés, les niveaux de glutathione étaient significativement plus bas. Cependant, dans les cellules manquant Ubp2 avec les paralogues Hsp31, les niveaux de GSH étaient restaurés à la normale, soutenant l'idée qu'Ubp2 est crucial pour maintenir l'équilibre redox cellulaire.

Conclusion

En résumé, cette étude met en lumière l'importance de l'interaction entre Ubp2 et les paralogues Hsp31 pour maintenir la santé et la fonction mitochondriales chez la levure. Les résultats montrent que supprimer Ubp2 peut restaurer des structures et des fonctions mitochondriales normales, même dans les cellules manquant les paralogues Hsp31. De plus, cette interaction joue un rôle critique dans la gestion du stress oxydatif et assure une progression correcte du cycle cellulaire.

Comprendre ces mécanismes éclaire non seulement des processus cellulaires fondamentaux, mais pourrait aussi donner des idées sur le fonctionnement de systèmes similaires chez les humains, surtout concernant des maladies comme Parkinson, où la santé mitochondriale est profondément affectée. Cette recherche continue pourrait mener à de nouvelles stratégies pour traiter les maladies neurodégénératives en se concentrant sur les dynamiques mitochondriales et leurs voies régulatrices.

Source originale

Titre: Ubp2 modulates DJ-1-mediated redox-dependent mitochondrial dynamics in Saccharomyces cerevisiae

Résumé: Mitochondrial integrity is a crucial determinant of overall cellular health. Mitochondrial dysfunction and impediments in regulating organellar homeostasis contribute majorly to the pathophysiological manifestation of several neurological disorders. Mutations in human DJ-1 (PARK7) have been implicated in the deregulation of mitochondrial homeostasis, a critical cellular etiology observed in Parkinsons disease progression. DJ-1 is a multifunctional protein belonging to the DJ-1/ThiJ/PfpI superfamily, conserved across the phylogeny. Although the pathophysiological significance of DJ-1 has been well-established, the underlying molecular mechanism(s) by which DJ-1 paralogs modulate mitochondrial maintenance and other cellular processes remains elusive. Using Saccharomyces cerevisiae as the model organism, we unravel the intricate mechanism by which yeast DJ-1 paralogs (collectively called Hsp31 paralogs) modulate mitochondrial homeostasis. Our study establishes a genetic synthetic interaction between Ubp2, a cysteine-dependent deubiquitinase, and DJ-1 paralogs. In the absence of DJ-1 paralogs, mitochondria adapt to a highly tubular network due to enhanced expression of Fzo1. Intriguingly, the loss of Ubp2 restores the mitochondrial integrity in the DJ-1 deletion background by modulating the ubiquitination status of Fzo1. Besides, the loss of Ubp2 in the absence of DJ-1 restores mitochondrial respiration and functionality by regulating the mitophagic flux. Further, Ubp2 deletion makes cells resistant to oxidative stress without DJ-1 paralogs. For the first time, our study deciphers functional crosstalk between Ubp2 and DJ-1 in regulating mitochondrial homeostasis and cellular health. Author SummaryMitochondria are dynamic organelles essential for generating the energy required to maintain cellular viability and drive biological processes. Mitochondrial structures undergo continuous remodeling, modulating their function in response to cellular cues. The plasticity of mitochondrial structures is due to conserved fusion-fission proteins, thus enabling cells to adapt to metabolic changes. Mutations in PARK7, encoding for DJ-1, lead to an imbalance in mitochondrial dynamics and culminate in the progression of neurodegenerative disorders such as Parkinsons disease (PD). DJ-1 belongs to the highly conserved DJ-1/ThiJ/Pfp superfamily of multifunctional proteins. Saccharomyces cerevisiae encodes for four paralogs, which belong to the DJ-1 superfamily. Recent studies demonstrate the role of yeast DJ-1 members in regulating mitochondrial integrity and oxidative stress response. However, the mechanism(s) by which the paralogs mediate cytoprotective action remains elusive. The current study addresses the mechanistic lacuna by delineating cross-talk between Ubp2, a deubiquitinase, and redox-sensitive DJ-1 paralogs in regulating mitochondrial health. Our results suggest that elevated expression of Ubp2 in cells lacking DJ-1 paralogs promotes hyperfused mitochondrial structures. At the same time, in the absence of DJ-1 paralogs, the levels of Fzo1 expression are enhanced significantly due to its altered ubiquitination status. Intriguingly, mitochondrial dynamics and cellular health were reinstated upon deletion of Ubp2, particularly in cells with combinatorial deletion of DJ-1 paralogs in yeast. The study thus provides evidence linking the role of DJ-1 and deubiquitinase in the maintenance of mitochondrial dynamics, which can further aid in understanding the mechanism causing PD progression.

Auteurs: Patrick D\'Silva, S. Biswas, P. D'Silva

Dernière mise à jour: 2024-06-29 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.28.601193

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.28.601193.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

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