Nouvelles directives pour les variantes géniques ATM

L'utilisation de nouvelles méthodes de tests génétiques moins chères a beaucoup augmenté ces dernières années. Ces tests peuvent analyser plusieurs gènes en même temps et aider à déceler des changements dans l'ADN d'une personne. Grâce à cette progression, on découvre de plus en plus de changements génétiques chez les gens qui pourraient entraîner des problèmes de santé. Pour suivre ces évolutions, un grand groupe médical a mis à jour ses directives en 2015. Ces directives sont destinées à aider les médecins et les scientifiques à catégoriser correctement ces changements génétiques, surtout pour les troubles héréditaires.

Du coup, un groupe appelé le Hereditary Breast, Ovarian, and Pancreatic Cancer (HBOP) Variant Curation Expert Panel (VCEP) a été créé en 2018. Ce groupe a pour but de créer des règles spécifiques pour mieux comprendre comment certains changements génétiques dans des gènes précis sont liés à différentes maladies. L'un des premiers gènes sur lesquels ce groupe s'est concentré s'appelle ATM.

#Qu'est-ce qu'ATM ?

Le gène ATM joue un rôle crucial dans la façon dont nos corps réagissent aux dommages de l'ADN. Quand ce gène fonctionne bien, il aide à prévenir le cancer en gérant comment les cellules s'attaquent à l'ADN cassé. Certains changements dans le gène ATM peuvent l'empêcher de fonctionner correctement. Les personnes ayant une copie défectueuse de ce gène peuvent avoir un risque plus élevé de certains cancers, notamment du sein et du pancréas. Si une personne a deux copies défectueuses de ce gène, cela entraîne une grave maladie infantile appelée Ataxie Télangiectasie (A-T), qui affecte le mouvement et augmente le risque de cancer.

#Pourquoi c'est important ?

Avec tous les différents changements génétiques découverts dans le gène ATM, beaucoup d'entre eux restent incertains concernant leur impact sur la santé. Le HBOP VCEP a décidé d'examiner ces changements de près pour aider à définir des directives claires pour les classer. L'objectif est de réduire la confusion et le stress liés aux résultats de tests génétiques incertains pour les patients et leurs familles.

#Le rôle du HBOP VCEP

Le HBOP VCEP est composé d'un groupe varié d'experts en génétique, diverses sciences, et en interprétation de variantes. Ils se réunissent toutes les deux semaines pour examiner des preuves concernant les changements génétiques dans le gène ATM, en utilisant à la fois des recherches passées et des connaissances d'experts. En faisant cela, ils visent à créer des règles claires pouvant être utilisées de manière cohérente dans différents labos.

Pour commencer leur travail, le VCEP s'est concentré sur plusieurs changements génétiques dans ATM qui avaient été rapportés et examinés. Ils ont créé une étude pilote pour tester leurs nouvelles règles de classification sur ces changements.

#Qu'est-ce que l'étude pilote ?

L'étude pilote a examiné 33 variantes différentes du gène ATM. Ces variantes se présentent sous différentes formes, allant de petits changements dans la séquence d'ADN à des changements structurels plus importants. Le VCEP s'est divisé en paires pour évaluer ces variantes indépendamment. Après avoir fait leurs évaluations, ils se sont réunis pour comparer leurs notes et résoudre les divergences d'opinion. S'il y avait encore des désaccords, ces questions étaient discutées avec l'ensemble du groupe pour une décision finale.

Ce processus minutieux a aidé le groupe à peaufiner ses règles de classification des changements génétiques dans le gène ATM.

#Règles finalisées pour classer les variantes ATM

À la suite de leur étude pilote, le VCEP a élaboré des règles spécifiques pour classer les changements dans le gène ATM. Ils ont utilisé un système avec cinq catégories : Bénin, Probablement Bénin, Variante de Signification Incertaine (VUS), [Probablement Pathogène](/fr/keywords/probablement-pathogene--k98q8m7), et Pathogène.

Les nouvelles directives ATM ont été soumises pour examen et seront mises à jour périodiquement au fur et à mesure que de nouvelles informations seront disponibles.

#Quelles règles n'ont pas été adoptées ?

En développant ces règles, le VCEP a décidé de ne pas inclure certaines directives existantes pour le gène ATM. Ils ont pris cette décision pour quelques raisons importantes :

1. Le cancer du sein est une maladie courante qui peut survenir sans liens héréditaires.
2. Il n'existe pas de moyen clair de dire si un cas de cancer du sein est héréditaire ou non.
3. Le gène ATM réduit le risque de cancer du sein, ce qui fait que beaucoup de gens dans les familles portent des variantes défaillantes sans développer de cancer.

Le groupe a évité d'utiliser plusieurs codes spécifiques qui sont généralement appliqués aux variantes génétiques parce qu'ils estimaient que ces codes ne seraient pas utiles pour le gène ATM.

#Résumé des règles ATM

Les règles spécifiques au gène ATM que le VCEP a créées couvrent plusieurs catégories et types de preuves. Celles-ci incluent :

• Variants de perte de fonction : Ces variantes impliquent des changements significatifs dans l'ADN qui empêchent le gène de fonctionner. Les règles pour ces changements se basent sur des données solides provenant d'études.
• Variants d'épissage : Ces changements affectent la manière dont le gène est lu et peuvent mener à des protéines incomplètes ou incorrectes. Le VCEP a utilisé un ensemble de directives connues pour ces changements.
• Variants de changement de sens et variants en cadre : Ce sont des variations qui remplacent un acide aminé par un autre ou causent des petites modifications dans la protéine. L'évaluation de ces changements repose sur d'autres outils prédictifs.

Le VCEP a décidé d'attribuer des poids spécifiques à différents types de preuves utilisées dans la classification des variantes, permettant une représentation plus précise de leur impact sur la santé.

#Amélioration continue

Le VCEP s'engage à améliorer continuellement ses directives et règles. Ils collectent et analysent constamment de nouvelles données pour affiner leur manière de classer les changements génétiques. Ce processus est essentiel pour maintenir l'exactitude et aider les patients à mieux comprendre leurs risques génétiques.

#Conclusion

Le travail du HBOP VCEP est essentiel pour clarifier les implications médicales des variations génétiques dans le gène ATM. En développant des règles claires pour évaluer ces variantes, ils visent à réduire l'incertitude que les patients ressentent à la réception de résultats de tests génétiques. Cet effort aide non seulement les individus à comprendre leurs risques pour la santé, mais aussi les fournisseurs de soins de santé et les conseillers génétiques à offrir de meilleurs soins et conseils aux familles touchées par les syndromes de cancer héréditaires.

La collaboration continue du VCEP et l'évaluation de nouvelles données garantissent que les meilleures pratiques soient respectées, menant finalement à de meilleurs résultats pour les patients et une plus grande compréhension de l'importance des tests génétiques dans la médecine moderne.