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Le défi continu du Streptococcus pneumoniae chez les enfants éthiopiens

Une étude révèle une résistance aux antibiotiques et des souches émergentes chez les enfants après la vaccination.

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Table des matières

Le Streptococcus pneumoniae est une bactérie qui peut provoquer des maladies graves, surtout chez les enfants. Elle peut entraîner des infections comme la pneumonie, la méningite et des infections de l'oreille. Malheureusement, cette bactérie a causé un nombre important de décès chez les enfants dans le monde, notamment en Afrique. Malgré l'introduction de vaccins conçus pour protéger contre certains types de cette bactérie, de nombreux enfants souffrent encore d'infections. Cet article vise à discuter des types de S. Pneumoniae trouvés chez les enfants en Éthiopie et des problèmes liés à la Résistance aux antibiotiques.

Impact des Vaccins

Entre 2000 et 2015, des vaccins connus sous le nom de vaccins antipneumococciques conjugués (PCV) ont été introduits. Ces vaccins ont été efficaces pour réduire le nombre d'infections causées par des types spécifiques de S. pneumoniae, mais ils ne couvrent qu'un nombre limité de souches. Depuis l'introduction de ces vaccins, les chercheurs ont constaté qu'alors que les souches ciblées ont diminué, d'autres souches non couvertes par le vaccin sont devenues plus courantes, ce qui est préoccupant.

En Éthiopie, un vaccin spécifique appelé PCV10 a été introduit pour les enfants en 2011, et il a été remplacé par le PCV13 en 2020. Comprendre les types de S. pneumoniae présents chez les enfants après l'introduction de ces vaccins est crucial pour voir à quel point ils fonctionnent et pour identifier tout changement dans les types de bactéries.

Détails de l'Étude

Une étude a eu lieu à Addis-Abeba, en Éthiopie, pour examiner les types de S. pneumoniae trouvés chez des enfants âgés de 0 à 15 ans. Les chercheurs ont recueilli des échantillons d'enfants ayant la pneumonie, d'autres maladies et des infections de l'oreille. Ils ont utilisé une méthode appelée sérotypage pour identifier les différents types de bactéries présentes dans ces échantillons.

Échantillons Bactériens

L'étude a collecté un total de 103 échantillons d'enfants. Le type le plus courant trouvé était le sérotype 19A, qui représentait plus d'un quart des isolats. D'autres types communs comprenaient le sérotype 16F. Les résultats ont montré qu'un petit pourcentage des bactéries correspondait aux types couverts par le vaccin PCV10, mettant en évidence des lacunes potentielles dans la protection.

Analyse génomique

Les chercheurs ont utilisé une technique appelée séquençage du génome complet pour en apprendre davantage sur la génétique des bactéries. Cette méthode leur a permis d'identifier différentes lignées génétiques et types de bactéries présents dans les échantillons. L'étude a trouvé un total de 46 lignées génétiques parmi les bactéries collectées.

La lignée la plus courante a été étiquetée GPSC1, qui était associée au sérotype 19A. Cette découverte est significative car GPSC1 est une lignée devenue courante dans divers pays. La présence de telles lignées après la vaccination suggère qu'elles pourraient remplacer les souches que le vaccin était censé protéger.

Résistance aux Antibiotiques

Une autre préoccupation majeure est la résistance aux antibiotiques, qui fait référence à la capacité des bactéries à résister aux effets des médicaments censés les tuer. Dans cette étude, les chercheurs ont constaté que de nombreux isolats de S. pneumoniae étaient résistants aux antibiotiques courants. La résistance la plus élevée a été notée contre un médicament combiné appelé triméthoprime-sulfaméthoxazole, suivi de la tétracycline et de la doxycycline.

Fait intéressant, bien qu'il n'y ait pas eu de souches complètement résistantes à la pénicilline, un petit pourcentage a montré une résistance intermédiaire. Cela signifie que bien que les antibiotiques puissent encore fonctionner, ils sont moins efficaces contre ces souches particulières. Cette résistance intermédiaire est préoccupante car elle peut conduire à des échecs de traitement.

Mécanismes de Résistance

L'étude a également examiné les facteurs génétiques qui contribuent à la résistance aux antibiotiques. De nombreux isolats avaient des modifications dans des gènes spécifiques leur permettant de survivre même exposés aux antibiotiques. Par exemple, de nombreux isolats ont montré des changements dans des gènes liés à la résistance contre le triméthoprime-sulfaméthoxazole.

De plus, la résistance à plusieurs médicaments (MDR) a été observée chez près d'un quart des bactéries testées. La majorité de ces souches MDR appartenaient à la lignée GPSC1, qui est associée au sérotype 19A courant. Cela indique une tendance inquiétante où certaines lignées s'adaptent suffisamment pour résister à plusieurs antibiotiques.

Contexte Mondial

La situation en Éthiopie reflète une tendance mondiale où l'introduction de vaccins peut parfois entraîner l'augmentation de différentes souches bactériennes. Par exemple, dans plusieurs pays, le sérotype 19A a été observé en augmentation après des changements dans les stratégies de vaccination. Cela rappelle bien comment les bactéries peuvent s'adapter et poser des défis continus même après l'introduction des vaccins.

Exemples d'Autres Régions

Dans d'autres zones comme le Népal et le Brésil, une augmentation du sérotype 19A a été notée quelques années après l'introduction du PCV10. De même, au Kenya, il y a eu une chute significative du nombre de certaines bactéries résistantes juste après l'introduction du vaccin. Ces exemples montrent que bien que les vaccins puissent réduire certaines infections, ils peuvent aussi entraîner des changements inattendus dans les populations bactériennes.

Conclusion

Les résultats de l'étude en Éthiopie fournissent des informations précieuses sur la lutte continue contre le S. pneumoniae. Malgré l'introduction de vaccins, le sérotype 19A reste une préoccupation majeure en raison de son association avec la résistance à plusieurs médicaments.

Cela souligne l'importance de continuer à surveiller et à analyser génétiquement les populations bactériennes pour évaluer l'impact des vaccins et la nature évolutive de la résistance bactérienne. Pour lutter efficacement contre ces problèmes, il est crucial de rester informé sur les souches prévalentes et leur réponse aux traitements. En faisant cela, les professionnels de santé peuvent mieux protéger les enfants et réduire le risque d'infections graves à l'avenir.

En résumé, bien que les vaccins soient un outil essentiel dans la lutte contre les infections bactériennes, l'émergence de nouvelles souches et le défi de la résistance aux antibiotiques nécessitent une attention continue et une adaptation des stratégies de santé publique.

Source originale

Titre: Genomic characterization of Streptococcus pneumoniae isolates among pediatric patients in Addis Ababa, Ethiopia

Résumé: Background and aimsDespite the introduction of pneumococcal conjugate vaccines (PCV), Streptococcus pneumoniae still remains an important cause of morbidity and mortality, especially among children under 5 years in sub-Saharan Africa. We sought to determine the distribution of lineages and antimicrobial resistance genes of S. pneumoniae, 5-6 years after the introduction of PCV10 in Ethiopia. MethodsWhole genome sequencing (WGS) was performed on 103 S. pneumoniae (86 from nasopharyngeal swabs, 4 from blood and 13 from middle ear swabs) isolated from children aged < 15 years at three health care facilities in Addis Ababa, Ethiopia from September 2016 to August 2017. Using the WGS data, serotypes were predicted, isolates were assigned to clonal complexes, Global Pneumococcal Sequence Clusters (GPSCs) were inferred and screening for alleles and mutations that confer resistance to antibiotics was performed using multiple bioinformatic pipelines. ResultsThe 103 S. pneumoniae isolates were assigned to 45 different GPSCs. The most common GPSCs were GPSC1 (sequence type (ST) 320, serotype 19A), 14.6%; GPSC268 (ST 6882 and Novel STs; serotypes 16F, 11A and 35A), 8.7% and GPSC10 (STs 2013, 230 and 8804; serotype 19A), 7.7%. Intermediate resistance to penicillin was predicted in 14.6% of the isolates and 27 different Penicillin Binding Protein (PBP) allele combinations were identified. Variations in sulfamethoxazole-trimethoprim (folA and/or folP), tetracycline (tetM, tetO or tetS/M) and macrolide (ermB and and/or mefA) resistance genes were predicted in 66%, 38.8% 19.4% of the isolates, respectively. Multidrug resistance ([&ge;] 3 antibiotic classes) was observed in 18.4% (19/103) of the isolates and 78.9% of them were GPSC1 (ST320, serotype 19A). ConclusionFive to six years after introduction of PCV10 in Ethiopia, the population of S. pneumoniae is quite diverse, with the most common lineage an MDR GPSC1 (ST 320, Serotype 19A), which is not covered by the PCV10. Continued assessment of the impact of PCV on the population structure of S. pneumoniae in Ethiopia is warranted. Impact statementThis study provides a detailed analysis of the genomic features of carriage and disease Streptococcus pneumoniae isolates from paediatric patients in Addis Ababa Ethiopia collected 5-6 years after introduction of PCV10 in the country. The study describes the distribution of serotypes, lineages, resistance genes and in silico predicted phenotypic antimicrobial resistance. The study highlights the predominance of multidrug resistant serotype 19A expressing GPSC1 (CC320). The findings underline the importance of continued genomic surveillance of pneumococcal carriage and disease to understand the selective pressure of vaccines on lineages and associated antimicrobial resistance. Data SummaryGenome sequences are deposited at ENA with accession numbers (ERR9796440-ERR9990857, ERR10419695-ERR10419739). The authors confirm all supporting data have been provided within the article or through supplementary data files.

Auteurs: Abel Abera Negash, A. Ferreira, D. Asrat, A. Aseffa, P. Cools, L. VanSimaey, P. Hawkins, L. MCGEE, M. Vaneechoutte, S. D. Bentley, S. W. Lo

Dernière mise à jour: 2024-06-24 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.06.21.24309271

Source PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.06.21.24309271.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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