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# Biologie# Biologie synthétique

Méthodes innovantes pour une production de biosenseurs facile

Les avancées en technologie de biosenseurs simplifient la détection des dangers environnementaux.

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Les dangers chimiques environnementaux sont de sérieux problèmes dans le monde, affectant la santé humaine et la nature. Ces dangers peuvent nuire à la qualité de l'air, de l'eau, du sol et de la nourriture. Quand les gens sont exposés à ces dangers, ils peuvent souffrir de divers problèmes de santé, comme l'asthme, les maladies mentales, les malformations congénitales, le cancer, des conditions chroniques, des maladies cardiaques, voire la mort.

Méthodes de Détection Actuelles

En ce moment, il y a plein de technologies pour vérifier ces menaces environnementales. Mais la plupart de ces méthodes nécessitent des labos spéciaux, des outils électroniques, et des travailleurs qualifiés. Différentes agences gouvernementales surveillent les contaminants, souvent en utilisant des techniques compliquées comme la chromatographie en phase gazeuse, la chromatographie en phase liquide, et la spectrométrie de masse.

Il existe des technologies portables, mais elles demandent toujours des utilisateurs qualifiés et une analyse de données compliquée. Ces méthodes dépendent généralement d'équipements avancés qui ne sont pas toujours disponibles dans des zones moins riches. Du coup, les gens qui ont besoin de ces systèmes de détection faciles à utiliser n'y ont pas accès. De plus, les méthodes traditionnelles peuvent prendre beaucoup de temps et ne sont pas faciles à produire et à partager largement.

La Promesse des Systèmes d'Expression Génique Sans Cellules

Une solution innovante à ce problème est l'utilisation de systèmes d'expression génique sans cellules. Ces systèmes peuvent créer des dispositifs de diagnostic qui sont peu coûteux, prêts à l'emploi, et simples à transporter. Ils peuvent être lyophilisés, ce qui permet aux gens de les emmener et de les utiliser n'importe où quand c'est nécessaire.

Ces capteurs utilisent la machinerie naturelle des cellules pour détecter de petites molécules et des ions. Ils sont souvent stables, jetables, et respectueux de l'environnement. Il y a eu des exemples réussis où ces Biosenseurs sans cellules ont été déployés sur le terrain, comme la détection du cuivre dans l'eau en Californie et la mesure des niveaux de fluoride au Kenya et au Costa Rica.

Le Besoin de Cohérence dans la Fabrication de Biosenseurs

Malgré le succès de ces biosenseurs, il y a des défis dans leur fabrication. Dans des études antérieures, la production était faite manuellement, ce qui a donné une qualité variable. Il est nécessaire de créer des biosenseurs qui soient faciles à utiliser, fiables, et pouvant être produits à plus grande échelle. C'est particulièrement important quand des résultats rapides sont nécessaires.

Utiliser des systèmes automatisés, en particulier des dispositifs robotiques, peut aider à produire plus de biosenseurs avec une qualité fiable. Pour cela, on s'est concentré sur l'adaptation d'un dispositif robotique largement utilisé appelé Opentrons OT-2, qui aide à rationaliser divers processus biologiques tout en étant abordable et convivial.

Adapter la Technologie Robotique pour la Production de Biosenseurs

La première étape de notre approche a été de comparer la production assistée par robot avec des méthodes manuelles. On a commencé par développer des procédures automatisées pour construire différentes réactions de biosenseurs. Cela nous a aidés à mieux comprendre comment le robot performait par rapport aux expérimentateurs humains.

Pour évaluer ces méthodes de production, on a créé deux types d'assemblage : (i) assemblage de réaction manuel et (ii) Assemblage Automatisé utilisant l'Opentrons OT-2. Chaque méthode a ses propres avantages. L'approche manuelle offre plus de flexibilité, mais le processus automatisé peut produire des réactions rapidement et en grande quantité quand les conditions sont constantes.

À travers nos expériences, on a découvert qu'en utilisant une approche de mélange maître, où on mélange tous les composants de la réaction ensemble avant la distribution, on obtenait des résultats plus cohérents qu'en utilisant des mélanges individuels pour chaque réaction. Utiliser cette méthode de mélange maître nous a permis d'atteindre une sortie plus fiable pour les biosenseurs.

Évaluer la Performance du Robot à Grande Échelle

On a évalué la performance du système robotique en construisant plus d'un millier de réactions en utilisant des méthodes manuelles et automatisées. Cela a impliqué plusieurs expérimentateurs pour voir si le robot pouvait créer des résultats cohérents, même avec des variations introduites par différentes personnes.

Dans nos tests, on a regardé deux types différents de biosenseurs qui produisent soit un changement de couleur, soit un signal fluorescent. On a trouvé des différences significatives dans la vitesse à laquelle chaque réaction atteignait son signal de pointe, selon qu'elle était faite manuellement ou par le robot. Certains biosenseurs ont réussi à produire des résultats fiables, tandis que d'autres ont montré de la variabilité, surtout avec des enzymes produisant de la couleur.

Optimiser le Processus Robotique

Étant donné les incohérences trouvées dans les réactions faites par le robot, on a travaillé à améliorer la qualité de ces processus automatisés. On a exploré plusieurs facteurs qui pouvaient influencer la performance du système robotique, comme la vitesse de distribution des liquides, les méthodes de mélange, et la manipulation des pointes.

En ajustant ces paramètres, on a trouvé des solutions à des problèmes courants, comme des liquides coincés dans les pointes de pipette, ce qui causait des erreurs dans les étapes suivantes. On a mis en place un protocole affiné pour aider à créer des biosenseurs plus efficacement, réduisant ainsi la charge de travail sur les travailleurs humains.

Application dans la Détection du Fluorure

Comme application pratique, on a utilisé cette méthode améliorée pour créer des biosenseurs capables de détecter le fluorure. On a construit un grand nombre de ces réactions de biosenseurs en environ 30 minutes, accélérant considérablement le processus tout en garantissant la cohérence.

Après avoir assemblé les réactions, on les a testées pour voir à quel point elles fonctionnaient pour détecter différentes concentrations de fluorure. Dans l'ensemble, les résultats ont montré que les capteurs fonctionnaient comme prévu, confirmant la valeur de notre approche de fabrication automatisée.

Conclusion : L'Avenir de la Production de Biosenseurs

En résumé, il y a un besoin urgent de moyens faciles et efficaces pour créer des biosenseurs capables de fournir des résultats rapides dans divers contextes, surtout dans des zones moins équipées. Notre étude met en avant une approche intégrant des robots conviviaux pour automatiser la production de biosenseurs sans cellules.

Avec les méthodes qu'on a développées, il devient faisable de fabriquer des centaines, voire des milliers de ces capteurs rapidement et de manière fiable. Ceci est particulièrement bénéfique dans des situations où des tests rapides sont cruciaux. Le robot Opentrons se démarque comme une option pratique pour générer ces biosenseurs, les rendant accessibles pour des applications sur le terrain.

À mesure que la technologie continue de progresser, la capacité à fabriquer des systèmes sans cellules dans divers environnements deviendra de plus en plus importante. Nos protocoles détaillés et nos instructions opérationnelles visent à faciliter cet objectif, permettant à plus de gens de bénéficier d'outils de diagnostic rapides et efficaces.

Source originale

Titre: Semi-automated Production of Cell-free Biosensors

Résumé: Cell-free synthetic biology biosensors have potential as effective in vitro diagnostic technologies for the detection of chemical compounds such as toxins and human health biomarkers. They have several advantages over conventional laboratory-based diagnostic approaches, including being able to be assembled, freeze-dried, distributed, and then used at the point-of-need. This makes them an attractive platform for cheap and rapid chemical detection across the globe. Though promising, a major challenge is scaling up biosensor manufacturing to meet the needs of their multiple uses. Currently, cell-free biosensor assembly during lab-scale development is mostly performed manually by the operator, leading to quality control and performance variability issues. Here we explore the use of liquid handling robotics to manufacture cell-free biosensor reactions. We compare both manual and semi-automated reaction assembly approaches using the Opentrons OT-2 liquid handling platform on two different cell-free gene expression assay systems that constitutively produce colorimetric (LacZ) or fluorescent (GFP) signals. We test the designed protocol by constructing an entire 384-well plate of fluoride sensing cell-free biosensors and demonstrate that they perform closely to expected detection outcomes.

Auteurs: Julius B Lucks, D. M. Brown, D. A. Phillips, D. C. Garcia, A. Arce, T. Lucci, J. P. Davies, J. Mangini, K. A. Rhea, C. B. Bernhards, J. R. Biondo, S. M. Blum, S. D. Cole, J. A. Lee, M. S. Lee, N. D. McDonald, B. Wang, D. L. Perdue, W. Thavarajah, A. S. Karim, M. W. Lux, M. C. Jewett, A. E. Miklos

Dernière mise à jour: 2024-10-13 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.13.618078

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.13.618078.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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