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Aperçus sur la production d'énergie des bactéries Treponema

Des recherches révèlent des résultats clés sur les enzymes génératrices d'énergie des bactéries Treponema.

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Le Treponema, c'est un groupe de bactéries en forme de spirale. On peut les trouver chez plein de trucs vivants, des insectes aux humains. Certaines de ces bactéries peuvent provoquer des maladies graves chez les gens, comme la syphilis, le bejel et les yaws. Ces maladies peuvent causer de gros problèmes de santé, et il y a une hausse inquiétante des cas de syphilis, notamment la syphilis congénitale, où une mère transmet la maladie à son bébé pendant l'accouchement. Ça peut mener à des fausses couches, la mort des nourrissons et plein de soucis de santé pour les nouveau-nés.

Pour mieux gérer ces maladies, il est important de comprendre comment ces bactéries fonctionnent. Mais étudier les bactéries Treponema en laboratoire, c'est pas simple. Un type pathogène pour l'homme, le T. pallidum, n'a été cultivé en continu en labos que récemment, nécessitant des cellules humaines spécifiques pour sa croissance. Du coup, les chercheurs ont exploré le mode de vie de ces bactéries de différentes manières, en utilisant des techniques pour étudier leur structure, leur comportement dans des solutions et leurs processus chimiques.

Caractéristiques Uniques de Treponema

Les recherches ont permis de découvrir de nouveaux aspects du fonctionnement de ces bactéries. Des découvertes importantes incluent un type spécial de transporteur qui aide les bactéries à absorber les nutriments, un nouveau type de transporteur pour les nucléotides et une protéine qui aide à gérer les niveaux de métaux dans les bactéries.

Un aspect significatif du métabolisme du T. pallidum concerne un système chimique qui repose principalement sur des flavines, qui sont un type de cofacteur essentiel pour diverses réactions biologiques. Notamment, cette bactérie manque de nombreuses enzymes à base de fer, communes chez d'autres organismes. À la place, elle utilise des systèmes qui exploitent des flavines et a même une voie pour décomposer le D-lactate, produisant finalement de l'énergie sous forme d'ATP (adénosine triphosphate) et d'acétate.

Le Rôle de l'Acétate Kinase

Dans ce rapport, l'accent est mis sur une enzyme spécifique impliquée dans ce processus de génération d'énergie appelée acétate kinase. Cette enzyme aide à convertir l'acétyl-phosphate et l'ADP (adénosine diphosphate) en ATP. Les chercheurs ont identifié une protéine nommée TP0476 dans le T. pallidum qui agit probablement comme cette acétate kinase. Pour mieux la comprendre, ils ont produit et purifié cette protéine, mais son comportement dans les tests de laboratoire n'était pas très constant. Du coup, ils se sont concentrés sur une protéine similaire du T. vincentii appelée TV0924, qui a mieux fonctionné en labos.

Comparaison entre TP0476 et TV0924

TP0476 et TV0924 peuvent catalyser la conversion de l'acétyl-phosphate et de l'ADP en ATP. Cependant, TV0924 est beaucoup plus efficace que TP0476 dans cette réaction. L'efficacité de TV0924 est significativement plus élevée, ce qui signifie qu'elle produit de l'ATP plus efficacement que TP0476. La différence de performance semble venir principalement de la vitesse à laquelle chaque enzyme fonctionne plutôt que de la façon dont elles se lient à leurs substrats.

Les chercheurs ont également étudié la stabilité de ces protéines à différentes températures. Ils ont découvert que TP0476 est moins stable que TV0924 lorsqu'il est chauffé, ce qui pourrait expliquer certaines des différences de comportement.

Comprendre la Structure de TV0924

Les chercheurs ont pu cristalliser TV0924, ce qui leur a permis d'étudier sa structure. Ils ont découvert que la structure cristalline révélait des caractéristiques similaires à d'autres kinases acétate connues. La structure a des zones distinctes ou domaines, chacun avec des rôles spécifiques, y compris un site actif où se déroulent les réactions.

Intéressant, TV0924 a une partie plus longue à la fin de sa structure par rapport à d'autres enzymes apparentées. Cette section supplémentaire est loin du site actif, donc on ne sait pas trop quel rôle elle pourrait jouer.

Mécanisme et Activité de l'Enzyme

L'équipe de recherche a également examiné le site actif de TV0924 pour comprendre comment ça fonctionne. Ils ont co-cristallisé la protéine avec de l'ADP et du magnésium, qui sont des composants impliqués dans sa fonction. Ils ont constaté que bien que l'ADP se lie à la protéine, il n'y avait aucune preuve de certaines parties de la molécule qu'ils s'attendaient à voir, indiquant que la liaison pourrait ne pas être exacte ou que certaines parties étaient désordonnées.

En modifiant des acides aminés spécifiques dans la protéine, les chercheurs ont pu identifier ceux qui étaient essentiels pour l'activité de l'enzyme. Beaucoup de ces versions modifiées de la protéine ont montré des baisses significatives d'activité, confirmant que ces parties originales sont cruciales pour le bon fonctionnement de l'enzyme.

Ce Que Tout Cela Signifie

À travers ces études, les chercheurs ont confirmé que TV0924 est une acétate kinase valide. Ils ont montré qu'elle peut efficacement générer de l'ATP à partir d'acétyl-phosphate et d'ADP, prouvant qu'elle fait partie intégrante de la voie de production d'énergie dans les bactéries d'où elle provient.

De l'autre côté, TP0476, bien qu'ayant une forte similarité avec TV0924, a montré des différences dans son comportement et son efficacité. Néanmoins, elle semble avoir un rôle similaire en tant qu'acétate kinase dans son propre environnement bactérien. Les deux protéines présentent également une extension C-terminale unique dans leurs structures, qui n'est pas présente dans la plupart des autres kinases acétate.

Conclusion

La recherche fournit des aperçus clés sur le fonctionnement de certaines bactéries Treponema, en mettant particulièrement l'accent sur leurs voies de production d'énergie. Comprendre ces processus est crucial, surtout avec l'augmentation des cas de maladies causées par ces bactéries. Ce savoir pourrait mener à de meilleures stratégies pour traiter et prévenir les problèmes de santé qui y sont associés.

En résumé, cette étude met en lumière l'importance de deux enzymes clés, TV0924 et TP0476, qui illustrent les capacités métaboliques distinctives des espèces Treponema. Une recherche continue est nécessaire pour bien comprendre ces organismes et leurs impacts sur la santé humaine.

Source originale

Titre: Biophysical and biochemical evidence for the role of acetate kinases (AckAs) in an acetogenic pathway in pathogenic spirochetes

Résumé: Unraveling the metabolism of Treponema pallidum is a key component to understanding the pathogenesis of the human disease that it causes, syphilis. For decades, it was assumed that glucose was the sole carbon/energy source for this parasitic spirochete. But the lack of citric-acid-cycle enzymes suggested that alternative sources could be utilized, especially in microaerophilic host environments where glycolysis should not be robust. Recent bioinformatic, biophysical, and biochemical evidence supports the existence of an acetogenic energy-conservation pathway in T. pallidum and related treponemal species. In this hypothetical pathway, exogenous D-lactate can be utilized by the bacterium as an alternative energy source. Herein, we examined the final enzyme in this pathway, acetate kinase (named TP0476), which ostensibly catalyzes the generation of ATP from ADP and acetyl-phosphate. We found that TP0476 was able to carry out this reaction, but the protein was not suitable for biophysical and structural characterization. We thus performed additional studies on the homologous enzyme (75% amino-acid sequence identity) from the oral pathogen Treponema vincentii, TV0924. This protein also exhibited acetate kinase activity, and it was amenable to structural and biophysical studies. We established that the enzyme exists as a dimer in solution, and then determined its crystal structure at a resolution of 1.36 [A], showing that the protein has a similar fold to other known acetate kinases. Mutation of residues in the putative active site drastically altered its enzyme activity. A second crystal structure of TV0924 in the presence of AMP (at 1.3 [A] resolution) provided insight into the binding of one of the enzymes substrates. On balance, this evidence strongly supported the roles of TP0476 and TV0924 as acetate kinases, buttressing the existence of the acetogenic pathway in pathogenic treponemes.

Auteurs: Chad A. Brautigam, R. Deka, S.-C. Tso, W. Liu

Dernière mise à jour: 2024-10-13 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.12.617992

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.12.617992.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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