Nouvelles infos sur les virus des plantes en Australie
Une étude révèle des virus de plantes cachés chez la faune, qui impactent l'agriculture.
Jackie Mahar, Jonathon C. O. Mifsud, Kate Van Brussel, Anna E. Lachenauer, Erin Harvey, Olivia M. H. Turnbull, Stefanie Bonat, Thomas M. Newsome, Annabelle Olsson, Antje Chiu-Werner, Menna E. Jones, Edward C. Holmes, Solomon Maina
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Table des matières
Les virus peuvent vraiment poser problème pour les plantes, surtout en agriculture. Quand des maladies virales touchent les cultures, ça peut entraîner une croissance réduite et des récoltes médiocres. Et ça empire à cause de trucs comme le changement climatique, le commerce mondial, et les nuisibles qui résistent aux pesticides. Un groupe de virus qui cause pas mal de dégâts s’appelle les tobamovirus. Ces virus sont connus pour infecter plein de types de plantes et peuvent sérieusement abîmer les récoltes.
C'est quoi les Tobamovirus ?
Les tobamovirus font partie de la famille des Virgaviridae et se trouvent dans diverses plantes. Ces virus ont une structure unique qui leur permet de se répandre facilement entre les plantes. Les tobamovirus sont particulièrement dangereux pour des plants comme les tomates et les concombres. Par exemple, le virus du fruit rugueux brun des tomates et le virus de la mosaïque verte des concombres sont deux tobamovirus gênants qui ont affecté les cultures et causé des pertes financières pour les agriculteurs.
La propagation des virus
L'Australie a un paysage agricole unique puisque beaucoup de cultures n'ont été introduites que ces derniers siècles. Ça veut dire que de nombreux virus nuisibles qui touchent les cultures dans d'autres pays ne sont pas encore présents en Australie, ou bien ils viennent juste d'arriver. Malheureusement, le commerce mondial peut introduire ces virus quand des graines ou des plantes infectées sont importées d'autres pays.
En plus du commerce, les virus peuvent aussi passer des plantes sauvages aux cultures cultivées. À mesure que l'agriculture augmente, les chances que ça arrive augmentent aussi. C'est pour ça qu'il est crucial de comprendre quels virus existent dans les plantes locales pour gérer les maladies des cultures. Des études ont montré que certains virus peuvent même se transmettre par les déjections animales, ce qui complique encore plus la gestion de ces menaces.
Une découverte surprenante
Récemment, des chercheurs qui étudient les virus animaux en Australie ont trouvé le virus mosaïque du ribgrass chez des Animaux Sauvages. Ça a été tout un étonnement, car on pensait que ce virus était exotique pour l'Australie. Le virus mosaïque du ribgrass a un large éventail d’hôtes végétaux, ce qui est très préoccupant pour l'agriculture australienne. Il a des proches connus qui peuvent causer de gros dégâts aux cultures.
Comment les virus se propagent entre les plantes
Les tobamovirus sont connus pour se répandre facilement, que ce soit par contact direct avec des plantes infectées ou par les graines. Ils peuvent survivre dans le sol pendant des mois, ce qui les rend difficiles à éradiquer une fois qu'ils s'installent. La seule façon de contrôler ces virus est généralement de détruire les plantes infectées et de désinfecter le sol.
Comme il y a un manque de traitements, la détection précoce de ces virus est cruciale. L'Australie s'appuie actuellement sur des inspections visuelles et des tests spécifiques sur les plantes et graines importées pour détecter ces virus avant qu'ils ne se propagent. Pourtant, il y a un vrai besoin de nouvelles méthodes qui peuvent détecter des virus inconnus.
Nouvelle stratégie de surveillance
En réponse à ce besoin, les chercheurs ont commencé à examiner le contenu intestinal des animaux comme un moyen de détecter de nouvelles menaces virales. En analysant l’ARN total des animaux, ils peuvent découvrir des virus qui pourraient ne pas être encore connus ou qui pourraient se cacher dans l'environnement.
Cette approche aide non seulement à détecter la présence de tobamovirus mais aussi à éclairer les relations entre ces virus et les risques potentiels qu'ils représentent pour l'industrie horticole australienne.
Le processus de recherche
Les chercheurs ont utilisé des échantillons collectés auprès de plusieurs animaux en Australie pour mener leur étude. Ils ont extrait l’ARN du contenu intestinal des animaux puis l'ont séquencé pour identifier la présence de tobamovirus. Ce processus a révélé cinq espèces différentes de tobamovirus, y compris une considérée comme exotique et plusieurs nouvelles.
Les données recueillies ont été analysées pour voir comment les virus se relient entre eux et ce que cela signifie pour l'Australie. L'étude a révélé que certains de ces virus sont déjà présents chez des animaux sauvages, ce qui soulève des inquiétudes quant à leur transfert vers les cultures.
Résultats sur les virus
Parmi les tobamovirus détectés, l'un d'eux était le virus mosaïque du ribgrass, qui avait été précédemment considéré comme exotique. La présence de ce virus dans la faune australienne suggère qu'il pourrait ne pas être aussi isolé qu'on le pensait. Deux autres virus nouveaux ont été trouvés, qui ressemblent peu à des tobamovirus connus, rendant difficile de prédire leur impact sur les plantes.
De plus, les chercheurs ont découvert qu'un tobamovirus connu, le TMGMV, n'est pas alarmant car il est en Australie depuis longtemps et est bien étudié.
Implications pour l'agriculture
La présence de ces tobamovirus dans la faune est significative pour plusieurs raisons. D'abord, ça indique la possibilité que des virus passent des plantes sauvages aux cultures cultivées. Le fait que certains de ces virus soient dans des animaux sauvages suggère qu'ils pourraient facilement se répandre aux cultures par contact avec des animaux ou des outils et équipements contaminés.
Les chercheurs ont noté que des études supplémentaires sont nécessaires pour comprendre les hôtes potentiels de ces virus nouvellement découverts et leur impact sur l'agriculture. Il y a aussi un besoin évident de meilleures méthodes pour suivre la façon dont ces virus se déplacent dans l'environnement.
Conclusion
En conclusion, identifier les tobamovirus dans le contenu intestinal des animaux ouvre de nouvelles voies pour étudier et gérer les virus des plantes. Les résultats montrent que surveiller la faune peut être une partie précieuse d'une stratégie plus large pour protéger les cultures contre les infections virales.
Avec le commerce mondial en cours et les changements climatiques, garder un œil sur ces menaces est crucial pour protéger l'avenir de l'agriculture. En comprenant les connexions écologiques entre la faune et les cultures, on peut créer de meilleures stratégies pour gérer et prévenir les pertes de récoltes dues aux virus.
En attendant, pendant qu'on s'occupe des virus des plantes en agriculture, espérons que nos cultures restent saines car personne ne veut manger une tomate qui a l'air d'avoir passé une mauvaise nuit !
Source originale
Titre: Detection of exotic biosecurity threat ribgrass mosaic virus and novel tobamoviruses through metatranscriptomic sequencing of animal gut content
Résumé: Ribgrass mosaic virus (RMV) and related viruses of the genus Tobamovirus (Virgaviridae) are cruciferous plant pathogens that represent a threat to global horticultural systems. In Australia, they are considered exotic biosecurity threats, and an incursion of these viruses would require rapid and strict control efforts. However, current surveillance methods for these viruses are limited. We examined whether RMV and related tobamoviruses could be detected by deep sequencing of gut metatranscriptomes of vertebrate animals and ticks. Using this method, we discovered that RMV, as well as a novel relative of RMV, and two highly diverse novel tobamoviruses are present in Australia. RMV was detected in multiple sites in both the Australian Capital Territory (ACT) and Tasmania, two regions separated by approximately 700km of land and 200km of water. The novel relative of RMV was detected in the ACT and New South Wales (NSW), while the highly divergent novel tobamoviruses were each detected in a single state, NSW and Queensland (QLD). In addition, Tobacco mild green mosaic virus, which is already known to be present in Australia, was detected in QLD using this method. This work highlights the potential utility of metatranscriptomic sequencing of wild animal gut for the surveillance of biosecurity threats to native and agricultural plant species. ImportancePlant viruses can have devastating impacts on global horticulture. Tobamoviruses (family Virgaviridae, genus Tobamovirus) are among the most damaging seed-borne viruses in horticultural crops, and Australia is free of many of the tobamoviruses that cause major crop losses in other countries. These viruses are extremely difficult to eradicate. Consequently, early detection of incursions is key to the control of these viruses in Australia, alongside rapid deployment of eradication and management plans. Current biosecurity surveillance methods in Australia rely on visual inspection, immunological assays, and molecular methods such as screening of imported seed lots. This study introduces a complementary approach that utilises unbiased metatranscriptomic sequencing of animal gut material to detect cryptic plant viruses circulating in nature. Using this approach, we detected five different tobamovirus circulating in Australia, including a virus thought to be exotic and three novel viruses. This unique approach highlights alternative options for surveillance/detection of exotic crop viruses.
Auteurs: Jackie Mahar, Jonathon C. O. Mifsud, Kate Van Brussel, Anna E. Lachenauer, Erin Harvey, Olivia M. H. Turnbull, Stefanie Bonat, Thomas M. Newsome, Annabelle Olsson, Antje Chiu-Werner, Menna E. Jones, Edward C. Holmes, Solomon Maina
Dernière mise à jour: 2024-12-11 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.10.627875
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.10.627875.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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