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Rythmes circadiens et cancer : Nouvelles idées

Des recherches montrent comment les horloges internes du cancer diffèrent de celles des cellules saines.

Bharath Ananthasubramaniam, R. Venkataramanan

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Les Rythmes circadiens sont des cycles quotidiens dans nos corps qui aident à réguler divers processus biologiques. Ces rythmes jouent un rôle crucial dans le maintien de notre santé globale. Quand ces rythmes sont perturbés, ça peut entraîner différents problèmes de santé, y compris diverses maladies.

Les horloges internes de notre corps se trouvent dans plusieurs tissus, et ces horloges aident à contrôler quand certains processus se produisent. Pour vraiment comprendre comment ces rythmes fonctionnent chez les personnes en bonne santé et celles qui sont malades, il est important de prendre des mesures dans le temps. Cependant, prélever régulièrement des échantillons de tissus internes peut être invasif et pas pratique pour beaucoup de gens.

Progrès dans la mesure des rythmes circadiens

Pour régler ce problème, les chercheurs ont créé de nouveaux tests qui leur permettent de mesurer les horloges corporelles humaines en utilisant juste un échantillon d'une personne. Cela implique d'identifier des molécules spécifiques dans le corps liées à ces rythmes, appelées Biomarqueurs, puis de prédire l'heure de la journée en fonction de leurs niveaux.

Bien que la découverte de ces biomarqueurs nécessite généralement un échantillonnage étendu dans le temps, les chercheurs ont trouvé qu'ils pouvaient aussi utiliser des données provenant d'individus décédés pour rassembler des infos sur les rythmes circadiens dans une population. En examinant des tissus post-mortem de nombreuses personnes, ils peuvent déterminer si ces rythmes existent et comment ils varient.

Cependant, pour faire cela efficacement, ils ont besoin d'avoir suffisamment de caractéristiques dans leurs échantillons, comme différentes protéines et matériaux génétiques, qui peuvent être analysées pour déterminer des motifs temporels. Cela nécessite des algorithmes avancés capables d'organiser et d'analyser des données complexes pour extraire des informations significatives.

Nouvelles méthodes de mesure des rythmes

Une approche innovante implique l'utilisation d'une forme d'analyse de données connue sous le nom d'analyse en composantes principales circulaires (PCA). Cette méthode permet aux chercheurs de trouver et de regrouper des caractéristiques liées dans les données tout en reconnaissant la nature circulaire du temps.

Les chercheurs ont aussi développé un outil qui combine cette PCA avec une méthode pour valider les résultats automatiquement. Cet outil leur permet d'analyser des données provenant de plusieurs types de cancers et de révéler des motifs qui auraient pu ne pas être visibles auparavant.

En utilisant cette méthode, les chercheurs ont pu identifier des milliers de gènes qui montrent un comportement rythmique dans divers types de cancer. Fait intéressant, ces rythmes dans les tumeurs ne correspondent souvent pas à ceux trouvés dans les tissus sains, ce qui indique que les tissus cancéreux pourraient avoir leurs propres horloges internes uniques.

Trouver des rythmes circadiens dans les cancers humains

Pour étudier les rythmes circadiens dans les cancers humains, les chercheurs ont utilisé des données génétiques de haute qualité rassemblées auprès de patients. Ils se sont particulièrement concentrés sur les adénocarcinomes, qui sont des types de cancer communs affectant les glandes et les tissus au sein des organes.

L'analyse de ces données a révélé qu'il y a plein de motifs rythmiques présents dans les tissus cancéreux. Le nombre de gènes rythmiques identifiés variait selon les types de cancer, allant de quelques-uns à des milliers. Cela suggère des différences significatives dans la façon dont les rythmes circadiens fonctionnent dans différents cancers.

Les chercheurs ont remarqué que les gènes rythmiques étaient étroitement liés à des processus cellulaires importants. Certains gènes impliqués dans le métabolisme et la division cellulaire montraient une forte activité rythmique. Pourtant, la façon dont ces rythmes interagissent avec l'environnement environnant ou d'autres systèmes biologiques est encore à l'étude.

Comprendre l'horloge centrale dans le cancer

Malgré la présence de rythmes dans les cellules cancéreuses, il y avait une différence notable dans la façon dont ces rythmes se comparaient à ceux des cellules saines. Les gènes centraux qui régissent les rythmes circadiens montraient des temps de pics inhabituels dans les tissus cancéreux, suggérant que bien que les rythmes existent toujours, ils peuvent être perturbés.

Cette perturbation était évidente dans des types de cancer comme le cancer du sein et le cancer de l'ovaire, où les gènes d'horloge centraux affichaient des retards significatifs dans leurs activités de pic. Ces résultats indiquent que le système circadien dans les tumeurs pourrait fonctionner différemment que dans les tissus non cancéreux.

Processus clés liés aux gènes rythmiques

Les chercheurs ont aussi regardé quels processus biologiques sont influencés par ces gènes rythmiques. Ils trouvent que beaucoup de ces gènes sont liés à des fonctions cruciales dans le corps, en particulier celles associées à la progression du cancer.

Les gènes rythmiques se regroupaient en différents groupes fonctionnels responsables de la production d’énergie, des réponses immunitaires et de la division cellulaire. Comprendre ces connexions offre des aperçus sur comment le timing et les rythmes biologiques peuvent influencer la progression du cancer et potentiellement guider les approches thérapeutiques.

Horloges tumorales vs horloges saines

Une découverte clé de la recherche a été que les horloges circadiennes dans les tumeurs ne s'alignent pas avec celles trouvées dans les tissus sains. Ce manque de synchronisation soulève des questions sur la façon dont les cellules cancéreuses réagissent aux traitements administrés à différents moments de la journée.

En comparant des données d'échantillons tumoraux et de tissus sains appariés, les chercheurs ont découvert que le timing de l'expression des gènes dans les tumeurs était aléatoire et ne suivait pas les motifs attendus trouvés dans les tissus sains. Ce découplage des rythmes naturels du corps peut jouer un rôle dans le comportement des cancers et leur réponse aux traitements.

Lien entre les rythmes circadiens et le cycle cellulaire

Une autre observation intéressante a été la connexion entre les rythmes circadiens et le cycle cellulaire. Le cycle cellulaire est le processus par lequel les cellules se divisent et se répliquent. En analysant les données d'expression des gènes, les chercheurs ont constaté qu'il y avait un rythme dans les phases du cycle cellulaire dans certains types de cancer. Ces rythmes semblaient suivre un timing spécifique associé à l'horloge circadienne, suggérant une relation qui pourrait influencer la progression du cancer.

Dans certains cancers, le timing du passage des cellules à travers les différentes phases de division pourrait être lié à l'heure de la journée. Cette compréhension pourrait être importante pour développer des stratégies de traitement qui tirent parti de ces rythmes pour améliorer les résultats.

Analyse des rythmes protéiques dans le cancer

Au-delà des gènes, les chercheurs ont aussi analysé les protéines impliquées dans le cancer. Les protéines sont les produits des gènes et jouent un rôle significatif dans les fonctions cellulaires. Beaucoup de protéines ont montré des comportements rythmiques similaires à ceux de leurs gènes correspondants.

Les résultats ont révélé que même dans des cancers avec moins de gènes rythmiques, de nombreuses protéines montraient une activité rythmique. Cela suggère que le timing joue un rôle important au niveau des protéines aussi, et comprendre ces rythmes pourrait offrir de nouvelles opportunités d'intervention thérapeutique.

Potentiel de chronothérapie

Les connaissances acquises grâce à l'étude de ces rythmes présentent des possibilités passionnantes pour les traitements contre le cancer. Si certains médicaments ciblent des gènes rythmiques, ajuster le timing de l'administration des médicaments pourrait améliorer leur efficacité. Cette approche, connue sous le nom de chronothérapie, pourrait offrir de nouvelles avenues pour améliorer les soins contre le cancer.

En tenant compte des rythmes naturels présents dans le corps, les prestataires de soins de santé peuvent potentiellement adapter les plans de traitement pour coïncider avec les périodes où les cellules cancéreuses sont plus vulnérables.

Conclusion : Progrès dans la recherche circadienne

En conclusion, cette recherche démontre l'importance des rythmes circadiens dans la compréhension de la biologie du cancer. La capacité d'étudier ces rythmes dans les tissus humains en utilisant des méthodes d'analyse de données avancées permet aux chercheurs de découvrir des motifs significatifs qui étaient auparavant cachés.

Bien que de nombreuses questions restent en suspens, les résultats soulignent la complexité des rythmes biologiques et leurs impacts potentiels sur la santé et la maladie. En continuant d'explorer les relations entre les rythmes circadiens, le cancer, et les stratégies de traitement, nous pourrions débloquer de nouvelles façons d'améliorer les thérapies contre le cancer et finalement améliorer les résultats pour les patients.

Les avancées dans la mesure des rythmes circadiens en utilisant des techniques innovantes comme le COFE offrent un avenir prometteur pour la recherche et les applications cliniques. Alors que nous plongeons plus profondément dans les connexions entre le temps, la biologie, et la santé, nous ouvrons des portes à de nouvelles possibilités qui pourraient transformer notre compréhension du cancer et d'autres maladies.

Source originale

Titre: Time series-free rhythm profiling using COFE reveals multi-omic circadian rhythms in in vivo human cancers

Résumé: The study of ubiquitous circadian rhythms in human physiology requires regular measurements across time. Repeated sampling of the different internal tissues that house circadian clocks is both practically and ethically infeasible. Here, we present a novel unsupervised machine learning approach (COFE) that can use single high-throughput omics samples (without time labels) from individuals to reconstruct circadian rhythms across cohorts. COFE can simultaneously assign time labels to samples and identify rhythmic data features used for temporal reconstruction, while also detecting invalid orderings. With COFE, we discovered widespread de novo circadian gene expression rhythms in 11 different human adenocarcinomas using data from the TCGA database. The arrangement of peak times of core clock gene expression was conserved across cancers and resembled a healthy functional clock except for the mistiming of a few key genes. Moreover, rhythms in the transcriptome were strongly associated with the cancer-relevant proteome. The rhythmic genes and proteins common to all cancers were involved in metabolism and the cell cycle. Although these rhythms were synchronized with the cell cycle in many cancers, they were uncoupled with clocks in healthy matched tissue. The targets of most of FDA-approved and potential anti-cancer drugs were rhythmic in tumor tissue with different amplitudes and peak times. These findings emphasize the utility of considering "time" in cancer therapy, and suggest a focus on clocks in healthy tissue rather than free-running clocks in cancer tissue. Our approach thus creates new opportunities to repurpose data without time labels to study circadian rhythms.

Auteurs: Bharath Ananthasubramaniam, R. Venkataramanan

Dernière mise à jour: 2024-12-19 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.13.584582

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.13.584582.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

Merci à biorxiv pour l'utilisation de son interopérabilité en libre accès.

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