Streptocoque du groupe B : La menace cachée
Comprends le streptocoque du groupe B et l'augmentation de ses infections.
Veronica Kovacec, Sabrina Di Gregorio, Mario Pajon, Uzma Basit Khan, Tomas Poklepovich, Josefina Campos, Chiara Crestani, Stephen D. Bentley, Dorota Jamrozy, Marta Mollerach, Laura Bonofiglio
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Table des matières
- Augmentation des infections à GBS
- Options de traitement
- Montée de la résistance
- Vaccins en développement
- Prophages : Les acolytes bactériens
- L'étude du GBS en Argentine
- Collecte d'échantillons
- Analyse génomique
- Résultats sur les types capsulaires et la lignée
- Le rôle des prophages
- Déterminants de Virulence et Résistance aux antibiotiques
- Résistance multiple aux antibiotiques
- Conclusion : La nécessité d'une surveillance continue
- Source originale
- Liens de référence
Le Streptococcus du Groupe B, souvent appelé GBS ou Streptococcus agalactiae, est une sorte de bactérie qui vit tranquillement dans le corps humain. On le trouve souvent dans les intestins et les voies urinaires sans causer de problèmes. Mais ce locataire inoffensif peut devenir un vrai casse-pieds, surtout pour les nouveaux-nés et certains adultes.
GBS est un gros souci parce que c'est la principale cause d'infections graves chez les nouveau-nés, comme la septicémie et la méningite. Ça peut aussi provoquer une pneumonie chez les bébés. La plupart des nouveaux parents préfèrent gérer des catastrophes de couches plutôt que des infections bactériennes, donc c'est super important de comprendre comment fonctionne le GBS.
Augmentation des infections à GBS
Ces dernières années, les infections à GBS ont augmenté, pas seulement chez les bébés mais aussi chez les adultes plus âgés et ceux ayant des problèmes de santé. On dirait que le GBS se sent un peu trop à l'aise dans son rôle de perturbateur. Certains facteurs, comme l'âge avancé ou des conditions comme le diabète ou le cancer, peuvent augmenter le risque d'infections à GBS chez les adultes.
Options de traitement
Le principal médicament pour traiter les infections à GBS, c'est la pénicilline. C'est comme le super-héros des antibiotiques. Si la pénicilline n'est pas une option-parce que certaines personnes sont allergiques-les médecins peuvent se tourner vers d'autres antibiotiques comme les macrolides ou les lincosamides. Pour les cas plus coriaces où ça ne fonctionne pas, il y a la vancomycine, mais elle est réservée pour des occasions spéciales, un peu comme le champagne pour le Nouvel An.
Montée de la résistance
Dans un tournant alarmant, les bactéries peuvent développer une résistance à ces antibiotiques, rendant le traitement des infections plus compliqué. Au fil des ans, le GBS est devenu résistant à plusieurs types d'antibiotiques. On dirait que les bactéries organisent une fête et ne laissent entrer personne. Cette résistance croissante est étroitement liée à la propagation de souches de GBS plus dangereuses, appelées clones multirésistants.
Vaccins en développement
Pour l’instant, il n’y a pas de vaccins approuvés pour prévenir les infections à GBS, à la grande déception des professionnels de santé partout. Cependant, les chercheurs travaillent dur à développer des vaccins qui ciblent des types spécifiques de GBS. Le succès de ces vaccins dépendra de leur capacité à couvrir les différents types circulant dans une région donnée.
Pour mieux comprendre la diversité du GBS, un groupe international appelé Juno a été formé. Ils étudient le GBS du monde entier pour comprendre ses variations et comment cette bactérie se comporte.
Prophages : Les acolytes bactériens
À l’intérieur du GBS, il y a des éléments connus sous le nom de prophages. Ce sont essentiellement des morceaux d'ADN qui peuvent aider les bactéries à évoluer. Ils peuvent ajouter de nouveaux traits génétiques, ce qui peut aider le GBS à mieux survivre et devenir plus virulent. On dit qu’environ 20 % de certains génomes bactériens est constitué de ces petits acolytes.
De nombreuses bactéries pathogènes portent davantage de gènes liés aux prophages, ce qui a aussi été noté pour le GBS. En fait, des études suggèrent que certains de ces prophages pourraient venir des animaux et pourraient être liés à l'augmentation de certaines souches de GBS qui provoquent des maladies chez les bébés et les adultes.
L'étude du GBS en Argentine
Dans une récente démarche, des chercheurs ont étudié la présence de prophages dans le GBS isolé de diverses sources en Argentine. Ils ont collecté des échantillons de différents centres de santé à travers le pays et analysé la diversité génétique des souches de GBS.
Collecte d'échantillons
Au cours d'une étude nationale, ils ont rassemblé des échantillons de GBS provenant de patients avec des infections invasives, des infections urinaires, et même des femmes enceintes. Ils ont fini avec un ensemble de données de 450 isolats, en se concentrant sur 365 d'entre eux pour une analyse détaillée.
Cette étude complète incluait des échantillons de bébés, d'enfants et d'adultes, chacun contribuant à une meilleure compréhension du comportement du GBS dans des situations variées.
Analyse génomique
Pour étudier davantage les bactéries, les chercheurs ont réalisé un séquençage du génome entier. Ils ont utilisé des logiciels spécialisés et des bases de données pour analyser la composition génétique des souches de GBS. Cela a donné un aperçu détaillé des gènes principaux et leur a permis de construire un arbre généalogique des bactéries.
Les chercheurs se sont aussi concentrés sur les types capsulaires, qui sont importants pour identifier les souches de GBS. Cette classification aide à comprendre le potentiel de maladie causé par différents types de GBS.
Résultats sur les types capsulaires et la lignée
Les résultats ont révélé plusieurs schémas intéressants. Certains types capsulaires étaient significativement associés à des lignées spécifiques de GBS, les CC23 et CC12 étant les plus dominantes en Argentine. Ces lignées étaient similaires aux souches de GBS trouvées dans d'autres parties du monde, montrant que le GBS ne fait pas de distinction géographique-c’est tout une question de survie.
Fait intéressant, certaines souches sont apparues qui étaient classées comme non typables, ce qui signifie qu’elles ne pouvaient pas être facilement regroupées en types connus. Cela soulève des questions sur leur potentiel virulent et l’efficacité des vaccins ciblant des types spécifiques.
Le rôle des prophages
Dans leur analyse, les chercheurs ont trouvé un total de 454 prophages à travers les génomes de GBS. La plupart des souches avaient un ou deux prophages, tandis que certaines en portaient jusqu'à quatre. L'association entre la présence de prophages et les lignées de GBS était aussi notable, suggérant que certains prophages pourraient être plus présents dans des lignées spécifiques.
Ces informations pourraient potentiellement guider le développement futur de vaccins et donner des indices sur la façon dont les souches de GBS évoluent et s'adaptent.
Virulence et Résistance aux antibiotiques
Déterminants deLes chercheurs ont aussi examiné les facteurs de virulence du GBS, identifiant plusieurs gènes qui contribuent à sa capacité à provoquer des maladies. Fait intéressant, des déterminants de résistance aux antibiotiques ont été trouvés dans un nombre significatif d’isolats. Environ 90 % des génomes portaient des gènes qui confèrent une résistance à au moins une classe d'antibiotiques.
Cela met en lumière un sérieux problème de santé publique. Avec davantage de souches développant une résistance, comprendre la base génétique derrière cette résistance devient urgent.
Résistance multiple aux antibiotiques
En outre, certaines souches avaient une résistance à plusieurs classes d'antibiotiques. Cette résistance multidéveloppée est alarmante et souligne la nécessité d'une surveillance constante des souches de GBS circulant dans la population.
Conclusion : La nécessité d'une surveillance continue
L'analyse du GBS en Argentine contribue à des informations précieuses sur la structure de population de cette bactérie. Elle souligne l'importance de la recherche continue pour surveiller les infections à GBS, surtout alors que la résistance aux antibiotiques continue d'augmenter.
Avec une meilleure compréhension du comportement du GBS, des facteurs de virulence et des schémas de résistance, chercheurs et professionnels de santé peuvent travailler ensemble pour développer des stratégies de prévention efficaces, y compris des vaccins qui pourraient sauver des vies.
Au final, même si le GBS peut sembler juste une autre bactérie, sa capacité à s'adapter et provoquer des infections graves en fait un acteur clé dans le monde des maladies infectieuses. Alors, restez informés, parce que le savoir, c'est le pouvoir-surtout quand il s'agit de garder vos petits en sécurité et en bonne santé !
Titre: Genomic Characterisation of Group B Streptococcus from Argentina: Insights into Prophage Diversity, Virulence Factors and Antibiotic Resistance Genes
Résumé: Group B Streptococcus (GBS) is a commensal bacterium that can cause severe infections in infants and adults with comorbidities. Resistance and reduced susceptibility to antibiotics is continually on the rise, and vaccines remain in-development. Prophages have been reported to contribute to GBS evolution and pathogenicity. However, no studies are available to date on prophage contribution to the epidemiology of GBS isolates from humans in South America. In the context of an Argentinian multicentric study, we had previously phenotypically characterised 365 human GBS isolates from invasive disease, urinary infections and maternal colonisation. These isolates had been whole genome sequenced and their prophage presence bioinformatically determined. In this study, we genomically characterised the isolates and analysed the prophage content in the context of the epidemiological data. The phylogenetic analysis of the 365 genomes with 103 GBS from public databases revealed that Argentinian GBS were related to isolates from around the world. The most prevalent lineages, independently of the isolate source, were CC23/Ia and CC12/Ib. Genes encoding virulence factors involved in immune response evasion, tissue damage and adherence to host tissues and invasion were found in all of the genomes in accordance with previously described lineage distribution. According to the prevalent capsular types and the distribution of specific virulence factors in Argentinian GBS, over 95% coverage would be expected from the vaccines currently under development. Antibiotic resistance determinants (ARDs) to at least one antibiotic class were found in 90% of the genomes, including novel mutations in pbp2x, while more than 15% carried ARDs to 3 or more classes. GBS collected from urinary infections carried a significantly higher proportion of ARDs to multiple antibiotic classes than the rest of the isolates. A total of 454 prophages were found among the 468 genomes analysed, which were classified into 23 prophage types. Prophage presence exhibited variations based on GBS clonal complex and capsular type. A possible association between an increased GBS pathogenicity and the carriage of prophages with integrase type GBSInt8 and/or the presence of genes that encode the Phox Homology domain has been observed. The highest prevalence of prophages per genome was found in lineages CC17/III and CC19/III, while the lowest amount was observed in CC12/Ib. Overall, the highest density of prophages, virulence factors and ARDs determinants was found in CC19 isolates, mostly of capsular type III, independently of the isolates source. This is the first analysis of the human-associated GBS population in South America based on whole genome sequencing data, which will make a significant contribution to future studies on the global GBS population structure. Data summarySupplementary results and figures can be found in Supplementary Material 1. Supplementary tables can be found in Supplementary Material 2. All datasets analysed in this study are detailed in the Supplementary Materials. Metadata about the genomes analysed can be found in the microreact project created for this study: https://microreact.org/project/gbs-pangenomic-analysis. Impact statementIn Latin America studies on the epidemiology of Group B Streptococcus (GBS) are scarce, especially those describing clonal complex and serotype distribution, and the role of prophages in GBS epidemiology has not been studied. This article addresses the first genomic characterisation of the human-isolated GBS population in Latin America based on whole genome sequencing data, with special focus on the analysis of prophage content. We determine the clonal complex and serotype distribution of 365 GBS isolates collected from clinical samples in an Argentinian multicenter study and analyse the presence of prophages and virulence and antibiotic resistance determinants in the context of the epidemiological data. Through these analyses, we were able to determine how GBS population structure in Argentina differs from other parts of the world and to predict the potential coverage of the in-development GBS vaccines. We also found a possible association between the carriage of certain types of prophages and an increased GBS pathogenicity. In the context of increased global efforts to develop new strategies to prevent GBS infections through vaccine development, this study makes a significant contribution to our understanding of the global GBS population structure.
Auteurs: Veronica Kovacec, Sabrina Di Gregorio, Mario Pajon, Uzma Basit Khan, Tomas Poklepovich, Josefina Campos, Chiara Crestani, Stephen D. Bentley, Dorota Jamrozy, Marta Mollerach, Laura Bonofiglio
Dernière mise à jour: Dec 23, 2024
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.20.629649
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.20.629649.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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