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# Biología# Bioquímica

Mejorando el Análisis de Proteínas en Sangre con Mag-Net

Un nuevo método mejora la detección de proteínas en el plasma para un mejor diagnóstico de enfermedades.

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Analizar las Proteínas en el Plasma sanguíneo es super importante para diagnosticar enfermedades y seguir el progreso del tratamiento. El plasma es la parte líquida de la sangre que contiene varias proteínas, y probarlo es menos invasivo que tomar muestras de tejidos directamente. Sin embargo, aunque el plasma tiene un montón de proteínas, la mayoría de las pruebas solo pueden identificar una pequeña fracción de ellas. Esta limitación se debe principalmente a las grandes diferencias en las cantidades de proteínas. Por ejemplo, una proteína (albúmina) representa alrededor de la mitad de la masa total de proteínas en el plasma, lo que dificulta detectar otras proteínas.

El Reto de la Detección de Proteínas

La detección de proteínas en el plasma es complicada porque puede haber más de 10,000 proteínas presentes, pero las pruebas estándar solo podrían reconocer alrededor de 800. La mayor parte de la masa en el plasma proviene de un puñado de proteínas, con 22 proteínas representando casi todo. Esta distribución desigual hace que sea difícil encontrar proteínas menos abundantes.

Una forma de lidiar con este problema es eliminar las proteínas más comunes de la muestra. Este proceso, llamado inmunodepleción, puede ayudar a revelar otras proteínas que normalmente podrían pasarse por alto. Sin embargo, aunque esto puede mejorar la detección de otras proteínas, aún no resuelve el problema del todo, ya que muchas de las proteínas abundantes siguen siendo dominantes en el análisis.

Para abordar más el tema, los investigadores han intentado combinar la inmunodepleción con varios métodos para separar las proteínas antes de analizarlas. Existen varias estrategias, como la electroforesis en gel o la cromatografía, pero estas suelen limitar la cantidad de muestras que se pueden procesar a la vez.

Avances Recientes en Proteómica del Plasma

Estudios recientes han presentado métodos avanzados que permiten una mejor detección de proteínas en el plasma. Un enfoque notable combina equipos únicos con técnicas especiales para analizar un rango más amplio de proteínas sin necesidad de separarlas en fracciones primero. Un estudio reciente usando un tipo específico de equipo pudo detectar más de 2,700 proteínas en múltiples muestras de plasma en una sola corrida.

Otra técnica prometedora implica el uso de perlas magnéticas que pueden capturar ciertos tipos de proteínas sin agotar otras proteínas importantes. Este método puede detectar hasta 2,000 grupos de proteínas, mostrando que herramientas como estas pueden mejorar el análisis de proteínas en la sangre.

Importancia de los Vesículos Extracelulares

El plasma también contiene pequeñas partículas llamadas vesículos extracelulares (EVs), que incluyen diferentes tipos de partículas unidas a membranas. Estos vesículos representan una pequeña parte de la proteína total en el plasma, pero pueden ser significativos para entender varios procesos biológicos. Existen varios métodos para aislar estos vesículos, pero algunos pueden ser lentos y requieren equipos especializados.

Trabajos recientes mostraron que un método específico para preparar estos vesículos podría conducir a la detección de un alto número de proteínas sin agotar otras proteínas primero. Sin embargo, los métodos tradicionales aún pueden mezclar lipoproteínas de alta densidad, lo que puede afectar los resultados.

El Nuevo Método: Mag-Net

Para simplificar el proceso, se ha desarrollado un nuevo método llamado Mag-Net. Este método utiliza perlas magnéticas baratas para capturar vesículos extracelulares del plasma mientras también elimina las proteínas más comunes del plasma. El diseño único de las perlas les permite unirse a partículas unidas a membranas según su tamaño y carga, mejorando la precisión del análisis de proteínas.

Mag-Net puede analizar un gran número de proteínas en muestras de plasma rápidamente, lo que lo hace adecuado tanto para aplicaciones de investigación como clínicas. Las pruebas mostraron que este método podría medir de manera rutinaria más de 37,000 péptidos de más de 4,000 proteínas con gran precisión.

Rendimiento en Muestras Clínicas

Para ejemplificar cuán efectivo puede ser Mag-Net, se probó en muestras de plasma de diferentes grupos de personas, incluyendo a quienes tienen enfermedad de Alzheimer, enfermedad de Parkinson y controles saludables. Los resultados mostraron una clara diferencia en los perfiles de proteínas entre personas con discapacidades cognitivas y quienes estaban sanos. Notablemente, también se identificaron proteínas que podrían ayudar a diferenciar entre la enfermedad de Alzheimer y otras formas de demencia.

Resumen del Método

El método Mag-Net simplifica el análisis de proteínas en muestras de plasma. Utiliza perlas magnéticas para capturar vesículos extracelulares mientras elimina proteínas comunes. Este enfoque dual ayuda a mejorar la detección de proteínas que de otro modo son difíciles de encontrar.

El proceso comienza mezclando plasma con las perlas magnéticas para permitir que los vesículos se unan a las perlas. Después de esto, los vesículos unidos se lavan para eliminar el material no unido. Los vesículos restantes se procesan para liberar las proteínas para su análisis. Este proceso optimizado puede ser totalmente automatizado, lo que significa que se pueden manejar muchas muestras a la vez sin trabajo manual adicional.

Asegurando la Precisión en las Mediciones

Para asegurar que las mediciones tomadas de las muestras sean precisas, se siguen varios pasos, incluyendo la validación de resultados a través de controles estándar. Esto ayuda a confirmar que los niveles de proteínas detectados realmente reflejan las cantidades presentes en las muestras de plasma originales.

Los resultados mantuvieron una fuerte consistencia a través de múltiples pruebas, mostrando que el método no solo es confiable, sino también escalable a tamaños de muestra más grandes. Esto es clave para potenciales aplicaciones clínicas donde se necesitan resultados rápidos y precisos.

Hallazgos y Perspectivas

Los hallazgos de los experimentos de Mag-Net resaltaron proteínas tradicionalmente vinculadas a varias enfermedades neurodegenerativas. Por ejemplo, varias proteínas conocidas por estar involucradas en la enfermedad de Alzheimer mostraron cambios significativos en los niveles al comparar individuos sanos con aquellos con discapacidad cognitiva.

Significativamente, el método también reveló patrones de proteínas que podrían diferenciar entre varias formas de demencia y otras condiciones cognitivas. Estos descubrimientos podrían llevar al desarrollo de nuevas herramientas de diagnóstico que puedan evaluar y seguir mejor las enfermedades neurodegenerativas.

Conclusión

Mag-Net representa un avance sustancial en el campo de la proteómica del plasma. Al capturar efectivamente vesículos extracelulares y agotar proteínas más abundantes, este método permite a investigadores y clínicos acceder a una vista más completa del proteoma plasmático. A medida que se recopilan más datos, esta técnica tiene el potencial de ayudar en la identificación de nuevos biomarcadores para enfermedades, mejorar la precisión del diagnóstico y mejorar el seguimiento de las respuestas al tratamiento.

En general, Mag-Net podría allanar el camino para una mejor gestión de las enfermedades neurodegenerativas y ofrecer insights valiosos sobre los procesos biológicos subyacentes a estas condiciones. A medida que la comunidad científica continúa explorando y optimizando este método, la esperanza es que tenga un impacto significativo en la atención al paciente y en las estrategias terapéuticas en el futuro.

Fuente original

Título: Mag-Net: Rapid enrichment of membrane-bound particles enables high coverage quantitative analysis of the plasma proteome

Resumen: Membrane-bound particles in plasma are composed of exosomes, microvesicles, and apoptotic bodies and represent [~]1-2% of the total protein composition. Proteomic interrogation of this subset of plasma proteins augments the representation of tissue-specific proteins, representing a "liquid biopsy," while enabling the detection of proteins that would otherwise be beyond the dynamic range of liquid chromatography-tandem mass spectrometry of unfractionated plasma. We have developed an enrichment strategy (Mag-Net) using hyper-porous strong-anion exchange magnetic microparticles to sieve membrane-bound particles from plasma. The Mag-Net method is robust, reproducible, inexpensive, and requires 37,000 peptides from >4,000 plasma proteins with high precision. Using this analytical pipeline on a small cohort of patients with neurodegenerative disease and healthy age-matched controls, we discovered 204 proteins that differentiate (q-value < 0.05) patients with Alzheimers disease dementia (ADD) from those without ADD. Our method also discovered 310 proteins that were different between Parkinsons disease and those with either ADD or healthy cognitively normal individuals. Using machine learning we were able to distinguish between ADD and not ADD with a mean ROC AUC = 0.98 {+/-} 0.06.

Autores: Michael J. MacCoss, C. C. Wu, K. A. Tsantilas, J. Park, D. L. Plubell, J. A. Sanders, P. Naicker, I. Govender, S. Buthelezi, S. Stoychev, J. Jordaan, G. E. Merrihew, E. Huang, E. D. Parker, M. Riffle, A. N. Hoofnagle, W. S. Noble, K. L. Poston, T. J. Montine

Última actualización: 2024-04-02 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.10.544439

Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.10.544439.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

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