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Variaciones en la Expresión Génica en Moscas de la Fruta

Este estudio revela cómo varía la expresión genética entre tejidos y especies.

― 7 minilectura


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Tabla de contenidos

La Expresión Génica es cómo se activan o desactivan los genes en diferentes células y Tejidos de un organismo. Este proceso puede variar bastante entre individuos y especies. Comprender estas variaciones es clave porque pueden influir en rasgos como el tamaño del cuerpo y qué tan susceptible es un organismo a enfermedades. A los investigadores les interesa especialmente averiguar cómo cambia la expresión génica con el tiempo y cómo este proceso contribuye a la diversidad que vemos en la naturaleza.

A nivel de ADN, las variaciones pueden afectar la expresión génica de dos maneras principales: a través de elementos Regulatorios cercanos que influyen en genes relacionados (conocidos como variantes cis-regulatorias) y a través de elementos que regulan genes que no están conectados físicamente (conocidos como variantes trans-regulatorias). Al estudiar cómo funcionan estas variaciones, los científicos esperan aprender más sobre los rasgos genéticos y cómo evolucionan. Un método usado en esta investigación implica comparar la expresión génica en diferentes cepas de moscas de la fruta, especialmente sus descendencias híbridas.

La Importancia de los Tejidos

El estudio de la expresión génica también incluye entender cómo diferentes tejidos se comunican y funcionan juntos. Los tejidos en un organismo no actúan de manera independiente; interactúan de formas significativas. Por ejemplo, en las moscas de la fruta, el intestino medio, el intestino posterior y ciertos órganos excretores trabajan juntos para gestionar la digestión y la eliminación de desechos. Estas partes del cuerpo necesitan coordinar sus funciones para mantener el equilibrio interno y responder al ambiente.

Los estudios anteriores se han centrado principalmente en tejidos individuales o poblaciones estrechamente relacionadas, así que aún queda mucho por descubrir sobre cómo varía la expresión génica entre tejidos que están funcionalmente conectados. Para abordar estas lagunas, los investigadores analizaron tejidos específicos de diferentes cepas de moscas de la fruta para ver cómo las variaciones genéticas naturales influyen en la expresión génica y las comunidades microbianas asociadas en estos tejidos.

Metodología

En este estudio, los investigadores investigaron varias cepas de moscas de la fruta de diferentes lugares, incluyendo Suecia y Zambia. Se fijaron específicamente en el intestino medio, el intestino posterior y los tubos de Malpighi, que son como los intestinos y los riñones en los mamíferos. También secuenciaron el ARN de estos tejidos para analizar la expresión génica.

Los equipos crearon híbridos entre las cepas de moscas de la fruta de Suecia y Zambia para ver cómo la expresión génica se veía afectada por el fondo genético. Evaluaron los niveles de expresión génica en varios tejidos y compararon los resultados entre las cepas y los híbridos.

Hallazgos sobre la Expresión Génica

Al analizar los datos de expresión génica, los investigadores encontraron que las diferencias en la expresión estaban notablemente ligadas al tipo de tejido. Los genes que se expresaban de manera diferente podían ser identificados y categorizados en función de cómo variaban sus expresiones entre las cepas parentales y la descendencia híbrida. Para muchos genes, la expresión era más similar dentro del mismo tejido que entre diferentes fondos genéticos, lo que indica que el tipo de tejido es un buen predictor de la expresión génica.

Los investigadores observaron que un gran número de genes mostraron patrones de expresión específicos del tejido. Esto significa que el mismo gen podría mostrar diferentes niveles de actividad en el intestino medio en comparación con el intestino posterior u otros tejidos. Tales hallazgos destacan la complejidad de la regulación genética en diferentes partes del cuerpo.

Modos de Herencia

Al estudiar cómo se transmite la expresión génica de padres a descendencia, los investigadores clasificaron los genes según sus patrones de expresión. Algunos genes mostraron expresión dominante de un padre, mientras que otros mostraron patrones aditivos o intermedios. El estudio reveló que el modo de herencia varía dependiendo tanto del tipo de tejido como del fondo genético de las moscas.

Por ejemplo, en ciertos fondos, algunos genes demostraron más dominancia en el intestino medio en comparación con otros tejidos, sugiriendo que el contexto del tejido importa cuando se entiende la herencia de genes. Esto indica que incluso los tejidos estrechamente relacionados pueden comportarse de manera bastante diferente en términos de herencia de expresión génica.

Variaciones Regulatorias

A medida que los investigadores examinaron las variaciones regulatorias en la expresión génica, encontraron una distinción notable entre los efectos cis y trans. Los efectos cis tienden a influir en genes que están físicamente cercanos, mientras que los efectos trans pueden influir en genes que se encuentran más lejos en la cadena de ADN. Este estudio encontró que los efectos trans-regulatorios eran a menudo más específicos para tejidos individuales que los efectos cis.

Además, los impactos de estos tipos regulatorios en la expresión génica variaron entre las cepas. Los investigadores notaron que algunas cepas tenían patrones regulatorios únicos que no estaban presentes en otras, enfatizando la importancia de considerar el fondo genético al estudiar cómo se expresan los genes.

Interacciones del Microbioma

Otro aspecto del estudio fue el examen del microbioma intestinal, la colección de bacterias presentes en el tracto digestivo. La composición del microbioma intestinal puede influir en cómo se expresan los genes, y viceversa. En esta investigación, la composición de las bacterias intestinales varió significativamente entre el intestino medio y el intestino posterior, con diferentes cepas de moscas de la fruta afectando los tipos de bacterias que se encontraban en estas regiones.

Los investigadores también encontraron que el fondo genético de las moscas de la fruta influía en la composición de su microbioma intestinal. Los hallazgos sugieren que la relación entre la genética del anfitrión y la composición del microbioma intestinal es compleja, con el fondo genético contribuyendo a la diversidad de las comunidades microbianas.

Conclusión

Esta investigación arroja luz sobre la intrincada danza entre la expresión génica, los mecanismos regulatorios y las interacciones microbianas en varios tejidos de un organismo. Los hallazgos destacan cómo la expresión génica puede diferir no solo entre fondos genéticos, sino también entre tejidos funcionalmente conectados. El estudio ilustra la importancia de comprender estas variaciones para comprender cómo los organismos se adaptan a sus entornos.

Además, los resultados indican que tanto el fondo genético como el tipo de tejido tienen impactos sustanciales en la expresión génica y las comunidades microbianas. Esto enfatiza la necesidad de que futuros estudios consideren estos factores al investigar la genética evolutiva y los cambios regulatorios. Al examinar cómo varía la expresión génica en diferentes contextos, los investigadores pueden obtener valiosas ideas sobre los mecanismos que dan forma a la diversidad de la vida.

En general, el estudio proporciona una contribución esencial a nuestra comprensión de la regulación génica y sus implicaciones para la evolución y adaptación en los organismos vivos.

Fuente original

Título: Pervasive tissue-, genetic background-, and allele-specific gene expression effects in Drosophila melanogaster

Resumen: The pervasiveness of gene expression variation and its contribution to phenotypic variation and evolution is well known. This gene expression variation is context dependent, with differences in regulatory architecture often associated with intrinsic and environmental factors, and is modulated by regulatory elements that can act in cis (linked) or in trans (unlinked) relative to the genes they affect. So far, little is known about how this genetic variation affects the evolution of regulatory architecture among closely related tissues during population divergence. To address this question, we analyzed gene expression in the midgut, hindgut, and Malpighian tubule as well as microbiome composition in the two gut tissues in four Drosophila melanogaster strains and their F1 hybrids from two divergent populations: one from the derived, European range and one from the ancestral, African range. In both the transcriptome and microbiome data, we detected extensive tissue- and genetic background-specific effects, including effects of genetic background on overall tissue specificity. Tissue-specific effects were typically stronger than genetic background-specific effects, although the two gut tissues were not more similar to each other than to the Malpighian tubules. An examination of allele specific expression revealed that, while both cis and trans effects were more tissue-specific in genes expressed differentially between populations than genes with conserved expression, trans effects were more tissue-specific than cis effects. Despite there being highly variable regulatory architecture, this observation was robust across tissues and genetic backgrounds, suggesting that the expression of trans variation can be spatially fine-tuned as well as or better than cis variation during population divergence and yielding new insights into cis and trans regulatory evolution. Author SummaryGenetic variants regulating gene expression can act in cis (linked) or in trans (unlinked) relative to the genes they affect and are thought to be important during adaptation because they can spatially and temporally fine-tune gene expression. In this study, we used the fruit fly Drosophila melanogaster to compare gene expression between inbred parental strains and their offspring in order to characterize the basis of gene expression regulation and inheritance. We examined gene expression in three tissues (midgut, hindgut, and Malpighian tubule) and four genetic backgrounds stemming from Europe and the ancestral range in Africa. Additionally, we characterized the bacterial community composition in the two gut tissues. We detected extensive tissue- and genetic background-specific effects on gene expression and bacterial community composition, although tissue-specific effects were typically stronger than genetic background effects. Genes with cis and trans regulatory effects were more tissue-specific than genes with conserved expression, while those with trans effects were more tissue-specific than those with cis effects. These results suggest that the expression of trans variation can be spatially fine-tuned as well as (or better than) cis variation as populations diverge from one another. Our study yields novel insight into the genetic basis of gene regulatory evolution.

Autores: Amanda Glaser-Schmitt, M. Lemoine, M. Kaltenpoth, J. Parsch

Última actualización: 2024-04-20 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.16.589694

Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.16.589694.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

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