Servicio en la nube para procesar imágenes médicas
Un nuevo servicio en la nube mejora el procesamiento de imágenes médicas mientras protege la privacidad del paciente.
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Tabla de contenidos
Las imágenes médicas, especialmente las usadas en patología, se han vuelto cruciales para diagnosticar enfermedades como el cáncer. Sin embargo, el tamaño de estas imágenes puede ser enorme, alcanzando varias gigapíxeles. Esto hace que sea complicado procesarlas de manera eficiente, sobre todo cuando hay preocupaciones de Privacidad. Los hospitales y las instituciones médicas necesitan asegurarse de que la información sensible de los pacientes esté protegida mientras pueden analizar estas imágenes grandes.
El Desafío
Las Imágenes de Deslizamiento Completo (WSIs) son representaciones digitales de diapositivas de histopatología. Contienen datos visuales y metadatos importantes, que pueden incluir detalles del paciente y otra información sensible. Enviar estas imágenes a la nube para su procesamiento plantea problemas de privacidad porque los metadatos podrían exponer información confidencial.
Un gran obstáculo en el procesamiento de WSIs es su tamaño. Subir imágenes de gigapíxeles requiere mucho ancho de banda de internet, lo que puede ser una barrera para muchos hospitales con recursos limitados. Además, estas imágenes a menudo contienen Artefactos, imperfecciones no deseadas que pueden resultar del manejo de muestras de tejido. Estos artefactos pueden engañar los análisis médicos, por lo que es esencial preprocesar las imágenes antes de aplicar cualquier algoritmo de diagnóstico.
Solución Propuesta
Para abordar estos problemas, se ha propuesto un nuevo servicio en la nube. Este servicio procesa grandes imágenes médicas utilizando un enfoque paralelo, lo que significa que el trabajo se distribuye entre varios recursos de computación. El objetivo es mejorar la eficiencia mientras se mantiene la seguridad de los datos de los pacientes.
Pasos de Preprocesamiento
El preprocesamiento consiste en varios pasos:
Preparación de Datos: Antes de enviar cualquier dato a la nube, el servicio eliminará los metadatos sensibles de las WSIs. Esto es crucial para mantener la privacidad. Luego, las imágenes grandes se dividirán en mosaicos más pequeños, lo que permite un manejo y procesamiento más fácil.
Asignación de Recursos: Una vez que los datos estén listos, el servicio asignará diversas tareas a diferentes recursos de computación. Esto ayuda a optimizar el uso de la infraestructura disponible, ya sea en hospitales, universidades o servicios en la nube.
Implementación y Ejecución: Después de planificar cómo se utilizarán los recursos, el servicio desplegará las tareas. Se asegurará de que los datos se almacenan de manera segura y que el procesamiento continúe sin problemas, incluso si algunos sistemas experimentan problemas.
Balanceo de Carga: Para evitar sobrecargar algún recurso en particular, el sistema gestionará la distribución de tareas. Si una computadora se ralentiza, otras pueden ayudar a mantener la eficiencia.
Agregación de datos: Finalmente, los resultados de diferentes tareas de procesamiento se combinarán. El servicio reconstruirá los mosaicos procesados y proporcionará una vista resumida de los resultados.
Preservación de Privacidad
Durante todo este proceso, la privacidad es una prioridad. Al eliminar información sensible antes de subir las imágenes y aplicar técnicas para proteger los datos durante el procesamiento, el servicio asegura que la confidencialidad del paciente se mantenga.
Estudio de Caso: Abordando los Artefactos
En patología digital, los artefactos pueden aparecer en las WSIs por varias razones, como tejido dañado o doblado, desenfoque, burbujas de aire y otros datos irrelevantes. Estos artefactos pueden interferir con diagnósticos precisos. Por lo tanto, es esencial identificarlos y eliminarlos antes de ejecutar cualquier algoritmo de diagnóstico.
Los investigadores a menudo necesitan realizar múltiples análisis en miles de WSIs, lo que requiere recursos computacionales sustanciales. Un método paralelizado para procesar imágenes puede ayudar a los investigadores a manejar esta carga de trabajo de manera más efectiva.
Beneficios del Servicio Propuesto
Este nuevo servicio en la nube paralelo ofrece numerosas ventajas:
Mayor Eficiencia: Al distribuir el trabajo entre diferentes recursos, el servicio puede procesar imágenes más rápido que los métodos tradicionales que dependen de una sola máquina.
Escalabilidad: A medida que crece la demanda, se pueden agregar más recursos a la red, permitiendo cargas de trabajo más grandes sin comprometer el rendimiento.
Mayor Seguridad: Al encriptar datos y eliminar información sensible al principio del proceso, se minimizan las brechas potenciales de privacidad.
Uso Flexible de Recursos: El servicio puede utilizar los recursos disponibles de manera efectiva, ya sea en un hospital local o en sistemas en la nube remotos.
Desarrollos Futuros
A futuro, el equipo detrás de este servicio planea crear prototipos funcionales y probarlos con datos médicos reales de varios hospitales. Su objetivo es demostrar la eficiencia y efectividad del sistema en un contexto real.
Además, el servicio se integrará con un entorno de investigación virtual amigable. Esto permitirá a los profesionales médicos personalizar fácilmente sus flujos de trabajo, automatizar procesos y asegurarse de que cumplen con las regulaciones de privacidad mientras realizan su investigación.
Conclusión
El servicio en la nube propuesto para procesar grandes imágenes médicas aborda desafíos significativos en el campo de la patología digital. Al enfocarse en preservar la privacidad del paciente mientras mejora la velocidad y eficiencia de procesamiento, este servicio representa un avance prometedor en el análisis de imágenes médicas. A medida que avanza la iniciativa, tiene el potencial de marcar una diferencia real en cómo los profesionales de la salud analizan e interpretan datos médicos vitales.
Título: Towards a privacy-preserving distributed cloud service for preprocessing very large medical images
Resumen: Digitized histopathology glass slides, known as Whole Slide Images (WSIs), are often several gigapixels large and contain sensitive metadata information, which makes distributed processing unfeasible. Moreover, artifacts in WSIs may result in unreliable predictions when directly applied by Deep Learning (DL) algorithms. Therefore, preprocessing WSIs is beneficial, e.g., eliminating privacy-sensitive information, splitting a gigapixel medical image into tiles, and removing the diagnostically irrelevant areas. This work proposes a cloud service to parallelize the preprocessing pipeline for large medical images. The data and model parallelization will not only boost the end-to-end processing efficiency for histological tasks but also secure the reconstruction of WSI by randomly distributing tiles across processing nodes. Furthermore, the initial steps of the pipeline will be integrated into the Jupyter-based Virtual Research Environment (VRE) to enable image owners to configure and automate the execution process based on resource allocation.
Autores: Yuandou Wang, Neel Kanwal, Kjersti Engan, Chunming Rong, Zhiming Zhao
Última actualización: 2023-09-13 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2307.06266
Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2307.06266
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
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