AdaptiveSAM: Transformando la Segmentación de Escenas Quirúrgicas
Un nuevo método mejora la segmentación de imágenes quirúrgicas con eficiencia y facilidad.
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La segmentación de escenas quirúrgicas es clave para entender y analizar las imágenes capturadas durante las cirugías. Identificando diferentes elementos como instrumentos, órganos y tejidos en las imágenes, los doctores pueden desarrollar mejores sistemas que los ayuden. Sin embargo, un gran desafío es la falta de datos disponibles en esta área, lo que hace difícil usar métodos de segmentación comunes de manera efectiva. Muchos investigadores están explorando el uso de modelos previamente entrenados que pueden ajustarse a los datos específicos de escenas quirúrgicas.
Recientemente, se lanzó un modelo llamado Segment Anything Model (SAM). Este modelo ha mostrado un gran potencial para segmentar imágenes regulares y ahora se está considerando para aplicaciones médicas. Sin embargo, todavía hay varios problemas. Por ejemplo, SAM no rinde bien al aplicarse a imágenes médicas a menos que se realice un entrenamiento extenso, lo que también requiere muchos recursos informáticos. Además, SAM necesita indicaciones, como cuadros delimitadores o puntos específicos marcados en las imágenes, que deben etiquetarse manualmente para cada imagen. Este proceso puede ser tedioso y tomar mucho tiempo, sobre todo cuando se trabaja con conjuntos de datos más grandes.
Para superar estos desafíos, se ha desarrollado un nuevo enfoque conocido como AdaptiveSAM. Este método busca adaptar SAM para imágenes quirúrgicas de manera más rápida y eficiente, sin necesidad de mucha entrada manual o de gran potencia informática.
La Importancia de la Segmentación en Cirugía
La segmentación en imágenes médicas es esencial para identificar y separar diferentes estructuras dentro de las imágenes. Esto ayuda en varias tareas quirúrgicas, incluyendo el seguimiento de instrumentos, la clasificación de tejidos y el entrenamiento de nuevos sistemas para apoyar a los cirujanos. Por ejemplo, en cirugías robóticas, saber dónde están ubicados los diferentes instrumentos es crucial para el éxito. Las soluciones tradicionales, como UNet y sus modificaciones, pueden rendir bien en este campo, pero a menudo exigen muchos recursos para entrenar en cada nuevo conjunto de datos.
Estos desafíos son similares en tareas visuales no médicas, pero se ha avanzado con la introducción de modelos fundamentales entrenados en grandes cantidades de imágenes. Por ejemplo, modelos como CLIP pueden identificar imágenes y texto de manera eficiente, ayudando en varias tareas sin necesidad de un entrenamiento extenso cada vez.
El Enfoque AdaptiveSAM
El método AdaptiveSAM toma los principios de SAM y los mejora para abordar las necesidades específicas de la segmentación de escenas quirúrgicas. Lo hace facilitando el ajuste fino y reduciendo la necesidad de recursos. En lugar de reentrenar todo el modelo cada vez que se introduce un nuevo dato, AdaptiveSAM presenta una estrategia de entrenamiento más eficiente que se centra en parámetros ajustables.
Ajuste Fino Eficiente con Bias-Tuning
AdaptiveSAM utiliza un método llamado bias-tuning. Este enfoque consiste en ajustar solo una fracción de los parámetros del modelo, lo que reduce drásticamente la cantidad de datos y tiempo necesarios para el entrenamiento. De hecho, solo alrededor del 2% de los parámetros totales necesitan ser ajustados para que AdaptiveSAM funcione bien en nuevos conjuntos de datos.
Este método requiere una intervención mínima de expertos, ya que puede usar etiquetas de texto simples como indicaciones. Por ejemplo, en lugar de marcar áreas específicas en una imagen, el usuario solo puede proporcionar el nombre del objeto que quiere segmentar. Este cambio no solo ahorra tiempo, sino que también mejora la usabilidad del modelo, especialmente en contextos quirúrgicos donde etiquetar manualmente puede ser complicado y propenso a errores.
Segmentación Basada en Texto
Una de las características destacadas de AdaptiveSAM es su capacidad para utilizar indicaciones basadas en texto. Los usuarios pueden describir el objeto que quieren identificar en una imagen quirúrgica usando una simple etiqueta de texto. Por ejemplo, si el objeto de interés son "tijeras", el usuario solo necesita ingresar esa palabra en lugar de definir un cuadro delimitador o coordenadas específicas en la imagen.
Este enfoque novedoso simplifica significativamente el proceso. En lugar de necesitar proporcionar anotaciones detalladas para cada imagen en un conjunto de datos, AdaptiveSAM puede adaptarse a los nuevos datos basándose en una sola descripción. Esto no solo acelera el proceso, sino que también abre la puerta a futuras mejoras, donde se pueden procesar consultas y requisitos más complejos por parte del modelo.
Validación Experimental
Para validar el rendimiento de AdaptiveSAM, se realizaron pruebas en varios conjuntos de datos quirúrgicos establecidos, incluyendo Endovis17, Endovis18 y Cholec-Seg8k. Estos conjuntos de datos contienen diversas imágenes quirúrgicas con anotaciones que ayudan en el análisis segmentado. Los resultados mostraron que AdaptiveSAM supera significativamente a otros métodos existentes, demostrando mejoras en la precisión de la segmentación a través de diferentes métricas.
Resultados en Diferentes Conjuntos de Datos
Conjunto de Datos Endovis17: Este conjunto se utiliza durante cirugías robóticas e incluye imágenes con seis instrumentos quirúrgicos diferentes. Cuando se probó, AdaptiveSAM mostró una mejora notable en su Precisión de Segmentación en comparación con otros modelos. El rendimiento sin entrenamiento de SAM, que es la capacidad del modelo para segmentar imágenes sin ningún entrenamiento en ese conjunto de datos específico, se vio significativamente mejorado por AdaptiveSAM.
Conjunto de Datos Endovis18: Este conjunto contiene imágenes de varios órganos e instrumentos quirúrgicos. El rendimiento de AdaptiveSAM en este contexto también fue impresionante, logrando puntajes más altos en comparación con otros modelos que requerían un entrenamiento completo en todos los parámetros.
Conjunto de Datos Cholec-Seg8k: Este conjunto presenta imágenes con múltiples órganos y tejidos. AdaptiveSAM demostró consistentemente niveles de precisión más altos mientras mantenía un rendimiento robusto en comparación con otros métodos existentes.
Estos resultados en diferentes conjuntos de datos indican que AdaptiveSAM no solo mejora la precisión de la segmentación, sino que también aumenta la usabilidad de los modelos de segmentación en aplicaciones quirúrgicas.
Rápida Adaptación a Datos No Quirúrgicos
Otro aspecto significativo de AdaptiveSAM es su capacidad para adaptarse a tareas de imagen no quirúrgicas. El modelo se probó en conjuntos de datos que incluían imágenes de ultrasonido y rayos X. Los resultados de estas pruebas mostraron que AdaptiveSAM mantiene su efectividad, produciendo segmentaciones precisas incluso cuando el tipo de dato difiere de lo que fue entrenado originalmente.
Conjunto de Datos de Ultrasonido
El modelo AdaptiveSAM fue evaluado en un conjunto de datos de ultrasonido abdominal, que consiste en imágenes que muestran varios órganos. A pesar de que los datos de entrenamiento incluían principalmente imágenes sintéticas, AdaptiveSAM tuvo un rendimiento excepcional cuando se probó en imágenes reales y sintéticas. Esta adaptabilidad demuestra que el modelo puede mantener alta precisión en diferentes modalidades de imagen.
Conjunto de Datos de Rayos X
AdaptiveSAM también se probó en el conjunto de datos ChestXDet, que contiene imágenes de rayos X con múltiples anotaciones. Los hallazgos fueron prometedores, ya que AdaptiveSAM superó a otros métodos existentes, logrando segmentar efectivamente varios elementos dentro de las imágenes de rayos X.
Conclusión
En resumen, AdaptiveSAM representa un avance importante en el campo de la segmentación de escenas quirúrgicas. Al utilizar el bias-tuning y la segmentación basada en texto, este método simplifica el proceso de entrenamiento y lo hace más accesible para los profesionales médicos. Los resultados indican que AdaptiveSAM no solo mejora el rendimiento en conjuntos de datos quirúrgicos, sino que también muestra un gran potencial para adaptarse a otras tareas de imagen. Esta innovación abre la puerta a herramientas más eficientes y efectivas para cirujanos y personal médico, lo que, en última instancia, conduce a mejores resultados en procedimientos quirúrgicos y atención al paciente. Las futuras aplicaciones de AdaptiveSAM podrían llevar a capacidades aún más complejas, mejorando la forma en que se entiende y se utiliza la imagen quirúrgica en la práctica.
Título: AdaptiveSAM: Towards Efficient Tuning of SAM for Surgical Scene Segmentation
Resumen: Segmentation is a fundamental problem in surgical scene analysis using artificial intelligence. However, the inherent data scarcity in this domain makes it challenging to adapt traditional segmentation techniques for this task. To tackle this issue, current research employs pretrained models and finetunes them on the given data. Even so, these require training deep networks with millions of parameters every time new data becomes available. A recently published foundation model, Segment-Anything (SAM), generalizes well to a large variety of natural images, hence tackling this challenge to a reasonable extent. However, SAM does not generalize well to the medical domain as is without utilizing a large amount of compute resources for fine-tuning and using task-specific prompts. Moreover, these prompts are in the form of bounding-boxes or foreground/background points that need to be annotated explicitly for every image, making this solution increasingly tedious with higher data size. In this work, we propose AdaptiveSAM - an adaptive modification of SAM that can adjust to new datasets quickly and efficiently, while enabling text-prompted segmentation. For finetuning AdaptiveSAM, we propose an approach called bias-tuning that requires a significantly smaller number of trainable parameters than SAM (less than 2\%). At the same time, AdaptiveSAM requires negligible expert intervention since it uses free-form text as prompt and can segment the object of interest with just the label name as prompt. Our experiments show that AdaptiveSAM outperforms current state-of-the-art methods on various medical imaging datasets including surgery, ultrasound and X-ray. Code is available at https://github.com/JayParanjape/biastuning
Autores: Jay N. Paranjape, Nithin Gopalakrishnan Nair, Shameema Sikder, S. Swaroop Vedula, Vishal M. Patel
Última actualización: 2023-08-07 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2308.03726
Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2308.03726
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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