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Adaptando la segmentación de imágenes médicas con métodos que tienen en cuenta la incertidumbre

Un nuevo enfoque mejora la segmentación de imágenes médicas en diferentes fuentes.

― 8 minilectura


Adaptación deAdaptación deSegmentación de ImágenesMédicassin datos etiquetados adicionales.Nuevos métodos mejoran la segmentación
Tabla de contenidos

La segmentación de imágenes médicas es una tarea esencial en el cuidado de la salud, ya que ayuda a identificar diferentes estructuras dentro de las imágenes médicas, como órganos o tumores. Sin embargo, desarrollar modelos efectivos para esta tarea puede ser complicado, especialmente cuando las imágenes usadas para el entrenamiento son diferentes de las que se encuentran en situaciones del mundo real. Esta situación a menudo se presenta debido a variaciones en el equipo de imagen, protocolos o características del paciente. El objetivo de este trabajo es presentar un nuevo método que ayude a cerrar la brecha entre imágenes de diferentes fuentes sin necesidad de datos etiquetados adicionales del dominio objetivo.

El Desafío de la Brecha de Dominio

Cuando un modelo se entrena usando un conjunto de imágenes, normalmente funciona bien en imágenes similares. Sin embargo, cuando se enfrenta a imágenes que se ven diferentes debido a varios factores como los tipos de escaneos usados, su rendimiento puede caer significativamente. Esta brecha se llama "brecha de dominio." Recopilar imágenes etiquetadas de todas las variaciones posibles es poco práctico, por lo que es necesario adaptar el modelo a imágenes nuevas y sin etiquetar después de su implementación.

Enfoques de Adaptación de Dominio

La Adaptación de Dominio (DA) es una técnica que busca ajustar un modelo para que funcione bien incluso en diferentes tipos de imágenes. Los métodos tradicionales a menudo involucran adaptación de dominio no supervisada (UDA), donde el modelo usa imágenes no etiquetadas del nuevo dominio para su ajuste. La mayoría de los métodos UDA requieren acceso tanto a las imágenes de origen (entrenamiento) como al objetivo (nuevas) al mismo tiempo, lo que no siempre es posible en la práctica.

Algunos métodos existentes utilizan tareas auxiliares, como predecir rotaciones de imágenes o realizar procesamiento básico de imágenes, para ayudar en la adaptación del modelo. Sin embargo, estos métodos introducen complejidades adicionales y requieren condiciones de entrenamiento específicas que pueden no encajar en todos los escenarios. Existe la necesidad de un enfoque más flexible que no dependa de un tipo específico de modelo o método de entrenamiento.

Método Propuesto: Adaptación Guiada por Etiquetas Pseudo Conscientes de la Incertidumbre

Para abordar estos desafíos, proponemos un método que puede funcionar sin necesitar imágenes etiquetadas del dominio objetivo y que también proporciona una forma fácil de adaptarse a diferentes modelos. Nuestro enfoque se centra en generar etiquetas pseudo confiables a partir de múltiples predicciones realizadas por el modelo, lo que mejora el rendimiento y reduce el riesgo de predicciones incorrectas.

Creando Etiquetas Pseudo Confiables

En nuestro método, mejoramos la capacidad del modelo para generar etiquetas pseudo a través de una estrategia que utiliza múltiples cabezales de predicción. Al hacer pequeños ajustes a la entrada y predicciones, nuestro modelo crea resultados diversos. La idea es que al combinar estas predicciones, podemos formar una etiqueta pseudo más confiable para las imágenes que el modelo no ha visto antes.

Luego, evaluamos la confiabilidad de estas etiquetas pseudo según la consistencia de las predicciones entre diferentes cabezales. Si una predicción aparece constantemente en todos los cabezales con alta confianza, se considera confiable. De esta manera, podemos filtrar predicciones no confiables, asegurando que el modelo use solo la mejor información al adaptarse a nuevos datos.

Proceso de Auto-Entrenamiento

Para mejorar la adaptabilidad, empleamos una estrategia de auto-entrenamiento. Esto significa que el modelo usa sus predicciones anteriores para refinar sus futuras predicciones. Al entrenar al modelo de esta manera, podemos mejorar continuamente su rendimiento en las nuevas imágenes no vistas. El proceso implica dos pasos hacia adelante a través del modelo: el primero para obtener etiquetas pseudo y el segundo para ajustar el modelo basado en estas etiquetas.

Al usar este método, ayudamos a reducir el sesgo que puede surgir cuando el modelo depende demasiado de sus propias predicciones. En cambio, equilibra su aprendizaje considerando múltiples predicciones, lo que puede llevar a un rendimiento general mucho mejor.

Ventajas de Nuestro Enfoque

Nuestro método propuesto ofrece varias ventajas clave:

  1. Flexibilidad: A diferencia de muchos métodos existentes que requieren estrategias de pre-entrenamiento específicas o estructuras de modelos, nuestro enfoque puede trabajar con una amplia variedad de modelos pre-entrenados. Esta flexibilidad lo hace aplicable en diferentes escenarios y casos de uso.

  2. Confiabilidad: El uso de múltiples cabezales para generar predicciones lleva a etiquetas pseudo más confiables, ya que cada predicción se pondera según su nivel de confianza. Esto ayuda al modelo a evitar ser afectado por predicciones incorrectas, asegurando una mejor toma de decisiones.

  3. Mejora del Rendimiento: Los resultados experimentales muestran que nuestro método puede superar a muchos métodos de vanguardia e incluso lograr resultados comparables o mejores que el entrenamiento supervisado en nuevos dominios sin necesitar datos etiquetados adicionales.

Resultados Experimentales

Para evaluar la efectividad de nuestro método, realizamos experimentos usando varios conjuntos de datos, incluyendo imágenes cardíacas y escaneos de MRI cerebral fetal. Los resultados demostraron que nuestro enfoque constantemente arroja mejor rendimiento en comparación con métodos convencionales.

Segmentación de Imágenes Cardíacas

En el caso de la segmentación de imágenes cardíacas, observamos mejoras significativas en el coeficiente de similitud de Dice, que mide la superposición entre las etiquetas predichas y las verdaderas. Nuestro método superó a otros, indicando su robustez y adaptabilidad a diferentes escenarios de imagen.

Segmentación Cerebral Fetal

Para la tarea de segmentación cerebral fetal, nuestro método también mostró resultados notables. Al generar de manera efectiva etiquetas pseudo confiables y adaptarse a variaciones en los protocolos de imagen, logramos alcanzar alta precisión sin requerir etiquetas de verdad del dominio objetivo.

Entendiendo el Mecanismo

Crecimiento del Dominio Objetivo

Un componente crucial de nuestro método es el concepto de Crecimiento del Dominio Objetivo (TDG), que implica generar múltiples predicciones variando ligeramente la imagen de entrada. De esta manera, creamos un conjunto diverso de salidas del modelo, que luego se pueden combinar para formar etiquetas pseudo confiables. La aleatoriedad introducida en este paso ayuda al modelo a generalizar mejor al enfrentarse a nuevas imágenes.

Marco Predictivo de Múltiples Cabezas

Al duplicar el cabezal de predicción de nuestro modelo, podemos obtener más información de diferentes predicciones. Este diseño nos permite tomar decisiones más informadas mientras filtramos ruido e irregularidades en los datos. La salida de cada cabezal se analiza, y solo se retienen las predicciones consensuadas para el entrenamiento, lo que fortalece el rendimiento general del modelo.

Minimización de Entropía

Además de generar etiquetas pseudo confiables, también aplicamos la minimización de entropía. Esta técnica reduce la incertidumbre en las predicciones al fomentar que el modelo produzca respuestas consistentes a través de sus múltiples cabezales. Esta consistencia mejora aún más la confiabilidad de las predicciones, haciendo que el modelo sea más robusto al adaptarse a nuevos datos.

Supervisión de Doble Paso Adelante

La estrategia de supervisión de doble paso adelante asegura que el modelo no se vuelva demasiado dependiente de sus predicciones anteriores. Al mantener un equilibrio entre predicciones pasadas y nuevas entradas, creamos un sistema que es menos propenso a fallas al enfrentar imágenes no vistas.

Conclusión

En resumen, nuestro método propuesto para la segmentación de imágenes médicas ofrece una solución poderosa y flexible a los desafíos de la adaptación de dominio. Al aprovechar la guía de etiquetas pseudo conscientes de la incertidumbre, proporcionamos una forma de adaptar modelos de manera eficiente sin necesidad de datos etiquetados adicionales del dominio objetivo. Este enfoque no solo mejora el rendimiento, sino que también abre nuevas posibilidades para aplicar técnicas de aprendizaje profundo en diversos escenarios de imágenes médicas.

A medida que miramos hacia el futuro, hay un gran potencial para extender este método a otras formas de tareas de segmentación. El objetivo es crear un marco más eficaz y generalizable que pueda adaptarse a varios desafíos en la imagen médica, beneficiando en última instancia a proveedores de atención médica y pacientes por igual.

Fuente original

Título: UPL-SFDA: Uncertainty-aware Pseudo Label Guided Source-Free Domain Adaptation for Medical Image Segmentation

Resumen: Domain Adaptation (DA) is important for deep learning-based medical image segmentation models to deal with testing images from a new target domain. As the source-domain data are usually unavailable when a trained model is deployed at a new center, Source-Free Domain Adaptation (SFDA) is appealing for data and annotation-efficient adaptation to the target domain. However, existing SFDA methods have a limited performance due to lack of sufficient supervision with source-domain images unavailable and target-domain images unlabeled. We propose a novel Uncertainty-aware Pseudo Label guided (UPL) SFDA method for medical image segmentation. Specifically, we propose Target Domain Growing (TDG) to enhance the diversity of predictions in the target domain by duplicating the pre-trained model's prediction head multiple times with perturbations. The different predictions in these duplicated heads are used to obtain pseudo labels for unlabeled target-domain images and their uncertainty to identify reliable pseudo labels. We also propose a Twice Forward pass Supervision (TFS) strategy that uses reliable pseudo labels obtained in one forward pass to supervise predictions in the next forward pass. The adaptation is further regularized by a mean prediction-based entropy minimization term that encourages confident and consistent results in different prediction heads. UPL-SFDA was validated with a multi-site heart MRI segmentation dataset, a cross-modality fetal brain segmentation dataset, and a 3D fetal tissue segmentation dataset. It improved the average Dice by 5.54, 5.01 and 6.89 percentage points for the three tasks compared with the baseline, respectively, and outperformed several state-of-the-art SFDA methods.

Autores: Jianghao Wu, Guotai Wang, Ran Gu, Tao Lu, Yinan Chen, Wentao Zhu, Tom Vercauteren, Sébastien Ourselin, Shaoting Zhang

Última actualización: 2023-09-18 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2309.10244

Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2309.10244

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

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