Nuevo método para crear geles olímpicos
La investigación explica un nuevo enfoque para producir geles olímpicos usando tecnología de ADN.
― 8 minilectura
Tabla de contenidos
- Aplicaciones de los Geles
- Propiedades Mecánicas de los Geles
- Creación de Geles Olímpicos
- Desafíos en la Síntesis
- Nuevos Enfoques
- Diseño Molecular
- Proceso de Producción
- Caracterización de los Geles
- Imágenes Microscópicas
- Simulaciones por Computadora
- Propiedades Únicas de Hinchamiento
- Propiedades Mecánicas
- Conclusión
- Fuente original
Los geles son materiales suaves que tienen características mecánicas y estructurales especiales. Están formados por moléculas conectadas ya sea por fuertes enlaces (químicos) o interacciones más débiles (físicas). Esta conexión crea una red tridimensional que llena el Gel. Los espacios dentro de esta red están llenos de un líquido, que a menudo se llama disolvente. Los geles son interesantes por sus propiedades únicas, que les permiten ser usados en varios campos, incluyendo medicina, óptica y gestión ambiental.
Aplicaciones de los Geles
Las características interesantes de los geles han abierto la puerta a muchas aplicaciones. En el campo médico, se utilizan para la entrega de medicamentos, ayudando a transportar fármacos de manera controlada. También se encuentran en lentes de contacto, haciéndolas cómodas de usar. En la ingeniería de tejidos, los geles proporcionan una estructura de soporte para cultivar nuevos tejidos. Además, se usan en membranas de ultrafiltración, que pueden separar sustancias en un líquido. Incluso se pueden usar en dispositivos microfluídicos que manejan cantidades muy pequeñas de fluidos automáticamente o en sistemas que capturan luz para energía.
Propiedades Mecánicas de los Geles
Las características mecánicas de los geles se pueden explicar mirando cuántos puntos de conexión hay en la red molecular. Estos puntos son donde las moléculas se conectan. Si se quitan estos puntos, el gel pierde su firmeza y se comporta como un fluido. En 1979, un científico llamado De Gennes propuso un nuevo tipo de gel llamado "geles olímpicos". Estos geles carecen de los puntos de conexión tradicionales, pero están mantenidos juntos por anillos de moléculas interconectados. Este cambio en la estructura podría llevar a propiedades mecánicas diferentes e interesantes en comparación con los geles clásicos.
Creación de Geles Olímpicos
Crear geles olímpicos es un reto porque requiere el uso de moléculas que puedan formar anillos interconectados en lugar de cadenas lineales o puntos de conexión tradicionales. Hay varios pasos involucrados en este proceso. Una idea es usar un modelo donde dos partes de una molécula solo puedan conectarse con su contraparte coincidente, similar a una llave encajando en una cerradura. Cuando hay un grupo diverso de estas moléculas, es más fácil que formen la estructura de gel deseada.
En la naturaleza, algunos sistemas biológicos también usan mecanismos similares. Por ejemplo, el ADN en ciertos microorganismos forma una red de círculos que ayudan con actividades genéticas. Esta estructura aún se está estudiando para entender cómo funciona.
Desafíos en la Síntesis
A pesar de las propiedades interesantes de los geles olímpicos, hacerlos en un laboratorio ha sido muy difícil. Se han hecho muchos intentos, pero hasta ahora, estos geles se han creado principalmente en simulaciones por computadora. Para hacer un gel olímpico en la vida real, los científicos tienen que concentrar moléculas lineales para que puedan formar los anillos interconectados. Sin embargo, a altas concentraciones, hay una tendencia a que las moléculas se conecten de manera lineal en lugar de lo deseado.
Nuevos Enfoques
En los últimos años, se han propuesto varios métodos para superar los desafíos de hacer geles olímpicos. Las simulaciones por computadora sugieren que es difícil lograr las condiciones experimentales adecuadas. Algunas investigaciones han mostrado que combinar polímeros cíclicos puede crear cierto nivel de interconexión, pero aún no ha llevado a la síntesis exitosa de verdaderos geles olímpicos. Estudios recientes se han inspirado en la naturaleza y han utilizado enzimas para ayudar a concatenar ADN para construir una red. Sin embargo, esto todavía resulta en puntos de conexión de red tradicionales, lo que altera las características del material.
Este estudio presenta un nuevo método para producir geles olímpicos usando biotecnología. Este nuevo enfoque utiliza anillos de ADN de cadena doble que pueden abrirse y cerrarse en puntos específicos. Al usar una biblioteca diversa de secuencias de ADN, el objetivo es controlar cómo interactúan estas moléculas para favorecer la formación de geles olímpicos sobre cadenas lineales.
Diseño Molecular
Para crear un gel olímpico, necesitas una molécula que pueda conectar sin formar puntos de conexión convencionales. El diseño implica usar un polímero con dos extremos que solo pueden unirse cuando encuentran su pareja. Para crear las condiciones adecuadas para esto, se necesita una mezcla de componentes para que cada molécula tenga probabilidades de interactuar con diferentes tipos de compañeros de unión.
Una característica única del ADN es que tiene reglas de emparejamiento fuertes, lo que permite a los científicos crear grandes bibliotecas con muchas variaciones. Al insertar sitios de unión específicos en Plásmidos (un tipo de ADN), los investigadores pueden aumentar la probabilidad de que las cadenas se conecten de la manera deseada.
Proceso de Producción
Para hacer la diversa biblioteca de plásmidos, los investigadores utilizaron métodos clásicos de clonación. Se integró una secuencia de ADN específica en un plásmido, que luego se cultivó en bacterias para producir una gran cantidad. Los plásmidos se procesaron para abrirse y cerrarse en posiciones predefinidas. Al analizar las muestras, los investigadores pudieron confirmar que el proceso de corte fue exitoso.
Después de crear muestras de plásmido, los investigadores las concentraron en pesos específicos para crear el gel olímpico. Las muestras se trataron para abrir los plásmidos y permitir que sus anillos interactuaran. Incubarlas permitió que las cadenas se unieran en una red.
Caracterización de los Geles
Para asegurar el éxito del proceso de Concatenación, los investigadores utilizaron diferentes métodos para analizar tanto las muestras de plásmido cortadas como las no cortadas. Estos análisis mostraron que las muestras cortadas podían crear una estructura de red, mientras que las no cortadas permanecían como piezas separadas.
La investigación incluyó examinar las secuencias del ADN para asegurar variedad e independencia. Incluso después de pasar por el sistema bacteriano para la producción, la variedad en las secuencias se mantuvo alta, lo que significa que el sistema produjo una buena gama de moléculas únicas.
Imágenes Microscópicas
Para entender mejor la estructura de los anillos de plásmido y su red, los investigadores utilizaron técnicas avanzadas de imagenología. La microscopía de fuerza atómica (AFM) les permitió visualizar plásmidos antes y después del corte. Esta imagenología confirmó que los plásmidos se comportaron como se esperaba después del tratamiento.
Para analizar la estructura de toda la red, se utilizó la microscopía electrónica de barrido criogénico (cryo-SEM). Esta técnica ayudó a mostrar una estructura similar a una malla, indicando que los plásmidos formaron una red conectada.
Simulaciones por Computadora
Para predecir el comportamiento de los geles olímpicos bajo estrés, se utilizaron simulaciones por computadora. Las simulaciones analizaron cómo los anillos interconectados reaccionarían a diversas fuerzas. Los resultados de estas simulaciones indicaron que los geles mostrarían un comportamiento de tensión-deformación único, lo que podría ayudar a refinar teorías existentes sobre cómo se comportan estos materiales.
Propiedades Únicas de Hinchamiento
Los investigadores también exploraron cómo se comportaban los geles olímpicos cuando se exponían a líquidos. Compararon el hinchamiento y disolución de las muestras cortadas y no cortadas. Las muestras cortadas mostraron un comportamiento único dependiente de la concentración, hinchándose hasta cierto punto antes de estabilizarse, mientras que las muestras no cortadas se dispersaron en poco tiempo.
Este comportamiento sugiere que la naturaleza interconectada de las muestras cortadas les permitió mantener su estructura, a diferencia de las no cortadas, que carecían de conexiones permanentes.
Propiedades Mecánicas
Para estudiar las características mecánicas de los geles, se realizaron experimentos reológicos. Estas pruebas ayudan a determinar cómo responden los materiales al estrés y la deformación. Los resultados demostraron que las muestras de plásmido cortadas mostraron propiedades de gel consistentes y estables, mientras que las muestras no cortadas se comportaron de manera diferente, destacando cómo la estructura interconectada contribuye a las propiedades generales del material.
Conclusión
En este estudio, los científicos combinaron varios métodos de biología y química para sintetizar geles olímpicos, un nuevo tipo de material suave. La investigación destaca la importancia de usar interacciones de unión específicas para mejorar las posibilidades de formar la estructura de gel deseada sin puntos de conexión convencionales. A través de un diseño y pruebas cuidadosas, se demostró que estos geles pueden hacerse con propiedades únicas, presentando aplicaciones prometedoras en campos como la biología sintética y la bioingeniería.
La creación de geles olímpicos abre potenciales usos innovadores, como el desarrollo de sistemas para entregar moléculas terapéuticas. Estos avances podrían contribuir significativamente a sistemas bioingenieros, mostrando el potencial de las redes de ADN diseñadas en diversas aplicaciones.
Título: Assembling a true "Olympic Gel" from >16,000 combinatorial DNA rings
Resumen: Olympic gels are an elusive form of soft matter, comprising a three-dimensional network of mechanically interlocked cyclic molecules. In the absence of defined network junctions, the high conformational freedom of the molecules was previously theorized to confer unique mechanical properties to Olympic gels, such as non-linear elasticity and unconventional swelling characteristics. However, the synthesis of an Olympic gel exhibiting these intriguing features is challenging, since unintended crosslinking and polymerization processes are often favored over cyclization. Here, we report the successful assembly of a true Olympic gel from a library of DNA rings comprising more than 16,000 distinct molecules. Each of these rings contains a unique sequence domain that can be enzymatically activated to produce reactive termini that favor intramolecular cyclization. We characterized the materials genetic, mechanical, and structural characteristics by next-generation sequencing, oscillatory rheology, large-scale computational simulations, atomic force microscopy, and cryogenic electron microscopy. Our results confirm the formation of a stable Olympic gel, which exhibits unique swelling behavior and an elastic response that is exclusively determined by entanglements, yet persists on long time scales. By combining concepts from polymer physics, synthetic biology, and DNA nanotechnology, this new material class provides a flexible experimental platform for future studies into the effects of network topology on macroscopic material properties and its function as a carrier of genetic information in biological and biomimetic systems. This work moreover demonstrates that exotic material properties can emerge in systems with a high compositional complexity that is more reminiscent of biological than synthetic matter. O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=131 SRC="FIGDIR/small/603212v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (25K): [email protected]@1d9028forg.highwire.dtl.DTLVardef@37057dorg.highwire.dtl.DTLVardef@497fd0_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG
Autores: Elisha Krieg, S. Speed, A. Atabay, Y.-H. Peng, K. Gupta, T. Müller, C. Fischer, J.-U. Sommer, M. Lang
Última actualización: 2024-07-16 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603212
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603212.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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