El Ratón de Campo Rayado: La Pequeña Maravilla de la Naturaleza
Una mirada más cercana al ratón de campo rayado y su importancia genética.
Franc Janžekovič, Elena Buzan, Aja Bončina, Nuria Escudero, Rosa Fernández, Astrid Böhne, Rita Monteiro, Laura Aguilera, Marta Gut, Francisco Câmara Ferreira, Fernando Cruz, Jèssica Gómez-Garrido, Tyler S. Alioto, Leanne Haggerty, Fergal Martin, Diego De Panis
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Tabla de contenidos
El ratón de campo rayado, un pequeño y encantador bicho que pertenece al género Apodemus, es parte de la familia de roedores más grande, Muridae. Este ratón tiene un hábitat notable, se encuentra en partes de Europa y Asia Oriental. Podrías decir que tiene un gusto por lo pintoresco, viviendo en lugares como bosques, praderas, pantanos e incluso campos de maíz. Se ha adaptado bien a diferentes entornos, desde el aire libre hasta jardines en vecindarios suburbanos.
Hábitat y dieta
Estos ratones son diurnos, lo que significa que están activos durante el día. Disfrutan de una amplia variedad de hábitats, especialmente áreas húmedas. Podrías encontrarlos correteando por los bordes de los bosques, en praderas o incluso en cañaverales. No son exigentes: si hay suelo, cavarán en él. Su dieta también es bastante versátil, alimentándose de raíces, granos, semillas y de vez en cuando, un insecto. También tienen un gusto por las bayas y nueces. En el gran ciclo de la vida, los ratones de campo rayados juegan un papel importante como fuente de alimento para aves rapaces y pequeños carnívoros. ¡Sí, cada ratón tiene su depredador!
Esfuerzos de investigación
En los últimos años, los científicos han avanzado en el estudio de esta pequeña criatura. Proyectos especiales como la iniciativa Biodiversity Genomics Europe buscan recoger y analizar información genética para ayudar a proteger y restaurar la biodiversidad. Los investigadores están utilizando tecnologías avanzadas como la secuenciación de lectura larga y la secuenciación de ARN para entender mejor la composición genética del ratón de campo rayado. Es como hacerle un chequeo de salud completo al ratón, solo que con más computadoras y menos bigotes.
Recolección y preservación
En un día fresco de octubre de 2022, se capturaron dos ratones de campo rayados machos en Eslovenia. Fueron cuidadosamente identificados usando claves ilustradas y dicotómicas, así que ningún ratón quedó mal nombrado en el proceso. Al recolectar especímenes, no se necesitan permisos en esta situación, lo que facilita un poco las cosas para los investigadores. Después de su captura, sus tejidos fueron rápidamente congelados para preservar su material genético para la extracción de ADN y ARN.
¿A dónde van?
La evidencia física de estos ratones capturados ha encontrado un nuevo hogar en el Museo de Historia Natural de Eslovenia. Los investigadores mantienen estos especímenes como referencia; piensa en ello como un museo de ratones, ¡para la ciencia! Esto ayuda a los científicos a comparar hallazgos futuros y a hacer un seguimiento de cualquier cambio con el tiempo.
La parte genética
Se estima que el Genoma del ratón, o su material genético, tiene alrededor de 3.11 mil millones de pares de bases, lo que es un tamaño considerable para una criatura tan pequeña. La especie tiene un genoma diploide, lo que significa que tiene dos juegos de Cromosomas, uno de cada padre. Esto le da al ratón de campo rayado un total de 48 cromosomas, incluyendo el par XY que se encuentra en los machos. En términos más simples, tienen un montón de información genética empaquetada en sus pequeños cuerpos.
Extracción de ADN y ARN
Para estudiar más a fondo la genética del ratón, los científicos extrajeron ADN del tejido renal y ARN del tejido testicular. Usaron kits especiales para facilitar y hacer más precisa esta extracción. Estos kits ayudan a separar el ADN y ARN puro del resto del tejido, haciéndolo posible de analizar sin el "fuzz" extra. Una vez que extrajeron los materiales genéticos, se aseguraron de mantenerlos almacenados a las temperaturas adecuadas para prevenir cualquier degradación. Es como poner documentos valiosos en una caja fuerte; ¡nadie quiere que sus papeles importantes se arruguen y rasguen!
Secuenciación y ensamblaje
Con los materiales extraídos listos, los investigadores prepararon bibliotecas para la secuenciación. Esto significa que configuraron las muestras para ser leídas por máquinas que pueden decodificar la información genética. El objetivo es obtener una imagen completa del genoma del ratón. Combinan varias tecnologías para asegurarse de recoger la mayor cantidad de datos posible. Es como recoger piezas de rompecabezas de varias cajas para crear la imagen definitiva del ratón de campo rayado.
Después de recopilar todos los datos, necesitaban ensamblarlos. Esto implicó mucho trabajo en computadora, donde organizaron la información genética en secuencias coherentes. Aquí es donde ocurre la magia: los científicos unen las piezas del rompecabezas para crear un mapa completo del genoma del ratón. Una vez ensamblado, revisaron cuidadosamente si faltaba alguna pieza o si había piezas incorrectas para asegurarse de que todo estuviera en orden.
¿Qué contiene un genoma?
En el ensamblaje final, los científicos descubrieron una gran cantidad de información. El genoma del ratón incluye alrededor de 20,679 genes que codifican proteínas y una gran cantidad de genes de ARN no codificantes. En términos sencillos, estos genes entregan todas las instrucciones necesarias para que el ratón crezca, se desarrolle y funcione. ¡Hacen de todo, desde proteínas hasta componentes del sistema inmunológico!
Los investigadores evaluaron la completitud de sus hallazgos, que es una manera elegante de decir que revisaron cuántas partes importantes del genoma lograron encontrar. Salieron con números impresionantes, demostrando que sus esfuerzos dieron como resultado una gran cantidad de información genética valiosa.
Entendiendo el proceso de ensamblaje
Una parte clave del proceso de ensamblaje es mirar la calidad de los resultados. Los científicos tienen herramientas que les permiten ver qué tan exacto es su ensamblaje. Piensa en ello como revisar tu proyecto escolar antes de entregarlo; es crucial asegurarse de que todo esté en orden. Al revisar el ensamblaje, encontraron que la mayoría de la información era precisa, lo que significa que su arduo trabajo valió la pena.
¿Qué sigue?
A medida que los investigadores continúan estudiando el ratón de campo rayado, esperan aprender aún más sobre sus rasgos únicos y cómo interactúa con su entorno. Esta investigación no solo ayudará a entender a este ratón específico, sino que también podría ofrecer información sobre otras Especies de la familia Muridae. Además, seamos realistas: es bastante genial pensar que hay todo un mundo de pequeñas criaturas ahí afuera, esperando ser estudiadas.
Conclusión
En resumen, el ratón de campo rayado es más que solo un adorable roedor pequeño. Cumple un rol crucial en su ecosistema y ahora es el foco de la investigación científica. Gracias a varias técnicas innovadoras y a investigadores dedicados, estamos desentrañando poco a poco la historia genética de este ratón. ¿Quién diría que algo tan pequeño podría tener secretos tan grandes?
Título: ERGA-BGE Reference Genome of the Striped Field Mouse (Apodemus agrarius), a Widespread and Abundant Species in Central and Eastern Europe
Resumen: The reference genome of Apodemus agrarius provides a valuable resource for phylogenetic studies of rodents, particularly mice, and for understanding factors that influence the geographical distribution of the species across East Asia and East Europe. A total of 25 contiguous chromosomal pseudomolecules were assembled from the genome sequence (23 autosomes and 2 sex chromosomes). This chromosome-level assembly encompasses 2.6 Gb, composed of 242 contigs and 60 scaffolds, with contig and scaffold N50 values of 35 Mb and 119 Mb, respectively.
Autores: Franc Janžekovič, Elena Buzan, Aja Bončina, Nuria Escudero, Rosa Fernández, Astrid Böhne, Rita Monteiro, Laura Aguilera, Marta Gut, Francisco Câmara Ferreira, Fernando Cruz, Jèssica Gómez-Garrido, Tyler S. Alioto, Leanne Haggerty, Fergal Martin, Diego De Panis
Última actualización: 2024-12-07 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.04.626796
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.04.626796.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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