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Fortschritte bei der Erkennung von Darmkrebs

Neue Technologie verbessert die frühe Erkennung von Darmkrebs während der Koloskopie.

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Inhaltsverzeichnis

Darmkrebs (CRC) ist ein grosses Gesundheitsproblem weltweit und gehört zu den häufigsten Krebsarten sowie zu den häufigsten Ursachen für Krebstodesfälle. Frühe Erkennung von CRC kann das Risiko schwerer Komplikationen oder Tod erheblich senken. Eine der besten Methoden, um diesen Krebs früh zu erkennen, ist ein Test namens Koloskopie. Bei dieser Untersuchung können Ärzte nach frühen Anzeichen von Krebs suchen, die Polypen genannt werden, die zu Krebs werden können, wenn sie nicht entfernt werden.

Allerdings kann es knifflig sein, diese Polypen zu finden. Hohe Fehlerraten während der Koloskopie sind häufig, und viele Faktoren tragen zu diesem Problem bei. Dazu gehören die Fähigkeiten des Arztes, der das Verfahren durchführt, die Zeit, die während der Untersuchung aufgewendet wird, und das Aussehen der Polypen, die in Farbe, Grösse und Form variieren können. Ausserdem können Polypen sich gut mit dem umgebenden Gewebe vermischen, sodass sie schwer zu erkennen sind.

Um die Erkennung von Polypen zu verbessern, haben Forscher an Computerprogrammen gearbeitet, die Deep Learning nutzen. Diese Programme sollen Ärzten helfen, indem sie Polypen während der Koloskopie-Videos automatisch hervorheben. Trotz gewisser Erfolge bei der Verbesserung der Erkennungsraten können viele dieser automatisierten Systeme oft die Informationen während des Verfahrens nicht schnell genug verarbeiten. Ausserdem nimmt ihre Genauigkeit ab, wenn sie mit neuen Patientendaten aus verschiedenen Krankenhäusern getestet werden.

Vorgeschlagene Lösung

Um diese Herausforderungen anzugehen, wird ein neues Computerprogramm namens TransNetR entwickelt. Dieses Programm basiert auf fortgeschrittenen Deep Learning-Techniken, die speziell entwickelt wurden, um Polypen während der Koloskopie schnell und genau zu identifizieren und zu umreissen.

TransNetR nutzt eine Struktur, die ein Encoder-Decoder-Modell umfasst, bei dem ein Teil des Programms die Bilder verarbeitet, um wichtige Details festzuhalten, und der andere Teil daran arbeitet, die Ergebnisse zu verfeinern. Der erste Teil des Modells heisst ResNet50, das darauf trainiert ist, Muster aus vielen Proben von Polypenbildern zu erkennen. Danach werden die Informationen durch mehrere Schichten geleitet, um die Segmentierung und Darstellung der Polypenbereiche in den Bildern zu verbessern.

Was TransNetR auszeichnet, ist die Fähigkeit, auch dann gut zu funktionieren, wenn es auf einem Datensatz trainiert wurde und mit völlig anderen Datensätzen getestet wird. Das ist entscheidend, weil medizinische Daten aus verschiedenen Krankenhäusern stark variieren können aufgrund unterschiedlicher Geräte, Patientendemografien und anderer Faktoren.

Methodik

Die Leistung von TransNetR wird mithilfe mehrerer Datensätze bewertet, die Bilder von Polypen aus verschiedenen medizinischen Zentren enthalten. Einer der wichtigsten Datensätze ist Kvasir-SEG, der als Hauptquelle für das Training des Programms dient. Andere Datensätze, wie PolypGen und CVC-ClinicDB, werden verwendet, um die Fähigkeit des Modells zu testen, zu verallgemeinern und Polypen genau zu erkennen, die es zuvor nicht gesehen hat.

Um sicherzustellen, dass das Modell unter verschiedenen Bedingungen gut funktioniert, werden eine Reihe von Tests durchgeführt. In der Trainingsphase wird TransNetR beigebracht, Polypen aus dem Kvasir-SEG-Datensatz zu erkennen, gefolgt von der Bewertung seiner Fähigkeiten am PolypGen-Datensatz. Dieser Datensatz umfasst Bilder von sechs einzigartigen Krankenhäusern und zeigt die Anpassungsfähigkeit des Modells an unterschiedliche Bedingungen und Bevölkerungen.

Ergebnisse

Die Ergebnisse der Experimente zeigen, dass TransNetR beeindruckend abschneidet. Bei Tests mit dem Kvasir-SEG-Datensatz erzielte das Programm hohe Werte für Metriken, die üblicherweise zur Bewertung der Segmentierungsqualität verwendet werden, wie die mittlere Intersection over Union (mIoU) und den mittleren Dice Similarity Coefficient (mDSC). Bemerkenswert ist, dass es eine Verarbeitungsrate von etwa 54 Bildern pro Sekunde erreichte, was es für Echtzeitanwendungen in einer klinischen Umgebung geeignet macht.

Bei der Bewertung an anderen Datensätzen zeigte TransNetR weiterhin starke Leistungen. Es behielt eine hohe Genauigkeit bei Tests mit Videosequenzen aus PolypGen, was seine Zuverlässigkeit in realen Szenarien bestätigte. Das Modell zeigte eine bemerkenswerte Fähigkeit, kleine und flache Polypen zu erkennen, die oft von traditionellen Methoden übersehen werden.

Verallgemeinerbarkeit

Ein grosser Vorteil von TransNetR ist seine Verallgemeinerbarkeit. Das Programm wurde so konzipiert, dass es nicht nur bei den Daten, auf denen es trainiert wurde, gut funktioniert, sondern auch bei neuen, unbekannten Daten. Das ist besonders wichtig im medizinischen Kontext, wo die Patientendemografien stark variieren können.

Die Fähigkeit, die Leistung über verschiedene Datensätze hinweg aufrechtzuerhalten, zeigt, dass TransNetR Ärzten helfen kann, Polypen zu identifizieren, unabhängig von Variationen in der Bildgebungsausstattung oder den Patienteneigenschaften. Diese Eigenschaft ist entscheidend, um das Tool in klinischen Umgebungen wertvoll zu machen, in denen vielfältige Bevölkerungen behandelt werden.

Vergleich mit bestehenden Methoden

TransNetR wurde mit anderen führenden Modellen auf dem Gebiet verglichen. In diesen Vergleichen stellte sich heraus, dass TransNetR im Allgemeinen andere Modelle in Bezug auf Genauigkeit und Geschwindigkeit übertraf. Selbst bei minimalen Verbesserungen in den Leistungsmetriken können diese erhebliche Auswirkungen in klinischen Umgebungen haben, da sogar eine kleine Erhöhung der Erkennungsraten in bessere Patientenresultate übersetzt werden kann.

Fazit

TransNetR stellt einen bedeutenden Fortschritt in der computerunterstützten Erkennung von Polypen während der Koloskopie dar. Seine Fähigkeit, genaue Echtzeitergebnisse zu liefern, positioniert es als wertvolles Tool für Gesundheitsfachkräfte. Durch die Verbesserung der frühen Erkennungsraten von Darmkrebs könnte TransNetR zur besseren Patientenversorgung beitragen und potenziell Leben retten.

Zusammengefasst ist TransNetR eine vielversprechende Lösung zur Verbesserung der Polypenerkennung während Koloskopieverfahren. Die aktuellen Ergebnisse deuten darauf hin, dass es Klinikern helfen kann, genauere Diagnosen zu stellen, schnellere Interventionen zu ermöglichen und die Gesundheitsresultate für Patienten, die ein Risiko für Darmkrebs haben, zu verbessern. Die kontinuierliche Entwicklung und Verfeinerung solcher Technologien wird entscheidend im Kampf gegen diese weit verbreitete Krankheit sein.

Originalquelle

Titel: TransNetR: Transformer-based Residual Network for Polyp Segmentation with Multi-Center Out-of-Distribution Testing

Zusammenfassung: Colonoscopy is considered the most effective screening test to detect colorectal cancer (CRC) and its precursor lesions, i.e., polyps. However, the procedure experiences high miss rates due to polyp heterogeneity and inter-observer dependency. Hence, several deep learning powered systems have been proposed considering the criticality of polyp detection and segmentation in clinical practices. Despite achieving improved outcomes, the existing automated approaches are inefficient in attaining real-time processing speed. Moreover, they suffer from a significant performance drop when evaluated on inter-patient data, especially those collected from different centers. Therefore, we intend to develop a novel real-time deep learning based architecture, Transformer based Residual network (TransNetR), for colon polyp segmentation and evaluate its diagnostic performance. The proposed architecture, TransNetR, is an encoder-decoder network that consists of a pre-trained ResNet50 as the encoder, three decoder blocks, and an upsampling layer at the end of the network. TransNetR obtains a high dice coefficient of 0.8706 and a mean Intersection over union of 0.8016 and retains a real-time processing speed of 54.60 on the Kvasir-SEG dataset. Apart from this, the major contribution of the work lies in exploring the generalizability of the TransNetR by testing the proposed algorithm on the out-of-distribution (test distribution is unknown and different from training distribution) dataset. As a use case, we tested our proposed algorithm on the PolypGen (6 unique centers) dataset and two other popular polyp segmentation benchmarking datasets. We obtained state-of-the-art performance on all three datasets during out-of-distribution testing. The source code of TransNetR will be made publicly available at https://github.com/DebeshJha.

Autoren: Debesh Jha, Nikhil Kumar Tomar, Vanshali Sharma, Ulas Bagci

Letzte Aktualisierung: 2023-03-13 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://arxiv.org/abs/2303.07428

Quell-PDF: https://arxiv.org/pdf/2303.07428

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

Vielen Dank an arxiv für die Nutzung seiner Open-Access-Interoperabilität.

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