Fortschritte bei der Antikörperentdeckung und -modifikation
Neue Methoden verbessern die Antikörperentwicklung für bessere Behandlungen.
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Inhaltsverzeichnis
- Antikörper-Entdeckungstechnologien
- Chemische Diversifizierung von Antikörpern
- Bibliotheksdesign und -konstruktion
- Bewertung der Vielseitigkeit der Bibliothek
- Screening nach spezifischen Antikörperbindern
- Charakterisierung der Antikörperbinder
- Screening gegen ein therapeutisch relevantes Ziel
- Fazit
- Originalquelle
Moderne Medizin nutzt oft Antikörper für Behandlungen und Tests. Sie sind entscheidende Werkzeuge in der Forschung und helfen bei der Diagnose von Krankheiten. Wissenschaftler haben verschiedene Methoden entwickelt, um neue Antikörper zu finden, darunter Hefedisplay, Phagendisplay und ähnliche Techniken. Diese Methoden ermöglichen es Forschern, grosse Bibliotheken synthetischer Antikörper im Labor zu erstellen und zu testen, was wichtig ist, weil man so auf eine breitere Palette von Antikörpertypen zugreifen kann, als das menschliche Immunsystem produziert.
Die Erstellung und das Screening dieser Bibliotheken können Wissenschaftlern helfen, Antikörper zu finden, die fest an bestimmte Ziele binden und unerwünschte Reaktionen mit anderen Molekülen vermeiden. Das ist wichtig für die Entwicklung neuer Medikamente und Behandlungen. Mit diesen fortschrittlichen Techniken können Wissenschaftler mehr darüber lernen, wie verschiedene Teile der Antikörper mit ihren Zielen interagieren, was hilft, die Antikörperdesigns zu verbessern.
Zusätzlich zur Entwicklung besserer Antikörper arbeiten Wissenschaftler auch daran, neue chemische Eigenschaften zu Antikörpern hinzuzufügen, um innovative therapeutische Optionen zu schaffen. Das kann beinhalten, Antikörper mit Medikamenten zu verbinden, um deren Wirksamkeit zu steigern. Neue Techniken in der Biokonjugationschemie und Gentechnik machen es einfacher, diese modifizierten Antikörper mit einzigartigen chemischen Eigenschaften herzustellen.
Antikörper-Entdeckungstechnologien
Die Suche nach neuen Antikörpern hat enorm von Fortschritten in verschiedenen Display-Technologien profitiert. Diese Technologien erlauben es Forschern, grosse Bibliotheken von Antikörpern zu erstellen und zu screenen, was den Prozess beschleunigt, um die zu finden, die an spezifische Ziele binden können. Traditionelle Methoden wie Immunisierungen und Hybridoma-Techniken können langsam und begrenzt in der Vielfalt der produzierten Antikörper sein. Im Gegensatz dazu ermöglichen In-vitro-Methoden, wie Hefedisplay und Phagendisplay, eine schnelle Konstruktion und Prüfung synthetischer Antikörperbibliotheken.
Ein grosser Vorteil der Verwendung von In-vitro-Methoden ist die Möglichkeit, Antikörper mit spezifischen wünschenswerten Eigenschaften zu generieren, wie z.B. hoher Bindungsstärke und geringer Reaktivität mit Nicht-Zielmolekülen. Dies wird erreicht, indem Antikörpervarianten entwickelt werden, die verschiedene nützliche Eigenschaften kombinieren, die man in natürlichen Antikörpern möglicherweise nicht so leicht finden kann.
Durch kombinatorische Screening-Techniken können Forscher auch untersuchen, wie verschiedene Teile der Antikörper, wie die komplementaritätsbestimmenden Regionen (CDRs), zu Bindungsinteraktionen und anderen wichtigen Eigenschaften beitragen. Dieses Verständnis kann das Design effektiverer Antikörper-Therapeutika leiten.
Chemische Diversifizierung von Antikörpern
Neueste Fortschritte konzentrieren sich auch darauf, Antikörper mit neuen chemischen Funktionen auszustatten, was zu neuartigen therapeutischen Optionen führt. Mittels Biokonjugationschemie können Wissenschaftler Antikörper Chemisch modifizieren, um deren medikamentenähnliche Eigenschaften zu verbessern. Dadurch wird die direkte Integration verschiedener chemischer Gruppen in Antikörper ermöglicht, was deren Wirksamkeit steigert.
Techniken dazu beinhalten das Anbringen spezifischer chemischer Gruppen, die es Antikörpern ermöglichen, auf neue Weise mit ihren Zielen zu interagieren. Beispielsweise sind Antikörper-Wirkstoff-Konjugate (ADCs) ein wichtiges Thema, da sie Antikörper mit starken Medikamenten kombinieren, um kranke Zellen, wie Krebszellen, gezielt abzutöten. Die Integration zusätzlicher chemischer Funktionalitäten in die Bindungsstellen von Antikörpern hat ebenfalls vielversprechende Ergebnisse zur Verbesserung von Arzneimittelinteraktionen gezeigt.
Trotz der spannenden Fortschritte bleiben viele Fragen offen, wie man diese chemischen Eigenschaften effektiv zu Antikörpern hinzufügen kann. Daher bieten In-vitro-Display-Technologien einen wertvollen Weg, um neue, einzigartige Eigenschaften von Antikörpern durch Hochdurchsatzuntersuchungen zu entdecken.
Bibliotheksdesign und -konstruktion
In dieser Forschung wurde eine grosse synthetische Antikörperbibliothek mit Hilfe der Hefedisplay-Technologie erstellt. Durch eine Methode namens genetische Kodierungserweiterung wurde eine riesige Bibliothek von Antikörpern konstruiert, die aus einer Milliarde Varianten besteht. Jeder Antikörper in dieser Bibliothek konnte eine von mehreren nicht-standardmässigen Aminosäure-Seitenketten enthalten, die während des Bibliotheksvorbereitungsprozesses fein abgestimmt werden können.
Um die Bibliothek zu erstellen, wurde sie so entworfen, dass sie eine Vielzahl von antikörperähnlichen Eigenschaften umfasst und gleichzeitig mehrere Stellen bietet, an denen nicht-standardmässige Aminosäuren hinzugefügt werden können. Das sorgt dafür, dass die Antikörper vielfältig sind und potenziell stark an ihre Ziele binden können. Die spezifischen Aminosäurepositionen wurden so gewählt, dass die modifizierten Aminosäuren leicht von Zielmolekülen erreicht werden können.
Die resultierende Bibliothek enthielt über eine Milliarde einzigartiger Antikörper mit Variationen in Struktur und chemischen Eigenschaften. Diese umfangreiche Vielfalt öffnet die Tür zur Entdeckung neuer Bindungsinteraktionen und Spezifitäten.
Bewertung der Vielseitigkeit der Bibliothek
Um den Umfang der chemischen Funktionalitäten zu bestimmen, die in die Antikörper integriert werden könnten, wurden mehrere Tests durchgeführt. Dazu gehörte die Untersuchung, wie einfach verschiedene nicht-standardmässige Aminosäuren auf der Hefefläche angezeigt werden konnten. Durch das Testen verschiedener nicht-standardmässiger Aminosäuren bestätigten die Forscher, dass die Bibliothek erfolgreich Antikörper mit unterschiedlichen chemischen Eigenschaften präsentieren konnte.
Darüber hinaus wurde die Effizienz des Anheftens kleiner Moleküle an die Antikörper mittels Click-Chemie-Reaktionen bewertet. Diese Technik umfasst spezifische chemische Reaktionen, die verschiedene chemische Gruppen miteinander verbinden. Das erste Screening deutete darauf hin, dass die Antikörperbibliothek effektiv mit verschiedenen chemischen Funktionalitäten modifiziert werden konnte, was es Forschern ermöglichte, Antikörper mit einzigartigen und vorteilhaften Eigenschaften zu schaffen.
Screening nach spezifischen Antikörperbindern
Der nächste Schritt bestand darin, die Antikörperbibliothek zu screenen, um Klone zu isolieren, die an spezifische Ziele binden. Ein Ziel war Donkey IgG, ein Modellantigen. Das Ziel war, Antikörper zu identifizieren, die an dieses Ziel binden und möglicherweise Quervernetzungen induzieren könnten, was zu einer stärkeren und stabileren Interaktion führen würde.
Der Screening-Prozess umfasste das Inkubieren der Bibliothek mit Donkey IgG, gefolgt von einer Reihe von Trennschritten, um Klone anzureichern, die eine Bindungsaffinität zum Ziel aufwiesen. Diese Sortierrunden führten zu einer allmählichen Zunahme der Häufigkeit offensichtlicher Binder, was darauf hinweist, dass der Prozess erfolgreich Antikörper mit wünschenswerten Bindungsmerkmalen isolierte.
Nach vier Runden magnetischer Perlenanreicherung und zusätzlichem fluoreszenzaktivierter Zellseparation wurden mehrere einzigartige Klone identifiziert. Diese Klone zeigten die Fähigkeit, an nicht-biotinylierte Donkey IgG zu binden, was darauf hindeutet, dass sie ihre Bindungsfähigkeiten unter verschiedenen Bedingungen beibehalten haben.
Charakterisierung der Antikörperbinder
Einzelne Klone, die aus dem Screening isoliert wurden, wurden weiter charakterisiert, um ihre Bindungseigenschaften und -affinitäten zu bewerten. Die Durchflusszytometrie-Analyse wurde verwendet, um zu beobachten, wie gut diese Antikörper an Donkey IgG binden konnten, sowohl in Anwesenheit als auch in Abwesenheit von denaturierenden Bedingungen, die nicht-kovalente Wechselwirkungen stören.
Die beobachteten Bindungsniveaus zeigten, dass viele der Klone ihre Bindungsfähigkeiten sogar unter extremen Bedingungen behalten haben. Das deutet auf potenzielle Anwendungen für diese Antikörper in therapeutischen Einstellungen hin, in denen starke und stabile Bindungen gewünscht sind.
Darüber hinaus wurde für ausgewählte Klone festgestellt, dass ihre Bindungsaffinitäten im niedrigen Nanomolarbereich lagen, was darauf hindeutet, dass sie fest an ihr Ziel binden. Diese moderaten Affinitäten sind konsistent mit anderen Antikörpern, die aus synthetischen Methoden stammen.
Screening gegen ein therapeutisch relevantes Ziel
Parallel zum Screening von Donkey IgG wurde die Bibliothek auch gegen ein therapeutisch relevantes Ziel gescreent: das Protein Tyrosinphosphatase 1B (PTP1B). Dieses Protein wurde mit verschiedenen Krankheiten in Verbindung gebracht, was es zu einem wichtigen Ziel für potenzielle therapeutische Interventionen macht.
Es wurden verschiedene Screening-Bedingungen angewendet, um Antikörper zu identifizieren, die an PTP1B binden konnten, wobei der Fokus darauf lag, Klone zu bereichern, die in der Lage waren, stärkere Interaktionen zu bilden. Diese Methoden folgten einem ähnlichen Muster wie das Screening von Donkey IgG und beinhalteten eine Reihe von Anreicherungen und Tests, um die vielversprechendsten Antikörper zu isolieren.
Nach mehreren Sortierrunden wurden mehrere einzigartige Klone identifiziert, die an PTP1B binden konnten. Die Screening-Prozesse lieferten Einblicke in die Bindungseigenschaften und -affinitäten dieser Klone und zeigten weiter die Effektivität der Antikörperbibliothek.
Fazit
Diese Forschung zeigt die Entwicklung einer vielseitigen, chemisch diversifizierten Antikörperbibliothek mit Hilfe der Hefedisplay-Technologie. Die Fähigkeit, eine breite Palette chemischer Funktionalitäten in Antikörper zu integrieren, eröffnet neue Wege für therapeutische Entdeckungen. Das erfolgreiche Screening gegen sowohl etablierte als auch relevante Ziele sowie die Identifizierung einzigartiger Binder unterstreicht das Potenzial dieser Plattform zur Erzeugung neuartiger antikörperbasierter Medikamente.
Obwohl es bedeutende Fortschritte gegeben hat, bleiben Herausforderungen bestehen, um das volle Potenzial dieser Bibliotheken zu nutzen. Weiterführende Untersuchungen zu verschiedenen Screening-Bedingungen, Verbesserungen der Bindungsaffinitäten und die Erforschung zusätzlicher chemischer Modifikationen werden entscheidend sein, um die Auswirkungen dieser Arbeit im Bereich der therapeutischen Antikörper zu maximieren.
Zusammenfassend bieten die in dieser Forschung entwickelten Techniken eine solide Grundlage für zukünftige Studien, die darauf abzielen, innovative Antikörper-Therapeutika zu entdecken, die verschiedene medizinische Bedürfnisse adressieren können.
Titel: Design, Construction, and Validation of a Yeast-Displayed Chemically Expanded Antibody Library
Zusammenfassung: In vitro display technologies, exemplified by phage and yeast display, have emerged as powerful platforms for antibody discovery and engineering. However, the identification of antibodies that disrupt target functions beyond binding remains a challenge. In particular, there are very few strategies that support identification and engineering of either protein-based irreversible binders or inhibitory enzyme binders. Expanding the range of chemistries in antibody libraries has the potential to lead to efficient discovery of function-disrupting antibodies. In this work, we describe a yeast display-based platform for the discovery of chemically diversified antibodies. We constructed a billion-member antibody library that supports the presentation of a range of chemistries within antibody variable domains via noncanonical amino acid (ncAA) incorporation and subsequent bioorthogonal click chemistry conjugations. Use of a polyspecific orthogonal translation system enables introduction of chemical groups with various properties, including photo-reactive, proximity-reactive, and click chemistry-enabled functional groups for library screening. We established conjugation conditions that facilitate modification of the full library, demonstrating the feasibility of sorting the full billion-member library in "protein-small molecule hybrid" format in future work. Here, we conducted initial library screens after introducing O-(2-bromoethyl)tyrosine (OBeY), a weakly electrophilic ncAA capable of undergoing proximity-induced crosslinking to a target. Enrichments against donkey IgG and protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B) each led to the identification of several OBeY-substituted clones that bind to the targets of interest. Flow cytometry analysis on the yeast surface confirmed higher retention of binding for OBeY-substituted clones compared to clones substituted with ncAAs lacking electrophilic side chains after denaturation. However, subsequent crosslinking experiments in solution with ncAA-substituted clones yielded inconclusive results, suggesting that weakly reactive OBeY side chain is not sufficient to drive robust crosslinking in the clones isolated here. Nonetheless, this work establishes a multi-modal, chemically expanded antibody library and demonstrates the feasibility of conducting discovery campaigns in chemically expanded format. This versatile platform offers new opportunities for identifying and characterizing antibodies with properties beyond what is accessible with the canonical amino acids, potentially enabling discovery of new classes of reagents, diagnostics, and even therapeutic leads. Table of Contents Figure O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=111 SRC="FIGDIR/small/596443v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (18K): [email protected]@18da36corg.highwire.dtl.DTLVardef@1e4397dorg.highwire.dtl.DTLVardef@7a4ad2_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG
Autoren: James A. Van Deventer, A. Rezhdo, R. L. Hershman
Letzte Aktualisierung: 2024-05-29 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.29.596443
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.29.596443.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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