Verbesserung der Patientensicherheit durch OOD-Erkennung in der medizinischen Bildgebung
Die Verbesserung der Genauigkeit in der medizinischen Bildgebung durch Erkennung von Out-of-Distribution-Daten.
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Inhaltsverzeichnis
- Bedeutung der Out-of-Distribution Erkennung
- Problem mit traditionellen Modellen
- Mahalanobis-Distanz zur OOD-Erkennung
- Einschränkungen traditioneller Methoden
- Alternative Ansätze
- Techniken zur Dimensionalitätsreduktion
- Bewertung der Modelle
- Ergebnisse
- Einfluss der Dimensionalitätsreduktion
- Vergleich mit anderen Methoden
- Ablehnung schlechter Segmentierungsergebnisse
- Zukünftige Anwendungen
- Fazit
- Originalquelle
- Referenz Links
Die Verwendung von maschinellem Lernen in der medizinischen Bildgebung hat das Potenzial, die Patientenversorgung und Diagnosen zu verbessern. Allerdings haben diese Modelle manchmal Schwierigkeiten mit Bildern, die von den Daten abweichen, auf denen sie trainiert wurden. Das nennt man "out-of-distribution" (OOD) Erkennung, und es ist wichtig, dass Kliniker gewarnt werden, wenn ein Modell möglicherweise nicht gut abschneidet.
Bedeutung der Out-of-Distribution Erkennung
Im medizinischen Bereich ist es unerlässlich, zuverlässige Segmentierungsmodelle zu haben, die helfen, Strukturen in medizinischen Bildern zu identifizieren und zu umreissen, besonders in Fällen wie Leberkrebs. Diese Modelle sind meist genau, können jedoch versagen, wenn sie auf Bilder stossen, die sich stark von den Trainingsbildern unterscheiden. Wenn Kliniker diesen Modellen blind vertrauen, könnte das zu Automatisierungs-Bias führen, bei dem sie ihre eigenen Beobachtungen ignorieren. Das kann potenziell schädlich für die Patienten sein, wenn die automatisierten Segmentierungen falsch sind.
Um dem entgegenzuwirken, werden OOD-Erkennungsmethoden verwendet, um zu erkennen, wann ein Modell möglicherweise eine ungenaue Segmentierung aufgrund unbekannter Eingabedaten erzeugt. Indem diese Out-of-Distribution-Bilder erkannt werden, können Kliniker gewarnt werden, die Ergebnisse genauer zu betrachten, was die Patientensicherheit verbessert.
Problem mit traditionellen Modellen
Klinisch eingesetzte Deep-Learning-Modelle zeigen oft hohe Leistungen bei vertrauten Daten, können jedoch bei Fällen, die sich von den bereits gesehene unterscheiden, schlecht abschneiden. Diese Einschränkung kann ernsthafte Folgen haben, insbesondere in kritischen Bereichen wie der Krebstherapie, wo genaue Bildgebung entscheidend für die Planung und Durchführung von Therapien ist.
Zum Beispiel könnten Segmentierungsmodelle, die auf spezifischen Datensätzen trainiert wurden, bestimmte Bedingungen oder Elemente in neuen Bildern, wie Flüssigkeitsansammlungen oder Fremdkörper wie Stents, die in den Trainingsdaten nicht vorhanden waren, nicht erkennen. Diese Probleme zu identifizieren ist entscheidend, um mögliche Missgeschicke im Patientenmanagement zu vermeiden.
Mahalanobis-Distanz zur OOD-Erkennung
Eine der Methoden zur OOD-Erkennung ist die Mahalanobis-Distanz (MD). Diese Technik misst die Distanz zwischen einem Bild und einer statistischen Darstellung der Trainingsdaten. Wenn die Distanz zu gross ist, deutet das darauf hin, dass das Bild wahrscheinlich out-of-distribution ist. Allerdings ist MD empfindlich, wie die Daten aufbereitet werden, weshalb es notwendig ist, die hohe Dimensionalität der medizinischen Bildmerkmale für eine effektive Nutzung zu reduzieren.
Einschränkungen traditioneller Methoden
Traditionelle Methoden zur Reduzierung der Daten-Dimensionalität, wie das durchschnittliche Pooling, sind möglicherweise nicht die effektivsten, um Merkmale für Erkennungsaufgaben vorzubereiten. Bei der Anwendung von MD haben Forscher festgestellt, dass der Prozess rechnerisch anspruchsvoll sein kann. Daher sind neue Wege zur Vorbereitung dieser Merkmale nötig, um sicherzustellen, dass OOD-Erkennung effizient und genau durchgeführt werden kann.
Alternative Ansätze
Eine Alternative zur MD ist die k-nächste Nachbar (KNN)-Methode. KNN berücksichtigt die Distanz zu den nächstgelegenen Trainingsbeispielen anstatt sich auf strenge statistische Annahmen zu stützen. Erste Ergebnisse deuten darauf hin, dass KNN möglicherweise eine bessere Leistung bei der Erkennung von out-of-distribution Bildern bietet im Vergleich zu MD, insbesondere in Kombination mit reduzierten Merkmalrepräsentationen.
Techniken zur Dimensionalitätsreduktion
Techniken zur Dimensionalitätsreduktion sind entscheidend, wenn man mit hochdimensionalen medizinischen Bildern arbeitet. Methoden wie Hauptkomponentenanalyse (PCA) und Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) können helfen, die Daten zu optimieren, während wichtige Informationen erhalten bleiben. Diese Techniken können auf die aus Segmentierungsmodellen extrahierten Merkmale angewendet werden, um die Leistung zu verbessern.
Durch die Reduzierung der Dimensionalität der Engpassmerkmale aus Segmentierungsmodellen fanden Forscher heraus, dass sie die Leistung der OOD-Erkennung erheblich verbessern konnten. Dieser Prozess beinhaltete die Verwendung von PCA und UMAP zur Vorbereitung der Merkmale, bevor MD oder KNN angewendet wurden.
Bewertung der Modelle
Im Bewertungsprozess wurden verschiedene Segmentierungsmodelle getestet, um zu sehen, wie gut sie out-of-distribution Bilder identifizieren. Modelle, die auf mehreren Datensätzen trainiert wurden, wurden in In-Distribution (ID) und Out-of-Distribution (OOD) Kategorien basierend auf ihrer Leistung unterteilt. Bilder, die unter einem bestimmten Schwellenwert in Bezug auf die Segmentierungsqualität lagen, wurden als OOD klassifiziert.
Die Leistung wurde mithilfe von Metriken wie der Fläche unter der Receiver Operating Characteristic-Kurve (AUROC) und der Fläche unter der Precision-Recall-Kurve (AUPRC) gemessen. Diese Metriken helfen dabei, eine quantitative Messung dafür zu liefern, wie gut die Modelle zwischen In-Distribution und Out-of-Distribution Bildern unterscheiden können.
Ergebnisse
Die Ergebnisse bei der Anwendung von MD und KNN auf die verschiedenen Modelle zeigten, dass KNN allgemein MD in allen Belangen übertraf, insbesondere in Bezug auf die rechnerische Effizienz. Mit KNN war die Zeit, die zur Berechnung der OOD-Punkte benötigt wurde, im Vergleich zu MD, das mehr Rechenleistung und Zeit erforderte, deutlich geringer.
Einfluss der Dimensionalitätsreduktion
Als Methoden zur Dimensionalitätsreduktion angewendet wurden, schnitt KNN weiterhin hervorragend bei der Identifizierung von OOD-Bildern ab. Besonders PCA wurde als Verbesserung der Leistung von sowohl MD als auch KNN festgestellt, was die Bedeutung der Merkmalsvorbereitung zur Verbesserung der Modellwirksamkeit unterstreicht.
Die KNN-Methode erzielte hohe AUROC-Werte, was auf ihre Fähigkeit hinweist, OOD-Vorfälle über mehrere getestete Modelle hinweg genau zu bestimmen. Die Effizienz von KNN wurde deutlich, da es schnellere Bewertungen bei gleichzeitig hohen Genauigkeitsraten ermöglichte.
Vergleich mit anderen Methoden
Im Vergleich zu traditionellen OOD-Erkennungsmethoden wie Maximum Softmax Probability (MSP) und Monte Carlo Dropout zeigten KNN und MD mit Techniken zur Dimensionalitätsreduktion eine starke Leistung. Während MSP in bestimmten Szenarien gut abschnitt, machte die Fähigkeit von KNN, ohne die Notwendigkeit für gausssche Annahmen zu arbeiten, es zu einer überzeugenden Wahl für OOD-Erkennung in der medizinischen Bildgebung.
Ablehnung schlechter Segmentierungsergebnisse
Als OOD-Erkennungsmethoden angewendet wurden, um Bilder zu filtern, die als out of distribution identifiziert wurden, verbesserte sich die Segmentierungsleistung insgesamt. Durch den Ausschluss von schlecht qualitativen Segmentierungen wiesen die verbleibenden Ausgaben signifikante Verbesserungen in Bezug auf die Genauigkeitsmetriken auf.
Das zeigt, dass OOD-Erkennung nicht nur hilft, potenziell problematische Bilder zu identifizieren, sondern auch die Gesamtleistung der Segmentierungsmodelle verbessert. Kliniker können ihre Aufmerksamkeit auf Bilder richten, die wahrscheinlich zuverlässig segmentiert werden.
Zukünftige Anwendungen
Es gibt mehrere zukünftige Anwendungen für diese OOD-Erkennungsmethoden. Eine mögliche Verwendung ist die Integration eines Warnsystems in automatisierte Segmentierungs-Workflows. Dies würde Kliniker alarmieren, wenn ein Bild als out-of-distribution verdächtigt wird, sodass sie die Ergebnisse vor klinischen Entscheidungen noch einmal überprüfen können.
Eine andere Anwendung könnte sein, diese Methoden in retrospektiven Studien zu verwenden, bei denen grosse Datenmengen automatisch segmentiert werden. Mit effektiver OOD-Erkennung könnten menschliche Evaluatoren sich nur auf Bilder konzentrieren, die mit hohen OOD-Werten markiert sind, was Zeit und Ressourcen spart.
Fazit
Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Entwicklung und Anwendung effektiver OOD-Erkennungsmethoden entscheidend ist, um die Sicherheit und Zuverlässigkeit von Maschinenlernmodellen in der medizinischen Bildgebung zu gewährleisten. Durch den Einsatz von Techniken wie KNN in Kombination mit etablierten Methoden wie MD und der Anwendung von Strategien zur Dimensionalitätsreduktion können Forscher die Leistung der Modelle in der medizinischen Bildgebung erheblich verbessern.
Dieser Fortschritt hat das Potenzial, Patienten zu schützen, indem die Risiken, die mit Automatisierungs-Bias verbunden sind, minimiert werden und die Qualität der Versorgung durch genaue und zuverlässige Bildgebung verbessert wird. Die laufende Forschung in diesem Bereich verspricht, noch bessere Methoden für den Umgang mit medizinischen Bildern zu entwickeln, was letztendlich zu verbesserten Patientenergebnissen führt.
Titel: Dimensionality Reduction and Nearest Neighbors for Improving Out-of-Distribution Detection in Medical Image Segmentation
Zusammenfassung: Clinically deployed deep learning-based segmentation models are known to fail on data outside of their training distributions. While clinicians review the segmentations, these models tend to perform well in most instances, which could exacerbate automation bias. Therefore, detecting out-of-distribution images at inference is critical to warn the clinicians that the model likely failed. This work applied the Mahalanobis distance (MD) post hoc to the bottleneck features of four Swin UNETR and nnU-net models that segmented the liver on T1-weighted magnetic resonance imaging and computed tomography. By reducing the dimensions of the bottleneck features with either principal component analysis or uniform manifold approximation and projection, images the models failed on were detected with high performance and minimal computational load. In addition, this work explored a non-parametric alternative to the MD, a k-th nearest neighbors distance (KNN). KNN drastically improved scalability and performance over MD when both were applied to raw and average-pooled bottleneck features.
Autoren: McKell Woodland, Nihil Patel, Austin Castelo, Mais Al Taie, Mohamed Eltaher, Joshua P. Yung, Tucker J. Netherton, Tiffany L. Calderone, Jessica I. Sanchez, Darrel W. Cleere, Ahmed Elsaiey, Nakul Gupta, David Victor, Laura Beretta, Ankit B. Patel, Kristy K. Brock
Letzte Aktualisierung: 2024-10-02 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://arxiv.org/abs/2408.02761
Quell-PDF: https://arxiv.org/pdf/2408.02761
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.
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Referenz Links
- https://doi.org/10.59275/j.melba.2023-AAAA
- https://github.com/mckellwoodland/dimen
- https://www.clinicaltrials.gov/study/NCT04083378
- https://zenodo.org/records/7774566
- https://zenodo.org/records/7155725
- https://zenodo.org/records/3431873
- https://atlas-challenge.u-bourgogne.fr/
- https://www.synapse.org/Synapse:syn3193805/wiki/217789
- https://github.com/mckellwoodland/dimen_reduce_mahal/tree/main/logs