Neues Mausmodell gibt Einblick in Protein-Funktionen
Forscher entwickeln innovative Methoden, um Proteine in bestimmten Zelltypen zu untersuchen.
Rodrigo Alvarez-Pardo, Susanne tom Dieck, Kristina Desch, Belquis Nassim Assir, Cristina Olmedo Salinas, Riya S. Sivakumar, Julian D. Langer, Beatriz Alvarez-Castelao, Erin M. Schuman
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Inhaltsverzeichnis
Das Verständnis, wie Zellen funktionieren, ist super wichtig für viele Bereiche der Wissenschaft. Ein zentraler Punkt dabei ist, sich die Proteine anzuschauen, die die Bausteine der Zellen sind. Proteine können als Reaktion auf normale und anomale Signale im Körper reagieren. Interessanterweise können dieselben Signale unterschiedliche Reaktionen in verschiedenen Zelltypen auslösen. Diese Variabilität macht es schwer, klare Bilder zu bekommen, wenn man sich viele Zellen gleichzeitig anguckt. Deshalb haben Forscher clevere Methoden entwickelt, um spezielle Zelltypen zu untersuchen, ohne wichtige Details zu verlieren.
Die Herausforderung beim Studium von Proteinen
Wenn Wissenschaftler Proteine aus einer gemischten Gruppe von Zellen analysieren, können sie einzigartige Verhaltensweisen, die spezifisch für bestimmte Zelltypen sind, übersehen. Sie können Unterschiede mitteln und wichtige Signale übersehen. Um das zu umgehen, haben Forscher Techniken entwickelt, die gezielt bestimmte Zellen fokussieren. Eine Methode besteht darin, Marker zu verwenden, die spezifisch für verschiedene Zelltypen sind. Dieser Ansatz hilft dabei, Proteine zu lokalisieren, die nur in diesen Zellen vorkommen. Aber das hat auch seine eigenen Herausforderungen. Zum Beispiel können bei der Probenvorbereitung bestimmte Strukturen innerhalb der Zellen, wie Dendriten und Axone, verloren gehen.
Eine andere fortschrittliche Technik verwendet Methoden, die sich auf Proteine in bestimmten Bereichen der Zelle konzentrieren. Dieser neuere Ansatz kann Proteine über die Zeit erfassen, hat aber einige Einschränkungen. Er unterscheidet nicht zwischen neuen Proteinen und denen, die schon vor Beginn der Studie vorhanden waren.
Werkzeuge zum Studium von Proteinen
Um diese Herausforderungen zu lösen, haben Wissenschaftler bio-orthogonale Methoden entwickelt, die speziell entworfene Aminosäuren zur Verfolgung von Proteinen verwenden. Diese künstlichen Aminosäuren können den Proteinen hinzugefügt werden, was es einfacher macht, sie zu visualisieren und näher zu untersuchen. Die Schlüsselinnovation besteht darin, wie Wissenschaftler jetzt kontrollieren können, wo und wann spezifische Aminosäuren in Proteine eingebaut werden.
Ein solches Werkzeug umfasst ein modifiziertes Enzym, das die Verwendung einer speziellen Aminosäure namens Azidonorleucin (ANL) ermöglicht. Diese Aminosäure ist anders als das normale Methionin, das normalerweise von Proteinen eingebaut wird. Durch geschicktes Anpassen des Enzyms, das für diesen Einbau verantwortlich ist, können Wissenschaftler sicherstellen, dass nur die modifizierten Versionen von Proteinen hergestellt werden, was es einfacher macht, sich auf die spezifischen Proteine zu konzentrieren, die sie untersuchen wollen.
Das neue Mausmodell
Forscher haben ein neues Mausmodell entwickelt, das eine höhere Anzahl dieser modifizierten Enzyme exprimieren kann. Dieses neue Modell kann mehr von der speziellen Aminosäure in Proteine einbauen, was zu einer besseren Erkennung von Proteinen in Zellen führt, die möglicherweise nicht so zahlreich sind. Die Designänderungen ermöglichen es den Wissenschaftlern, nach Proteinen mit weniger Ausgangsmaterial und in kürzeren Zeitrahmen zu suchen.
Dieses Mausmodell funktioniert, indem spezifische Promotoren verwendet werden, die das modifizierte Enzym in bestimmten Zelltypen aktivieren. Indem sie im Grunde einen Schalter umlegen, können die Proteine innerhalb dieser Zellen markiert und untersucht werden, ohne wichtige Informationen über ihre Herkunft zu verlieren.
Die Wissenschaft hinter der Markierung
Der Markierungsprozess ist ziemlich strategisch. Es geht darum, die spezielle Aminosäure den Zellen hinzuzufügen. Nach einer bestimmten Zeit können die Zellen untersucht werden, um zu sehen, welche Proteine hergestellt wurden. Das bietet einen Einblick, wie Zellen über die Zeit auf ihre Umgebung reagieren. Forscher können herausfinden, wie lange bestimmte Proteine bleiben und sogar, wie schnell sie abgebaut werden.
Zum Beispiel könnten Wissenschaftler beim Messen von schnell hergestellten Proteinen feststellen, dass bestimmte Proteine nur kurzzeitig vorhanden sind. In der Zwischenzeit können Proteine, die länger halten, andere Muster zeigen, die verraten, wie die Zelle funktioniert.
Ergebnisse der neuen Methode
Mit dem neuen Modell konnten Wissenschaftler Proteine sogar in Populationen neuronaler Zellen mit niedriger Abundanz identifizieren. Sie konzentrierten sich auf spezifische Arten von Neuronen, die mit Bewegung, Stimmung und Kognition zu tun haben. Diese Proteine können Einblicke geben, wie diese Zellen funktionieren und sich unter verschiedenen Bedingungen verändern.
Der neue Ansatz zeigte, dass die Art und Weise, wie Proteine hergestellt werden, je nach Typ des Neurons, aus dem sie stammen, stark variieren kann. Forscher konnten Informationen über Proteine von Neuronen sammeln, die nicht sehr häufig sind, wie solche, die Dopamin produzieren, eine Chemikalie, die für viele Gehirnfunktionen wichtig ist.
Der Analyseprozess
Sobald die Proteine in den Zellen markiert sind, verwenden Wissenschaftler Massenspektrometrie zur Analyse der Proben. Dieser Prozess trennt Proteine basierend auf ihrer Grösse und ermöglicht eine detaillierte Studie. Das Ziel ist es, spezifische Muster von Proteinen zu suchen, die mit verschiedenen Bedingungen, wie Krankheiten oder Veränderungen in der Umgebung, zusammenhängen.
Forscher vergleichen Proteine aus markierten Proben mit denen, die überhaupt nicht markiert wurden. Das hilft ihnen, Unterschiede zu erkennen, die zeigen, wie bestimmte Proteine sich in spezifischen Situationen verhalten könnten, wie unter Stress oder während der Genesung von einer Verletzung.
Wie das das Verständnis von Zellen hilft
Zu verstehen, wie Proteine in verschiedenen Zelltypen funktionieren, ist entscheidend, um ein besseres Verständnis dafür zu bekommen, wie der Körper arbeitet. Indem sie sich auf spezifische Zelltypen und deren einzigartige Reaktionen konzentrieren, können Wissenschaftler neue Details über alles Mögliche herausfinden, von der Gehirnfunktion bis zu Krankheitsprozessen.
Dieser innovative Ansatz kann zu neuen Erkenntnissen darüber führen, wie Zellen sich an veränderte Bedingungen anpassen, was fundamental für das Verständnis von Gesundheit und Krankheit ist.
Mögliche Anwendungen
Die entwickelten Methoden und Werkzeuge könnten weitreichende Anwendungen haben. Sie könnten helfen, Marker für Krankheiten zu identifizieren oder zu neuen Behandlungen führen, indem sie aufzeigen, wie bestimmte Proteine das Zellverhalten beeinflussen. Zum Beispiel kann das Studium von Proteinen in dopaminergen Neuronen Licht auf Erkrankungen wie Parkinson werfen.
Ausserdem könnten diese Entdeckungen auch den Weg für Fortschritte in der regenerativen Medizin ebnen, wo es entscheidend ist, zu verstehen, wie man Gewebe wachsen und reparieren kann.
Fazit
Indem sie neue Methoden zur Untersuchung von Proteinen entwickeln, kommen Wissenschaftler dem Verständnis der komplexen Welt der Zellfunktion näher. Das neue Mausmodell ermöglicht es den Forschern, Proteine mit grösserer Sensitivität und Spezifität zu untersuchen, was zu neuen Erkenntnissen führen könnte, die praktische Anwendungen haben.
Am Ende ist die Welt der Proteine wie ein grosses Puzzle, und die Forscher setzen das Bild Stück für Stück zusammen – mit einem Hauch von Humor und viel wissenschaftlicher Neugier.
Titel: Cell type-Specific In Vivo Proteomes with a Multi-copy Mutant Methionyl t-RNA Synthetase Mouse Line
Zusammenfassung: The functional diversity of cells is driven by the different proteins they express. While improvements in protein labeling techniques have allowed for the measurement of proteomes with increased sensitivity, measuring cell type-specific proteomes in vivo remains challenging. One of the most useful pipelines is bioorthogonal non-canonical amino acid tagging (BONCAT) with the MetRS* system, consisting of a transgenic mouse line expressing a mutant methionyl-tRNA synthetase (MetRS*) controlled by Cre recombinase expression. This system allows for cell type-specific labeling of proteins with a non-canonical amino acid (azidonorleucine, ANL), which can be subsequently conjugated to affinity or fluorescent tags using click chemistry. Click-modified proteins can then be visualized, purified and identified. The reduction in sample complexity allows for the detection of small changes in protein composition. Here we describe a multicopy MetRS* mouse line (3xMetRS* mouse line), which exhibits markedly enhanced ANL protein labeling, boosting the sensitivity and temporal resolution of the system and eliminating the need for working under methionine depletion conditions. Cell type-specific in vivo labeling is possible even in heterozygous animals, thus offering an enormous advantage for crossing the line into mutation and disease-specific backgrounds. Using the 3xMetRS* line we identified the in vivo proteome of a sparse cell population - the dopaminergic neurons of the olfactory bulb and furthermore determined newly synthesized proteins after short labeling durations following a single intraperitoneal ANL injection.
Autoren: Rodrigo Alvarez-Pardo, Susanne tom Dieck, Kristina Desch, Belquis Nassim Assir, Cristina Olmedo Salinas, Riya S. Sivakumar, Julian D. Langer, Beatriz Alvarez-Castelao, Erin M. Schuman
Letzte Aktualisierung: 2024-12-02 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.28.625838
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.28.625838.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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