Die faszinierende Welt von Phage G
Entdecke die Wunder und Geheimnisse von Phage G, einem einzigartigen viralen Riesen.
Andra Buchan, Stephanie Wiedman, Kevin Lambirth, Madeline Bellanger-Perry, Jose L. Figueroa III, Elena T. Wright, Patil Shivprasad Suresh, Qibin Zhang, Julie A. Thomas, Philip Serwer, Richard Allen White III
― 7 min Lesedauer
Inhaltsverzeichnis
- Die Geburt von Phage G
- Varianten und Züchtung von Phage G
- Ungewöhnliche Merkmale des Genoms von Phage G
- Der Fall der geheimnisvollen Diskrepanzen
- Ein genauerer Blick auf die Struktur von Phage G und seine Nachbarn
- Das duale Leben von Phage G
- Genomanalysen und Vergleiche
- Die Rolle der Methylierung
- Biophysikalische Eigenschaften von Phage G
- Die Funktionalität von Phage G
- Die Zukunft der Phage G-Forschung
- Fazit
- Originalquelle
- Referenz Links
Phagen, oder Bakteriophagen, sind winzige Viren, die Bakterien anvisieren. Man findet sie fast überall, von heissen Quellen bis in unseren eigenen Därmen. Obwohl sie zahlreich und vielfältig sind, sind die meisten Phagen ziemlich klein, mit Genomen (dem kompletten Satz von Genen), die oft weniger als 200.000 Basenpaare umfassen. Eine besonders interessante Art von Phagen sind die Megaphagen. Diese Superhelden der Phagenwelt haben viel grössere Genome, die über 500.000 Basenpaare messen.
Der grösste bisher entdeckte Phage, bekannt als Mar_Mega_1, wurde kürzlich in den Gewässern rund um Plymouth Sound, UK, gefunden. Trotz ihrer beeindruckenden Grösse war die Züchtung von Megaphagen eine Herausforderung. In den letzten 50 Jahren wurde nur ein Megaphage, genannt Phage G, erfolgreich isoliert und im Labor gezüchtet.
Die Geburt von Phage G
Phage G trat 1968 im Donelli-Labor in Rom erstmals ins wissenschaftliche Rampenlicht. Das war eine Zeit der Entdeckungen, und Phage G machte da keine Ausnahme. Obwohl die ursprüngliche Quelle ein Rätsel ist, wurde festgestellt, dass Phage G ein Bakterium namens Lysinibacillus infiziert. In den 1970er Jahren wurde er an ein anderes Labor in Washington weitergegeben, wo er weiterhin Aufmerksamkeit erregte.
Schnell vorwärts ins Jahr 2020, als ein Labor die Bedeutung von Phage G entdeckte, indem es ihn als Referenz für die Bildgebung anderer Phagen nutzte. Dieses Labor, bekannt für die Bildgebung von Tausenden von Phagen, beschloss, die Proben von Phage G einer Sammlung für zukünftige Studien zu spenden. Diese Spende öffnete die Tür für viele neue Untersuchungen.
Varianten und Züchtung von Phage G
Phage G hat im Laufe der Jahre verschiedene Stämme hervorgebracht. Der erste Stamm, bekannt als der Wildtyp-Stamm von der Universität Texas, wurde an mehrere Forschungsteams geschickt. Interessanterweise fand eine Forschungsgruppe heraus, dass eine Variante dieses Stammes in Flüssigkeiten besser wuchs als das Original, was darauf hindeutet, dass eine spontane Veränderung stattgefunden hatte.
Diese Entdeckung führte zu einer Suche, um die genetischen Veränderungen zu verstehen, die bei Phage G über seine 50 Jahre dauernde Studie aufgetreten sind. Die Forscher beschlossen, die Genome mehrerer Stämme zu sequenzieren, um herauszufinden, was sich verändert hatte.
Genoms von Phage G
Ungewöhnliche Merkmale desDie DNA von Phage G hat einige neugierige Eigenschaften. Laboranalysen zeigten, dass seine DNA sowohl gross als auch komplex ist und etwa 499.000 Basenpaare misst, was etwa dreimal grösser ist als bei vielen typischen Phagen. Das Genom ist auch reich an "hypothetischen" Genen, was bedeutet, dass viele seiner Funktionen ein Rätsel bleiben.
Genetische Tests zeigten, dass verschiedene Varianten von Phage G fast identisch erschienen, sich aber um weniger als 0,1 % unterschieden. Es gab jedoch einige kleine Veränderungen, die Aufschluss darüber geben könnten, wie sich der Phage im Laufe der Jahre angepasst hat.
Der Fall der geheimnisvollen Diskrepanzen
Eine der rätselhaftesten Dinge an Phage G ist der Unterschied zwischen seiner bekannten Genomgrösse und dem, was Wissenschaftler finden, wenn sie Tests wie die Pulsfeld-Gelelektrophorese durchführen. Diese Verwirrung deutet darauf hin, dass es Modifikationen in der DNA geben könnte, die ihr Verhalten in Experimenten beeinflussen.
Forscher arbeiten noch daran, dieses Rätsel zu lösen. Sie vermuten, dass der hohe Grad an chemischen Modifikationen der DNA der Übeltäter sein könnte, der unterschiedliche experimentelle Ergebnisse verursacht.
Ein genauerer Blick auf die Struktur von Phage G und seine Nachbarn
Phage G gehört zu einer Familie namens Myoviridae, die für eine einzigartige Struktur bekannt ist, die wie ein kleines Raumschiff aussieht. Sein Kopf misst etwa 180 Nanometer, und sein Schwanz erstreckt sich weitere 450 Nanometer, was eine Gesamtlänge von etwa 630 Nanometern ergibt.
Im Vergleich zu seinem nächsten Verwandten, Moose Phage W30-1, entdeckten Wissenschaftler, dass, obwohl es einige bedeutende Ähnlichkeiten gibt, der Moose Phage W30-1 weniger Gene und eine kleinere Grösse hat. Das deutet darauf hin, dass Phage G seine einzigartigen Merkmale entwickelt hat, nachdem er sich von seinen Verwandten abgespalten hat.
Das duale Leben von Phage G
Phage G hat einen interessanten Lebensstil - er wird als "temperamentvoll" eingestuft, was bedeutet, dass er entweder seine Wirtsbakterien sofort zerstören oder friedlich mit ihnen leben kann. Trotz Vorhersagen, die darauf hindeuten, dass es temperamentvoll sein könnte, gab es jedoch in der Wildnis über viele Jahrzehnte keine beobachtbaren Hinweise auf dieses Verhalten.
Bemerkenswerterweise trägt Phage G Gene, die ihm helfen könnten, in seinem Wirt zu bestehen, was andeutet, dass er einige Tricks im Ärmel hat, wenn es um das Überleben geht.
Genomanalysen und Vergleiche
Als Forscher das Genom von Phage G analysierten, fanden sie heraus, dass viele seiner offenen Leserahmen - also die DNA-Abschnitte, die Proteine herstellen können - noch uncharakterisiert sind. Sie hoben hervor, dass 66 % seiner Gene keine bekannte Funktion haben.
Um dir eine Vorstellung zu geben: Wenn Phage G eine Figur in einem Film wäre, würde der Grossteil seiner Hintergrundgeschichte ein Rätsel bleiben, was ihn zu einem echten Mysterium in der Virenwelt macht.
Methylierung
Die Rolle derMethylierung ist ein Prozess, der oft eine Rolle bei der Regulierung der Genexpression spielt. Im Fall von Phage G fanden die Forscher heraus, dass ein grosser Teil des Genoms mit diesen Methylgruppen geschmückt ist, was möglicherweise beeinflusst, wie er funktioniert.
Dieser hohe Grad an Methylierung könnte die Herausforderungen erklären, die Wissenschaftler haben, wenn sie versuchen, Phage G im Labor zu klonen oder zu manipulieren. Die klebrige Natur dieser Modifikationen kann es für Forscher schwierig machen, einen klaren Überblick über die Genetik des Phagen zu bekommen.
Biophysikalische Eigenschaften von Phage G
Phage G ist nicht nur ein schöner Anblick; er hat auch einige interessante Eigenschaften. Wissenschaftler führten Tests durch, um zu bestimmen, wie er auf Temperatur- und pH-Änderungen reagiert. Sie fanden heraus, dass bestimmte Varianten von Phage G eine hohe Temperaturresistenz zeigten. Allerdings hatte selbst Phage G Schwierigkeiten, extremen Bedingungen zu widerstehen, was eine Erinnerung daran ist, dass nicht alle Helden Umhänge tragen.
Alles in allem geben die Verhaltensweisen des Phagen unter Stress Aufschluss darüber, wie er sich in natürlichen Umgebungen verhalten könnte. Das Verständnis dieser Eigenschaften könnte Wissenschaftlern helfen, die Phage G in praktischen Anwendungen wie dem Kampf gegen bakterielle Infektionen nutzen möchten.
Die Funktionalität von Phage G
Obwohl noch viel unbekannt ist, haben Forscher begonnen, die potenziellen Rollen der Gene von Phage G zusammenzusetzen. Sie entdeckten eine Vielzahl von Merkmalen, die darauf hindeuten, dass er möglicherweise in der Lage ist, verschiedenen Stressfaktoren zu widerstehen, effizient zu replizieren und sogar die Immunantwort des Wirts zu umgehen.
Vermutlich erfüllen einige Gene von Phage G Funktionen, die denen in seinem bakteriellen Wirt ähnlich sind. Das bedeutet, dass Phage G möglicherweise Fähigkeiten von Lysinibacillus entliehen hat, was seine Überlebens- und Fortpflanzungskapazität unterstützt.
Die Zukunft der Phage G-Forschung
Obwohl die wissenschaftliche Gemeinschaft bedeutende Fortschritte bei der Aufdeckung der Geheimnisse rund um Phage G gemacht hat, gibt es noch viel zu tun. Zukünftige Forschungen könnten sich darauf konzentrieren, seine einzigartigen Gene eingehender zu untersuchen, seine Fähigkeit zu testen, Infektionen zu behandeln, und herauszufinden, welche anderen Überraschungen dieser Megaphage bereit hält.
Angesichts der aktuellen Trends in der Mikrobiologie und des wachsenden Interesses an Phagentherapie als Alternative zu Antibiotika ist die Welt gespannt darauf, mehr von diesem faszinierenden viralen Riesen zu hören.
Fazit
Phage G hebt sich als ein faszinierendes Beispiel für virale Vielfalt und Komplexität hervor. Mit seiner langen Geschichte und der Vielzahl an interessanten Merkmalen fesselt dieser Phage nicht nur die wissenschaftliche Gemeinschaft, sondern bietet auch einen Einblick in die verborgene Welt der Viren, die in unserer Umgebung gedeihen.
Während die Forscher weiterhin die Feinheiten von Phage G entschlüsseln, wer weiss, was sie vielleicht entdecken werden? Vielleicht werden sogar noch mehr Geheimnisse auftauchen, die der Geschichte dieses bemerkenswerten Virus eine weitere Dimension hinzufügen.
Also, während wir in die Zukunft blicken, können wir nur hoffen, dass Phage G weiterhin als ein Licht der Entdeckung in der sich ständig weiterentwickelnden Landschaft der Mikrobiologie strahlt. Und wer weiss, vielleicht erfahren wir eines Tages endlich, was Phage G zum Ticken bringt.
Originalquelle
Titel: Unlocking the genomic repertoire of a cultivated megaphage
Zusammenfassung: Megaphages are bacteriophages (i.e., phages) with exceptionally large genomes that are ecosystem cosmopolitans, infect various bacterial hosts, and have been discovered across various metagenomic datasets globally. To date, almost all megaphages have evaded cultivation, with only phage G being in active culture for over 50 years. We examined with multiomics this five decades long cultivated history from nine different laboratories with five different lab variants to the modern era. In this work, we resolved the five complete phage G genomes, the particle proteome, de novo methylome, and used artificial intelligence (AI) to annotate the genome of phage G. Phage G is one of the largest phages with a size of >0.6 {micro}m, about half the width of the host cell, and a 499 kbp, non-permuted, linear genome that has, uniquely among known phages, two pairs of ends. Its closest known relative is Moose phage W30-1 which was metagenomically assembled without cultivation from a moose rumen sample. Phage G has >650 protein-coding open reading frames (ORFs), with >65% being hypothetical proteins with no known function, with the rest of the genome geared towards nucleic acid replication (e.g., helicases, polymerases, endonucleases) and are structural in nature (e.g., capsid, tail, portal, terminase). The genome encodes a 35 kbp stretch with 66 ORFs without any known functional homology, a cryptic genomic region that is roughly the size of phage lambda. Phage G has an expansive repertoire of auxiliary metabolic genes (AMGs) acquired from its bacterial host, including a phoH,ftsZ,UvsX/RecA-like, gyrA, gyrB,and DHFR. Furthermore, AMGs discovered in phage G could manipulate host sporulation (sspD, RsfA, spoK) and antiviral escape genes (e.g., anti-CBass nuclease and Anti-Pycsar protein). Phage proteomics found >15% of the protein ORFs were present in either the wild-type or mutant variants of phage G, including genes involved in replication (e.g.,UvsX/RecA-like), host sporulation, as well as structural genes (e.g., capsid, tail, portal). The methylome of phage G was localized to the cryptic region with limited functional homology, with supervised machine learning (i.e., HMMs) was unable to resolve this region, but was resolved with protein structural AI. This cryptic region was a hot spot for methylation at 32%, where many of the functions of the ORF are still unknown. Our study represents a doorway into the complexity of the genomic repertoire of the only cultivated megaphage, highlighting five decades of continuous cultivation for the first time.
Autoren: Andra Buchan, Stephanie Wiedman, Kevin Lambirth, Madeline Bellanger-Perry, Jose L. Figueroa III, Elena T. Wright, Patil Shivprasad Suresh, Qibin Zhang, Julie A. Thomas, Philip Serwer, Richard Allen White III
Letzte Aktualisierung: 2024-12-20 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.16.628780
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.16.628780.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.
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