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A Evolução das Plantas Heterotróficas: Um Estudo sobre o Dipodium

Essa pesquisa revela mudanças genéticas no Dipodium, um gênero de plantas heterotróficas.

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Algumas plantas, conhecidas como plantas heterotróficas, não fazem seu próprio alimento como a maioria das plantas. Em vez disso, elas dependem de outros organismos vivos para obter energia e nutrientes. Essas plantas desenvolveram características únicas ao longo do tempo, que mostram como elas mudaram para sobreviver sem fotossíntese. Avanços recentes na tecnologia permitiram que os cientistas estudassem detalhadamente a composição genética dessas plantas. Essa pesquisa revela informações importantes sobre como a estrutura genética dessas plantas evolui.

A Importância de Estudar Plantas Heterotróficas

As plantas heterotróficas são fascinantes porque mostram como a vida pode prosperar de maneiras diferentes. Ao olhar para seus genes, os cientistas podem descobrir como algumas plantas se adaptaram para depender de fungos e outros organismos para se alimentar. Essa adaptação envolve mudanças significativas no material genético, especialmente nas partes das células da planta responsáveis pela fotossíntese.

O material genético nas plantas, especialmente os genomas plastidiais, pode mudar devido a várias pressões. Nas plantas heterotróficas, muitos genes responsáveis pela fotossíntese podem se tornar desnecessários. Como resultado, a estrutura e o conteúdo desses materiais genéticos podem mudar significativamente. Isso torna o estudo de plantas heterotróficas uma maneira valiosa de entender como as plantas podem evoluir em condições relaxadas, onde não precisam de certas funções para sobreviver.

O Papel do Sequenciamento de Nova Geração

Tecnologias recentes, como o sequenciamento de nova geração, ajudam os cientistas a analisar as informações genéticas dessas plantas mais rápido e com mais precisão. Usando essa tecnologia, os pesquisadores podem reunir dados sobre os genomas plastidiais de várias plantas heterotróficas de forma eficaz. Estudar o genoma plastidial ajuda a revelar a Evolução dessas plantas e como sua composição genética mudou ao longo do tempo.

Estudos anteriores mostraram que as plantas heterotróficas costumam ter genomas menores e menos genes relacionados à fotossíntese em comparação com suas contrapartes verdes. Isso sugere que a evolução dessas plantas levou a uma redução na necessidade desses genes fotossintéticos, mudando significativamente seus genomas plastidiais.

O Caso da Família Orchidaceae

Uma das maiores famílias de plantas com flores é a Orchidaceae, que inclui muitas espécies que evoluíram de plantas verdes e fotossintéticas para formas heterotróficas. Essa família é conhecida por ter várias mudanças independentes de produzir seu próprio alimento para depender de outros organismos.

Dentro dessa família, algumas orquídeas dependem de fungos específicos para obter nutrientes, levando a várias adaptações. A maioria das orquídeas heterotróficas estudadas até agora mostra padrões semelhantes em seus genes plastidiais, exibindo reduções significativas em seu material genético.

Pesquisas Anteriores sobre a Evolução do Plastoma

Estudos passados sobre a evolução do plastoma em plantas heterotróficas identificaram grandes padrões em como esses genomas mudam. A pesquisa incentivou os cientistas a olhar mais de perto para grupos específicos de plantas relacionadas para entender suas trajetórias evolutivas. No entanto, a maioria das pesquisas ainda examina famílias ou tribos mais amplas e não foca o suficiente em grupos específicos dentro das famílias.

A família Orchidaceae inclui alguns exemplos notáveis de plantas heterotróficas. Suas adaptações, como perder a capacidade de realizar fotossíntese e depender de fungos para nutrição, apresentam oportunidades únicas para estudar a evolução genética.

O Caso Único de Dipodium

O gênero Dipodium inclui espécies tanto fotossintéticas quanto micotróficas. Essa variedade faz dele um excelente objeto de estudo sobre como as características heterotróficas evoluem. Com 39 espécies divididas em duas seções principais, Dipodium e Leopardanthus, esse gênero apresenta uma riqueza de dados para analisar.

Enquanto algumas espécies na seção Dipodium ainda têm folhas verdes, outras perderam completamente as habilidades fotossintéticas. Este estudo examina os genomas plastidiais de várias espécies de Dipodium para entender melhor como seu material genético mudou em resposta às suas estratégias nutricionais.

Objetivos do Estudo

O foco principal dessa pesquisa é sequenciar e analisar os genomas plastidiais de diferentes espécies do gênero Dipodium. Especificamente, o estudo visa:

  1. Identificar padrões de mudanças genéticas entre espécies autotróficas e micotróficas no gênero.
  2. Construir uma árvore filogenética das espécies para entender melhor suas relações evolutivas.
  3. Estimar há quanto tempo diferentes espécies se divergiram para determinar quando a micotrofia começou em Dipodium e como seus genes plastidiais mudaram ao longo do tempo.

Material Vegetal

Para este estudo, todas as espécies conhecidas de Dipodium da Austrália foram coletadas, incluindo uma representante da seção Leopardanthus. Os pesquisadores obtiveram amostras de locais variados para garantir uma análise abrangente do material genético desse gênero.

Métodos de Extração e Análise de DNA

O DNA foi extraído de tecidos vegetais, permitindo que os pesquisadores preparassem amostras para análise. Utilizando técnicas avançadas, os cientistas prepararam o DNA para sequenciamento. Esse processo garante dados de alta qualidade que podem ser usados para analisar o conteúdo genético de cada espécie de forma eficaz.

Depois de preparar as amostras, o DNA foi analisado para criar um panorama completo dos genomas plastidiais. A montagem desses genomas envolve técnicas que alinham os dados genéticos, permitindo que os cientistas identifiquem como os genes mudaram em cada espécie.

Análise Filogenética

Para entender as relações entre as espécies de Dipodium, os cientistas realizaram análises filogenéticas. Comparando os dados genéticos dos genomas plastidiais, os pesquisadores podem construir uma "árvore genealógica" que ilustra como as diferentes espécies estão relacionadas entre si. Essa análise fornece uma visão das trajetórias evolutivas que levaram à diversidade atual dentro do gênero.

Estimando Tempos de Divergência

A estimativa do tempo de divergência envolve descobrir quando diferentes espécies se separaram de seus ancestrais comuns. Esse conhecimento é essencial para entender o tempo de surgimento da micotrofia dentro de Dipodium. Os cientistas podem usar métodos estatísticos e relações estabelecidas entre as espécies para gerar uma linha do tempo da evolução.

Compreendendo a Evolução do Genoma Plastidial

Os genomas plastidiais exibem características estruturais fascinantes que mudaram ao longo do tempo. Ao comparar os plastomas de diferentes espécies, os pesquisadores podem identificar variações, como diferenças no conteúdo e na estrutura dos genes.

A maioria dos plastomas do gênero Dipodium mostra uma estrutura geral similar, mas diferenças em tamanho e conteúdo de genes refletem as adaptações que ocorreram. As diferenças significativas na perda ou degradação de genes apontam para mudanças na forma como essas plantas obtêm sua energia.

Descobertas Notáveis sobre os Plastomas de Dipodium

Neste estudo, os plastogenomas completos foram montados com sucesso para várias espécies de Dipodium. A análise revelou variações no comprimento do genoma, conteúdo de GC e perda de genes que estão correlacionadas com as estratégias nutricionais das espécies.

Entre as descobertas mais significativas está o fato de que todas as espécies de Dipodium examinadas apresentaram degradação ou perda de genes ndh, que são cruciais para a fotossíntese. Esse padrão destaca uma tendência de redução da pressão para reter funções fotossintéticas em ambas as espécies autotróficas e micotróficas.

Padrões de Degradação do Gene NdH

Os genes ndh são vitais para o funcionamento adequado da fotossíntese. No caso de Dipodium, os pesquisadores descobriram que nenhum gene ndh permaneceu funcional entre as espécies examinadas. Essa descoberta sugere um caminho evolutivo compartilhado onde os ancestrais das atuais espécies de Dipodium provavelmente perderam as funções desses genes.

O grau de degradação variou entre espécies intimamente relacionadas, destacando caminhos evolutivos únicos. Por exemplo, enquanto algumas espécies perderam completamente certos genes ndh, outras mantiveram versões severamente degradadas.

Implicações da Perda de Genes na Fotossíntese

A perda de genes ndh tem implicações significativas sobre como essas plantas obtêm energia. Pesquisas indicam que plantas com genes ndh degradados ou não funcionais podem não ser tão eficazes na fotossíntese. Essa descoberta levanta questões sobre a adaptabilidade das plantas heterotróficas e como elas conseguiram sobreviver dependendo de outros organismos para nutrição.

O Papel das Mudanças Ambientais na Evolução

Fatores ambientais desempenham um papel crucial em moldar a evolução das plantas. À medida que as condições mudam, as espécies de plantas se adaptam para sobreviver. No caso de Dipodium, a mudança climática na Austrália pode ter influenciado a transição de fotossíntese para micotrofia.

A aridificação do continente provavelmente pressionou algumas espécies a evoluírem longe da fotossíntese, levando-as a desenvolver relacionamentos com fungos para sobreviver. Essa relação mostra a natureza dinâmica da evolução das plantas e as várias estratégias para obter nutrientes.

Direções Futuras para a Pesquisa

Pesquisas em andamento sobre Dipodium e outras plantas heterotróficas fornecerão insights valiosos sobre a evolução das plantas. Estudos futuros devem considerar explorar a extensão da produção de clorofila em espécies sem folhas para determinar se elas têm a capacidade de realizar fotossíntese.

Além disso, investigações no material genético de famílias de plantas relacionadas podem ajudar a esclarecer padrões evolutivos mais amplos e a importância das mudanças no plastoma em várias espécies de plantas.

Conclusão

O estudo de plantas heterotróficas como Dipodium oferece insights empolgantes sobre como as plantas podem se adaptar a diferentes ambientes. Ao examinar a evolução genética dessas espécies, os cientistas podem aprender sobre os mecanismos por trás da sobrevivência das plantas e as relações intrincadas entre plantas e seus ambientes.

Entender essas mudanças nos genomas plastidiais de Dipodium aumenta nosso conhecimento de como as plantas evoluem para atender às suas necessidades nutricionais. À medida que a pesquisa avança, é provável que descubramos adaptações ainda mais notáveis entre as várias espécies desse gênero único.

Fonte original

Título: Plastid phylogenomics reveals evolutionary relationships in the mycoheterotrophic orchid genus Dipodium and provides insights into plastid gene degeneration

Resumo: The orchid genus Dipodium R.Br. (Epidendroideae) comprises leafy autotrophic and leafless mycoheterotrophic species, the latter confined to sect. Dipodium. This study examined plastome degeneration in Dipodium in a phylogenomic and temporal context. Whole plastomes were reconstructed and annotated for 24 Dipodium samples representing 14 species and two putatively new species, encompassing over 80% of species diversity in sect. Dipodium. Phylogenomic analysis based on 68 plastid loci including a broad outgroup sampling across Orchidaceae found sect. Leopardanthus as sister lineage to sect. Dipodium. Dipodium ensifolium, the only leafy autotrophic species in sect. Dipodium was found sister to all leafless, mycoheterotrophic species, supporting a single evolutionary origin of mycoheterotrophy in the genus. Divergence time estimations found that Dipodium arose ca. 33.3 Ma near the lower boundary of the Oligocene and crown diversification commenced in the late Miocene, ca. 11.3 Ma. Mycoheterotrophy in the genus was estimated to have evolved in the late Miocene, ca. 7.3 Ma, in sect. Dipodium. The comparative assessment of plastome structure and gene degradation in Dipodium revealed that plastid ndh genes were pseudogenised or physically lost in all Dipodium species, including in leafy autotrophic species of both Dipodium sections. Levels of plastid ndh gene degradation were found to vary among species as well as within species, providing evidence of relaxed selection for retention of the NADH dehydrogenase complex within the genus. Dipodium exhibits an early stage of plastid genome degradation as all species were found to have retained a full set of functional photosynthesis-related genes and housekeeping genes. This study provides important insights into plastid genome degradation along the transition from autotrophy to mycoheterotrophy in a phylogenomic and temporal context.

Autores: Stephanie Goedderz, M. A. Clements, S. J. Bent, J. A. Nicholls, V. S. Patel, D. M. Crayn, P. M. Schlueter, K. Nargar

Última atualização: 2024-02-06 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.05.578113

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.05.578113.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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