Pesquisa sobre Cólera: Insights de Amostras de Pacientes
Estudo revela diversidade genética das bactérias do cólera em pacientes.
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Índice
A cólera é uma doença intestinal grave causada por uma bactéria chamada Vibrio cholerae O1. Essa doença provoca sintomas como diarreia aquosa, vômitos e desidratação severa. Nos últimos tempos, os surtos de cólera têm crescido e durado mais. Cientistas estão estudando a genética dessa bactéria pra entender melhor como ela se espalha e como ela ganha resistência aos tratamentos.
Como a Cólera Infecta
Quando as pessoas consomem comida ou água contaminada com V. cholerae, as bactérias entram no corpo. Elas enfrentam desafios, como a acidez do estômago, que pode matar muitas delas. No entanto, algumas bactérias sobrevivem a esse ambiente hostil e chegam ao intestino delgado. Lá, elas conseguem se multiplicar e formar microcolônias. Isso é possível por meio de estruturas chamadas fatores de colonização, um deles é o pilus co-regulado por toxina (TCP).
Uma vez no intestino delgado, V. cholerae produz uma toxina chamada toxina colérica (CT). Essa toxina se liga às células que revestem o intestino e causa a secreção de íons cloreto. Como resultado, sódio e água também se movem para o intestino, levando aos sintomas da cólera, como diarreia e vômitos. Muitos pacientes apresentam vômitos, que é diferente de outras doenças onde apenas o conteúdo do estômago é expelido.
Importância das Amostras de Vômito e Fezes
As populações de V. cholerae podem ser estudadas através de amostras coletadas das fezes. No entanto, amostras de vômito podem fornecer uma visão melhor das bactérias que estão ativamente causando a infecção no intestino delgado. A composição genética das bactérias nas fezes pode refletir o que é expelido do corpo, enquanto as bactérias no vômito podem indicar o que está infectando ativamente o intestino delgado.
A Diversidade Genética de V. cholerae pode mudar ao longo do trato gastrointestinal. E isso pode acontecer por várias razões. Primeiro, um grande número de bactérias pode enfrentar desafios na sobrevivência, resultando em menos que chegam ao intestino delgado. Pesquisas em animais indicam uma queda significativa no número de V. cholerae desde a hora em que são ingeridas até se estabelecerem no intestino delgado. Segundo, certas cepas podem ser favorecidas enquanto as bactérias competem em um ambiente misto. Por fim, mutações ou mudanças genéticas podem ocorrer à medida que as bactérias se adaptam a diferentes lugares no trato gastrointestinal.
Estudando a Cólera em Bangladesh
Para avaliar a diversidade genética de V. cholerae, pesquisadores coletaram amostras de vômito e fezes de dez pacientes com cólera em Dhaka, Bangladesh, uma região conhecida por suas altas taxas de cólera. Os pesquisadores sequenciaram os genomas dessas amostras para analisar variações no material genético e a presença de diferentes genes.
Comparando as informações genéticas do vômito e das fezes, os pesquisadores notaram uma leve redução nas variações genéticas e no conteúdo gênico entre os dois tipos de amostras. Isso indica que a jornada pelo intestino não diminui significativamente a diversidade genética total ou as variações de cepas dentro das bactérias.
Coleta e Análise de Amostras
O estudo envolveu a coleta de amostras de pacientes que tiveram diarreia severa e testaram positivo para V. cholerae O1. Os pesquisadores reuniram as amostras imediatamente após a admissão para fornecer insights precisos sobre a composição genética das bactérias. Amostras de vômito e fezes foram congeladas e posteriormente processadas pra isolar V. cholerae para análise mais aprofundada.
A isolação envolveu colocar as amostras em meios específicos que incentivam o crescimento de V. cholerae. Após a incubação, os pesquisadores identificaram colônias de V. cholerae e confirmaram sua identidade por meio de testes genéticos.
Os pesquisadores realizaram sequenciamento de todo o genoma nas colônias isoladas para obter informações sobre a composição genética de V. cholerae. A análise se concentrou em variantes de nucleotídeos únicos (SNVs), que indicam diferenças genéticas, e na presença ou ausência de genes.
Descobertas do Estudo
No geral, o estudo mostrou que a diversidade genética de V. cholerae O1 no vômito e nas fezes era relativamente baixa. Isso sugere que o processo de passagem pelo trato gastrointestinal não tem um efeito dramático na diversidade genética das bactérias. No entanto, variações foram observadas, com alguns pacientes mostrando reduções nas diferenças genéticas entre o vômito e as fezes.
O estudo também buscou identificar se havia genes associados à presença de V. cholerae no vômito em comparação com as fezes. Nenhuma associação significativa para genes individuais foi encontrada. No entanto, genes dentro do operão TCP, importantes para a colonização, foram mais frequentemente encontrados nas fezes do que no vômito. Isso sugere que os genes essenciais para a infecção podem ter menos chance de serem perdidos nas amostras de fezes.
Considerando Mudanças Genéticas
Mudanças genéticas como mutações ou deleções podem ocorrer enquanto V. cholerae viaja pelo corpo. Neste estudo, os pesquisadores estavam particularmente interessados no operão TCP. Embora o sequenciamento de leitura curta inicialmente indicasse possíveis deleções nessa região gênica, validações posteriores mostraram que esses genes estavam presentes nos resultados de sequenciamento de leitura longa.
Essas descobertas destacam a complexidade de interpretar dados genéticos. Algumas mudanças detectadas em leituras curtas podem ter ocorrido devido a erros no sequenciamento, ao invés de verdadeiras deleções. Isso enfatiza que conclusões tiradas de dados de leitura curta devem ser validadas com outros métodos, como o sequenciamento de leitura longa.
Implicações da Pesquisa
Essa pesquisa tem implicações importantes para entender a cólera. Ela indica que estudos genéticos baseados em amostras de fezes podem representar com precisão as bactérias no intestino delgado durante a infecção ativa. As descobertas também sugerem que, embora alguma diversidade genética possa ser reduzida à medida que as bactérias passam pelo intestino, isso não impacta substancialmente a composição genética geral.
Além disso, o estudo ressalta a necessidade de cautela ao analisar dados genéticos para evitar interpretações erradas devido a erros de sequenciamento. No futuro, usar diferentes tecnologias de sequenciamento em conjunto pode fornecer insights mais claros sobre a estrutura genética de bactérias como V. cholerae.
Conclusão
A cólera continua sendo uma preocupação importante de saúde pública, especialmente em regiões com altas taxas de infecção. Entender como V. cholerae opera dentro do corpo humano pode levar a melhores opções de tratamento e estratégias de prevenção. À medida que os pesquisadores continuam a estudar a composição genética dessa bactéria, os insights obtidos serão cruciais para combater surtos de cólera e salvar vidas.
Título: Diversity of Vibrio cholerae O1 through the human gastrointestinal tract during cholera
Resumo: Vibrio cholerae O1 causes the diarrheal disease cholera, and the small intestine is the site of active infection. During cholera, cholera toxin is secreted from V. cholerae and induces a massive fluid influx into the small intestine, which causes vomiting and diarrhea. Typically, V. cholerae genomes are sequenced from bacteria passed in stool, but rarely from vomit, a fluid that may more closely represents the site of active infection. We hypothesized that the V. cholerae O1 population bottlenecks along the gastrointestinal tract would result in reduced genetic variation in stool compared to vomit. To test this, we sequenced V. cholerae genomes from ten cholera patients with paired vomit and stool samples. Genetic diversity was low in both vomit and stool, consistent with a single infecting population rather than co-infection with divergent V. cholerae O1 lineages. The number of single nucleotide variants decreased between vomit and stool in four patients, increased in two, and remained unchanged in four. The number of genes encoded in the V. cholerae genome decreased between vomit and stool in eight patients and increased in two. Pangenome analysis of assembled short-read sequencing demonstrated that the toxin-coregulated pilus operon more frequently contained deletions in genomes from vomit compared to stool. However, these deletions were not detected by PCR or long-read sequencing, indicating that interpreting gene presence or absence patterns from short-read data alone may be incomplete. Overall, we found that V. cholerae O1 isolated from stool is genetically similar to V. cholerae recovered from the upper intestinal tract. IMPORTANCEVibrio cholerae O1, the bacterium that causes cholera, is ingested in contaminated food or water and then colonizes the upper small intestine and is excreted in stool. Shed V. cholerae genomes are usually studied, but V. cholerae isolated from vomit may be more representative of where V. cholerae colonizes in the upper intestinal epithelium. V. cholerae may experience bottlenecks, or large reductions in bacterial population sizes or genetic diversity, as it passes through the gut. Passage through the gut may select for distinct V. cholerae mutants that are adapted for survival and gut colonization. We did not find strong evidence for such adaptive mutations, and instead observed that passage through the gut results in modest reductions in V. cholerae genetic diversity, and only in some patients. These results fill a gap in our understanding of the V. cholerae life cycle, transmission, and evolution.
Autores: B. Jesse Shapiro, P. Lypaczewski, D. Chac, C. N. Dunmire, K. M. Tandoc, F. Chowdhury, A. I. Khan, T. Bhuiyan, J. B. Harris, R. C. LaRocque, S. B. Calderwood, E. T. Ryan, F. Qadri, A. A. Weil
Última atualização: 2024-02-08 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.08.579476
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.08.579476.full.pdf
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