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# Biologia# Bioinformática

Novas descobertas sobre o rastreamento de plaquetas e formação de coágulos

Pesquisadores desenvolvem métodos para acompanhar plaquetas e estudar a formação de coágulos em tempo real.

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Nos últimos dez anos, os cientistas melhoraram muito a forma como podemos ver e entender como os Coágulos de sangue se formam, analisando partes minúsculas do sangue chamadas Plaquetas. Essas plaquetas são super importantes porque ajudam a parar hemorragias se juntando. Novas técnicas de imagem permitem que a gente veja essas plaquetas em ação, tanto dentro de animais vivos quanto em ambientes de laboratório.

Mas, mesmo com esses métodos de imagem avançados, descobrir exatamente quantas plaquetas existem e como elas se comportam ao longo do tempo ainda é difícil. Técnicas anteriores que tentaram rastrear plaquetas conseguiam trabalhar apenas com algumas de cada vez, o que significa que muita informação útil foi perdida. Para entender de verdade como as plaquetas se comportam em um coágulo, precisamos rastrear muitas delas automaticamente.

A Necessidade de Automação

Uma das primeiras tentativas de usar métodos automáticos para contar plaquetas foi feita por alguns pesquisadores que usaram uma técnica tradicional de processamento de imagem chamada método da Diferença de Gaussianas (DoG). Eles descobriram que contar plaquetas dá melhores insights sobre como os coágulos se formam do que apenas medir seu brilho. Mas o método DoG tem seus problemas e não funciona bem quando as imagens mudam muito.

Em testes com animais vivos, os pesquisadores perceberam que os métodos tradicionais frequentemente falhavam quando as condições mudavam. Eles acharam que usar métodos de aprendizado de máquina seria mais eficaz para rastrear plaquetas de maneira confiável.

Aprendizado Profundo para Melhor Rastreio

Aprendizado profundo é um tipo de aprendizado de máquina que ajuda computadores a identificar objetos em imagens. Esse método já mostrou ótimos resultados na identificação de plaquetas em imagens 2D, mas não tinha sido testado em imagens 3D até agora. Os novos métodos conseguem lidar com dados com bastante ruído, que é um problema comum na imagem científica. Uma vez que as plaquetas são reconhecidas em cada imagem, elas podem ser rastreadas com o passar do tempo.

Os pesquisadores criaram um novo sistema que usa aprendizado profundo para analisar imagens 3D de plaquetas. Esse sistema consegue encontrar e rastrear automaticamente muitas plaquetas individuais, facilitando a visualização de como elas se comportam durante a formação do coágulo em diferentes condições.

Como os Experimentos Foram Feitos

Nesses estudos, eles usaram técnicas especiais para observar como as plaquetas agem tanto em animais vivos quanto em experimentos controlados em laboratório. Todos os testes com animais foram aprovados pelas comissões de ética relevantes. Para os testes com animais vivos, os camundongos receberam injeções especiais para marcar uma pequena porcentagem de suas plaquetas.

Para os testes em laboratório, o sangue de camundongos foi preparado rapidamente com manuseio cuidadoso para manter as plaquetas saudáveis para o estudo. O sangue humano também foi coletado de voluntários, garantindo que todos os padrões éticos fossem atendidos. Em ambos os casos, câmaras especiais foram usadas para simular o fluxo sanguíneo e estudar como as plaquetas reagiam ao se moverem sobre superfícies que geralmente fazem com que elas se grudem, como colágeno.

Imagens de Alta Qualidade

Um sistema de imagem avançado foi então usado para visualizar essas plaquetas. Esse sistema capturou imagens rapidamente, permitindo que os pesquisadores observassem como as plaquetas se moviam e mudavam ao longo do tempo. Os pesquisadores tiraram várias imagens em diferentes profundidades, criando uma visão 3D das plaquetas dentro dos vasos sanguíneos.

Antes de usar os métodos de aprendizado profundo, os pesquisadores se certificarão de que tinham dados precisos para treinar seus algoritmos. Eles corrigiram erros iniciais nas imagens para criar rótulos precisos para as plaquetas.

Validando o Método de Aprendizado Profundo

Para confirmar que seu novo sistema de aprendizado profundo funcionava bem, os pesquisadores compararam os resultados com aqueles obtidos por cientistas treinados que identificavam plaquetas manualmente. Eles descobriram que seu novo método reconhecia as plaquetas com precisão, mesmo sob condições desafiadoras. O sistema conseguia separar plaquetas claramente, mesmo em casos onde os métodos tradicionais tiveram dificuldades.

Os pesquisadores também testaram o método de aprendizado profundo em situações onde as imagens foram tornadas menos claras pela adição de ruído. O sistema de aprendizado profundo se saiu significativamente melhor que os métodos tradicionais, conseguindo ainda encontrar plaquetas com precisão.

Rastreando Plaquetas ao Longo do Tempo

Uma vez que as plaquetas foram identificadas, eles usaram um software especializado para rastrear cada plaqueta ao longo de vários pontos de tempo. Esse software de rastreio permite que os pesquisadores vejam o movimento das plaquetas durante o processo de formação do coágulo. Como pode haver milhares de plaquetas em uma imagem, o rastreio pode ser complicado.

Para ajudar a validar a precisão do rastreio, os pesquisadores desenvolveram ferramentas que permitem que outros verifiquem a qualidade do rastreio facilmente. Eles amostraram algumas das plaquetas rastreadas e checaram por erros, como plaquetas identificadas incorretamente. Eles descobriram que as taxas de erro eram muito baixas, com a maioria do rastreio sendo precisa.

Comparando Diferentes Condições

Usando esse novo fluxo de trabalho, os pesquisadores puderam comparar como as plaquetas se comportam em condições vivas versus ambientes controlados em laboratório. Eles descobriram que as plaquetas em animais vivos formam coágulos mais rapidamente e de forma mais densa em comparação às do laboratório. Além disso, as plaquetas em animais vivos mostraram um movimento mais dinâmico do que aquelas em ambientes de laboratório.

Rastrear plaquetas em condições de laboratório também permitiu que os pesquisadores coletassem mais dados sobre como as plaquetas reagiam ao serem forçadas sobre superfícies que as fazem grudar. Eles puderam medir a velocidade de movimento das plaquetas, a densidade dos coágulos e como a forma das plaquetas mudava ao longo do tempo.

Descobertas e Implicações

Os pesquisadores descobriram que as plaquetas em animais vivos não só se moviam mais rápido, mas também apresentavam formas diferentes em comparação aos estudos de laboratório. As diferenças podem ser devido aos sinais naturais presentes em sistemas vivos que estão ausentes nas condições de laboratório.

O software e os métodos desenvolvidos podem fornecer dados ricos sobre como as plaquetas se comportam em diferentes situações. Isso permite uma melhor compreensão de como os coágulos sanguíneos se formam e como podem ser influenciados por medicamentos ou outros tratamentos. A equipe pretende melhorar ainda mais seu software, acolhendo contribuições de outros cientistas.

Conclusão

Em resumo, um novo método foi estabelecido para encontrar e seguir com precisão as plaquetas à medida que os coágulos se formam. Essa técnica pode fornecer insights claros sobre como a coagulação do sangue ocorre, o que é essencial para desenvolver melhores tratamentos para condições relacionadas a distúrbios de coagulação. O software desenvolvido está disponível para que outros o usem, permitindo que cientistas explorem os papéis das plaquetas em diversos contextos médicos. Esse trabalho abre novos caminhos para entender como os coágulos sanguíneos funcionam, tanto na saúde quanto na doença.

Fonte original

Título: Finding and Following: A deep learning-based pipeline for tracking platelets during thrombus formation in vivo and ex vivo

Resumo: The last decade has seen increasing use of advanced imaging techniques in platelet research. However, there has been a lag in the development of image analysis methods, leaving much of the information trapped in images. Herein, we present a robust analytical pipeline for finding and following individual platelets over time in growing thrombi. Our pipeline covers four steps: detection, tracking, estimation of tracking accuracy, and quantification of platelet metrics. We detect platelets using a deep learning network for image segmentation, which we validated with proofreading by multiple experts. We then track platelets using a standard particle tracking algorithm and validate the tracks with custom image sampling -- essential when following platelets within a dense thrombus. We show that our pipeline is more accurate than previously described methods. To demonstrate the utility of our analytical platform, we use it to show that in vivo thrombus formation is much faster than that ex vivo. Furthermore, platelets in vivo exhibit less passive movement in the direction of blood flow. Our tools are free and open source and written in the popular and user-friendly Python programming language. They empower researchers to accurately find and follow platelets in fluorescence microscopy experiments.x Plain language summaryIn this paper we describe computational tools to find and follow individual platelets in blood clots recorded with fluorescence microscopy. Our tools work in a diverse range of conditions, both in living animals and in artificial flow chamber models of thrombosis. Our work uses deep learning methods to achieve excellent accuracy. We also provide tools for visualising data and estimating error rates, so you dont have to just trust the output. Our workflow measures platelet density, shape, and speed, which we use to demonstrate differences in the kinetics of clotting in living vessels versus a synthetic environment. The tools we wrote are open source, written in the popular Python programming language, and freely available to all. We hope they will be of use to other platelet researchers.

Autores: Juan Nunez-Iglesias, A. S. McGovern, P. Larsson, V. Tarlac, N. Setiabakti, L. Shabani Mashcool, J. R. Hamilton, N. Boknäs

Última atualização: 2024-02-08 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.02.560609

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.02.560609.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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