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# Biologia# Genómica

O Papel das Proteínas Semelhantes ao Colágeno em Infecções por Parasitas

Analisando como proteínas parecidas com colágeno ajudam P. ramosa a infectar Daphnia.

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Índice

O colágeno é uma parte chave de muitos seres vivos, incluindo humanos e animais. Ele é a principal proteína encontrada nos tecidos conectivos, dando força e suporte. Essa proteína tem uma estrutura única devido ao padrão repetitivo de três aminoácidos: glicina (Gly), X (qualquer aminoácido) e Y (qualquer aminoácido). Essa estrutura permite que o colágeno forme uma forte tripla hélice, que é essencial para a estrutura dos tecidos.

Além do seu papel em fornecer suporte, o colágeno também tem outras funções. Ele ajuda na sinalização celular, que é como as células se comunicam, e desempenha um papel na defesa imunológica do corpo. Também pode contribuir para problemas como resistência a múltiplos medicamentos e formação de biofilmes, que é importante em infecções.

Descoberta de Proteínas Semelhantes ao Colágeno

A jornada de estudar proteínas semelhantes ao colágeno (PSCs) começou em 1998, quando cientistas descobriram uma forma de colágeno em uma bactéria chamada Klebsiella pneumoniae. Desde então, pesquisadores encontraram proteínas similares em outras bactérias que podem causar doenças em humanos, como Streptococcus pyogenes e Bacillus anthracis.

As proteínas semelhantes ao colágeno não servem apenas para suporte; elas também ajudam as bactérias a se fixarem em seus hospedeiros. Essa fixação é muitas vezes o primeiro passo na infecção, permitindo que as bactérias entrem e persistam no corpo do hospedeiro. Por exemplo, no caso de P. penetrans, uma camada densa de PSCs nos esporos pode ajudar a grudar no hospedeiro que elas infectam.

P. ramosa e Sua Relação com Daphnia

P. ramosa é um parasita que ataca especificamente as pulgas d'água chamadas Daphnia. Ele despertou interesse devido à sua coevolução com seu hospedeiro, criando uma relação de troca onde tanto o hospedeiro quanto o parasita evoluem em resposta um ao outro.

Uma das etapas críticas no processo de infecção é quando os esporos do parasita se fixam na Daphnia. Essa fixação depende de certas combinações genéticas entre o hospedeiro e o parasita, o que significa que apenas combinações específicas podem levar à infecção. Isso mostra a relação intrincada entre P. ramosa e seu hospedeiro.

O Papel das Proteínas Semelhantes ao Colágeno na Infecção

Em P. ramosa, acredita-se que as proteínas semelhantes ao colágeno desempenham um papel vital em como o parasita se fixa na Daphnia. Pesquisadores acreditam que essas PSCs evoluem ao longo do tempo, levando a uma ampla variedade delas no parasita. Um estudo indicou que existem até 50 genes diferentes de PSCs em P. ramosa, tornando-o bem único se comparado a outras bactérias, que geralmente têm bem menos.

De forma notável, os pesquisadores encontraram uma conexão forte entre um gene específico de PSC, chamado Pcl7, e a capacidade de infectar um determinado tipo de hospedeiro. Isso sugere que essas PSCs são cruciais para a sobrevivência do parasita e sua capacidade de infectar.

Sequenciamento do Genoma de P. ramosa

Para avançar na pesquisa sobre P. ramosa, os cientistas sequenciaram os Genomas de dois isolados diferentes: P21 da Suíça e C1 da Rússia. O genoma é o conjunto completo de material genético de um organismo e entendê-lo ajuda a descobrir como o organismo funciona.

O isolado P21 foi sequenciado usando uma tecnologia avançada que captura longas cadeias de DNA, enquanto o isolado C1 foi montado usando uma mistura de leituras longas e curtas de DNA. Os resultados mostraram que ambos os isolados têm genomas similares, embora houvesse algumas diferenças em arranjos específicos de genes.

Características e Estrutura do Genoma

Os genomas dos dois isolados de P. ramosa eram relativamente pequenos, com o P21 tendo cerca de 1,77 milhão de pares de bases e o C1 tendo 1,74 milhão. Ambos os genomas continham um número razoável de genes, mas comparados a organismos similares, eram menos densos em regiões codificadoras-onde os genes estão localizados.

Curiosamente, nenhum dos genomas continha características típicas como sistemas CRISPR, que geralmente estão envolvidos na defesa contra DNA estrangeiro. Ambos os genomas também tinham um baixo conteúdo de G+C, que é outro marcador que pode ajudar a distinguir um tipo de bactéria de outro.

Posição Filogenética de P. ramosa

Filogenética é o estudo das relações evolutivas entre entidades biológicas. A análise mostrou que P. ramosa está intimamente relacionada a outras bactérias do grupo Bacillota. Dentro desse grupo, forma um ramo único ao lado de uma espécie de vida livre, Thermoactinomyces.

P. ramosa e seu relativo P. penetrans, que infecta nematoides em vez de Daphnia, compartilham várias características genéticas. No entanto, apesar das semelhanças, existem genes específicos em cada um que ajudam na adaptação a seus respectivos hospedeiros.

O Papel das Proteínas Semelhantes ao Colágeno

As proteínas semelhantes ao colágeno em P. ramosa são consideradas essenciais para a fixação ao hospedeiro Daphnia. Os pesquisadores encontraram muitos genes potenciais de PSC ao pesquisarem cuidadosamente os genomas. O isolado P21 tinha 39 genes de PSC confirmados, enquanto o isolado C1 tinha 43.

Essas proteínas muitas vezes aparecem em grupos, sugerindo que podem ter evoluído juntas, talvez por processos como duplicação gênica. Esse agrupamento indica que essas proteínas podem trabalhar juntas quando o parasita infecta seu hospedeiro.

Diversidade das Proteínas Semelhantes ao Colágeno

As PSCs de P. ramosa mostram um padrão interessante de diversidade. Muitas foram encontradas em trios, o que significa que três genes estão intimamente relacionados em função e estrutura. Esse arranjo sugere que podem ter um ancestral comum e fornecer várias maneiras para o parasita se fixar ao seu hospedeiro.

Alguns genes de PSC recentemente identificados mostram alta similaridade com genes já conhecidos, indicando que essas proteínas podem ter evoluído através de eventos de duplicação. Muitos dos genes de PSC também compartilham sequências entre os diferentes isolados, significando uma forte conexão evolutiva.

Variações Estruturais Entre Isolados

Comparando os dois genomas, foram reveladas algumas variações estruturais notáveis. Uma inversão, ou um segmento do genoma que virou, foi encontrada no genoma de um isolado, mas não no outro. Essa inversão continha vários genes de PSC, indicando que rearranjos genéticos podem impactar como o parasita interage com seu hospedeiro.

Além da inversão, os pesquisadores identificaram outras regiões variáveis nos genomas. Tais diferenças podem levar a variações em quão eficaz cada isolado é em infectar genótipos específicos de Daphnia.

Implicações para Pesquisas Futuras

As descobertas das análises genômicas de P. ramosa não apenas aprofundam a compreensão de como esse parasita opera, mas também iluminam aspectos mais amplos das relações hospedeiro-parasita. A natureza dinâmica dos genes de PSC sugere que P. ramosa está continuamente se adaptando ao seu hospedeiro, o que traz implicações para estudos de coevolução.

Estudar mais isolados pode fornecer mais insights sobre como essas mudanças genéticas ocorrem e contribuem para a corrida armamentista entre parasitas e seus hospedeiros. Ao examinar essas interações, os cientistas esperam entender melhor as relações complexas na natureza.

Conclusão

Em resumo, P. ramosa e suas proteínas semelhantes ao colágeno destacam um caso fascinante de evolução e adaptação. As conexões entre essas proteínas e a capacidade do hospedeiro de resistir à infecção mostram uma interação notável que se desenvolveu ao longo de milhões de anos. A pesquisa contínua nesse campo tem o potencial de revelar detalhes ainda mais intrincados sobre a vida desse organismo parasitário e seu impacto no ecossistema.

Fonte original

Título: The genome of Pasteuria ramosa reveals a high turnover rate of collagen-like genes

Resumo: Collagen-like proteins (CLP) are commonly found in many pathogenic bacteria where they serve as adhesins to attach to host tissue. The repetition of the amino-acid pattern (Gly-Xaa-Yaa)n is the major feature of collagen and is essential to the formation of its stable triple helical structure. In the Daphnia magna-Pasteuria ramosa system, a model system for studying antagonistic coevolution, a specific CLP in the virulent parasite P. ramosa plays a pivotal role in host attachment, regulated by matching allele model. Recognizing the crucial role of CLPs in the infection process, we aimed to enhance our understanding of P. ramosa-CLPs by sequencing high-quality genomes of two isolates, using long-read technology. An analysis of a CLP gene tree of representative Bacillota species revealed a clear radiation of these genes in P. ramosa, which was not found in the closely related Pasteuria penetrans. A comparison of the isolates reveals a high synteny, with the exception of a few duplications and inversions, mainly involving CLPs or transposases. Across isolates, we observed a recent burst of transposases as well as duplications of CLP genes. On average, CLP genes are well conserved between isolates, but the presence/absence of individual CLP genes is not fully shared, with 39 and 43 genes in the two isolates. Our findings suggest a rapid radiation of CLP genes combined with a birth and death process of the large P. ramosa-CLP gene family, possibly driven by transposition and coevolution. ImportanceAlthough the host-pathogen Daphnia magna-Pasteuria ramosa system has served as a model for coevolution, we have, to date, lacked high-quality genomic resources for the parasite, as is the case for many such systems. By presenting a complete assembly of two distinct P. ramosa isolates, our study addresses this lack and provides deeper insights into the P. ramosa Collagen Like Protein (CLP) family, essential proteins involved in attachment to the host. We discover that the rapid radiation of CLP genes in P. ramosa appears to be driven by transposition and coevolution, enabling the parasite to adapt to host resistance mechanisms. These insights improve our understanding of host-parasite interactions and pave the way for comparative genomic analyses to better understand the evolution of these genes. They also have broader implications for disease control and therapeutic development targeting pathogenic bacteria adhesion mechanisms.

Autores: Alix Thivolle, M. Paljakka, D. Ebert, P. D. Fields

Última atualização: 2024-02-12 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.09.579640

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.09.579640.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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