Modificações NAGK: Impacto na Funcionalidade das Proteínas
Estudo mostra como as modificações de NAGK afetam a atividade das enzimas e as interações das proteínas.
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Índice
A quinase N-acetilglucosamina (NAGK) é uma proteína importante que ajuda a regular vários processos nas nossas células. Um dos seus principais trabalhos é converter um açúcar chamado N-acetilglucosamina (GlcNAc) em outra forma conhecida como GlcNAc-6-fosfato. Esse processo é crucial para o metabolismo do corpo, especialmente quando os nutrientes estão baixos.
A Importância das Modificações de Proteínas
Proteínas como a NAGK podem passar por várias mudanças após serem feitas, conhecidas como modificações pós-traducionais (PTMs). Uma modificação comum é a Fosforilação, onde um grupo fosfato é adicionado à proteína. Isso pode influenciar como a proteína funciona, incluindo sua estrutura e função.
Pesquisas recentes mostram que uma parte significativa das proteínas nos humanos sofre fosforilação em diferentes momentos. No entanto, para muitos locais de fosforilação, o papel exato que eles desempenham na função da proteína ainda não está claro.
Técnicas para Estudar a Fosforilação
Para estudar como a fosforilação afeta proteínas como a NAGK, os cientistas frequentemente precisam de proteínas que são especificamente modificadas para incluir o grupo fosfato. Existem métodos eficazes para criar essas proteínas modificadas. Uma abordagem comum envolve combinar duas técnicas: síntese de peptídeos em fase sólida e expressão tradicional de proteínas. Isso permite que os pesquisadores obtenham proteínas que tenham modificações específicas de forma confiável.
Outra novidade empolgante é a capacidade de usar aminoácidos não naturais em proteínas, incluindo aqueles com grupos fosfato. Essas técnicas facilitam a investigação de como essas modificações afetam a função da proteína.
Descobrindo a Pirrofosforilação
Além da fosforilação regular, os cientistas identificaram um novo tipo chamado pirrofosforilação. Isso ocorre quando dois grupos fosfato são adicionados a uma proteína. Foi descoberto que essa modificação pode acontecer através da ação de certas moléculas na célula que transferem esses grupos fosfato.
Nossa equipe de pesquisa desenvolveu métodos para identificar onde a pirrofosforilação ocorre nas proteínas, incluindo a NAGK. Descobrimos que essa modificação geralmente acontece em áreas da proteína que são desordenadas e pode afetar as interações da proteína.
Um local de interesse na NAGK é a serina 76 (S76), onde a pirrofosforilação ocorre. Curiosamente, esse local está perto de onde o substrato (a molécula com a qual a NAGK trabalha) se liga.
Relevância Funcional das Modificações da NAGK
A NAGK tem vários papéis, incluindo a fosforilação não só do GlcNAc, mas também dos peptidoglicanos, que ajudam a desencadear genes relacionados à inflamação. Estudos recentes despertaram interesse em como a atividade da NAGK é regulada, especialmente devido à sua conexão com importantes vias biológicas.
Embora muitos locais de fosforilação tenham sido documentados, a importância real desses locais, particularmente o S76, não é totalmente compreendida. Nossa investigação se concentra em como essas modificações impactam a funcionalidade da NAGK.
Efeitos das Modificações em S76 na Atividade da NAGK
Para avaliar como a fosforilação e a pirrofosforilação influenciam a NAGK, sintetizamos proteínas com modificações específicas. Ao comparar as proteínas modificadas com a NAGK não modificada, notamos uma queda significativa na atividade da enzima. A versão fosforilada mostrou um nível de atividade reduzido, enquanto a versão pirrofosforilada estava quase completamente inativa.
Essa inatividade parece ser permanente, já que o grupo pirrofosfato permaneceu intacto quando testado em ambientes celulares ativos. Notavelmente, a NAGK pirrofosforilada interagiu de forma diferente com outras proteínas em comparação à proteína não modificada.
Síntese da NAGK Modificada
Para criar essas versões modificadas da NAGK, começamos com a forma fosforilada e empregamos uma reação química para adicionar um segundo grupo fosfato. Esse método nos permitiu produzir essas proteínas em grandes quantidades e pureza. Após o tratamento adequado, confirmamos as modificações usando técnicas avançadas de espectrometria de massa.
Ao examinar a atividade dessas proteínas, aprendemos sobre os efeitos de cada modificação. Descobrimos que mesmo mudanças pequenas podem levar a diferenças significativas em como as proteínas funcionam, iluminando as interações complexas dentro da célula.
Relação Entre Modificações da NAGK e Atividade da Quinase
A fosforilação inicial da NAGK no S76 é pensada para ser realizada por uma enzima específica chamada Aurora quinase B. Essa quinase desempenha um papel importante em várias fases do ciclo celular, regulando eventos críticos como a divisão celular.
Nossos testes mostraram que, quando a NAGK é modificada pela Aurora quinase B, sua capacidade de fosforilar Substratos diminui ao longo do tempo. Isso está alinhado com as nossas descobertas anteriores sobre as quedas de atividade observadas com as versões modificadas da NAGK.
Investigando Funções Autocatalíticas da NAGK
Uma descoberta surpreendente foi que a adição de pirrofosfato à NAGK poderia ocorrer sem enzimas adicionais, sugerindo um processo autocatalítico. Isso significa que a NAGK poderia essencialmente melhorar sua própria funcionalidade sob certas condições, especialmente quando há altos níveis de ATP na célula.
O ATP, um transportador de energia importante na célula, desempenha um papel fundamental em determinar quando a NAGK opera em vias específicas. Durante períodos em que os níveis de ATP estão elevados, a pirrofosforilação pode suprimir efetivamente a via alternativa de recuperação de GlcNAc, demonstrando como os processos celulares podem ser finamente ajustados.
Estabilidade da NAGK Pirrofosforilada
Curiosamente, uma vez que a pirrofosforilação acontece, a NAGK modificada é bastante resistente a mudanças adicionais, especialmente desfosforilações. Isso significa que a enzima permanece inativa por períodos mais longos em comparação com outras formas. Foi encontrado que mesmo quando exposta a vários lisados celulares, a NAGK pirrofosforilada não voltou a um estado ativo.
Os dados sugerem que enquanto a fosforilação regular é frequentemente reversível, a pirrofosforilação parece oferecer uma modificação mais estável, que pode influenciar como as proteínas interagem umas com as outras.
Mudanças de Interação de Proteínas Causadas pela Pirrofosforilação
As mudanças na NAGK devido à pirrofosforilação também têm implicações para como ela interage com outras proteínas. Ao comparar as interações da NAGK modificada com as versões não modificadas, identificamos um conjunto distinto de proteínas que se ligam de forma diferente com base na modificação.
Encontramos um grupo de mais de 78 proteínas que interagiram preferencialmente com a NAGK pirrofosforilada, muitas das quais estão ligadas a processos cruciais, como respiração celular e manipulação de mRNA. Isso sugere que o papel da NAGK pode ir além de sua função catalítica, impactando a coordenação de atividades celulares vitais.
Conclusão
Em conclusão, nossa pesquisa enfatiza a relação intrincada entre modificações de proteínas, particularmente fosforilação e pirrofosforilação, e os papéis funcionais de proteínas como a NAGK. Destacamos como essas modificações podem alterar dramaticamente a atividade e interações da proteína, revelando uma dimensão de regulação que era menos compreendida anteriormente.
À medida que continuamos a expandir nosso conhecimento sobre esses processos, será essencial explorar como modificações semelhantes podem afetar outras proteínas e seus papéis específicos dentro da célula. Compreender essas interações vai aprimorar nossa compreensão das funções celulares e pode levar a novas descobertas em áreas como metabolismo, inflamação e muito mais.
Título: An uncommon phosphorylation mode regulates the activity and protein-interactions of N-acetylglucosamine kinase
Resumo: While the function of protein phosphorylation in eukaryotic cell signaling is well established, the role of a closely related modification, protein pyrophosphorylation, is just starting to surface. A recent study has identified several targets of endogenous protein pyrophosphorylation in mammalian cell lines, including N-acetylglucosamine kinase (NAGK). Here, a detailed functional analysis of NAGK phosphorylation and pyrophosphorylation on serine 76 (S76) has been conducted. This analysis was enabled by using amber codon suppression to obtain phosphorylated pS76-NAGK, which was subsequently converted to site-specifically pyrophosphorylated NAGK (ppS76-NAGK) with a phosphorimidazolide regent. A significant reduction in GlcNAc kinase activity was observed upon phosphorylation, and near-complete inactivation upon pyrophosphorylation. The formation of ppS76-NAGK proceeded via an ATP-dependent autocatalytic process, and once formed, ppS76-NAGK displayed notable stability towards dephosphorylation in mammalian cell lysates. Proteomic examination unveiled a distinct set of protein-protein interactions for ppS76-NAGK, suggesting an alternative function, independent of its kinase activity. Overall, a significant regulatory role of pyrophosphorylation on NAGK activity was uncovered, providing a strong incentive to investigate the influence of this unusual phosphorylation mode on other kinases.
Autores: Dorothea Fiedler, A. Celik, I. Beyer
Última atualização: 2024-02-24 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.23.581760
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.23.581760.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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