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Investigando a PKA-C: Uma Enzima Chave na Sinalização Celular

Pesquisas mostram como a PKA-C funciona e como afeta mutações relacionadas a doenças.

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Índice

As quinases de proteínas eucarióticas (EPKs) são importantes tipos de Enzimas que têm um papel chave na sinalização celular. Elas ajudam a adicionar grupos fosfato a outras proteínas, um processo que pode mudar como essas proteínas funcionam. Um dos primeiros quinases estudados em detalhe foi a subunidade catalítica da quinase de proteínas A (PKA). Quando a PKA está inativa, ela se junta a outras partes para formar uma estrutura maior composta por duas unidades catalíticas (C) e duas unidades regulatórias (R). O jeito normal de essa enzima ficar ativa é quando ela se liga a duas moléculas de um sinalizador chamado CAMP, o que faz a estrutura maior se desintegrar e liberar unidades C ativas que podem interagir com outras proteínas sinalizadoras.

Porém, em 2017, pesquisadores descobriram uma forma diferente de a PKA ficar ativa sem se desintegrar. Nesse modelo, a PKA permanece em uma estrutura grande e é mantida perto de suas proteínas-alvo por proteínas de ancoragem especiais. A pesquisa continua sobre como a PKA ativa sob condições normais e de doença.

Estrutura da PKA-C

Estudos usando cristalografia de raios X, um método para tirar imagens detalhadas de estruturas no nível atômico, mostraram que a PKA-C consiste em dois lóbulos. O lóbulo N-terminal (N-lóbulo) é flexível e contém quatro folhas e uma hélice, enquanto o lóbulo C-terminal (C-lóbulo) é mais rígido e feito principalmente de hélices. O N-lóbulo contém a área onde a enzima se liga a moléculas, enquanto a parte que se liga a proteínas-alvo fica entre os lóbulos N e C. A estrutura inclui um núcleo conservado que é importante para sua função e contém vários motivos críticos para sua capacidade de adicionar grupos fosfato.

Entendendo a Função da PKA-C

Para a PKA-C funcionar direitinho, tanto sua estrutura quanto as interações são cruciais. O estudo mostra que quando ela está em um estado pronto para agir, vários motivos dentro de sua estrutura estão alinhados corretamente. Descobertas recentes destacam o papel vital de um núcleo hidrofóbico na enzima e suas múltiplas conexões que ajudam na função. As conexões são formadas por diferentes regiões que interagem quando o ATP (uma molécula que fornece energia) se liga à quinase ou quando um local específico na enzima é modificado.

O Papel da Cooperatividade de Ligação

A PKA-C tem uma habilidade única em relação a como se liga ao ATP e substratos. Quando está ativa, pode se ligar bem ao ATP e proteínas-alvo, mas tem mais dificuldade ao interagir com o ADP (um produto do uso de ATP) e proteínas-alvo já modificadas. Essa característica é importante para considerar como Mutações ligadas a doenças podem atrapalhar essas interações, afetando como a enzima funciona.

Pesquisando o Mecanismo da PKA-C

Para estudar como as interações e movimentos da PKA-C influenciam sua atividade, pesquisadores combinaram várias técnicas, incluindo simulações computacionais sofisticadas e modelagem. Eles identificaram diferentes estados da enzima e como ela transita entre eles. O estado ativo mais comum permite que a enzima realize sua função, enquanto os estados inativos são menos comuns e geralmente envolvem mudanças na estrutura que a tornam incapaz de interagir de forma eficiente.

Por meio de vários testes, os pesquisadores analisaram como mudanças em locais específicos da PKA-C afetaram seu comportamento. Uma mutação notável, que alterou um aminoácido de F100 para A (alanina), impactou significativamente a capacidade da enzima de funcionar corretamente. Ela manteve uma atividade semelhante à da enzima normal, mas perdeu a capacidade de cooperar efetivamente com ATP e substratos, indicando seu papel em facilitar a comunicação adequada entre diferentes partes da enzima.

Exame Detalhado da Paisagem de Energia Livre

Para entender melhor como a PKA-C se comporta, os pesquisadores construíram um mapa mostrando quão provável é que a enzima esteja em diferentes estados. Isso envolveu simulações complexas sob várias condições para ver como ela interage ao longo do tempo. Eles descobriram que a estrutura da PKA-C muda significativamente dependendo se está ligada ao ATP ou não, revelando que a presença de ATP ajuda a enzima a adotar um estado que é mais adequado para sua função.

O estado ativo permite que a PKA-C realize sua função de forma mais eficiente, enquanto outros estados menos comuns indicam uma mudança na estabilidade ou atividade. As interações de resíduos notáveis dentro da enzima mostraram ter um papel crucial na determinação desses estados.

O Papel do Loops αC-β4

O loop αC-β4 na PKA-C é importante tanto para sua estabilidade quanto para sua função. Esse loop é uma parte crucial da estrutura geral, conectando os dois lóbulos da proteína. Mutações nessa área têm sido associadas a vários tipos de câncer. O estudo destaca como o tamanho e a natureza das mudanças nesses loops podem ter efeitos profundos no funcionamento das quinases.

Quando os pesquisadores introduziram uma mudança específica nesse loop, descobriram que não só alterou a flexibilidade da enzima, mas também atrapalhou sua capacidade de se comunicar entre suas diferentes partes, impactando sua atividade geral. Essa descoberta está alinhada com estudos semelhantes em outras quinases, enfatizando a importância desse loop na manutenção da função adequada da quinase.

Efeitos das Mutações na Funcionalidade

A pesquisa indica que algumas mutações podem desativar completamente a capacidade de uma quinase de realizar seu trabalho ou mudar como ela interage com ATP e substratos. Por exemplo, a mutação F100A aumentou a flexibilidade na estrutura da proteína, mas resultou em uma eficiência de ligação diminuída. Essa alteração demonstra que até mudanças pequenas na estrutura podem desabilitar as quinases de funcionar corretamente.

Análises adicionais mostraram que as conexões entre diferentes partes da enzima podem ser afetadas por essas mutações. Essa mudança significa que quando uma parte da enzima é afetada, pode levar a uma cascata de eventos que tornam a quinase menos eficaz ou completamente inativa.

Implicações das Descobertas da Pesquisa

As descobertas feitas através do estudo da PKA-C não apenas avançam nossa compreensão dos processos biológicos básicos, mas também têm implicações significativas para o tratamento de doenças ligadas à disfunção da quinase. Ao entender como diferentes mutações afetam a função, os pesquisadores podem ser capazes de desenvolver melhores terapias ou inibidores feitos para problemas específicos relacionados a quinases.

A existência de estados inativos alternativos oferece novas oportunidades para estratégias de desenvolvimento de medicamentos. Essa compreensão pode fornecer maneiras de direcionar seletivamente quinases disfuncionais, poupando as normais, levando a tratamentos mais eficazes com menos efeitos colaterais.

Conclusão

O estudo da PKA-C lançou luz sobre os mecanismos intrincados que governam sua atividade e como as mutações podem impactar sua função. Ao empregar uma combinação de técnicas experimentais e computacionais, os pesquisadores detalharam como mudanças estruturais podem levar a diferenças no comportamento das quinases. Essas descobertas aumentam nossa compreensão dos processos de sinalização nas células e abrem caminho para avanços no tratamento de doenças ligadas a anormalidades nas quinases. A exploração contínua de quinases de proteínas como a PKA-C promete liberar novas abordagens terapêuticas na luta contra várias doenças.

Fonte original

Título: The αC-β4 loop controls the allosteric cooperativity between nucleotide and substrate in the catalytic subunit of protein kinase A

Resumo: Allosteric cooperativity between ATP and substrates is a prominent characteristic of the cAMP-dependent catalytic subunit of protein kinase A (PKA). Not only this long-range synergistic action is involved in substrate recognition and fidelity, but it is also likely to regulate PKA association with regulatory subunits and other binding partners. To date, a complete understanding of the molecular determinants for this intramolecular mechanism is still lacking. Here, we integrated NMR-restrained molecular dynamics simulations and a Markov State Model to characterize the free energy landscape and conformational transitions of the catalytic subunit of protein kinase A (PKA-C). We found that the apoenzyme populates a broad free energy basin featuring a conformational ensemble of the active state of PKA-C (ground state) and other basins with lower populations (excited states). The first excited state corresponds to a previously characterized inactive state of PKA-C with the C helix swinging outward. The second excited state displays a disrupted hydrophobic packing around the regulatory (R) spine, with a flipped configuration of the F100 and F102 residues at the C-{beta}4 loop. To experimentally validate the second excited state, we mutated F100 into alanine (F100A) and used NMR spectroscopy to characterize the structural response of the kinase to ATP and substrate binding. While the catalytic efficiency of PKA-CF100A with a canonical peptide substrate remains unaltered, this mutation rearranges the C-{beta}4 loop conformation, interrupting the structural coupling of the two lobes and abolishing the allosteric binding cooperativity of the enzyme. The highly conserved C-{beta}4 loop emerges as a pivotal element able to control the synergistic binding between nucleotide and substrate. These results may explain how mutations or insertions near or within this motif affect the function and drug sensitivity in other homologous kinases.

Autores: Gianluigi Veglia, C. Olivieri, Y. Wang, C. Walker, M. V. Subrahmanian, K. N. Ha, D. A. Bernlohr, J. Gao, C. Camilloni, M. Vendruscolo, S. S. Taylor

Última atualização: 2024-02-23 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.09.12.557419

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.09.12.557419.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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